104 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Francci3_0002    NC_007777  2126  2485  +  360      decreased coverage  0.0000000669126  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0648  CDS  NC_007777  739854  740924  -  1071  PGAP1-like  YP_479761  decreased coverage  0.00162479  normal  0.67184  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_0678  CDS  NC_007777  774693  775391  -  699  succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit  YP_479791  decreased coverage  0.000352148  normal  0.0375147  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1083  CDS  NC_007777  1292146  1293414  -  1269  hypothetical protein  YP_480194  decreased coverage  0.000423957  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1145  CDS  NC_007777  1359611  1360288  +  678  single-stranded DNA-binding protein  YP_480253  decreased coverage  0.00600272  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1200  CDS  NC_007777  1433734  1434030  +  297  excisionase/Xis, DNA-binding  YP_480307  decreased coverage  0.00000791415  normal  0.674457  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1264  CDS  NC_007777  1510354  1511373  +  1020  heat-inducible transcription repressor  YP_480371  normal  1  decreased coverage  0.00809958  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1386  CDS  NC_007777  1665468  1666577  -  1110  AAA_3 ATPase associated with various cellular activities  YP_480492  decreased coverage  0.00566966  hitchhiker  0.00712673  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1396  CDS  NC_007777  1677230  1679914  -  2685  FAD dependent oxidoreductase  YP_480502  normal  0.330404  decreased coverage  0.000156595  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1397  CDS  NC_007777  1680059  1680802  -  744  spheroidene monooxygenase  YP_480503  normal  0.371333  decreased coverage  0.0000931715  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1398  CDS  NC_007777  1680799  1684758  -  3960  SARP family transcriptional regulator  YP_480504  normal  0.229363  decreased coverage  0.000262464  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1399  CDS  NC_007777  1685095  1685832  +  738  hypothetical protein  YP_480505  normal  0.692098  decreased coverage  0.000102515  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1409  CDS  NC_007777  1696137  1698149  +  2013  peptidoglycan glycosyltransferase  YP_480515  decreased coverage  0.00741927  normal  0.017677  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1412  CDS  NC_007777  1701307  1702374  +  1068  phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase  YP_480518  decreased coverage  0.000401372  normal  0.0710963  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1414  CDS  NC_007777  1703797  1705389  +  1593  cell cycle protein  YP_480520  decreased coverage  0.00165881  normal  0.0788928  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1415  CDS  NC_007777  1705393  1706523  +  1131  undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N- acetylglucosaminyltransferase  YP_480521  decreased coverage  0.00397845  normal  0.0733861  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1421  CDS  NC_007777  1712532  1713095  +  564  hypothetical protein  YP_480527  decreased coverage  0.00683826  normal  0.0780457  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1422  CDS  NC_007777  1713158  1713424  +  267  hypothetical protein  YP_480528  decreased coverage  0.00134439  normal  0.136409  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1435  CDS  NC_007777  1728853  1729056  -  204  hypothetical protein  YP_480541  decreased coverage  0.00776899  normal  0.0703421  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1450  CDS  NC_007777  1741613  1742602  +  990  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_480556  normal  1  decreased coverage  0.00757148  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1451  CDS  NC_007777  1742642  1743331  +  690  hypothetical protein  YP_480557  normal  1  decreased coverage  0.00674296  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1452  CDS  NC_007777  1743372  1744316  +  945  condensin subunit ScpA  YP_480558  normal  1  decreased coverage  0.00707471  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1453  CDS  NC_007777  1744313  1744888  +  576  condensin subunit ScpB  YP_480559  normal  1  decreased coverage  0.00683663  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1454  CDS  NC_007777  1744945  1745703  +  759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  YP_480560  normal  1  decreased coverage  0.00702616  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1455  CDS  NC_007777  1745728  1746840  +  1113  prephenate dehydrogenase  YP_480561  normal  1  decreased coverage  0.00804434  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1456  CDS  NC_007777  1746935  1747741  +  807  cytidylate kinase  YP_480562  normal  1  decreased coverage  0.00727375  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1457  CDS  NC_007777  1747738  1748565  +  828  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_480563  normal  0.414731  decreased coverage  0.00678964  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1458  CDS  NC_007777  1748701  1750164  +  1464  GTP-binding protein EngA  YP_480564  normal  0.961762  decreased coverage  0.00757148  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1459  CDS  NC_007777  1750531  1751115  -  585  hypothetical protein  YP_480565  normal  0.104155  decreased coverage  0.00669659  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1460  CDS  NC_007777  1751490  1752419  +  930  peptidase C60, sortase A and B  YP_480566  normal  0.20408  decreased coverage  0.00772893  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1461  CDS  NC_007777  1752952  1754052  +  1101  NLP/P60  YP_480567  normal  0.495869  decreased coverage  0.00837381  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1524  CDS  NC_007777  1824983  1826509  -  1527  hypothetical protein  YP_480629  decreased coverage  0.00211809  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1644  CDS  NC_007777  1977665  1978054  +  390  putative integral membrane protein  YP_480749  decreased coverage  0.00795689  