3800 genes were found for organism Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 38    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Sked_00010  CDS  NC_013521  137  1609  +  1473  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_003312814  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00020  CDS  NC_013521  2337  3467  +  1131  DNA polymerase III, beta subunit  YP_003312815  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00030  CDS  NC_013521  3488  4387  +  900  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  YP_003312816  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00040  CDS  NC_013521  4478  5722  +  1245  DNA replication and repair protein RecF  YP_003312817  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00050  CDS  NC_013521  5715  6305  +  591  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  YP_003312818  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00060  CDS  NC_013521  6601  8652  +  2052  DNA gyrase subunit B  YP_003312819  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00070  CDS  NC_013521  8751  11402  +  2652  DNA gyrase subunit A  YP_003312820  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00080  CDS  NC_013521  11399  12226  +  828  hypothetical protein  YP_003312821  normal  0.615947  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00090  tRNA  NC_013521  12347  12420  +  74  tRNA-Ile    normal  0.387136  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00100  CDS  NC_013521  12449  12568  +  120  hypothetical protein  YP_003312822  normal  0.293953  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00110  tRNA  NC_013521  12597  12672  +  76  tRNA-Ala    normal  0.288269  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00120  CDS  NC_013521  12888  13967  -  1080  hypothetical protein  YP_003312823  normal  0.472033  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00130  CDS  NC_013521  14114  14653  +  540  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase) - cyclophilin family  YP_003312824  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00140  CDS  NC_013521  14683  15543  +  861  uncharacterized membrane protein  YP_003312825  normal  0.322641  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00150  CDS  NC_013521  15777  16046  -  270  Uncharacteriszd protein family (UPF0233)  YP_003312826  normal  0.28114  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00160  CDS  NC_013521  16140  16892  +  753  hypothetical protein  YP_003312827  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00170  CDS  NC_013521  17031  17666  +  636  glutamine amidotransferase of anthranilate synthase or aminodeoxychorismate synthase  YP_003312828  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00180  CDS  NC_013521  17792  19867  -  2076  serine/threonine protein kinase  YP_003312829  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00190  CDS  NC_013521  19867  21858  -  1992  serine/threonine protein kinase  YP_003312830  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00200  CDS  NC_013521  21855  23324  -  1470  cell elongation-specific peptidoglycan D,D-transpeptidase  YP_003312831  normal  0.765368  normal  0.710729  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00210  CDS  NC_013521  23321  24874  -  1554  cell elongation-specific peptidoglycan biosynthesis regulator RodA  YP_003312832  normal  0.545954  normal  0.347866  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00220  CDS  NC_013521  24874  26397  -  1524  serine/threonine protein phosphatase  YP_003312833  normal  1  normal  0.682874  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00230  CDS  NC_013521  26401  26883  -  483  FHA domain-containing protein  YP_003312834  normal  0.853372  normal  0.575645  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00240  CDS  NC_013521  26894  27613  -  720  FHA domain-containing protein  YP_003312835  normal  1  normal  0.599107  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00250  tRNA  NC_013521  27810  27892  +  83  tRNA-Leu    normal  0.427381  normal  0.701235  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00260  CDS  NC_013521  28099  29250  -  1152  glycerol dehydrogenase-like oxidoreductase  YP_003312836  normal  0.952088  normal  0.866411  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00270  CDS  NC_013521  29452  30024  +  573  hypothetical protein  YP_003312837  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00280  CDS  NC_013521  30115  30306  +  192  hypothetical protein  YP_003312838  normal  1  normal  0.925094  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00290  CDS  NC_013521  30319  31254  -  936  hypothetical protein  YP_003312839  normal  1  normal  0.787751  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00300  CDS  NC_013521  31390  31851  -  462  hypothetical protein  YP_003312840  normal  1  normal  0.930468  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00310  CDS  NC_013521  31977  33110  -  1134  flavin-dependent oxidoreductase, F420-dependent methylene-tetrahydromethanopterin reductase  YP_003312841  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00320  CDS  NC_013521  33111  33566  -  456  hypothetical protein  YP_003312842  normal  1  normal  0.520743  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00330  CDS  NC_013521  33710  34624  +  915  transcriptional regulator  YP_003312843  normal  1  normal  0.531846  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00340  CDS  NC_013521  35100  35666  +  567  protein-tyrosine-phosphatase  YP_003312844  normal  1  normal  0.662786  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00350  CDS  NC_013521  35695  37146  -  1452  PQQ enzyme repeat-containing protein  YP_003312845  