211 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Sde_0002  CDS  NC_007912  2145  3248  +  1104  DNA polymerase III subunit beta  YP_525478  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0063  CDS  NC_007912  77167  78501  +  1335  hypothetical protein  YP_525539  decreased coverage  0.000187215  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0234  CDS  NC_007912  294612  294950  +  339  nitrogen regulatory protein P-II  YP_525710  decreased coverage  0.000834653  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0235  CDS  NC_007912  295256  295495  +  240  hypothetical protein  YP_525711  decreased coverage  0.00135914  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0284  CDS  NC_007912  351651  354005  -  2355  hypothetical protein  YP_525760  normal  0.0213511  decreased coverage  0.000000504435  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0285  CDS  NC_007912  354273  355367  -  1095  hypothetical protein  YP_525761  decreased coverage  0.0000000000131916  decreased coverage  0.000000274042  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0322  CDS  NC_007912  399174  400628  -  1455  hypothetical protein  YP_525798  decreased coverage  0.0000309201  normal  0.674626  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0340  CDS  NC_007912  424155  424580  -  426  hypothetical protein  YP_525816  decreased coverage  0.00000000466882  normal  0.179324  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0355  CDS  NC_007912  439547  439951  +  405  branched-chain amino acid aminotransferase I  YP_525831  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0362  CDS  NC_007912  448189  448866  +  678  glutathione S-transferase-like protein  YP_525838  decreased coverage  0.00749625  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0459  CDS  NC_007912  563034  563393  +  360  peptidase S41A, C-terminal protease  YP_525935  decreased coverage  0.00200581  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0502  CDS  NC_007912  614299  615705  -  1407  L-glutamine synthetase  YP_525978  decreased coverage  0.000000000320948  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0557  CDS  NC_007912  679298  681715  +  2418  hypothetical protein  YP_526033  decreased coverage  0.00000326191  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0580  CDS  NC_007912  715832  718078  +  2247  alkaline phosphatase  YP_526056  normal  1  decreased coverage  0.00489448  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0583  CDS  NC_007912  722139  722834  -  696  response regulator receiver domain-containing protein  YP_526059  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0588  CDS  NC_007912  729351  730859  +  1509  response regulator receiver domain-containing protein  YP_526064  normal  0.917971  decreased coverage  0.00918466  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0628  CDS  NC_007912  793004  794920  +  1917  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  YP_526102  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0674  CDS  NC_007912  860927  861220  -  294  hypothetical protein  YP_526148  decreased coverage  0.0000978777  hitchhiker  0.000000170908  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0682  CDS  NC_007912  866249  868975  +  2727  TonB-dependent receptor  YP_526156  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0716  CDS  NC_007912  925981  927822  -  1842  Fis family transcriptional regulator  YP_526190  decreased coverage  0.000000378476  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0772  CDS  NC_007912  996263  997930  +  1668  ribulokinase  YP_526246  decreased coverage  0.0000000289465  normal  0.0721691  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0819  CDS  NC_007912  1066453  1067439  -  987  cell division protein FtsA  YP_526293  decreased coverage  0.00000000000392808  normal  0.759534  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0825  CDS  NC_007912  1075024  1077357  +  2334  Mutator MutT  YP_526299  decreased coverage  0.00304949  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0834  CDS  NC_007912  1086256  1086996  +  741  hypothetical protein  YP_526308  decreased coverage  0.0000087146  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0888  CDS  NC_007912  1146113  1147633  +  1521  fumarase  YP_526362  hitchhiker  0.0000000100222  decreased coverage  0.000000142387  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0890  CDS  NC_007912  1151069  1153243  +  2175  ribosomal protein L7/L12  YP_526364  normal  0.0132016  decreased coverage  0.000000195771  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0891  CDS  NC_007912  1153431  1153772  +  342  pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase  YP_526365  normal  1  decreased coverage  0.0000000742303  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0892  CDS  NC_007912  1153983  1156064  +  2082  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  YP_526366  normal  0.914859  decreased coverage  0.000000172581  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0893  CDS  NC_007912  1156121  1156780  -  660  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  YP_526367  normal  1  decreased coverage  0.0000000873186  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0894  CDS  NC_007912  1156817  1157926  -  1110  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  YP_526368  normal  1  decreased coverage  0.0000000980143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0895  CDS  NC_007912  1158055  1159263  +  1209  translation elongation factor G  YP_526369  normal  1  decreased coverage  0.0000000943112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0896  CDS  NC_007912  1159292  1160011  +  720  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  YP_526370  normal  1  decreased coverage  0.0000000881745  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0897  CDS  NC_007912  1160074  1161906  -  1833  translation elongation factor G  YP_526371  normal  1  decreased coverage  0.000000153698  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0898  CDS  NC_007912  1161956  1162330  -  375  translation elongation