166 genes were found for organism Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
EcSMS35_A0001  CDS  NC_010488  154  540  -  387  replication initiation protein repA4  YP_001739890  decreased coverage  0.00000000756228  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0002  CDS  NC_010488  904  1773  -  870  replication protein  YP_001739891  hitchhiker  0.00000275474  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0003  CDS  NC_010488  2054  2314  -  261  replication protein  YP_001739892  hitchhiker  0.0001842  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0004    NC_010488  2553  3126  -  574      hitchhiker  0.00142781  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0005  CDS  NC_010488  3164  3373  -  210  hypothetical protein  YP_001739893  hitchhiker  0.000926061  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0006  CDS  NC_010488  3419  3880  -  462  nuclease homolog  YP_001739894  hitchhiker  0.00328656  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0007  CDS  NC_010488  4123  4335  -  213  hypothetical protein  YP_001739895  hitchhiker  0.0000592556  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0008  CDS  NC_010488  4473  5084  -  612  conjugal transfer fertility inhibition protein FinO  YP_001739896  hitchhiker  0.0000914816  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0009  CDS  NC_010488  5088  5834  -  747  conjugal transfer pilus acetylation protein TraX  YP_001739897  hitchhiker  0.000759662  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0010  CDS  NC_010488  5854  11124  -  5271  conjugal transfer nickase/helicase TraI  YP_001739898  normal  0.0549712  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0011  CDS  NC_010488  11124  13295  -  2172  conjugal transfer protein TraD  YP_001739899  normal  0.547678  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0012  CDS  NC_010488  13548  14279  -  732  conjugal transfer surface exclusion protein TraT  YP_001739900  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0013  CDS  NC_010488  14311  14808  -  498  putative type IV secretion-like conjugative transfer system protein TraS  YP_001739901  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0014  CDS  NC_010488  14829  17651  -  2823  conjugal transfer mating pair stabilization protein TraG  YP_001739902  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0015  CDS  NC_010488  17648  19024  -  1377  conjugal transfer pilus assembly protein TraH  YP_001739903  normal  0.253255  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0016  CDS  NC_010488  19021  19383  -  363  conjugal transfer protein TrbJ  YP_001739904  normal  0.399352  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0017  CDS  NC_010488  19313  19858  -  546  conjugal transfer protein TrbB  YP_001739905  normal  0.412477  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0018  CDS  NC_010488  19845  20129  -  285  conjugal transfer pilin chaperone TraQ  YP_001739906  normal  0.36729  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0019  CDS  NC_010488  20248  20595  -  348  conjugal transfer protein TrbA  YP_001739907  normal  0.331865  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0020  CDS  NC_010488  20611  21354  -  744  conjugal pilus assembly protein TraF  YP_001739908  normal  0.458237  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0021  CDS  NC_010488  21347  21604  -  258  conjugal transfer protein TrbE  YP_001739909  normal  0.607457  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0022  CDS  NC_010488  21631  23439  -  1809  conjugal transfer mating pair stabilization protein TraN  YP_001739910  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0023  CDS  NC_010488  23436  24074  -  639  conjugal transfer pilus assembly protein TrbC  YP_001739911  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0024  CDS  NC_010488  24102  24554  -  453  hypothetical protein  YP_001739912  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0025  CDS  NC_010488  24584  25045  -  462  hypothetical protein  YP_001739913  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0026  CDS  NC_010488  25071  26063  -  993  conjugal transfer pilus assembly protein TraU  YP_001739914  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0027  CDS  NC_010488  26060  26692  -  633  conjugal transfer pilus assembly protein TraW  YP_001739915  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0028  CDS  NC_010488  26689  27075  -  387  conjugal transfer protein TrbI  YP_001739916  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0029  CDS  NC_010488  27072  29699  -  2628  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  YP_001739917  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0030  CDS  NC_010488  29859  30080  -  222  conjugal transfer protein TraR  YP_001739918  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0031  CDS  NC_010488  30215  30730  -  516  conjugal transfer protein TraV  YP_001739919  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0032  CDS  NC_010488  30727  30978  -  252  conjugal transfer protein TrbG  YP_001739920  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0033  CDS  NC_010488  30975  31292  -  318  conjugal transfer protein TrbD  YP_001739921  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0034  CDS  NC_010488  31289  31861  -  573  conjugal transfer protein TraP  YP_001739922  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0035  CDS  NC_010488  31851  