1095 genes were found for organism Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 11    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Vapar_5303  CDS  NC_012792  3  926  -  924  protein of unknown function DUF6 transmembrane  YP_002947171  normal  0.73277  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5304  CDS  NC_012792  1034  1903  +  870  transcriptional regulator, LysR family  YP_002947172  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5305  CDS  NC_012792  1922  2476  -  555  flavin reductase domain protein FMN-binding  YP_002947173  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5306  CDS  NC_012792  2491  3756  -  1266  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  YP_002947174  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5307  CDS  NC_012792  3892  4428  +  537  transcriptional regulator, MarR family  YP_002947175  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5308  CDS  NC_012792  4453  5406  +  954  transcriptional regulator, LysR family  YP_002947176  normal  0.459598  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5309  CDS  NC_012792  5407  6468  -  1062  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_002947177  normal  0.203818  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5310  CDS  NC_012792  6474  7343  -  870  Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  YP_002947178  normal  0.123777  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5311  CDS  NC_012792  7378  8355  -  978  amidohydrolase 2  YP_002947179  normal  0.523586  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5312  CDS  NC_012792  8621  9997  +  1377  major facilitator superfamily MFS_1  YP_002947180  normal  0.104662  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5313  CDS  NC_012792  10044  10319  -  276  hypothetical protein  YP_002947181  normal  0.0714485  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5314  CDS  NC_012792  10828  13662  +  2835  Putative membrane protein involved in toxin uptake  YP_002947182  normal  0.17847  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5315  CDS  NC_012792  13771  14154  -  384  hypothetical protein  YP_002947183  normal  0.23919  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5316  CDS  NC_012792  14305  15024  -  720  GntR domain protein  YP_002947184  normal  0.173644  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5317  CDS  NC_012792  15199  16074  +  876  amidohydrolase 2  YP_002947185  normal  0.372386  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5318  CDS  NC_012792  16081  17607  +  1527  ABC transporter related  YP_002947186  normal  0.398307  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5319  CDS  NC_012792  17625  18653  +  1029  inner-membrane translocator  YP_002947187  normal  0.300421  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5320  CDS  NC_012792  18683  19630  +  948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  YP_002947188  normal  0.940655  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5321  CDS  NC_012792  19652  20932  +  1281  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  YP_002947189  normal  0.963683  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5322  CDS  NC_012792  20962  21738  +  777  short chain dehydrogenase  YP_002947190  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5323  CDS  NC_012792  21787  22116  +  330  protein of unknown function DUF718  YP_002947191  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5324  CDS  NC_012792  22362  23636  +  1275  hypothetical protein  YP_002947192  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5325  CDS  NC_012792  23699  24490  -  792  transcriptional regulator, GntR family  YP_002947193  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5326  CDS  NC_012792  24710  25480  +  771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_002947194  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5327  CDS  NC_012792  25522  26490  +  969  hypothetical protein  YP_002947195  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5328  CDS  NC_012792  26548  27795  +  1248  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  YP_002947196  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5329  CDS  NC_012792  27804  28952  +  1149  galactonate dehydratase  YP_002947197  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5330  CDS  NC_012792  29001  30029  +  1029  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  YP_002947198  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5331  CDS  NC_012792  30064  30645  +  582  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  YP_002947199  normal  0.991967  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5332  CDS  NC_012792  30642  31922  +  1281  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  YP_002947200  normal  0.456248  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5333  CDS  NC_012792  31945  32982  +  1038  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  YP_002947201  normal  0.0397204  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5334  CDS  NC_012792  33261  35933  +  2673  pyruvate dehydrogenase subunit E1  YP_002947202  normal  0.0482103  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5335  CDS  NC_012792  35942  37222  +  1281  catalytic domain of components of various