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1691  CDS  NC_007777  2027254  2029413  +  2160  hypothetical protein  YP_480796  decreased coverage  0.0000698104  normal  0.329824  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1692  CDS  NC_007777  2029410  2030720  +  1311  hypothetical protein  YP_480797  decreased coverage  0.00000294566  normal  0.174078  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1698  CDS  NC_007777  2038724  2039674  -  951  hypothetical protein  YP_480803  normal  0.410804  decreased coverage  0.00215988  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1699  CDS  NC_007777  2040073  2040555  -  483  hypothetical protein  YP_480804  normal  0.141511  decreased coverage  0.0018329  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1700  CDS  NC_007777  2040707  2041102  +  396  hypothetical protein  YP_480805  normal  0.0232414  decreased coverage  0.00175201  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1701  CDS  NC_007777  2041129  2041665  -  537  hypothetical protein  YP_480806  normal  0.019004  decreased coverage  0.0019025  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1731  CDS  NC_007777  2066904  2067335  -  432  hypothetical protein  YP_480836  decreased coverage  0.000472333  normal  0.0606167  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1736  CDS  NC_007777  2070744  2072189  -  1446  type II secretion system protein E  YP_480841  decreased coverage  0.00343122  normal  0.149878  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1737  CDS  NC_007777  2072186  2073007  -  822  hypothetical protein  YP_480842  decreased coverage  0.00159012  normal  0.147089  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1784  CDS  NC_007777  2121348  2122412  -  1065  hypothetical protein  YP_480889  normal  1  decreased coverage  0.00707471  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1903  CDS  NC_007777  2236362  2236877  +  516  hypothetical protein  YP_481008  decreased coverage  0.00831928  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1905  CDS  NC_007777  2237735  2238547  -  813  lipolytic enzyme, G-D-S-L  YP_481010  decreased coverage  0.00675962  normal  0.682362  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1917  CDS  NC_007777  2251026  2251979  -  954  GntR family transcriptional regulator  YP_481022  decreased coverage  0.00000235972  normal  0.976548  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_1954  CDS  NC_007777  2295483  2296895  -  1413  hypothetical protein  YP_481058  decreased coverage  0.0082937  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2059  CDS  NC_007777  2423555  2424106  +  552  hypothetical protein  YP_481161  decreased coverage  0.00223204  normal  0.0587281  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2111  CDS  NC_007777  2477263  2478798  +  1536  monooxygenase, FAD-binding  YP_481212  decreased coverage  0.0054618  normal  0.499354  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2181  CDS  NC_007777  2555225  2556145  +  921  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_481280  decreased coverage  0.000966803  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2209  CDS  NC_007777  2583822  2584937  +  1116  molydopterin dinucleotide-binding region  YP_481307  decreased coverage  0.00644027  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2245  CDS  NC_007777  2618950  2620509  +  1560  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_481342  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2253  CDS  NC_007777  2630775  2631722  +  948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_481350  decreased coverage  0.000833121  hitchhiker  0.00553591  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2254  CDS  NC_007777  2631709  2632536  +  828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_481351  decreased coverage  0.000539502  hitchhiker  0.00573308  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2255  CDS  NC_007777  2632544  2633887  +  1344  ABC transporter related  YP_481352  decreased coverage  0.00103135  hitchhiker  0.00208025  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2283  CDS  NC_007777  2663745  2664266  +  522  TetR family transcriptional regulator  YP_481380  decreased coverage  0.000000171234  hitchhiker  0.000491617  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2287  CDS  NC_007777  2667079  2668008  -  930  amidohydrolase 2  YP_481384  hitchhiker  0.0025243  decreased coverage  0.0000165  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2288  CDS  NC_007777  2668112  2669722  +  1611  Fis family transcriptional regulator  YP_481385  decreased coverage  0.00288923  hitchhiker  0.000159352  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2289  CDS  NC_007777  2669805  2671262  -  1458  major facilitator transporter  YP_481386  decreased coverage  0.00392793  hitchhiker  0.000728467  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2300  CDS  NC_007777  2682410  2683447  +  1038  pentapeptide repeat-containing protein  YP_481397  decreased coverage  0.000752712  normal  0.0184634  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2389  CDS  NC_007777  2765207  2766571  -  1365  putative integral membrane protein  YP_481485  decreased coverage  0.00613681  normal  0.0209947  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2395  CDS  NC_007777  2773626  2774561  +  936  sulfotransferase  YP_481491  decreased coverage  0.009967  normal  0.0858519  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2413  CDS  NC_007777  2801029  2802267  -  1239  major facilitator transporter  YP_481509  decreased coverage  0.00423271  normal  0.219014  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2430  CDS  NC_007777  2823569  2824726  +  1158  acyl-CoA dehydrogenase-like  YP_481526  decreased coverage  0.000440313  normal  0.478447  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2431  CDS  NC_007777  2824931  2825329  +  399  NUDIX hydrolase  YP_481527  decreased coverage  0.00584965  normal  0.262781  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2458  CDS  NC_007777  2865698  2866798  -  1101  chalcone and stilbene synthases-like  YP_481554  decreased coverage  0.00155051  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2511  CDS  NC_007777  2966913  