2612 genes were found for organism Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 27    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Dret_0001  CDS  NC_013223  31  321  +  291  hypothetical protein  YP_003196881  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0002  CDS  NC_013223  703  1515  +  813  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  YP_003196882  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0003  CDS  NC_013223  1715  2137  -  423  hypothetical protein  YP_003196883  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0004  CDS  NC_013223  2671  3615  +  945  parB-like partition protein  YP_003196884  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0005  CDS  NC_013223  3740  4756  +  1017  rfaE bifunctional protein  YP_003196885  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0006  CDS  NC_013223  4842  7070  +  2229  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  YP_003196886  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0007  CDS  NC_013223  7122  7817  +  696  cell division ATP-binding protein FtsE  YP_003196887  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0008  CDS  NC_013223  7814  8689  +  876  protein of unknown function DUF214  YP_003196888  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0009  CDS  NC_013223  8770  10440  +  1671  dihydroxy-acid dehydratase  YP_003196889  normal  0.961342  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0010  CDS  NC_013223  10491  11237  +  747  Methyltransferase type 11  YP_003196890  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0011  CDS  NC_013223  11297  12538  -  1242  molybdenum cofactor synthesis domain protein  YP_003196891  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0012  CDS  NC_013223  12543  13250  -  708  Fe-S cluster domain protein  YP_003196892  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0013  CDS  NC_013223  13779  15038  +  1260  histidyl-tRNA synthetase  YP_003196893  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0014  CDS  NC_013223  15251  17059  +  1809  aspartyl-tRNA synthetase  YP_003196894  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0015  CDS  NC_013223  17076  17579  +  504  peptide deformylase  YP_003196895  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0016  CDS  NC_013223  17561  18529  +  969  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_003196896  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0017  CDS  NC_013223  18603  19499  +  897  protein of unknown function DUF116  YP_003196897  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0018  CDS  NC_013223  19568  20857  +  1290  NusB/RsmB/TIM44  YP_003196898  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0019  CDS  NC_013223  20979  21893  -  915  dihydroorotate dehydrogenase family protein  YP_003196899  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0020  CDS  NC_013223  21893  22672  -  780  Dihydroorotate dehydrogenase, electron transfer subunit, iron-sulphur cluster binding domain protein  YP_003196900  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0021  CDS  NC_013223  22750  24351  -  1602  SMC domain protein  YP_003196901  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0022  CDS  NC_013223  24475  25167  -  693  hypothetical protein  YP_003196902  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0023  CDS  NC_013223  25202  25597  +  396  protein of unknown function UPF0047  YP_003196903  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0024  CDS  NC_013223  25691  27022  -  1332  metal dependent phosphohydrolase  YP_003196904  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0025  CDS  NC_013223  27177  28058  +  882  periplasmic solute binding protein  YP_003196905  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0026  CDS  NC_013223  28055  28876  +  822  ABC transporter related  YP_003196906  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0027  CDS  NC_013223  28876  29703  +  828  ABC-3 protein  YP_003196907  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0028  CDS  NC_013223  30016  31941  +  1926  TonB-dependent receptor  YP_003196908  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0029  CDS  NC_013223  31973  32836  +  864  periplasmic binding protein  YP_003196909  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0030  CDS  NC_013223  32833  32988  +  156  hypothetical protein  YP_003196910  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0031  CDS  NC_013223  33426  34427  +  1002  transport system permease protein  YP_003196911  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0032  CDS  NC_013223  34415  35209  +  795  ABC transporter related  YP_003196912  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0033  CDS  NC_013223  35457  36686  -  1230  major facilitator superfamily MFS_1  YP_003196913  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0034  CDS  NC_013223  37283  39274  +  1992  alpha amylase catalytic region  YP_003196914  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0035  CDS  NC_013223  39394  42723  +  3330  trehalose synthase  YP_003196915  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0036  CDS  NC_013223  42778  44685  +  1908  1,4-alpha-glucan branching enzyme  YP_003196916  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0037  CDS  NC_013223  44682  46526  +  1845  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  YP_003196917  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0038  CDS  NC_013223  47020  49443  +  2424  glycoside hydrolase family 57  YP_003196918  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0039  CDS  NC_013223  49440  52169  +  2730  malto-oligosyltrehalose synthase  YP_003196919  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0040  CDS  NC_013223  52417  52566  +  150  hypothetical protein  YP_003196920  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0041  CDS  NC_013223  52682  54190  +  1509  4-alpha-glucanotransferase  YP_003196921  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0042  CDS  NC_013223  54631  56523  +  1893  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_003196922  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0043  CDS  NC_013223  57308  59257  +  1950  threonyl-tRNA synthetase  YP_003196923  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0044  CDS  NC_013223  59229  59750  +  522  translation initiation factor IF-3  YP_003196924  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0045  CDS  NC_013223  59859  60056  +  198  ribosomal protein L35  YP_003196925  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0046  CDS  NC_013223  60097  60450  +  354  ribosomal protein L20  YP_003196926  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0047  CDS  NC_013223  60452  61504  +  1053  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_003196927  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0048  CDS  NC_013223  61966  64362  +  2397  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_003196928  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0049  CDS  NC_013223  64806  65099  +  294  hypothetical protein  YP_003196929  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0050  CDS  NC_013223  65099  65701  +  603  protein of unknown function DUF340 membrane  YP_003196930  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0051  CDS  NC_013223  66118  66459  -  342  transcriptional regulator, MerR family  YP_003196931  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0052  CDS  NC_013223  66804  67232  -  429  hypothetical protein  YP_003196932  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0053  