dehydrogenase complexes  YP_002947203  normal  0.126679  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5336  CDS  NC_012792  37236  39008  +  1773  dihydrolipoamide dehydrogenase  YP_002947204  normal  0.110925  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5337  CDS  NC_012792  39018  39812  +  795  alpha/beta hydrolase fold protein  YP_002947205  normal  0.0345321  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5338  CDS  NC_012792  39830  42115  +  2286  malic enzyme  YP_002947206  normal  0.121995  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5339  CDS  NC_012792  42129  43526  +  1398  C4-dicarboxylate transporter DctA  YP_002947207  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5340  CDS  NC_012792  43559  44893  +  1335  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_002947208  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5341  CDS  NC_012792  44941  46125  +  1185  acetyl-CoA acetyltransferase  YP_002947209  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5342  CDS  NC_012792  46165  46920  +  756  acetoacetyl-CoA reductase  YP_002947210  normal  0.684648  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5343  CDS  NC_012792  46931  47605  +  675  hypothetical protein  YP_002947211  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5344  CDS  NC_012792  47640  49475  +  1836  histidine kinase  YP_002947212  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5345  CDS  NC_012792  49472  50839  +  1368  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  YP_002947213  normal  0.464024  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5346  CDS  NC_012792  50849  52066  -  1218  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_002947214  normal  0.400198  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5347  CDS  NC_012792  52071  52388  -  318  Rieske (2Fe-2S) domain protein  YP_002947215  normal  0.210101  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5348  CDS  NC_012792  52397  52867  -  471  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  YP_002947216  normal  0.0824141  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5349  CDS  NC_012792  52869  54134  -  1266  Rieske (2Fe-2S) domain protein  YP_002947217  normal  0.0454164  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5350  CDS  NC_012792  54263  55177  +  915  transcriptional regulator, LysR family  YP_002947218  normal  0.57185  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5351  CDS  NC_012792  55264  55974  +  711  ChaC family protein  YP_002947219  normal  0.755468  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5352  CDS  NC_012792  55991  57631  -  1641  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_002947220  normal  0.89737  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5353  CDS  NC_012792  57661  58251  -  591  DSBA oxidoreductase  YP_002947221  normal  0.39652  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5354  CDS  NC_012792  58410  59150  +  741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_002947222  normal  0.495414  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5355  CDS  NC_012792  59161  60147  +  987  2-nitropropane dioxygenase NPD  YP_002947223  normal  0.660089  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5356  CDS  NC_012792  60182  61960  -  1779  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  YP_002947224  normal  0.253086  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5357  CDS  NC_012792  61977  63161  -  1185  acetyl-CoA acetyltransferase  YP_002947225  normal  0.284642  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5358  CDS  NC_012792  63473  64063  +  591  transcriptional regulator, TetR family  YP_002947226  normal  0.25838  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5359  CDS  NC_012792  64112  64582  +  471  transcriptional regulator, MarR family  YP_002947227  normal  0.157923  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5360  CDS  NC_012792  64592  66061  -  1470  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  YP_002947228  normal  0.22613  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5361  CDS  NC_012792  66166  66783  +  618  transcriptional regulator, TetR family  YP_002947229  normal  0.296046  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5362  CDS  NC_012792  66868  67983  +  1116  efflux transporter, RND family, MFP subunit  YP_002947230  normal  0.0864007  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5363  CDS  NC_012792  67980  71057  +  3078  acriflavin resistance protein  YP_002947231  normal  0.0668408  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5364  CDS  NC_012792  71099  71911  +  813  short chain dehydrogenase  YP_002947232  normal  0.778802  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5365  CDS  NC_012792  71946  72857  +  912  transcriptional regulator, LysR family  YP_002947233  normal  0.853701  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5366  CDS  NC_012792  72914  73144  +  231  SpoVT/AbrB domain protein  YP_002947234  normal  0.511901  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5367  CDS  NC_012792  73233  75200  -  1968  acetate/CoA ligase  YP_002947235  normal  0.657438  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5368  CDS  NC_012792  75252  76160  -  909  (Acyl-carrier-protein) S-malonyltransferase  YP_002947236  normal  0.188134  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5369  CDS  NC_012792  76157  77020  -  864  Triphosphoribosyl-dephospho-CoA synthase  YP_002947237  normal  0.193045  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5370  CDS  NC_012792  77017  77706  -  690  holo-ACP synthase, malonate decarboxylase-specific  YP_002947238  normal  0.0548916  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5371  CDS  NC_012792  77724  78425  -  702  malonate decarboxylase, gamma subunit  YP_002947239  normal  0.0278339  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5372  CDS  NC_012792  78440  79318  -  879  malonate decarboxylase subunit beta  YP_002947240  decreased coverage  0.00542603  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5373  CDS  NC_012792  79315  79647  -  333  malonate decarboxylase acyl carrier protein  YP_002947241  hitchhiker  0.00827947  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5374  CDS  NC_012792  79662  81344  -  1683  malonate decarboxylase, alpha subunit  YP_002947242  normal  0.0394956  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5375  CDS  NC_012792  81354  82118  -  765  malonate transporter, MadM subunit  YP_002947243  normal  0.0760178  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5376  CDS  NC_012792  82124  82540  -  417  malonate transporter, MadL subunit  YP_002947244  normal  0.0540357  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5377  CDS  NC_012792  82670  83584  -  915  transcriptional regulator, LysR family  YP_002947245  normal  0.0439251  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5378  CDS  NC_012792  83698  84723  +  1026  transcriptional regulator, AraC family  YP_002947246  normal  0.0235204  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5379  CDS  NC_012792  84737  85924  -  1188  Extracellular ligand-binding receptor  YP_002947247  normal  0.115103  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5380  CDS  NC_012792  86114  87376  +  1263  Carboxymethylenebutenolidase  YP_002947248  normal  0.204007  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5381  CDS  NC_012792  87373  88338  +  966  ferredoxin  YP_002947249  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5382  CDS  NC_012792  88355  89671  +  1317  Rieske (2Fe-2S) domain protein  YP_002947250  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5383  CDS  NC_012792  89668  90156  +  489  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  YP_002947251  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5384  CDS  NC_012792  90153  90752  +  600  isochorismatase hydrolase  YP_002947252  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5385  CDS  NC_012792  90749  91537  +  789  short chain dehydrogenase  YP_002947253  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5386  CDS  NC_012792  91558  92532  -  975  hypothetical protein  YP_002947254  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5387  CDS  NC_012792  92578  93840  -  1263  hypothetical protein  YP_002947255  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5388  CDS  NC_012792  93958  94857  +  900  transcriptional regulator, LysR family  YP_002947256  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5389  CDS  NC_012792  95239  95508  -  270  hypothetical protein  YP_002947257  normal  0.989821  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5390  CDS  NC_012792  95492  96067  -  576  DNA polymerase beta domain protein region  YP_002947258  normal  0.536785  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5391    NC_012792  96364  96567  -  204      normal  0.653651  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5392    NC_012792  96576  96699  -  124      normal  0.619468  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5393    NC_012792  96920  97018  -  99      normal  0.38481  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5394    NC_012792  97017  97247  +  231      normal  0.635574  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5395  CDS  NC_012792  97506  98423  +  918  beta-lactamase domain protein  YP_002947259  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5396  CDS  NC_012792  98524  99003  +  480  alkylhydroperoxidase like protein, AhpD family  YP_002947260  normal  0.598481  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5397  CDS  NC_012792  99421  99654  +  234  hypothetical protein  YP_002947261  normal  0.478102  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5398  CDS  NC_012792  99699  100451  +  753  hypothetical protein  YP_002947262  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5399  CDS  NC_012792  100465  102225  +  1761  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  YP_002947263  normal  0.690827  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5400    NC_012792  102396  102593  +  198      normal  0.865201  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5401  CDS  NC_012792  102814  105534  +  2721  transcriptional regulator, winged helix family  YP_002947264  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5402  CDS  NC_012792  105525  108230  -  2706  transcriptional regulator, winged helix family  YP_002947265  normal  1  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 11    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>