4666 genes were found for organism Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 47    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Ssed_0001  CDS  NC_009831  521  1882  -  1362  tRNA modification GTPase TrmE  YP_001471742  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0002  CDS  NC_009831  1997  3631  -  1635  60 kDa inner membrane insertion protein  YP_001471743  unclonable  0.00000135714  unclonable  0.000000000155498  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0003  CDS  NC_009831  3635  3892  -  258  hypothetical protein  YP_001471744  unclonable  0.00000000613833  unclonable  0.0000000000636307  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0004  CDS  NC_009831  3859  4221  -  363  ribonuclease P  YP_001471745  unclonable  0.00000000936038  unclonable  0.0000000000697895  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0005  CDS  NC_009831  4230  4367  -  138  50S ribosomal protein L34  YP_001471746  unclonable  0.00000000407109  unclonable  0.0000000000598342  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0006  CDS  NC_009831  4812  6200  +  1389  chromosomal replication initiation protein  YP_001471747  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0007  CDS  NC_009831  6220  7320  +  1101  DNA-directed DNA polymerase  YP_001471748  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0008  CDS  NC_009831  7614  8696  +  1083  recombination protein F  YP_001471749  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0009  CDS  NC_009831  8689  11130  +  2442  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  YP_001471750  normal  0.983538  hitchhiker  0.00000000705515  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0010  CDS  NC_009831  11580  12326  -  747  LamB/YcsF family protein  YP_001471751  normal  1  hitchhiker  0.0000000255714  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0011  CDS  NC_009831  12470  13456  -  987  UreA amidolyase related protein  YP_001471752  normal  1  hitchhiker  0.000000028869  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0012  CDS  NC_009831  13485  14171  -  687  hypothetical protein  YP_001471753  normal  1  hitchhiker  0.0000000230689  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0013  CDS  NC_009831  14650  15705  +  1056  putative signal transduction protein  YP_001471754  normal  1  hitchhiker  0.0000000360962  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0014  CDS  NC_009831  15774  17843  -  2070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_001471755  normal  1  hitchhiker  0.0000000639104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0015  CDS  NC_009831  17855  18718  -  864  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_001471756  normal  1  hitchhiker  0.000000278552  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0016  CDS  NC_009831  18917  19507  +  591  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_001471757  normal  1  hitchhiker  0.00000166004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0017  CDS  NC_009831  19576  20742  +  1167  chloramphenicol O-acetyltransferase  YP_001471758  normal  1  hitchhiker  0.0000020169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0018  CDS  NC_009831  20933  24178  -  3246  amidohydrolase  YP_001471759  normal  1  hitchhiker  0.0000272228  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0019  CDS  NC_009831  24405  24845  -  441  hypothetical protein  YP_001471760  normal  1  hitchhiker  0.000110253  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0020  CDS  NC_009831  24870  25115  -  246  sulfur transfer protein SirA  YP_001471761  normal  1  hitchhiker  0.0000878962  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0021  CDS  NC_009831  25322  25789  -  468  YbaK/EbsC protein  YP_001471762  normal  1  hitchhiker  0.0000866016  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0022  CDS  NC_009831  26073  27236  -  1164  3-ketoacyl-CoA thiolase  YP_001471763  normal  1  hitchhiker  0.000376188  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0023  CDS  NC_009831  27258  29408  -  2151  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  YP_001471764  normal  1  hitchhiker  0.00126113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0024  CDS  NC_009831  29795  31114  +  1320  proline dipeptidase  YP_001471765  normal  0.840072  normal  0.0225878  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0025  CDS  NC_009831  31167  31781  +  615  hypothetical protein  YP_001471766  normal  0.224364  normal  0.033343  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0026  CDS  NC_009831  31956  33413  +  1458  TrkH family potassium uptake protein  YP_001471767  normal  0.0293301  normal  0.0416133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0027  CDS  NC_009831  33511  34038  +  528  protoporphyrinogen oxidase  YP_001471768  hitchhiker  0.00412155  normal  0.0535555  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0028  CDS  NC_009831  34180  34488  -  309  regulatory protein, ArsR  YP_001471769  decreased coverage  0.0000136281  normal  0.0492639  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0029  CDS  NC_009831  34690  35229  +  540  protoporphyrinogen oxidase  YP_001471770  hitchhiker  0.00401521  normal  0.0528505  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0030  CDS  NC_009831  35726  36166  +  441  hypothetical protein  YP_001471771  normal  0.11416  normal  0.0504601  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0031  CDS  NC_009831  36602  38044  -  1443  TrkH family potassium