normal  0.631932  normal  0.780906  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00360  CDS  NC_013521  37359  38606  +  1248  hypothetical protein  YP_003312846  normal  0.973936  normal  0.426065  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00370  CDS  NC_013521  38603  39775  +  1173  aminotransferase  YP_003312847  normal  1  normal  0.394696  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00380  CDS  NC_013521  39882  40559  +  678  uncharacterized membrane-associated protein  YP_003312848  normal  1  normal  0.157749  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00390  CDS  NC_013521  40731  40880  +  150  hypothetical protein  YP_003312849  normal  1  normal  0.059073  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00400  CDS  NC_013521  40877  41269  +  393  hypothetical protein  YP_003312850  normal  1  normal  0.0374839  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00410  CDS  NC_013521  41385  42245  +  861  PEP phosphonomutase-like enzyme  YP_003312851  normal  1  normal  0.0254511  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00420  CDS  NC_013521  42313  43866  +  1554  DNA-3-methyladenine glycosylase II /DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase /Transcriptional regulator Ada  YP_003312852  normal  1  normal  0.0163249  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00430  CDS  NC_013521  43858  44340  -  483  transcriptional regulator  YP_003312853  normal  0.788816  normal  0.0203884  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00440  CDS  NC_013521  44443  45015  +  573  predicted dinucleotide-binding enzyme  YP_003312854  normal  0.30391  normal  0.0353921  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00450  CDS  NC_013521  45119  46165  -  1047  Zn-dependent alcohol dehydrogenase  YP_003312855  normal  0.147294  normal  0.0391491  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00470  CDS  NC_013521  46593  49595  +  3003  glycine dehydrogenase (decarboxylating) alpha subunit /glycine dehydrogenase (decarboxylating) beta subunit  YP_003312856  normal  0.515169  normal  0.0639882  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00480    NC_013521  49592  49648  +  57      normal  0.329706  normal  0.168469  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00490  CDS  NC_013521  49666  50811  +  1146  aminomethyltransferase  YP_003312857  normal  1  normal  0.155954  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00500  CDS  NC_013521  50871  51242  +  372  glycine cleavage system H protein  YP_003312858  normal  0.745408  normal  0.125042  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00510    NC_013521  51599  51952  +  354      normal  0.985517  normal  0.127266  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00520  CDS  NC_013521  51966  52403  +  438  ADP-ribose pyrophosphatase  YP_003312859  normal  1  normal  0.129301  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00530  CDS  NC_013521  52436  53884  -  1449  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  YP_003312860  normal  0.191096  normal  0.164201  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00540  CDS  NC_013521  54170  55243  +  1074  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  YP_003312861  normal  0.916603  normal  0.105126  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00550  CDS  NC_013521  55287  56102  -  816  predicted transcriptional regulator  YP_003312862  normal  1  normal  0.100515  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00560  CDS  NC_013521  56337  56714  -  378  hypothetical protein  YP_003312863  normal  1  normal  0.0959102  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00570  CDS  NC_013521  56824  57708  -  885  sugar phosphate isomerase/epimerase  YP_003312864  normal  1  normal  0.170304  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00580  CDS  NC_013521  57806  60163  -  2358  methionine synthase (B12-independent)  YP_003312865  normal  1  normal  0.162859  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00590  CDS  NC_013521  60175  61239  -  1065  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  YP_003312866  normal  1  normal  0.0768874  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00600  CDS  NC_013521  61358  62254  -  897  glycosyl transferase  YP_003312867  normal  1  normal  0.0724725  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00610  CDS  NC_013521  62251  62838  -  588  hypothetical protein  YP_003312868  normal  1  normal  0.0641734  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00620  CDS  NC_013521  62924  63463  -  540  hypothetical protein  YP_003312869  normal  0.970266  normal  0.067715  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00630  CDS  NC_013521  63539  64294  -  756  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  YP_003312870  normal  1  normal  0.110321  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00640  CDS  NC_013521  64427  65656  +  1230  N-acetylglucosamine 6-phosphate deacetylase  YP_003312871  normal  1  normal  0.2787  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00650  CDS  NC_013521  65670  67091  -  1422  N-acetyl-beta-hexosaminidase  YP_003312872  normal  0.735936  normal  0.194133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00660  CDS  NC_013521  67181  68338  +  1158  transcriptional regulator/sugar kinase  YP_003312873  normal  1  normal  0.182982  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00670  CDS  NC_013521  68448  69230  +  783  glucosamine-6-phosphate isomerase  YP_003312874  normal  0.898664  normal  0.115582  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00680  CDS  NC_013521  69227  70159  +  933  transcriptional regulator/sugar kinase  