4313 genes were found for organism Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 44    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
YPK_0001  CDS  NC_010465  37  1389  +  1353  chromosomal replication initiation protein  YP_001718768  hitchhiker  0.00000634969  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0002  CDS  NC_010465  1394  2494  +  1101  DNA polymerase III subunit beta  YP_001718769  normal  0.020055  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0003  CDS  NC_010465  2667  3752  +  1086  recombination protein F  YP_001718770  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0004  CDS  NC_010465  3772  6186  +  2415  DNA gyrase subunit B  YP_001718771  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0005  CDS  NC_010465  6402  7211  +  810  sugar phosphatase  YP_001718772  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0006  CDS  NC_010465  7529  7696  +  168  hypothetical protein  YP_001718773  normal  0.349884  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0007  CDS  NC_010465  7806  8759  -  954  ornithine cyclodeaminase  YP_001718774  normal  0.337644  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0008  CDS  NC_010465  8753  9715  -  963  hypothetical protein  YP_001718775  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0009  CDS  NC_010465  9923  11224  +  1302  hypothetical protein  YP_001718776  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0010  CDS  NC_010465  11264  11602  -  339  hypothetical protein  YP_001718777  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0011  CDS  NC_010465  11970  12383  +  414  heat shock protein IbpA  YP_001718778  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0012  CDS  NC_010465  12664  13128  +  465  heat shock chaperone IbpB  YP_001718779  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0013  CDS  NC_010465  13501  15159  +  1659  hypothetical protein  YP_001718780  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0014  CDS  NC_010465  15272  16642  -  1371  valine--pyruvate transaminase  YP_001718781  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0015  CDS  NC_010465  16993  17436  -  444  hypothetical protein  YP_001718782  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0016  CDS  NC_010465  17850  19913  -  2064  periplasmic alpha-amylase precursor  YP_001718783  normal  0.24938  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0017  CDS  NC_010465  20183  21163  -  981  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  YP_001718784  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0018  CDS  NC_010465  21718  22362  +  645  putative transcriptional regulator  YP_001718785  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0019  CDS  NC_010465  22493  23152  -  660  putative outer membrane lipoprotein  YP_001718786  normal  0.45375  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0020  CDS  NC_010465  23510  23965  -  456  hypothetical protein  YP_001718787  normal  0.142061  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0021  CDS  NC_010465  23962  24534  -  573  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_001718788  normal  0.092391  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0022  CDS  NC_010465  24881  25795  +  915  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_001718789  normal  0.535702  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0023  CDS  NC_010465  25805  27874  +  2070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_001718790  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0024  CDS  NC_010465  28022  28252  +  231  hypothetical protein  YP_001718791  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0025  CDS  NC_010465  28347  29066  +  720  putative lipoprotein  YP_001718792  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0026  CDS  NC_010465  29548  31479  +  1932  PTS system, mannitol-specific IIC subunit  YP_001718793  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0027  CDS  NC_010465  31616  32779  +  1164  mannitol-1-phosphate 5-dehydrogenase  YP_001718794  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0028  CDS  NC_010465  32986  33540  +  555  mannitol repressor protein  YP_001718795  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0029  CDS  NC_010465  33619  33741  +  123  hypothetical protein  YP_001718796  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0030  CDS  NC_010465  33789  34145  +  357  hypothetical protein  YP_001718797  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0031  CDS  NC_010465  34308  34784  -  477  hypothetical protein  YP_001718798  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0032  CDS  NC_010465  35145  35240  +  96  hypothetical protein  YP_001718799  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0033  CDS  NC_010465  35316  35600  -  285  hypothetical protein  YP_001718800  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0034  CDS  NC_010465  35838  37787  -  1950  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001718801  normal  0.38678  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0035  CDS  NC_010465  38131  38754  -  624  superoxide dismutase  YP_001718802  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0036  CDS  NC_010465  39189  40013  -  825  formate dehydrogenase accessory protein  YP_001718803  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0037  CDS  NC_010465  40210  40797  +  588  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  YP_001718804  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0038  CDS  NC_010465  40846  43257  +  2412  formate dehydrogenase, alpha subunit  YP_001718805  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0039  CDS  NC_010465  43270  44241  +  972  formate dehydrogenase, beta subunit  YP_001718806  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0040  CDS  NC_010465  44238  44912  +  675  formate dehydrogenase-O subunit gamma  YP_001718807  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0041  CDS  NC_010465  44912  45841  +  930  formate dehydrogenase accessory protein FdhE  YP_001718808  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0042  CDS  NC_010465  46025  47413  +  1389  selenocysteine synthase  YP_001718809  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0043  CDS  NC_010465  47410  49383  +  1974  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  YP_001718810  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0044  CDS  NC_010465  50142  50474  +  333  hypothetical protein  YP_001718811  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0045  CDS  NC_010465  50488  51036  -  549  hypothetical protein  YP_001718812  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0046  CDS  NC_010465  51024  51209  -  186  hypothetical protein  YP_001718813  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0047  CDS  NC_010465  51330  51533  +  204  hypothetical protein  YP_001718814  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0048  CDS  NC_010465  51682  52911  -  1230  major facilitator transporter  YP_001718815  normal  0.848234  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0049  CDS  NC_010465  53310  53477  +  168  hypothetical protein  YP_001718816  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0050  CDS  NC_010465  53772  54764  +  993  acyltransferase 3  YP_001718817  normal  0.490753  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0051  