2866 genes were found for organism Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 29    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Mpal_0001  CDS  NC_011832  442  1704  +  1263  orc1/cdc6 family replication initiation protein  YP_002465120  normal  1  decreased coverage  0.00890369  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0002  CDS  NC_011832  1710  2201  +  492  transcriptional regulator, AsnC family  YP_002465121  normal  1  decreased coverage  0.00778678  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0003  CDS  NC_011832  2211  3377  +  1167  aminotransferase class I and II  YP_002465122  normal  1  decreased coverage  0.00871395  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0004  CDS  NC_011832  3462  4652  +  1191  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  YP_002465123  normal  1  decreased coverage  0.0090313  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0005  CDS  NC_011832  4632  5513  -  882  Methyltransferase type 11  YP_002465124  normal  1  normal  0.0234268  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0006  CDS  NC_011832  5616  6044  +  429  hypothetical protein  YP_002465125  normal  1  normal  0.0464153  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0007  CDS  NC_011832  6074  6778  +  705  hypothetical protein  YP_002465126  normal  1  normal  0.102674  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0008  CDS  NC_011832  6775  7011  +  237  hypothetical protein  YP_002465127  normal  1  normal  0.0935929  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0009  CDS  NC_011832  7020  9212  -  2193  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  YP_002465128  normal  1  normal  0.0630863  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0010  CDS  NC_011832  9209  9484  -  276  glutaredoxin  YP_002465129  normal  1  normal  0.0851893  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0011  CDS  NC_011832  9632  11077  +  1446  polysaccharide biosynthesis protein  YP_002465130  normal  1  normal  0.099852  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0012  CDS  NC_011832  11118  11657  +  540  2'-5' RNA ligase  YP_002465131  normal  1  normal  0.0833472  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0013  CDS  NC_011832  11654  13051  +  1398  tRNA CCA-pyrophosphorylase  YP_002465132  normal  1  normal  0.099852  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0014  CDS  NC_011832  13052  13390  -  339  nitrogen regulatory protein P-II  YP_002465133  normal  1  normal  0.0394648  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0015  CDS  NC_011832  13725  14768  +  1044  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  YP_002465134  normal  0.84393  normal  0.0442191  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0016  CDS  NC_011832  14797  15705  +  909  protein of unknown function DUF6 transmembrane  YP_002465135  normal  1  normal  0.0401705  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0017  CDS  NC_011832  15751  16326  +  576  Methyltransferase type 11  YP_002465136  normal  0.677573  normal  0.0406571  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0018  CDS  NC_011832  16309  18897  -  2589  SMC domain protein  YP_002465137  normal  1  normal  0.0623828  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0019  CDS  NC_011832  18897  20213  -  1317  metallophosphoesterase  YP_002465138  normal  1  normal  0.044517  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0020  CDS  NC_011832  20269  20454  -  186  4-oxalocrotonate tautomerase  YP_002465139  normal  1  normal  0.074634  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0021  CDS  NC_011832  20571  21878  +  1308  protein of unknown function DUF21  YP_002465140  normal  1  normal  0.099852  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0022  CDS  NC_011832  21872  22828  -  957  ribonuclease HIII  YP_002465141  normal  1  normal  0.094163  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0023  CDS  NC_011832  22847  23440  -  594  hypothetical protein  YP_002465142  normal  1  normal  0.0930619  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0024  CDS  NC_011832  23437  24669  -  1233  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  YP_002465143  normal  1  normal  0.105485  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0025  CDS  NC_011832  24806  24997  +  192  hypothetical protein  YP_002465144  normal  1  normal  0.293859  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0026  CDS  NC_011832  25052  25909  -  858  cysteine-rich small domain protein  YP_002465145  normal  1  normal  0.325796  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0027  CDS  NC_011832  25906  26268  -  363  oxygen-sensitive ribonucleoside-triphosphate reductase-like protein  YP_002465146  normal  1  normal  0.308872  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0028  CDS  NC_011832  26366  27016  -  651  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  YP_002465147  normal  0.684856  normal  0.332219  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0029  CDS  NC_011832  27009  27944  -  936  putative deoxyhypusine synthase  YP_002465148  normal  1  normal  0.55506  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0030  CDS  NC_011832  28010  29257  -  1248  domain of unknown function DUF1743  YP_002465149  normal  1  normal  0.574702  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0031  CDS  NC_011832  29307  30218  +  912  transcriptional regulator, XRE family  YP_002465150  