4704 genes were found for organism Pseudomonas mendocina ymp



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Fosmid unclonability p-value
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PanDaTox homologs
Experimental validation
Pmen_0001  CDS  NC_009439  82  1566  +  1485  chromosomal replication initiation protein  YP_001185508  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0002  CDS  NC_009439  1601  2704  +  1104  DNA polymerase III subunit beta  YP_001185509  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0003  CDS  NC_009439  2712  3815  +  1104  recombination protein F  YP_001185510  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0004  CDS  NC_009439  3820  6240  +  2421  DNA gyrase subunit B  YP_001185511  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0005  CDS  NC_009439  6506  7438  -  933  phosphatidate cytidylyltransferase  YP_001185512  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0006  CDS  NC_009439  7440  8063  -  624  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_001185513  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0007  CDS  NC_009439  8073  8507  -  435  hypothetical protein  YP_001185514  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0008  CDS  NC_009439  8497  9834  -  1338  dual specificity protein phosphatase  YP_001185515  normal  0.851139  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0009  CDS  NC_009439  9834  11588  -  1755  alpha/beta hydrolase fold  YP_001185516  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0010  CDS  NC_009439  11614  12219  -  606  CDP-alcohol phosphatidyltransferase  YP_001185517  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0011  CDS  NC_009439  12430  13197  -  768  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_001185518  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0012  CDS  NC_009439  13211  13741  -  531  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_001185519  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0013  CDS  NC_009439  13811  15865  -  2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_001185520  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0014  CDS  NC_009439  15862  16809  -  948  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_001185521  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0015  CDS  NC_009439  17057  17623  +  567  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_001185522  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0016  CDS  NC_009439  17717  18604  +  888  lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase  YP_001185523  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0017  CDS  NC_009439  18721  18987  +  267  type IV pilus assembly PilZ  YP_001185524  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0018  CDS  NC_009439  19365  19931  +  567  NLP/P60 protein  YP_001185525  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0019  CDS  NC_009439  20108  20545  +  438  TIR chaperone family protein  YP_001185526  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0020  CDS  NC_009439  20545  22776  +  2232  hypothetical protein  YP_001185527  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0021  CDS  NC_009439  22972  23322  -  351  hypothetical protein  YP_001185528  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0022  CDS  NC_009439  23325  23528  -  204  hypothetical protein  YP_001185529  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0023  CDS  NC_009439  23528  25618  -  2091  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  YP_001185530  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0024  CDS  NC_009439  25620  26045  -  426  hypothetical protein  YP_001185531  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0025  CDS  NC_009439  26032  26256  -  225  hypothetical protein  YP_001185532  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0026  CDS  NC_009439  26417  27004  -  588  HrpE/YscL family type III secretion apparatus protein  YP_001185533  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0027  CDS  NC_009439  26994  27527  -  534  hypothetical protein  YP_001185534  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0028  CDS  NC_009439  27524  28342  -  819  YscJ/HrcJ family type III secretion apparatus lipoprotein  YP_001185535  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0029  CDS  NC_009439  28353  28721  -  369  YscI/HrpB family type III secretion apparatus protein  YP_001185536  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0030  CDS  NC_009439  28765  29664  -  900  HrpZ family protein  YP_001185537  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0031  CDS  NC_009439  29716  30009  -  294  hypothetical protein  YP_001185538  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0032  CDS  NC_009439  30305  31210  -  906  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  YP_001185539  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0033  CDS  NC_009439  31594  32523  -  930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  YP_001185540  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0034  CDS  NC_009439  32882  33268  -  387  hypothetical protein  YP_001185541  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0035    NC_009439  33299  35920  -  2622      normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0036  CDS  NC_009439  33458  35032  -  1575  transposase IS66  YP_001185542  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0037  CDS  NC_009439  35052  35411  -  360  IS66 Orf2 family protein  YP_001185543  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0038  CDS  NC_009439  36171  37328  +  1158  TyeA family type III secretion effector delivery regulator  YP_001185544  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0039  CDS  NC_009439  37328  39412  +  2085  HrcV family type III secretion protein  YP_001185545  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0040  CDS  NC_009439  39429  40343  +  915  YscD/HrpQ family type III secretion apparatus protein  YP_001185546  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0041  CDS  NC_009439  40340  41698  +  1359  FliI/YscN family ATPase  YP_001185547  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0042  CDS  NC_009439  41701  42147  +  447  hypothetical protein  YP_001185548  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0043  CDS  NC_009439  42137  42673  +  537  hypothetical protein  YP_001185549  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0044  CDS  NC_009439  42670  43386  +  717  hypothetical protein  YP_001185550  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0045  CDS  NC_009439  43376  43777  +  402  surface presentation of antigens (SPOA) protein  YP_001185551  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0046  CDS  NC_009439  43774  44427  +  654  type III secretion system protein  YP_001185552  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0047  CDS  NC_009439  44435  44698  +  264  HrpO family type III secretion protein  YP_001185553  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0048  CDS  NC_009439  44699  45499  +  801  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  YP_001185554  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0049  CDS  NC_009439  45496  46575  +  1080  YscU/HrpY family type III secretion protein  YP_001185555  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0050  