CDS  NC_010465  55655  56212  +  558  fimbrial protein  YP_001718818  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0052  CDS  NC_010465  56288  58786  +  2499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  YP_001718819  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0053  CDS  NC_010465  58879  59646  +  768  pili assembly chaperone  YP_001718820  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0054  CDS  NC_010465  59685  60671  +  987  fimbrial protein  YP_001718821  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0055  CDS  NC_010465  60770  62224  -  1455  xylulokinase  YP_001718822  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0056  CDS  NC_010465  62348  63667  -  1320  xylose isomerase  YP_001718823  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0057  CDS  NC_010465  64130  65125  +  996  D-xylose transporter subunit XylF  YP_001718824  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0058  CDS  NC_010465  65333  66865  +  1533  xylose transporter ATP-binding subunit  YP_001718825  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0059  CDS  NC_010465  66852  68036  +  1185  monosaccharide-transporting ATPase  YP_001718826  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0060  CDS  NC_010465  68126  69319  +  1194  AraC family transcriptional regulator  YP_001718827  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0061  CDS  NC_010465  69706  70896  +  1191  integrase family protein  YP_001718828  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0062  CDS  NC_010465  71077  72345  +  1269  hypothetical protein  YP_001718829  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0063  CDS  NC_010465  72381  73151  -  771  hypothetical protein  YP_001718830  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0064  CDS  NC_010465  73144  74259  -  1116  hypothetical protein  YP_001718831  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0065  CDS  NC_010465  74300  75067  -  768  N4/N6-methyltransferase family protein  YP_001718832  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0066  CDS  NC_010465  75549  75815  +  267  transposase IS3/IS911 family protein  YP_001718833  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0067  CDS  NC_010465  75893  76648  +  756  integrase catalytic region  YP_001718834  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0068  CDS  NC_010465  76836  77594  -  759  ABC transporter related  YP_001718835  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0069  CDS  NC_010465  77591  78598  -  1008  transport system permease protein  YP_001718836  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0070  CDS  NC_010465  78588  79547  -  960  transport system permease protein  YP_001718837  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0071  CDS  NC_010465  79557  80510  -  954  periplasmic binding protein  YP_001718838  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0072  CDS  NC_010465  81033  82277  -  1245  hypothetical protein  YP_001718839  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0073  CDS  NC_010465  82279  83208  -  930  hypothetical protein  YP_001718840  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0074  CDS  NC_010465  83291  83839  -  549  adenine phosphoribosyltransferase  YP_001718841  normal  0.654407  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0075  CDS  NC_010465  83832  84155  -  324  pyridoxal-phosphate dependent protein  YP_001718842  normal  0.560403  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0076  CDS  NC_010465  84883  86574  +  1692  urocanate hydratase  YP_001718843  normal  0.64597  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0077  CDS  NC_010465  86571  88103  +  1533  histidine ammonia-lyase  YP_001718844  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0078  CDS  NC_010465  88470  89873  +  1404  amino acid permease-associated region  YP_001718845  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0079  CDS  NC_010465  90341  91804  +  1464  hypothetical protein  YP_001718846  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0080  CDS  NC_010465  92315  94006  +  1692  phosphoethanolamine transferase  YP_001718847  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0081  CDS  NC_010465  94122  94712  +  591  two component LuxR family transcriptional regulator  YP_001718848  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0082  CDS  NC_010465  94709  96238  +  1530  sensory histidine kinase UhpB  YP_001718849  normal  0.908057  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0083  CDS  NC_010465  96333  97664  +  1332  regulatory protein UhpC  YP_001718850  normal  0.644662  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0085  CDS  NC_010465  98170  99561  +  1392  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  YP_001718851  normal  0.741703  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0086  CDS  NC_010465  99670  101433  +  1764  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  YP_001718852  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0087  CDS  NC_010465  101493  101699  +  207  hypothetical protein  YP_001718853  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0088  CDS  NC_010465  102102  103709  +  1608  4-phytase  YP_001718854  normal  0.534677  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0089  CDS  NC_010465  103992  105011  +  1020  dipeptide transporter permease DppB  YP_001718855  normal  0.297234  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0090  CDS  NC_010465  105022  105924  +  903  dipeptide transporter  YP_001718856  normal  0.448882  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0091  CDS  NC_010465  105938  106918  +  981  dipeptide transporter ATP-binding subunit  YP_001718857  normal  0.887805  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0092  CDS  NC_010465  106915  107991  +  1077  dipeptide transporter ATP-binding subunit  YP_001718858  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0093  CDS  NC_010465  108109  109224  +  1116  endo-1,4-D-glucanase  YP_001718859  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0094  CDS  NC_010465  109369  111555  +  2187  biofilm formation regulator HmsP  YP_001718860  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0095  CDS  NC_010465  112196  112900  +  705  oligogalacturonate-specific porin  YP_001718861  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0096  CDS  NC_010465  113146  114864  +  1719  Pectate lyase  YP_001718862  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0097  CDS  NC_010465  114989  115468  +  480  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  YP_001718863  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0098  CDS  NC_010465  115940  117229  +  1290  C4-dicarboxylate transporter DctA  YP_001718864  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0099  CDS  NC_010465  117291  117407  -  117  hypothetical protein  YP_001718865  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0100  CDS  NC_010465  117594  119093  +  1500  peptidase M16 domain-containing protein  YP_001718866  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
YPK_0101  CDS  NC_010465  119257  120201  -  945  ribokinase-like domain-containing protein  YP_001718867  normal  1  n/a    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 44    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>