YP_003312875  normal  1  normal  0.0728022  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00690  CDS  NC_013521  70213  71208  -  996  flavin-dependent oxidoreductase, F420-dependent methylene-tetrahydromethanopterin reductase  YP_003312876  normal  0.889784  normal  0.0731127  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00700  CDS  NC_013521  71383  72261  +  879  hypothetical protein  YP_003312877  normal  1  normal  0.0671171  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00710  CDS  NC_013521  72407  73870  -  1464  arabinose efflux permease family protein  YP_003312878  normal  0.909323  normal  0.190181  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00720  CDS  NC_013521  74030  74491  +  462  transcriptional regulator  YP_003312879  normal  0.322851  normal  0.322899  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00730  CDS  NC_013521  74662  75549  +  888  formate/nitrite transporter family protein  YP_003312880  normal  0.802131  normal  0.255605  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00740  CDS  NC_013521  75662  76147  +  486  hypothetical protein  YP_003312881  normal  1  normal  0.337181  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00750  CDS  NC_013521  76131  76835  -  705  predicted membrane protein  YP_003312882  normal  1  normal  0.152082  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00760  CDS  NC_013521  76920  77522  -  603  methyltransferase family protein  YP_003312883  normal  1  normal  0.226135  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00770  CDS  NC_013521  77555  79678  -  2124  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  YP_003312884  normal  1  normal  0.233657  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00780  CDS  NC_013521  79992  80627  -  636  hypothetical protein  YP_003312885  normal  0.520548  normal  0.241125  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00790  CDS  NC_013521  80702  82015  -  1314  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  YP_003312886  normal  0.312494  normal  0.191801  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00800  CDS  NC_013521  82054  82872  -  819  ABC-type sugar transport system, permease component  YP_003312887  normal  0.0202358  normal  0.254652  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00810  CDS  NC_013521  82872  83789  -  918  permease component of ABC-type sugar transporter  YP_003312888  normal  0.0124807  normal  0.184811  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00820  CDS  NC_013521  84037  85008  +  972  phosphate/sulfate permease  YP_003312889  decreased coverage  0.00395878  normal  0.1241  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00830  CDS  NC_013521  85146  85619  +  474  hypothetical protein  YP_003312890  normal  0.0645901  normal  0.105938  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00840  CDS  NC_013521  85629  86762  -  1134  uroporphyrinogen-III synthase  YP_003312891  normal  0.0880377  normal  0.206146  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00850  CDS  NC_013521  86759  87781  -  1023  uroporphyrin-III C-methyltransferase  YP_003312892  normal  0.653671  normal  0.580236  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00860  CDS  NC_013521  87785  90427  -  2643  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  YP_003312893  normal  0.746396  normal  0.810673  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00870  CDS  NC_013521  90691  91101  +  411  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  YP_003312894  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00880  CDS  NC_013521  91098  91853  +  756  hypothetical protein  YP_003312895  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00890  CDS  NC_013521  91915  92070  +  156  hypothetical protein  YP_003312896  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00900  CDS  NC_013521  92159  93397  +  1239  amidohydrolase, imidazolonepropionase  YP_003312897  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00910  CDS  NC_013521  93411  94004  +  594  acetyltransferase, ribosomal protein N-acetylase  YP_003312898  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00920  CDS  NC_013521  94098  94526  +  429  hypothetical protein  YP_003312899  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00930  CDS  NC_013521  94603  95181  +  579  acetyltransferase (isoleucine patch superfamily)  YP_003312900  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00940  CDS  NC_013521  95194  95520  -  327  ferredoxin  YP_003312901  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00950  CDS  NC_013521  95633  96304  -  672  dihydrofolate reductase  YP_003312902  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00960  CDS  NC_013521  96764  98191  +  1428  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  YP_003312903  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00970  CDS  NC_013521  98169  98756  -  588  transcriptional regulator, tetR family  YP_003312904  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00980  CDS  NC_013521  98749  99588  -  840  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  YP_003312905  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_00990  CDS  NC_013521  99735  100364  +  630  hypothetical protein  YP_003312906  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_01000  CDS  NC_013521  100419  100760  +  342  hypothetical protein  YP_003312907  normal  1  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Sked_01010  CDS  NC_013521  100768  105450  -  4683  ATP-dependent helicase HrpA  YP_003312908  normal  0.573164  normal  1  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 38    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>