factor Tu  YP_526372  normal  1  decreased coverage  0.0000000668063  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0899  CDS  NC_007912  1162323  1162922  -  600  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  YP_526373  normal  1  decreased coverage  0.0000000786086  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0900  CDS  NC_007912  1162939  1163292  -  354  arsenate reductase  YP_526374  normal  1  decreased coverage  0.0000000694318  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0901  CDS  NC_007912  1163480  1164781  +  1302  tRNA-processing RNAse BN  YP_526375  normal  0.562692  decreased coverage  0.000000115397  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0902  CDS  NC_007912  1165055  1165420  +  366  response regulator receiver domain-containing protein  YP_526376  normal  0.308515  decreased coverage  0.000000063687  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0903  CDS  NC_007912  1165507  1166772  +  1266  valine--pyruvate transaminase  YP_526377  normal  0.176446  decreased coverage  0.0000000925124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0904  CDS  NC_007912  1166827  1167381  -  555  gluconate kinase  YP_526378  normal  0.119231  decreased coverage  0.0000000668063  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0905  CDS  NC_007912  1167555  1168562  +  1008  LacI family transcription regulator  YP_526379  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0906  CDS  NC_007912  1168671  1171037  -  2367  NdvB protein  YP_526380  normal  1  decreased coverage  0.00000016442  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0907  CDS  NC_007912  1171148  1172764  -  1617  Na+/melibiose symporter and related transporters-like  YP_526381  decreased coverage  0.0000000225717  decreased coverage  0.000000181101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0908  CDS  NC_007912  1173172  1173699  -  528  soluble lytic murein transglycosylase-like  YP_526382  hitchhiker  0.000000000207022  decreased coverage  0.000000101863  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0909  CDS  NC_007912  1173752  1175479  -  1728  Pectate lyase/Amb allergen  YP_526383  hitchhiker  0.000725309  decreased coverage  0.000000181101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0910  CDS  NC_007912  1175627  1176094  +  468  Pectate lyase/Amb allergen  YP_526384  hitchhiker  0.000000231178  decreased coverage  0.0000000980143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0911  CDS  NC_007912  1176166  1176573  -  408  DNA-binding protein HU, putative  YP_526385  hitchhiker  0.0000000000000732094  decreased coverage  0.000000096145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0912  CDS  NC_007912  1177098  1177334  +  237  hypothetical protein  YP_526386  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  0.0000000881745  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0913  CDS  NC_007912  1177409  1179193  +  1785  aspartyl-tRNA synthetase  YP_526387  hitchhiker  0.00000000846052  decreased coverage  0.000000230652  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0914  CDS  NC_007912  1179342  1180571  +  1230  alanine racemase  YP_526388  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0915  CDS  NC_007912  1180564  1181562  +  999  biotin--(acetyl-CoA-carboxylase) ligase  YP_526389  normal  0.277179  decreased coverage  0.000000181101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0931  CDS  NC_007912  1203474  1204697  +  1224  elongation factor Tu  YP_526405  decreased coverage  0.000000100695  hitchhiker  0.00709672  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0942  CDS  NC_007912  1217531  1219840  +  2310  ribosomal protein L18  YP_526416  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0952  CDS  NC_007912  1234050  1236770  -  2721  ribosomal protein L17  YP_526426  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0972  CDS  NC_007912  1250998  1251303  +  306  30S ribosomal protein S14  YP_526446  decreased coverage  0.00000000120415  hitchhiker  0.000000929871  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0973  CDS  NC_007912  1251332  1251724  +  393  30S ribosomal protein S8  YP_526447  decreased coverage  0.0000000165521  hitchhiker  0.000000973471  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0981  CDS  NC_007912  1255660  1256016  +  357  30S ribosomal protein S13  YP_526455  decreased coverage  0.00000000000395911  hitchhiker  0.00390271  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0982  CDS  NC_007912  1256063  1256458  +  396  30S ribosomal protein S11  YP_526456  decreased coverage  0.000000000000271815  hitchhiker  0.00410898  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1009  CDS  NC_007912  1290773  1291030  +  258  50S ribosomal protein L27  YP_526483  decreased coverage  0.00000000000911893  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1025  CDS  NC_007912  1308169  1310433  +  2265  ribosomal protein S18  YP_526499  decreased coverage  0.00000586584  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1035  CDS  NC_007912  1323926  1324522  -  597  hypothetical protein  YP_526509  decreased coverage  0.000000000224269  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1135  CDS  NC_007912  1469959  1471590  +  1632  MSHA biogenesis protein MshL  YP_526609  decreased coverage  0.00664047  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1206  CDS  NC_007912  1550552  1550908  +  357  50S ribosomal protein L19  YP_526680  decreased coverage  0.000000437176  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1222  CDS  NC_007912  1569048  1570580  -  1533  spermidine synthase  YP_526696  decreased coverage  0.00106657  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1245  CDS  NC_007912  1596174  1597460  +  1287  enolase  YP_526719  decreased coverage  0.00208241  normal  0.787599  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1274  CDS  NC_007912  1633449  1634585  +  1137  Na+-transporting methylmalonyl-CoA/oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  YP_526748  decreased coverage  0.0000000453292  normal  0.267314  