CDS  NC_009439  46762  47412  +  651  hypothetical protein  YP_001185556  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0051  CDS  NC_009439  47452  47766  -  315  TPR repeat-containing protein  YP_001185557  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0052  CDS  NC_009439  47855  49228  -  1374  potassium transporter peripheral membrane component  YP_001185558  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0053  CDS  NC_009439  49240  50553  -  1314  sun protein  YP_001185559  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0054  CDS  NC_009439  50550  51494  -  945  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_001185560  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0055  CDS  NC_009439  51547  52053  -  507  peptide deformylase  YP_001185561  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0056  CDS  NC_009439  52207  53244  +  1038  peptidoglycan-binding LysM  YP_001185562  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0057  CDS  NC_009439  53331  54437  +  1107  DNA protecting protein DprA  YP_001185563  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0058  CDS  NC_009439  54504  55061  +  558  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  YP_001185564  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0059  CDS  NC_009439  55173  56150  -  978  alcohol dehydrogenase  YP_001185565  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0060  CDS  NC_009439  56295  57209  +  915  coproporphyrinogen III oxidase  YP_001185566  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0061  CDS  NC_009439  57317  58138  +  822  shikimate 5-dehydrogenase  YP_001185567  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0062  CDS  NC_009439  58342  59982  -  1641  sulphate transporter  YP_001185568  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0063  CDS  NC_009439  60029  60949  -  921  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  YP_001185569  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0064  CDS  NC_009439  60993  62501  -  1509  sulfatase  YP_001185570  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0065  CDS  NC_009439  62616  63569  +  954  LysR family transcriptional regulator  YP_001185571  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0066  CDS  NC_009439  63685  64587  +  903  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  YP_001185572  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0067  CDS  NC_009439  64684  65592  -  909  LysR family transcriptional regulator  YP_001185573  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0068  CDS  NC_009439  65802  66605  +  804  aldo/keto reductase  YP_001185574  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0069  CDS  NC_009439  66677  67420  -  744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001185575  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0070  CDS  NC_009439  67576  68385  -  810  tryptophan synthase subunit alpha  YP_001185576  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0071  CDS  NC_009439  68382  69617  -  1236  tryptophan synthase subunit beta  YP_001185577  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0072  CDS  NC_009439  69732  70400  +  669  hypothetical protein  YP_001185578  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0073  CDS  NC_009439  70405  71316  +  912  LysR family transcriptional regulator  YP_001185579  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0074  CDS  NC_009439  71370  71609  +  240  hypothetical protein  YP_001185580  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0075  CDS  NC_009439  71708  71923  +  216  hypothetical protein  YP_001185581  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0076  CDS  NC_009439  71892  72869  -  978  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_001185582  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0077  CDS  NC_009439  73153  73734  +  582  hypothetical protein  YP_001185583  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0078  CDS  NC_009439  73972  75201  -  1230  nucleoside recognition domain-containing protein  YP_001185584  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0079  CDS  NC_009439  75366  75827  -  462  hypothetical protein  YP_001185585  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0080  CDS  NC_009439  75838  76002  -  165  hypothetical protein  YP_001185586  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0081  CDS  NC_009439  76022  76294  -  273  hypothetical protein  YP_001185587  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0082  CDS  NC_009439  76571  76972  +  402  thioesterase superfamily protein  YP_001185588  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0083  CDS  NC_009439  77048  77680  -  633  two component LuxR family transcriptional regulator  YP_001185589  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0084  CDS  NC_009439  77721  79070  -  1350  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001185590  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0085  CDS  NC_009439  79640  80740  -  1101  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  YP_001185591  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0086  CDS  NC_009439  80925  81467  +  543  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  YP_001185592  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0087  CDS  NC_009439  81460  82836  +  1377  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  YP_001185593  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0088  CDS  NC_009439  82941  83843  +  903  aldose 1-epimerase  YP_001185594  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0089  CDS  NC_009439  84279  85841  +  1563  ImpA domain-containing protein  YP_001185595  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0090  CDS  NC_009439  85896  86402  +  507  hypothetical protein  YP_001185596  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0091  CDS  NC_009439  86428  87906  +  1479  hypothetical protein  YP_001185597  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0092  CDS  NC_009439  87913  88341  +  429  GPW/gp25 family protein  YP_001185598  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0093  CDS  NC_009439  88331  89776  +  1446  hypothetical protein  YP_001185599  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0094  CDS  NC_009439  89769  90155  +  387  hypothetical protein  YP_001185600  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0095  CDS  NC_009439  90186  91976  +  1791  hypothetical protein  YP_001185601  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0096  CDS  NC_009439  91940  92947  +  1008  hypothetical protein  YP_001185602  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0097  CDS  NC_009439  92959  95559  +  2601  ATPase  YP_001185603  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0098  CDS  NC_009439  95546  97078  +  1533  Fis family transcriptional regulator  YP_001185604  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0099  CDS  NC_009439  97126  97260  +  135  hypothetical protein  YP_001185605  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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Pmen_0100  CDS  NC_009439  97281  98477  +  1197  FHA domain-containing protein  YP_001185606  normal  1  normal  1  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria 
 
 
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