136 genes were found for organism Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Dshi_3931  CDS  NC_009957  12  776  -  765  glutaredoxin  YP_001542140  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3932  CDS  NC_009957  789  1625  -  837  hypothetical protein  YP_001542141  normal  0.609829  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3933  CDS  NC_009957  1805  2386  +  582  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001542142  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3934  CDS  NC_009957  2470  3774  +  1305  multicopper oxidase type 3  YP_001542143  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3935  CDS  NC_009957  3888  4400  +  513  disulphide bond formation protein DsbB  YP_001542144  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3936  CDS  NC_009957  4443  5108  +  666  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001542145  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3937  CDS  NC_009957  5185  5742  -  558  putative lipoprotein  YP_001542146  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3938  CDS  NC_009957  6140  6748  +  609  calcium-binding EF-hand-containing protein  YP_001542147  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3939  CDS  NC_009957  6889  7275  +  387  hypothetical protein  YP_001542148  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3940  CDS  NC_009957  7381  8301  +  921  prolipoprotein diacylglyceryl transferase  YP_001542149  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3941  CDS  NC_009957  8380  10725  +  2346  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001542150  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3942  CDS  NC_009957  10774  12111  +  1338  amino acid permease-associated region  YP_001542151  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3943  CDS  NC_009957  12119  12763  -  645  hypothetical protein  YP_001542152  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3944  CDS  NC_009957  12980  13702  +  723  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  YP_001542153  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3945  CDS  NC_009957  13896  14561  +  666  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001542154  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3946  CDS  NC_009957  14609  14881  -  273  hypothetical protein  YP_001542155  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3947  CDS  NC_009957  15242  17428  +  2187  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001542156  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3948  CDS  NC_009957  17422  17697  -  276  hypothetical protein  YP_001542157  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3949  CDS  NC_009957  17795  18253  +  459  DtxR family iron dependent repressor  YP_001542158  normal  0.592113  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3950  CDS  NC_009957  18348  18515  -  168  hypothetical protein  YP_001542159  normal  0.721758  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3951  CDS  NC_009957  18515  20086  -  1572  apolipoprotein N-acyltransferase  YP_001542160  normal  0.680782  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3952  CDS  NC_009957  20083  20556  -  474  lipoprotein signal peptidase  YP_001542161  normal  0.386002  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3953  CDS  NC_009957  20561  21343  -  783  zinc/iron permease  YP_001542162  normal  0.210601  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3954  CDS  NC_009957  21366  21824  -  459  hypothetical protein  YP_001542163  normal  0.147787  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3955  CDS  NC_009957  21828  23201  -  1374  peptidase M23B  YP_001542164  normal  0.053083  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3956  CDS  NC_009957  23198  23824  -  627  electron transport protein SCO1/SenC  YP_001542165  normal  0.0454728  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3957  CDS  NC_009957  23824  24294  -  471  hypothetical protein  YP_001542166  normal  0.140419  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3958  CDS  NC_009957  24317  24976  -  660  DSBA oxidoreductase  YP_001542167  normal  0.176467  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3959  CDS  NC_009957  24973  25395  -  423  disulphide bond formation protein DsbB  YP_001542168  normal  0.163795  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3960  CDS  NC_009957  25401  26003  -  603  electron transport protein SCO1/SenC  YP_001542169  normal  0.105512  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3961  CDS  NC_009957  26181  26609  +  429  MerR family transcriptional regulator  YP_001542170  normal  0.146237  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3962  CDS  NC_009957  26692  27312  +  621  cation efflux protein  YP_001542171  normal  0.0859119  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3963  CDS  NC_009957  27382  27945  +  564  hypothetical protein  YP_001542172  normal  0.144743  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3964  CDS  NC_009957  27935  28900  +  966  cation diffusion facilitator family transporter  YP_001542173  normal  0.0559635  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3965  CDS  NC_009957  28872  29183  +  312  hypothetical protein  YP_001542174  normal  0.0238816  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3966  CDS  NC_009957  29536  30282  +  747  hypothetical protein  YP_001542175  normal  0.283219  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3967  CDS  NC_009957  30471  30821  -  351  ArsR family transcriptional regulator  YP_001542176  normal  0.45892  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3968  CDS  NC_009957  30885  31736  +  852  cation efflux protein  YP_001542177  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3969  CDS  NC_009957  31897  32124  -  228  hypothetical protein  YP_001542178  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3970  CDS  NC_009957  32292  32549  -  258  XRE family transcriptional regulator  YP_001542179  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3971  CDS  NC_009957  32674  32994  -  321  hypothetical protein  YP_001542180  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3972  CDS  NC_009957  33138  33491  +  354  hypothetical protein  YP_001542181  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3973  CDS  NC_009957  33535  34149  +  615  lytic transglycosylase catalytic  YP_001542182  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3974  CDS  NC_009957  34146  34439  +  294  conjugal transfer protein TrbC  YP_001542183  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3975  CDS  NC_009957  34432  34710  +  279  type IV secretory pathway VirB3 family protein  YP_001542184  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3976  CDS  NC_009957  34700  37063  +  2364  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  YP_001542185  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3977  CDS  NC_009957  37060  37227  +  168  hypothetical protein  YP_001542186  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3978  CDS  NC_009957  37217  38371  +  1155  lytic transglycosylase catalytic  YP_001542187  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3979  CDS  NC_009957  38371  39180  +  810  hypothetical protein  YP_001542188  normal  0.869571  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3980  CDS  NC_009957  39197  39850  +  654  VirB8 family protein  YP_001542189  normal  