CDS  NC_013223  67565  68833  +  1269  putative PAS/PAC sensor protein  YP_003196933  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0054  CDS  NC_013223  69042  70058  +  1017  hypothetical protein  YP_003196934  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0055  CDS  NC_013223  70510  71709  -  1200  sulphate transporter  YP_003196935  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0056  CDS  NC_013223  73677  74741  -  1065  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  YP_003196936  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0057  CDS  NC_013223  74991  76643  -  1653  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  YP_003196937  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0058  CDS  NC_013223  77169  77591  -  423  CBS domain containing membrane protein  YP_003196938  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0059  CDS  NC_013223  77997  79796  +  1800  Extracellular ligand-binding receptor  YP_003196939  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0060  CDS  NC_013223  80362  81225  -  864  beta-lactamase domain protein  YP_003196940  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0061  CDS  NC_013223  81586  82419  +  834  Rhodanese domain protein  YP_003196941  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0062  CDS  NC_013223  82462  82578  +  117  hypothetical protein  YP_003196942  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0063  CDS  NC_013223  82604  82747  +  144  hypothetical protein  YP_003196943  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0064  CDS  NC_013223  82862  83926  +  1065  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  YP_003196944  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0065  CDS  NC_013223  84795  85904  +  1110  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase family protein  YP_003196945  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0066  CDS  NC_013223  86168  86707  -  540  Ferritin Dps family protein  YP_003196946  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0067  CDS  NC_013223  86664  87353  -  690  hypothetical protein  YP_003196947  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0068  CDS  NC_013223  87655  89748  -  2094  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  YP_003196948  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0069  CDS  NC_013223  89885  90511  -  627  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  YP_003196949  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0070  CDS  NC_013223  91055  91342  +  288  cysteine-rich small domain protein  YP_003196950  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0071  CDS  NC_013223  92311  92799  +  489  DctQ (C4-dicarboxylate permease, small subunit)  YP_003196951  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0072  CDS  NC_013223  92792  94090  +  1299  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  YP_003196952  normal  0.625979  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0073  CDS  NC_013223  94117  95109  +  993  Extracellular solute-binding protein  YP_003196953  normal  0.303636  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0074  CDS  NC_013223  95582  97477  -  1896  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  YP_003196954  normal  0.384971  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0075  CDS  NC_013223  97749  98843  +  1095  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  YP_003196955  normal  0.509191  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0076  CDS  NC_013223  99320  102208  -  2889  DEAD/DEAH box helicase domain protein  YP_003196956  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0077  CDS  NC_013223  102208  103581  -  1374  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  YP_003196957  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0078  CDS  NC_013223  103606  105033  -  1428  histidine kinase  YP_003196958  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0079  CDS  NC_013223  105309  106487  -  1179  aminotransferase class I and II  YP_003196959  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0080  CDS  NC_013223  106922  107356  +  435  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_003196960  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0081  CDS  NC_013223  107346  109112  +  1767  Aldehyde ferredoxin oxidoreductase  YP_003196961  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0082  CDS  NC_013223  109380  112220  +  2841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  YP_003196962  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0083  CDS  NC_013223  112305  114560  -  2256  DNA topoisomerase I  YP_003196963  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0084  CDS  NC_013223  114610  115548  +  939  GTP-binding protein Era  YP_003196964  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0085  CDS  NC_013223  115576  116283  +  708  alanine racemase domain protein  YP_003196965  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0086  CDS  NC_013223  116843  117577  -  735  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  YP_003196966  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0087  CDS  NC_013223  117707  119569  +  1863  Lytic transglycosylase catalytic  YP_003196967  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0088  CDS  NC_013223  119747  120562  -  816  shikimate 5-dehydrogenase  YP_003196968  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0089  CDS  NC_013223  120640  121197  -  558  Pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase  YP_003196969  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0090  CDS  NC_013223  121194  121964  -  771  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  YP_003196970  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0091  CDS  NC_013223  121957  123036  -  1080  2-ketoisovalerate ferredoxin reductase  YP_003196971  normal  0.649908  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0092  CDS  NC_013223  123026  123268  -  243  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_003196972  normal  0.84715  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0093  CDS  NC_013223  123460  124551  -  1092  S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase  YP_003196973  normal  0.762772  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0094  CDS  NC_013223  124913  125872  +  960  hypothetical protein  YP_003196974  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0095  CDS  NC_013223  126452  128056  +  1605  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  YP_003196975  normal  0.360671  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0096  CDS  NC_013223  128053  129630  +  1578  histidine kinase  YP_003196976  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0097  CDS  NC_013223  129627  130973  +  1347  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  YP_003196977  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0098  CDS  NC_013223  131134  133569  +  2436  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding  YP_003196978  normal  1  normal  0.567979  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0099  CDS  NC_013223  133739  134851  +  1113  dual specificity protein phosphatase  YP_003196979  normal  1  normal  1  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0100  CDS  NC_013223  135040  136242  -  1203  cysteine desulfurase NifS  YP_003196980  normal  1  normal  0.873822  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 27    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>