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1295  CDS  NC_007912  1684489  1685469  -  981  hypothetical protein  YP_526769  normal  1  decreased coverage  0.00733606  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1296  CDS  NC_007912  1685641  1686471  +  831  M24/M37 family peptidase  YP_526770  normal  0.492814  decreased coverage  0.0068339  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1297  CDS  NC_007912  1686568  1686759  +  192  acetoacetyl-CoA reductase  YP_526771  normal  0.199005  decreased coverage  0.00515811  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1298  CDS  NC_007912  1686771  1687127  +  357  thioredoxin  YP_526772  normal  0.393831  decreased coverage  0.00542424  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1301  CDS  NC_007912  1691477  1691671  +  195  carbon storage regulator  YP_526775  decreased coverage  0.000000000000114714  normal  0.0123865  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1302  CDS  NC_007912  1691995  1692459  -  465  methylglyoxal synthase  YP_526776  hitchhiker  0.000000000113114  decreased coverage  0.00562878  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1317  CDS  NC_007912  1707703  1710039  -  2337  RND efflux transporter  YP_526791  decreased coverage  0.00469095  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1372  CDS  NC_007912  1774935  1776437  -  1503  PepA aminopeptidase  YP_526846  decreased coverage  0.00219967  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1385  CDS  NC_007912  1789447  1789764  +  318  HesB/YadR/YfhF  YP_526859  decreased coverage  0.00000000550441  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1397  CDS  NC_007912  1809961  1812921  +  2961  nucleoside diphosphate kinase  YP_526871  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1421  CDS  NC_007912  1838804  1840531  -  1728  hypothetical protein  YP_526895  decreased coverage  0.00000284545  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1422  CDS  NC_007912  1840553  1841854  -  1302  ThiS, thiamine-biosynthesis  YP_526896  decreased coverage  0.00197001  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1485  CDS  NC_007912  1911176  1912108  -  933  transaldolase B  YP_526959  decreased coverage  0.000000000365093  normal  0.591576  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1486  CDS  NC_007912  1912338  1913333  -  996  tRNA-dihydrouridine synthase A  YP_526960  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1503  CDS  NC_007912  1936009  1938033  +  2025  ATPase  YP_526977  decreased coverage  0.0000259399  hitchhiker  0.000359173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1505  CDS  NC_007912  1939262  1940074  +  813  AraC family transcriptional regulator  YP_526979  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1515  CDS  NC_007912  1954421  1955377  -  957  hypothetical protein  YP_526989  decreased coverage  0.00396551  hitchhiker  0.000779576  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1516  CDS  NC_007912  1955429  1956334  -  906  response regulator receiver domain-containing protein  YP_526990  decreased coverage  0.000626051  hitchhiker  0.00569858  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1550  CDS  NC_007912  1995367  1996518  +  1152  AraC family transcriptional regulator  YP_527024  decreased coverage  0.0000434853  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1551  CDS  NC_007912  1996707  1997423  -  717  hypothetical protein  YP_527025  decreased coverage  0.00373978  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1592  CDS  NC_007912  2046241  2048712  +  2472  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  YP_527066  decreased coverage  0.000214692  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1605  CDS  NC_007912  2061835  2064000  +  2166  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  YP_527079  decreased coverage  0.000000436351  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1661  CDS  NC_007912  2129078  2130079  +  1002  AraC family transcriptional regulator  YP_527133  decreased coverage  0.00000000000279685  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1685  CDS  NC_007912  2154121  2154390  -  270  cold-shock DNA-binding protein family protein  YP_527157  decreased coverage  0.0000000000048024  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1688  CDS  NC_007912  2157406  2157624  -  219  translation initiation factor 1  YP_527160  decreased coverage  0.000000000000115833  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1739  CDS  NC_007912  2215131  2215742  +  612  hypothetical protein  YP_527211  decreased coverage  0.000033243  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1755  CDS  NC_007912  2240475  2243402  +  2928  hypothetical protein  YP_527227  decreased coverage  0.000113788  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1767  CDS  NC_007912  2254858  2256462  -  1605  NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na(+)-translocating, D subunit  YP_527239  decreased coverage  0.0000390302  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1768  CDS  NC_007912  2256588  2257271  -  684  GntR family transcriptional regulator  YP_527240  decreased coverage  0.000000893003  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1794  CDS  NC_007912  2285042  2285269  +  228  cold-shock DNA-binding protein family protein  YP_527266  decreased coverage  0.00000283022  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1876  CDS  NC_007912  2366984  2367490  +  507  cold shock protein  YP_527348  decreased coverage  0.0000000000000481999  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1879  CDS  NC_007912  2369962  2373468  +  3507  condensin subunit Smc  YP_527351  decreased coverage  0.00135504  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1897  CDS  NC_007912  2395595  2397052  -  1458  secretion protein HlyD  YP_527369  decreased coverage  0.00218638  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1902  CDS  NC_007912  2402435  2404207  +  1773  glutaminyl-tRNA synthetase  YP_527374  decreased coverage  0.0000991205  normal  1  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>