33278  -  1428  conjugal transfer pilus assembly protein TraB  YP_001739923  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0036  CDS  NC_010488  33278  34006  -  729  conjugal transfer protein TraK  YP_001739924  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0037  CDS  NC_010488  33993  34559  -  567  conjugal transfer pilus assembly protein TraE  YP_001739925  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0038  CDS  NC_010488  34581  34892  -  312  conjugal transfer pilus assembly protein TraL  YP_001739926  normal  0.889559  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0039  CDS  NC_010488  34907  35266  -  360  conjugal transfer pilin subunit TraA  YP_001739927  normal  0.966345  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0040  CDS  NC_010488  35300  35527  -  228  conjugal transfer protein TraY  YP_001739928  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0041  CDS  NC_010488  35621  36307  -  687  type IV secretion-like conjugative transfer system regulator TraJ  YP_001739929  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0042  CDS  NC_010488  36498  36881  -  384  conjugal transfer protein TraM  YP_001739930  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0043  CDS  NC_010488  37158  37805  +  648  lytic transglycosylase  YP_001739931  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0044  CDS  NC_010488  37831  37965  -  135  hypothetical protein  YP_001739932  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0045  CDS  NC_010488  38102  38923  -  822  hypothetical protein  YP_001739933  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0046  CDS  NC_010488  39046  39333  -  288  hypothetical protein  YP_001739934  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0047  CDS  NC_010488  39358  39519  -  162  hypothetical protein  YP_001739935  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0048  CDS  NC_010488  39600  39812  -  213  hypothetical protein  YP_001739936  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0049  CDS  NC_010488  39805  39957  -  153  hypothetical protein  YP_001739937  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0050  CDS  NC_010488  40255  40413  -  159  small toxic polypeptide  YP_001739938  normal  1  normal  1  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0051  CDS  NC_010488  40556  40693  -  138  hypothetical protein  YP_001739939  normal  1  normal  0.902737  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0052  CDS  NC_010488  40693  41412  -  720  plasmid SOS inhibition protein A  YP_001739940  normal  1  normal  0.840317  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0053  CDS  NC_010488  41409  41843  -  435  plasmid SOS inhibition protein B  YP_001739941  normal  1  normal  0.789279  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0054  CDS  NC_010488  41898  43862  -  1965  ParB-like partition protein  YP_001739942  normal  1  normal  0.737762  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0055  CDS  NC_010488  43915  44148  -  234  hypothetical protein  YP_001739943  normal  1  normal  0.506359  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0056  CDS  NC_010488  44204  44731  -  528  single-stranded DNA-binding protein  YP_001739944  normal  1  normal  0.564154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0057  CDS  NC_010488  45374  45622  -  249  hypothetical protein  YP_001739945  normal  1  normal  0.510946  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0058  CDS  NC_010488  45622  46185  -  564  hypothetical protein  YP_001739946  normal  1  normal  0.546148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0059  CDS  NC_010488  46231  47592  -  1362  hypothetical protein  YP_001739947  normal  1  normal  0.322445  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0060  CDS  NC_010488  47644  47874  -  231  hypothetical protein  YP_001739948  normal  1  normal  0.248671  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0061  CDS  NC_010488  48137  48394  +  258  hypothetical protein  YP_001739949  normal  1  normal  0.140648  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0062  CDS  NC_010488  48448  48738  -  291  hypothetical protein  YP_001739950  normal  1  normal  0.144825  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0063  CDS  NC_010488  48868  49050  -  183  hypothetical protein  YP_001739951  normal  1  normal  0.0989895  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0064  CDS  NC_010488  49050  49421  -  372  hypothetical protein  YP_001739952  normal  1  normal  0.0498058  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0065  CDS  NC_010488  49511  49936  -  426  putative antirestriction protein  YP_001739953  normal  1  normal  0.0508251  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0066  CDS  NC_010488  50016  50186  +  171  hypothetical protein  YP_001739954  normal  1  normal  0.048467  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0067  CDS  NC_010488  50338  51309  +  972  IS110 family transposase  YP_001739955  normal  1  normal  0.0110214  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0068  CDS  NC_010488  51362  51865  -  504  IS1 transposase orfB  YP_001739956  normal  1  hitchhiker  0.00518742  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0069  CDS  NC_010488  51876  52088  -  213  IS1 transposase orfA  YP_001739957  normal  1  hitchhiker  0.00251166  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0070  CDS  NC_010488  52514  52657  -  144  hypothetical protein  YP_001739958  normal  1  hitchhiker  0.000366269  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0071  CDS  NC_010488  52623  53036  -  414  hypothetical protein  YP_001739959  normal  1  hitchhiker  0.000445058  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0072  CDS  NC_010488  53664  54635  -  972  plasmid-partitioning protein  YP_001739960  normal  1  hitchhiker  0.0000633113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0073  CDS  NC_010488  54635  55810  -  1176  plasmid-partitioning protein SopA  YP_001739961  normal  1  hitchhiker  0.0000728582  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0074  CDS  NC_010488  56101  56604  -  504  IS1 transposase orfB  YP_001739962  normal  1  hitchhiker  0.00010878  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0075  CDS  NC_010488  56615  56827  -  213  IS1 transposase orfA  YP_001739963  normal  1  hitchhiker  0.000402857  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0076  CDS  NC_010488  56954  58456  -  1503  hypothetical protein  YP_001739964  normal  1  hitchhiker  0.000174847  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0077  CDS  NC_010488  59056  59481  -  426  hypothetical protein  YP_001739965  normal  1  hitchhiker  0.0000141205  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0078  CDS  NC_010488  59638  60102  +  465  hypothetical protein  YP_001739966  normal  0.772628  hitchhiker  0.00000571982  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0079  CDS  NC_010488  60178  60372  -  195  hypothetical protein  YP_001739967  normal  0.833258  hitchhiker  0.00000160818  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0080  CDS  NC_010488  60602  60793  +  192  hypothetical protein  YP_001739968  normal  0.999795  hitchhiker  0.00000433727  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0081  CDS  NC_010488  61386  62243  -  858  iron/manganese transport system membrane protein SitD  YP_001739969  normal  1  hitchhiker  0.00000241548  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0082  CDS  NC_010488  62240  63097  -  858  iron/manganese transport system membrane protein SitC  YP_001739970  normal  1  hitchhiker  0.000000869047  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0083  CDS  NC_010488  63094  63921  -  828  iron/manganese transport system membrane protein SitB  YP_001739971  normal  0.921207  hitchhiker  0.000000822462  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0084  CDS  NC_010488  63921  64835  -  915  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  YP_001739972  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0085  CDS  NC_010488  65162  65374  +  213  IS1 transposase orfA  YP_001739973  normal  0.162991  hitchhiker  0.0000000467836  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0086  CDS  NC_010488  65385  65888  +  504  IS1 transposase orfB  YP_001739974  normal  0.0718475  hitchhiker  0.0000000542412  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0087    NC_010488  66068  66457  -  390      normal  0.0942628  hitchhiker  0.0000000471387  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0088    NC_010488  66715  67071  -  357      normal  0.319553  hitchhiker  0.00000000288322  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0089  CDS  NC_010488  67112  67288  +  177  hypothetical protein  YP_001739975  normal  0.235381  hitchhiker  0.00000000238697  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0090  CDS  NC_010488  67356  67667  +  312  hypothetical protein  YP_001739976  normal  0.386278  hitchhiker  0.00000000270737  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0091  CDS  NC_010488  67680  67862  +  183  hypothetical protein  YP_001739977  normal  0.5587  hitchhiker  0.00000000238697  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0092  CDS  NC_010488  67787  68533  +  747  integrase core subunit  YP_001739978  normal  0.322057  hitchhiker  0.00000000362054  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0093  CDS  NC_010488  68554  68778  -  225  hypothetical protein  YP_001739979  normal  0.268651  hitchhiker  0.00000000218897  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0094  CDS  NC_010488  68915  69085  +  171  hypothetical protein  YP_001739980  normal  0.271745  hitchhiker  0.00000000207139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0095  CDS  NC_010488  69078  70055  +  978  repFIB replication protein A  YP_001739981  normal  0.0621039  hitchhiker  0.000000000993191  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0096  CDS  NC_010488  70340  71080  -  741  site-specific recombinase  YP_001739982  decreased coverage  0.000182797  decreased coverage  0.0000000000259535  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0097  CDS  NC_010488  71763  72671  -  909  Mig-14 family protein  YP_001739983  normal  0.028214  hitchhiker  0.0000000164486  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0098  CDS  NC_010488  72734  73843  -  1110  hemolysin F  YP_001739984  normal  0.0392616  hitchhiker  0.000000811123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0099  CDS  NC_010488  74276  75229  -  954  outer membrane protease  YP_001739985  normal  0.0161825  hitchhiker  0.00000610402  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_A0100  CDS  NC_010488  75333  75722  +  390  hypothetical protein  YP_001739986  normal  0.0202792  hitchhiker  0.0000236934  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>