normal  1  normal  0.497237  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0032  CDS  NC_011832  30275  31930  +  1656  thermosome  YP_002465151  normal  1  normal  0.810485  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0033  CDS  NC_011832  32102  32386  -  285  hypothetical protein  YP_002465152  normal  1  normal  0.686342  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0034  CDS  NC_011832  32383  32853  -  471  hypothetical protein  YP_002465153  normal  1  normal  0.713161  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0035  CDS  NC_011832  32950  34512  -  1563  hypothetical protein  YP_002465154  normal  1  normal  0.891717  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0036  CDS  NC_011832  34749  35093  -  345  CutA1 divalent ion tolerance protein  YP_002465155  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0037  CDS  NC_011832  35199  36347  +  1149  aminotransferase class I and II  YP_002465156  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0038  CDS  NC_011832  36344  37633  +  1290  diaminopimelate decarboxylase  YP_002465157  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0039  CDS  NC_011832  37653  38933  +  1281  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  YP_002465158  normal  1  normal  0.858141  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0040  CDS  NC_011832  39098  40081  +  984  DNA repair and recombination protein RadA  YP_002465159  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0041  CDS  NC_011832  40075  40776  +  702  SPP-like hydrolase  YP_002465160  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0042  CDS  NC_011832  40832  41092  -  261  PRC-barrel domain protein  YP_002465161  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0043  CDS  NC_011832  41324  41509  -  186  hypothetical protein  YP_002465162  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0044  CDS  NC_011832  41593  42543  +  951  Ion transport 2 domain protein  YP_002465163  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0045    NC_011832  42839  44558  +  1720      normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0046  CDS  NC_011832  44619  45104  +  486  ATP-binding region ATPase domain protein  YP_002465164  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0047  CDS  NC_011832  45210  48152  +  2943  signal transduction histidine kinase  YP_002465165  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0048  CDS  NC_011832  48165  48932  +  768  putative PAS/PAC sensor protein  YP_002465166  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0049  CDS  NC_011832  49008  51887  +  2880  HEAT domain containing protein  YP_002465167  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0050  CDS  NC_011832  52349  53446  +  1098  Radical SAM domain protein  YP_002465168  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0051    NC_011832  53582  53764  +  183      normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0052  CDS  NC_011832  53800  54249  -  450  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_002465169  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0053  CDS  NC_011832  54621  57527  -  2907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  YP_002465170  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0054  CDS  NC_011832  57747  58625  -  879  putative signal transduction protein with CBS domains  YP_002465171  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0055  CDS  NC_011832  58680  59618  -  939  Protein of unknown function DUF1119  YP_002465172  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0056  CDS  NC_011832  59630  59944  +  315  hypothetical protein  YP_002465173  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0057  CDS  NC_011832  59946  60947  +  1002  flap endonuclease-1  YP_002465174  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0058  CDS  NC_011832  61115  62860  +  1746  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  YP_002465175  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0059  CDS  NC_011832  63095  64531  -  1437  major facilitator superfamily MFS_1  YP_002465176  normal  0.976428  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0060  CDS  NC_011832  64993  65877  +  885  periplasmic copper-binding  YP_002465177  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0061  CDS  NC_011832  66504  66776  +  273  hypothetical protein  YP_002465178  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0062  CDS  NC_011832  67237  68025  +  789  hypothetical protein  YP_002465179  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0063  CDS  NC_011832  68089  68748  -  660  hypothetical protein  YP_002465180  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0064  CDS  NC_011832  69264  69842  +  579  putative transcriptional regulator  YP_002465181  normal  0.348632  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0065  CDS  NC_011832  69936  70529  -  594  CDP-alcohol phosphatidyltransferase  YP_002465182  normal  0.364844  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0066  CDS  NC_011832  70526  71038  -  513  hypothetical protein  YP_002465183  normal  0.357604  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0067  CDS  NC_011832  71035  72090  -  1056  histidinol-phosphate aminotransferase  YP_002465184  normal  0.23686  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0068  CDS  NC_011832  72074  73201  -  1128  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  YP_002465185  normal  0.413029  