uptake protein  YP_001471772  normal  0.979757  normal  0.0679192  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0032  CDS  NC_009831  38087  39496  -  1410  potassium transporter peripheral membrane component  YP_001471773  normal  1  normal  0.0670474  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0033  CDS  NC_009831  39506  40786  -  1281  sun protein  YP_001471774  normal  1  normal  0.0617271  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0034  CDS  NC_009831  40788  41777  -  990  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_001471775  normal  1  normal  0.0590691  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0035  CDS  NC_009831  41785  42297  -  513  peptide deformylase  YP_001471776  normal  1  normal  0.0880297  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0036  CDS  NC_009831  42423  43526  +  1104  peptidoglycan-binding LysM  YP_001471777  normal  0.971795  normal  0.107314  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0037  CDS  NC_009831  43565  44671  +  1107  DNA protecting protein DprA  YP_001471778  normal  0.249396  normal  0.109899  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0038  CDS  NC_009831  44674  45147  +  474  hypothetical protein  YP_001471779  normal  0.0240972  normal  0.0588054  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0039  CDS  NC_009831  45367  47139  -  1773  collagenase  YP_001471780  decreased coverage  0.0000449009  normal  0.0513701  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0040  CDS  NC_009831  47275  47838  +  564  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  YP_001471781  hitchhiker  0.000217946  normal  0.173553  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0041  CDS  NC_009831  47939  48496  +  558  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  YP_001471782  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0042  CDS  NC_009831  48531  49451  +  921  coproporphyrinogen III oxidase  YP_001471783  hitchhiker  0.0059194  normal  0.559288  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0043  CDS  NC_009831  49687  50502  +  816  shikimate 5-dehydrogenase  YP_001471784  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0044  CDS  NC_009831  50517  50795  +  279  hypothetical protein  YP_001471785  hitchhiker  0.000282672  normal  0.843809  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0045  CDS  NC_009831  50829  51383  -  555  carbonic anhydrase  YP_001471786  hitchhiker  0.0000362772  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0046  CDS  NC_009831  58078  60588  +  2511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  YP_001471787  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0047  CDS  NC_009831  60833  61006  -  174  hypothetical protein  YP_001471788  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0048  CDS  NC_009831  61185  61601  -  417  type IV pilus assembly PilZ  YP_001471789  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0049  CDS  NC_009831  61598  62608  -  1011  OmpA/MotB  YP_001471790  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0050  CDS  NC_009831  62608  63465  -  858  MotA/TolQ/ExbB proton channel  YP_001471791  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0051  CDS  NC_009831  63481  64203  -  723  flagellar biosynthesis sigma factor  YP_001471792  normal  0.900468  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0052  CDS  NC_009831  64214  64672  -  459  flagellar basal body-associated protein FliL  YP_001471793  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0053  CDS  NC_009831  64688  65839  -  1152  hypothetical protein  YP_001471794  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0054  CDS  NC_009831  65829  66155  -  327  hypothetical protein  YP_001471795  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0055  CDS  NC_009831  66124  66504  -  381  flagellar protein FliS  YP_001471796  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0056  CDS  NC_009831  66518  67894  -  1377  flagellar hook-associated 2 domain-containing protein  YP_001471797  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0057  CDS  NC_009831  68291  69085  -  795  flagellin domain-containing protein  YP_001471798  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0058  CDS  NC_009831  69675  70700  -  1026  hypothetical protein  YP_001471799  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0059  CDS  NC_009831  70710  71627  -  918  flagellar hook-associated protein 3  YP_001471800  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0060  CDS  NC_009831  71640  73013  -  1374  flagellar hook-associated protein FlgK  YP_001471801  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0061  CDS  NC_009831  73080  73517  -  438  peptidoglycan hydrolase  YP_001471802  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0062  CDS  NC_009831  73517  74644  -  1128  flagellar basal body P-ring protein  YP_001471803  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0063  CDS  NC_009831  74739  75401  -  663  flagellar basal body L-ring protein  YP_001471804  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0064  CDS  NC_009831  75446  76231  -  786  flagellar basal-body rod protein FlgG  YP_001471805  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0065  CDS  NC_009831  76302  77036  -  735  flagellar basal-body rod protein FlgF  YP_001471806  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0066  CDS  NC_009831  77047  78243  -  1197  flagellar hook protein FlgE  YP_001471807  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0067  