2967794  +  882  multicopper oxidase, type 3  YP_481607  decreased coverage  0.00579899  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2606  CDS  NC_007777  3077572  3078666  -  1095  Sec-independent protein translocase TatC  YP_481697  decreased coverage  0.000011186  normal  0.0868161  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2612  CDS  NC_007777  3082556  3083920  -  1365  hypothetical protein  YP_481703  decreased coverage  0.000110138  normal  0.164551  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2672  CDS  NC_007777  3154346  3155239  -  894  hypothetical protein  YP_481763  decreased coverage  0.00265419  normal  0.654981  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_2678  CDS  NC_007777  3165964  3166263  +  300  prevent-host-death protein  YP_481769  decreased coverage  0.00646262  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3135  CDS  NC_007777  3707484  3708947  +  1464  2-oxoglutarate dehydrogenase E2 component  YP_482221  decreased coverage  0.00928935  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3161  CDS  NC_007777  3740819  3741106  -  288  hypothetical protein  YP_482247  decreased coverage  0.00806303  normal  0.410647  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3162  CDS  NC_007777  3741465  3741803  +  339  hypothetical protein  YP_482248  decreased coverage  0.00846617  normal  0.426146  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3188  CDS  NC_007777  3777595  3778305  -  711  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  YP_482274  decreased coverage  0.000178171  normal  0.191395  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3189  CDS  NC_007777  3778339  3779814  -  1476  putative RNA-binding Sun protein  YP_482275  decreased coverage  0.000532749  normal  0.349925  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3192  CDS  NC_007777  3783523  3784719  -  1197  S-adenosylmethionine synthetase  YP_482278  decreased coverage  0.000568371  normal  0.539174  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3198  CDS  NC_007777  3788756  3792148  -  3393  carbamoyl phosphate synthase large subunit  YP_482284  decreased coverage  0.00397433  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3199  CDS  NC_007777  3792135  3793400  -  1266  carbamoyl phosphate synthase small subunit  YP_482285  decreased coverage  0.00261776  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3218  CDS  NC_007777  3812472  3813494  +  1023  GntR family transcriptional regulator  YP_482304  decreased coverage  0.00133147  normal  0.894655  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3285  CDS  NC_007777  3890885  3891781  -  897  K+ transporting ATPase, KdpC subunit  YP_482371  decreased coverage  0.00212969  normal  0.539174  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3305  CDS  NC_007777  3914294  3916366  -  2073  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  YP_482391  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3342  CDS  NC_007777  3965586  3966251  +  666  hypothetical protein  YP_482428  decreased coverage  0.00560307  normal  0.552399  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3347  CDS  NC_007777  3970801  3971091  +  291  hypothetical protein  YP_482433  decreased coverage  0.000459873  normal  0.229524  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3349  CDS  NC_007777  3971566  3972927  +  1362  hypothetical protein  YP_482435  decreased coverage  0.00321833  normal  0.277743  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3398  CDS  NC_007777  4028999  4030681  +  1683  cell divisionFtsK/SpoIIIE  YP_482481  decreased coverage  0.0000750555  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3410  CDS  NC_007777  4050547  4051671  -  1125  serine/threonine protein kinase  YP_482493  decreased coverage  0.00988586  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3566  CDS  NC_007777  4264778  4265491  +  714  hypothetical protein  YP_482647  decreased coverage  0.00683826  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3775  CDS  NC_007777  4523958  4524419  -  462  hypothetical protein  YP_482855  normal  1  decreased coverage  0.00175201  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3776  CDS  NC_007777  4524574  4525659  -  1086  alpha/beta hydrolase fold  YP_482856  normal  0.904669  decreased coverage  0.00241214  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3777  CDS  NC_007777  4525813  4527243  -  1431  gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase  YP_482857  normal  1  decreased coverage  0.00255775  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3797  CDS  NC_007777  4550253  4551740  +  1488  hypothetical protein  YP_482876  decreased coverage  0.00410976  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3810  CDS  NC_007777  4568871  4569851  -  981  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_482889  decreased coverage  0.00797726  normal  0.771866  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3820  CDS  NC_007777  4578408  4580264  +  1857  alkaline phosphatase  YP_482899  decreased coverage  0.00587129  normal  0.244243  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3821  CDS  NC_007777  4580534  4582363  +  1830  cytochrome-c oxidase  YP_482900  decreased coverage  0.00155592  normal  0.0385819  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_3835  CDS  NC_007777  4596531  4597277  +  747  hypothetical protein  YP_482914  normal  1  decreased coverage  0.00378444  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_4163  CDS  NC_007777  4965075  4965581  +  507  hypothetical protein  YP_483240  decreased coverage  0.00958107  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_4182  CDS  NC_007777  4986585  4987550  -  966  hypothetical protein  YP_483259  decreased coverage  0.00107655  normal  0.840561  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_4183  CDS  NC_007777  4987638  4988354  -  717  sigma-24  YP_483260  decreased coverage  0.000601717  normal  0.750213  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Francci3_4271  CDS  NC_007777  5095902  5096318  +  417  hypothetical protein  YP_483346  decreased coverage  0.000000446812  normal  1  Frankia sp. CcI3  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>