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0069  CDS  NC_011832  73224  74141  -  918  GMP synthase subunit B  YP_002465186  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0070  CDS  NC_011832  74161  75738  -  1578  CTP synthetase  YP_002465187  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0071  CDS  NC_011832  75794  76234  -  441  thioesterase superfamily protein  YP_002465188  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0072  CDS  NC_011832  76296  76535  +  240  hypothetical protein  YP_002465189  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0073  CDS  NC_011832  76683  77381  +  699  glycosyl transferase family 2  YP_002465190  normal  1  normal  1  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0074  CDS  NC_011832  77378  79183  +  1806  Tetratricopeptide TPR_4  YP_002465191  normal  1  normal  0.959881  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0075  CDS  NC_011832  79164  80471  +  1308  putative ATP/GTP binding protein  YP_002465192  normal  1  normal  0.858141  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0076  CDS  NC_011832  80663  81397  -  735  thymidylate synthase, methanogen type  YP_002465193  normal  1  normal  0.527741  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0077  CDS  NC_011832  81600  81800  -  201  hypothetical protein  YP_002465194  normal  1  normal  0.482766  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0078  CDS  NC_011832  81844  85548  +  3705  Carbohydrate binding family 6  YP_002465195  normal  1  normal  0.511687  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0079  CDS  NC_011832  85636  88365  -  2730  signal transduction histidine kinase  YP_002465196  normal  1  normal  0.130581  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0080  CDS  NC_011832  88512  89123  -  612  translation initiation factor IF-2 subunit beta  YP_002465197  normal  1  normal  0.0971382  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0081  CDS  NC_011832  89214  91295  +  2082  phosphoribosylformylglycinamidine synthase II  YP_002465198  normal  1  normal  0.239309  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0082  CDS  NC_011832  91416  92411  -  996  ketol-acid reductoisomerase  YP_002465199  normal  0.562426  normal  0.207631  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0083  CDS  NC_011832  92538  93491  +  954  GTP cyclohydrolase  YP_002465200  normal  0.0946746  normal  0.213046  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0084  CDS  NC_011832  93948  95315  +  1368  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  YP_002465201  decreased coverage  0.0042117  normal  0.0638209  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0085  CDS  NC_011832  95326  95871  +  546  coenzyme F420-reducing hydrogenase delta subunit  YP_002465202  normal  0.0501687  normal  0.0549727  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0086  CDS  NC_011832  96044  96805  +  762  coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma  YP_002465203  normal  0.0290511  normal  0.0588594  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0087  CDS  NC_011832  96811  97686  +  876  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  YP_002465204  normal  0.127818  normal  0.061617  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0088  CDS  NC_011832  97793  98620  -  828  TPR repeat-containing protein  YP_002465205  normal  1  normal  0.124171  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0089  CDS  NC_011832  98743  99387  +  645  SNARE associated Golgi protein  YP_002465206  normal  1  normal  0.061617  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0090  CDS  NC_011832  99620  100897  +  1278  natural resistance-associated macrophage protein  YP_002465207  normal  1  normal  0.0692094  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0091  CDS  NC_011832  100894  101100  +  207  hypothetical protein  YP_002465208  normal  1  normal  0.0533616  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0092  CDS  NC_011832  101115  102392  +  1278  MgtE intracellular region  YP_002465209  normal  1  normal  0.0286357  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0093  CDS  NC_011832  102671  104206  +  1536  Nitrogenase  YP_002465210  normal  1  normal  0.061617  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0094  CDS  NC_011832  104203  105555  +  1353  Nitrogenase  YP_002465211  normal  1  normal  0.062022  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0095  CDS  NC_011832  105806  106705  +  900  Nitrogenase  YP_002465212  normal  1  normal  0.0228262  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0096  CDS  NC_011832  106856  107104  +  249  hypothetical protein  YP_002465213  normal  1  normal  0.0442191  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0097  CDS  NC_011832  107219  107443  +  225  hypothetical protein  YP_002465214  normal  1  normal  0.0436933  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0098  CDS  NC_011832  107705  108448  +  744  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_002465215  normal  1  normal  0.0190566  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0099    NC_011832  108553  110904  -  2352      normal  1  normal  0.0665284  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Mpal_0100  CDS  NC_011832  111410  116413  -  5004  PKD domain containing protein  YP_002465216  normal  1  normal  0.107112  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea 
 
 
-
 
Page 1 of 29    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>