0.505603  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3981  CDS  NC_009957  39853  40548  +  696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  YP_001542190  normal  0.813501  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3982  CDS  NC_009957  40545  41924  +  1380  conjugation TrbI family protein  YP_001542191  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3983  CDS  NC_009957  41929  42915  +  987  type II secretion system protein E  YP_001542192  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3984  CDS  NC_009957  43103  43513  +  411  hypothetical protein  YP_001542193  normal  0.211472  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3985  CDS  NC_009957  43526  44602  +  1077  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  YP_001542194  normal  0.257562  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3986  CDS  NC_009957  44763  46667  -  1905  hypothetical protein  YP_001542195  normal  0.946958  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3987  CDS  NC_009957  47163  48227  -  1065  hypothetical protein  YP_001542196  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3988  CDS  NC_009957  48594  50606  -  2013  TRAG family protein  YP_001542197  normal  0.420427  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3989  CDS  NC_009957  50603  52936  -  2334  relaxase/mobilization nuclease family protein  YP_001542198  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3990  CDS  NC_009957  52923  53516  -  594  hypothetical protein  YP_001542199  normal  0.153025  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3991  CDS  NC_009957  54078  54284  -  207  hypothetical protein  YP_001542200  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3992    NC_009957  54286  54797  -  512      normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3993  CDS  NC_009957  54824  55849  -  1026  hypothetical protein  YP_001542201  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3994  CDS  NC_009957  55973  56902  -  930  hypothetical protein  YP_001542202  normal  0.548217  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3995  CDS  NC_009957  57594  58274  +  681  hypothetical protein  YP_001542203  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3996  CDS  NC_009957  58264  58851  +  588  hypothetical protein  YP_001542204  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3997  CDS  NC_009957  58778  60277  +  1500  hypothetical protein  YP_001542205  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3998  CDS  NC_009957  60274  63624  +  3351  DNA polymerase III, alpha subunit  YP_001542206  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_3999  CDS  NC_009957  63705  64433  -  729  ParB-like nuclease  YP_001542207  normal  0.524272  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4000  CDS  NC_009957  64558  64860  -  303  hypothetical protein  YP_001542208  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4001  CDS  NC_009957  64961  65422  -  462  hypothetical protein  YP_001542209  normal  0.912458  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4002  CDS  NC_009957  65424  65810  -  387  hypothetical protein  YP_001542210  normal  0.897228  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4003  CDS  NC_009957  65932  67803  -  1872  hypothetical protein  YP_001542211  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4004  CDS  NC_009957  67841  69367  +  1527  integrase family protein  YP_001542212  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4005  CDS  NC_009957  69364  70275  +  912  integrase family protein  YP_001542213  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4006  CDS  NC_009957  70272  71276  +  1005  integrase family protein  YP_001542214  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4007  CDS  NC_009957  71315  73756  -  2442  type III restriction protein res subunit  YP_001542215  normal  0.527137  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4008  CDS  NC_009957  74000  76510  -  2511  putative methylase/helicase  YP_001542216  normal  0.621017  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4009  CDS  NC_009957  77303  78163  -  861  LysR family transcriptional regulator  YP_001542217  normal  0.671239  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4010  CDS  NC_009957  78320  79039  +  720  hypothetical protein  YP_001542218  normal  0.927237  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4011  CDS  NC_009957  79361  79879  -  519  hypothetical protein  YP_001542219  normal  0.498018  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4012  CDS  NC_009957  79876  80202  -  327  putative regulator PrlF  YP_001542220  normal  0.399384  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4013  CDS  NC_009957  80329  80982  -  654  RC187  YP_001542221  normal  0.807507  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4014  CDS  NC_009957  80982  81674  -  693  hypothetical protein  YP_001542222  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4015  CDS  NC_009957  81749  83731  -  1983  parB-like partition protein  YP_001542223  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4016  CDS  NC_009957  83888  84277  -  390  hypothetical protein  YP_001542224  normal  0.392581  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4017  CDS  NC_009957  84365  84574  -  210  hypothetical protein  YP_001542225  normal  0.554782  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4018  CDS  NC_009957  84598  85536  -  939  hypothetical protein  YP_001542226  normal  0.366526  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4019  CDS  NC_009957  85577  86062  -  486  hypothetical protein  YP_001542227  normal  0.121795  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4020  CDS  NC_009957  86341  87543  +  1203  filamentation induced by cAMP protein Fic  YP_001542228  normal  0.142086  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4021  CDS  NC_009957  87675  88910  -  1236  replication initiation protein RepC  YP_001542229  normal  0.0836066  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4022  CDS  NC_009957  89088  90104  -  1017  parB-like partition protein  YP_001542230  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4023  CDS  NC_009957  90101  91288  -  1188  cobyrinic acid ac-diamide synthase  YP_001542231  normal  0.03067  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4024  CDS  NC_009957  91602  91829  +  228  transcriptional regulator/antitoxin, MazE  YP_001542232  normal  0.738162  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4025  CDS  NC_009957  91819  92214  +  396  hypothetical protein  YP_001542233  normal  0.560586  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4026  CDS  NC_009957  92198  93094  -  897  resolvase domain-containing protein  YP_001542234  normal  0.884346  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4027  CDS  NC_009957  93153  94271  -  1119  integrase family protein  YP_001542235  normal  0.461361  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4028  CDS  NC_009957  94398  95282  +  885  hypothetical protein  YP_001542236  normal  0.927237  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4029  CDS  NC_009957  95285  95902  +  618  chromosome segregation and condensation protein ScpB  YP_001542237  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4030  CDS  NC_009957  95952  96215  +  264  WGR domain-containing protein  YP_001542238  normal  1  n/a    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>