3286 genes were found for organism Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 33    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
DvMF_0001  CDS  NC_011769  1500  1497  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_002434431  n/a    normal  0.184051  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0002  CDS  NC_011769  1771  2325  555  transcriptional regulator, XRE family  YP_002434432  n/a    normal  0.138514  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0003  CDS  NC_011769  2583  4256  1674  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_002434433  n/a    normal  0.0974739  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0004  CDS  NC_011769  4555  6309  1755  protein of unknown function DUF181  YP_002434434  n/a    normal  0.0544869  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0005  CDS  NC_011769  6402  7196  795  methyltransferase small  YP_002434435  n/a    normal  0.125741  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0006  CDS  NC_011769  7599  8240  642  hypothetical protein  YP_002434436  n/a    normal  0.107828  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0007  CDS  NC_011769  9037  9444  408  protein of unknown function DUF302  YP_002434437  n/a    normal  0.120765  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0008  CDS  NC_011769  10369  10731  363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  YP_002434438  n/a    normal  0.0752856  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0009  CDS  NC_011769  10937  12919  1983  protein of unknown function DUF814  YP_002434439  n/a    normal  0.111959  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0010  CDS  NC_011769  13084  14547  1464  diguanylate phosphodiesterase  YP_002434440  n/a    normal  0.0508854  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0011  CDS  NC_011769  14550  15929  1380  serine dehydratase alpha chain  YP_002434441  n/a    normal  0.0204845  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0012  CDS  NC_011769  16161  17159  999  glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I  YP_002434442  n/a    normal  0.0116707  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0013  CDS  NC_011769  17181  18104  924  fructose-1,6-bisphosphate aldolase, class II  YP_002434443  n/a    normal  0.0162404  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0014  CDS  NC_011769  18759  21203  2445  hypothetical protein  YP_002434444  n/a    normal  0.0661545  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0015  CDS  NC_011769  21211  21834  624  peptidase C26  YP_002434445  n/a    normal  0.0676667  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0016  CDS  NC_011769  21831  22622  792  transferase, putative  YP_002434446  n/a    normal  0.0574328  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0017  CDS  NC_011769  22694  23458  765  Methyltransferase type 11  YP_002434447  n/a    normal  0.0407189  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0018  CDS  NC_011769  23462  24049  588  adenylylsulfate kinase  YP_002434448  n/a    normal  0.0647177  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0019  CDS  NC_011769  24087  25421  1335  hypothetical protein  YP_002434449  n/a    normal  0.154661  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0020  CDS  NC_011769  25558  26634  1077  hypothetical protein  YP_002434450  n/a    normal  0.0249917  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0021  CDS  NC_011769  26913  27722  810  stationary-phase survival protein SurE  YP_002434451  n/a    normal  0.0198928  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0022  CDS  NC_011769  28080  29165  1086  metal dependent phosphohydrolase  YP_002434452  n/a    normal  0.0126816  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0023  CDS  NC_011769  29224  29871  648  dTMP kinase  YP_002434453  n/a    normal  0.0182529  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0024  CDS  NC_011769  29953  31272  1320  histone deacetylase superfamily  YP_002434454  n/a    normal  0.0263374  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0025  CDS  NC_011769  31317  32003  687  protein of unknown function DUF1121  YP_002434455  n/a    normal  0.0228107  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0026  CDS  NC_011769  32239  34368  2130  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  YP_002434456  n/a    normal  0.0502559  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0027  CDS  NC_011769  34593  36311  1719  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  YP_002434457  n/a    normal  0.173161  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0028  CDS  NC_011769  36449  37012  564  hypothetical protein  YP_002434458  n/a    normal  0.126815  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0029  CDS  NC_011769  37215  37841  627  hypothetical protein  YP_002434459  n/a    normal  0.137824  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0030  CDS  NC_011769  38598  38939  342  hypothetical protein  YP_002434460  n/a    normal  0.18476  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0031  CDS  NC_011769  39238  39513  276  hypothetical protein  YP_002434461  n/a    normal  0.138594  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0032  CDS  NC_011769  39790  41526  