CDS  NC_009831  78272  78937  -  666  flagellar hook capping protein  YP_001471808  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0068  CDS  NC_009831  79003  79422  -  420  flagellar basal-body rod protein FlgC  YP_001471809  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0069  CDS  NC_009831  79521  79871  -  351  flagellar basal body rod protein FlgB  YP_001471810  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0070  CDS  NC_009831  79958  80704  +  747  SAF domain-containing protein  YP_001471811  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0071  CDS  NC_009831  80780  81064  +  285  hypothetical protein  YP_001471812  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0072  CDS  NC_009831  81067  81504  +  438  hypothetical protein  YP_001471813  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0073  CDS  NC_009831  81517  81951  -  435  hypothetical protein  YP_001471814  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0074  CDS  NC_009831  81966  83309  -  1344  FliI/YscN family ATPase  YP_001471815  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0075  CDS  NC_009831  83299  84057  -  759  flagellar assembly protein H  YP_001471816  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0076  CDS  NC_009831  84057  85070  -  1014  flagellar motor switch protein G  YP_001471817  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0077  CDS  NC_009831  85129  86841  -  1713  flagellar MS-ring protein  YP_001471818  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0078  CDS  NC_009831  86938  87276  -  339  flagellar hook-basal body complex subunit FliE  YP_001471819  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0079  CDS  NC_009831  87319  88620  -  1302  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  YP_001471820  normal  0.819278  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0080  CDS  NC_009831  88607  89521  -  915  hypothetical protein  YP_001471821  normal  0.580583  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0081  CDS  NC_009831  90188  91054  +  867  hypothetical protein  YP_001471822  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0082  CDS  NC_009831  91135  91491  +  357  flagellar motor switch protein FliN  YP_001471823  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0083  CDS  NC_009831  91494  92222  +  729  flagellar biosynthesis protein FliP  YP_001471824  normal  1  normal  1  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0084  CDS  NC_009831  92434  92703  +  270  export protein FliQ  YP_001471825  normal  1  normal  0.85693  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0085  CDS  NC_009831  92706  93479  +  774  flagellar biosynthetic protein FliR  YP_001471826  normal  1  normal  0.402163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0086  CDS  NC_009831  93496  94626  +  1131  flagellar biosynthetic protein FlhB  YP_001471827  normal  1  normal  0.293777  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0087  CDS  NC_009831  94830  96911  +  2082  flagellar biosynthesis protein FlhA  YP_001471828  normal  1  normal  0.0364653  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0088  CDS  NC_009831  97042  98034  -  993  lysophospholipase  YP_001471829  normal  1  normal  0.0146319  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0089  CDS  NC_009831  98169  99968  -  1800  hypothetical protein  YP_001471830  normal  1  hitchhiker  0.00456954  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0090  CDS  NC_009831  100160  101500  -  1341  coproporphyrinogen III oxidase  YP_001471831  normal  1  hitchhiker  0.00142789  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0091  CDS  NC_009831  101794  102273  -  480  hypothetical protein  YP_001471832  normal  0.156914  hitchhiker  0.000348756  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0092  CDS  NC_009831  102406  102942  -  537  hypothetical protein  YP_001471833  normal  0.0634394  hitchhiker  0.000108665  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0093  CDS  NC_009831  102991  103689  -  699  hypothetical protein  YP_001471834  normal  0.0397586  decreased coverage  0.00000860939  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0094  CDS  NC_009831  104402  105022  -  621  cytochrome c, class I  YP_001471835  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0095  CDS  NC_009831  105192  105854  +  663  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  YP_001471836  normal  0.043614  hitchhiker  0.00000787502  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0096  CDS  NC_009831  106612  109413  -  2802  DNA-directed DNA polymerase  YP_001471837  decreased coverage  0.00741762  hitchhiker  0.000000822051  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0097  CDS  NC_009831  109761  110414  +  654  isoprenoid biosynthesis protein with amidotransferase-like domain  YP_001471838  hitchhiker  0.0000459976  hitchhiker  0.000821715  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0098  CDS  NC_009831  110846  111682  -  837  rhomboid family protein  YP_001471839  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0099  CDS  NC_009831  111747  112055  -  309  rhodanese domain-containing protein  YP_001471840  normal  0.973774  normal  0.0985137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Ssed_0100  CDS  NC_009831  112132  113157  -  1026  L-threonine 3-dehydrogenase  YP_001471841  normal  1  normal  0.173553  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 47    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>