1737  diguanylate cyclase  YP_002434462  n/a    normal  0.183562  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0033    NC_011769  41647  43079  1433      n/a    normal  0.194842  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0034  CDS  NC_011769  43413  45029  1617  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  YP_002434463  n/a    normal  0.677331  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0035  CDS  NC_011769  45068  46282  1215  efflux transporter, RND family, MFP subunit  YP_002434464  n/a    normal  0.792697  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0036  CDS  NC_011769  46313  49459  3147  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  YP_002434465  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0037  CDS  NC_011769  49462  50142  681  hypothetical protein  YP_002434466  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0038  CDS  NC_011769  50269  51414  1146  protein of unknown function DUF140  YP_002434467  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0039  CDS  NC_011769  51411  52319  909  ABC transporter related  YP_002434468  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0040  CDS  NC_011769  52319  53302  984  Mammalian cell entry related domain protein  YP_002434469  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0041  CDS  NC_011769  53446  54039  594  protein of unknown function DUF330  YP_002434470  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0042  CDS  NC_011769  54126  55274  1149  diguanylate cyclase  YP_002434471  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0043  CDS  NC_011769  57479  59059  1581  hypothetical protein  YP_002434472  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0044  CDS  NC_011769  59166  59999  834  hypothetical protein  YP_002434473  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0045  CDS  NC_011769  60152  61366  1215  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  YP_002434474  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0046  CDS  NC_011769  61659  62561  903  ornithine carbamoyltransferase  YP_002434475  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0047  CDS  NC_011769  62630  63835  1206  argininosuccinate synthase  YP_002434476  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0048  CDS  NC_011769  63998  65380  1383  argininosuccinate lyase  YP_002434477  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0049  CDS  NC_011769  65645  66274  630  hypothetical protein  YP_002434478  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0050  CDS  NC_011769  66553  66819  267  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_002434479  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0051  CDS  NC_011769  67046  67840  795  extracellular solute-binding protein family 3  YP_002434480  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0052  CDS  NC_011769  68597  68755  159  hypothetical protein  YP_002434481  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0053  CDS  NC_011769  69339  70088  750  hypothetical protein  YP_002434482  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0054  CDS  NC_011769  70353  70790  438  hypothetical protein  YP_002434483  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0055  CDS  NC_011769  71779  73794  2016  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_002434484  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0056  CDS  NC_011769  73791  74789  999  dihydropteroate synthase  YP_002434485  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0057  CDS  NC_011769  74789  75532  744  protein of unknown function DUF147  YP_002434486  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0058  CDS  NC_011769  75535  76434  900  YbbR family protein  YP_002434487  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0059  CDS  NC_011769  76660  78012  1353  phosphoglucosamine mutase  YP_002434488  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0060  CDS  NC_011769  78141  79016  876  UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase  YP_002434489  n/a    normal  0.858271  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0061  CDS  NC_011769  79119  81539  2421  primosomal protein N'  YP_002434490  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0062  CDS  NC_011769  81573  81740  168  hypothetical protein  YP_002434491  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0063  CDS  NC_011769  81899  82291  393  response regulator receiver protein  YP_002434492  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0064  CDS  NC_011769  82288  84084  1797  histidine kinase  YP_002434493  n/a    normal  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0065  CDS  NC_011769  84586  85872  1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_002434494  n/a    normal  0.709413  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0066  CDS  NC_011769  86413  87576  1164  Polysulphide reductase NrfD  YP_002434495  n/a    normal  0.411771  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0067  CDS  NC_011769  87588  88367  780  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_002434496  n/a    normal  0.49081  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0068  CDS  NC_011769  88367  88747  381  cytochrome c family protein  YP_002434497  n/a    normal  0.424004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0069  CDS  NC_011769  88750  90360  1611  reductase, iron-sulfur binding subunit, putative  YP_002434498  n/a    normal  0.481368  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0070  CDS  NC_011769  90370  91377  1008  Nitrate reductase gamma subunit  YP_002434499  n/a    normal  0.289973  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0071  CDS  NC_011769  91393  91938  546  hypothetical protein  YP_002434500  n/a    normal  0.233632  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0072  CDS  NC_011769  92367  93407  1041  hypothetical protein  YP_002434501  n/a    normal  0.576324  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0073  CDS  NC_011769  93530  94480  951  protein of unknown function DUF45  YP_002434502  n/a    normal  0.658711  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0074  CDS  NC_011769  94764  96050  1287  sulfate adenylyltransferase  YP_002434503  n/a    normal  0.548613  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0075  CDS  NC_011769  97231  97602  372  30S ribosomal protein S12  YP_002434504  n/a    normal  0.392906  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0076  CDS  NC_011769  97618  98088  471  30S ribosomal protein S7  YP_002434505  n/a    normal  0.342647  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0077  CDS  NC_011769  98107  100182  2076  elongation factor G  YP_002434506  n/a    normal  0.252939  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0078  CDS  NC_011769  100967  101284  318  30S ribosomal protein S10  YP_002434507  n/a    normal  0.0955651  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0079  CDS  NC_011769  101297  101926  630  50S ribosomal protein L3  YP_002434508  n/a    normal  0.145283  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0080  CDS  NC_011769  101945  102565  621  50S ribosomal protein L4  YP_002434509  n/a    normal  0.186923  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0081  CDS  NC_011769  102577  102867  291  50S ribosomal protein L23  YP_002434510  n/a    normal  0.158855  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0082  CDS  NC_011769  102871  103701  831  50S ribosomal protein L2  YP_002434511  n/a    normal  0.173583  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0083  CDS  NC_011769  103711  103992  282  30S ribosomal protein S19  YP_002434512  n/a    normal  0.0974328  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0084  CDS  NC_011769  104005  104343  339  50S ribosomal protein L22  YP_002434513  n/a    normal  0.100288  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0085  CDS  NC_011769  104347  104988  642  30S ribosomal protein S3  YP_002434514  n/a    normal  0.0561951  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0086  CDS  NC_011769  104988  105401  414  50S ribosomal protein L16  YP_002434515  n/a    normal  0.0391105  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0087  CDS  NC_011769  105403  105588  186  50S ribosomal protein L29  YP_002434516  n/a    normal  0.0344032  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0088  CDS  NC_011769  105593  105859  267  30S ribosomal protein S17  YP_002434517  n/a    normal  0.0650166  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0089  CDS  NC_011769  105869  106237  369  50S ribosomal protein L14  YP_002434518  n/a    normal  0.0890299  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0090  CDS  NC_011769  106248  106571  324  50S ribosomal protein L24  YP_002434519  n/a    normal  0.0661954  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0091  CDS  NC_011769  106583  107122  540  50S ribosomal protein L5  YP_002434520  n/a    normal  0.0564705  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0092  CDS  NC_011769  107135  107320  186  30S ribosomal protein S14  YP_002434521  n/a    normal  0.0813012  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0093  CDS  NC_011769  107339  107719  381  30S ribosomal protein S8  YP_002434522  n/a    normal  0.0407651  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0094  CDS  NC_011769  107729  108265  537  50S ribosomal protein L6  YP_002434523  n/a    normal  0.0429315  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0095  CDS  NC_011769  108280  108639  360  50S ribosomal protein L18  YP_002434524  n/a    normal  0.0507743  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0096  CDS  NC_011769  108658  109149  492  30S ribosomal protein S5  YP_002434525  n/a    normal  0.0990487  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0097  CDS  NC_011769  109159  109329  171  50S ribosomal protein L30  YP_002434526  n/a    normal  0.108985  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0098  CDS  NC_011769  109329  109778  450  50S ribosomal protein L15  YP_002434527  n/a    normal  0.0741055  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0099  CDS  NC_011769  109782  111095  1314  preprotein translocase subunit SecY  YP_002434528  n/a    normal  0.0986849  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
DvMF_0100  CDS  NC_011769  111097  111891  795  methionine aminopeptidase, type I  YP_002434529  n/a    normal  0.150888  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 33    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>