5383 genes were found for organism Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 54    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Rpal_0001  CDS  NC_011004  220  1638  +  1419  chromosomal replication initiation protein  YP_001989039  normal  0.583954  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0002  CDS  NC_011004  1872  2990  +  1119  DNA polymerase III subunit beta  YP_001989040  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0003  CDS  NC_011004  3234  4373  +  1140  recombination protein F  YP_001989041  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0004  CDS  NC_011004  4590  7031  +  2442  DNA gyrase subunit B  YP_001989042  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0005  CDS  NC_011004  7213  8331  -  1119  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  YP_001989043  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0006  CDS  NC_011004  8457  8936  +  480  transcriptional regulator, AsnC family  YP_001989044  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0007  CDS  NC_011004  8982  10430  -  1449  signal transduction histidine kinase  YP_001989045  normal  0.489749  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0008  CDS  NC_011004  10430  10714  -  285  KaiB domain protein  YP_001989046  normal  0.186232  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0009  CDS  NC_011004  10724  12415  -  1692  circadian clock protein KaiC  YP_001989047  normal  0.310441  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0010  CDS  NC_011004  12809  13318  -  510  transcriptional regulator, AsnC family  YP_001989048  normal  0.103438  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0011  CDS  NC_011004  13458  13667  -  210  hypothetical protein  YP_001989049  normal  0.0894998  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0012  CDS  NC_011004  13806  14054  -  249  hypothetical protein  YP_001989050  normal  0.0942768  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0013  CDS  NC_011004  14056  14232  -  177  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  YP_001989051  normal  0.277873  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0014  CDS  NC_011004  14232  16430  -  2199  copper-translocating P-type ATPase  YP_001989052  normal  0.190643  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0015  CDS  NC_011004  16465  16965  -  501  FixH family protein  YP_001989053  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0016  CDS  NC_011004  16985  18442  -  1458  cytochrome c oxidase accessory protein CcoG  YP_001989054  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0017  CDS  NC_011004  18559  19440  -  882  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  YP_001989055  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0018  CDS  NC_011004  19448  19612  -  165  Cbb3-type cytochrome oxidase component  YP_001989056  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0019  CDS  NC_011004  19622  20356  -  735  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  YP_001989057  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0020  CDS  NC_011004  20369  22015  -  1647  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  YP_001989058  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0021  CDS  NC_011004  22326  23246  -  921  2-dehydropantoate 2-reductase  YP_001989059  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0022  CDS  NC_011004  23320  24057  -  738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001989060  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0023  CDS  NC_011004  24176  24778  -  603  DSBA oxidoreductase  YP_001989061  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0024  CDS  NC_011004  24994  25662  +  669  Glutathione S-transferase domain  YP_001989062  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0025  CDS  NC_011004  25778  26653  -  876  short chain dehydrogenase  YP_001989063  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0026  CDS  NC_011004  26926  28659  -  1734  gamma-glutamyltransferase  YP_001989064  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0027  CDS  NC_011004  28765  30162  +  1398  major facilitator superfamily MFS_1  YP_001989065  normal  0.453112  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0028  CDS  NC_011004  30377  31471  +  1095  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  YP_001989066  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0029  CDS  NC_011004  31529  33121  -  1593  bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase  YP_001989067  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0030  CDS  NC_011004  33307  35061  -  1755  Heparinase II/III family protein  YP_001989068  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0031  CDS  NC_011004  35360  36712  -  1353  Fmu (Sun) domain protein  YP_001989069  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0032  CDS  NC_011004  36865  37083  +  219  protein of unknown function DUF1674  YP_001989070  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0033  CDS  NC_011004  37169  37744  +  576  nuclease (SNase domain protein)  YP_001989071  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0034  CDS  NC_011004  37748  38632  -  885  hypothetical protein  YP_001989072  normal  0.920706  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0035  CDS  NC_011004  38980  40437  +  1458  amine oxidase  YP_001989073  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0036  CDS  NC_011004  40444  42855  -  2412  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_001989074  normal  0.393053  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0037  CDS  NC_011004  43000  43479  -  480  protein of unknown function DUF559  YP_001989075  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0038  CDS  NC_011004  43710  44792  -  1083  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_001989076  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0039  CDS  NC_011004  44936  45295  -  360  50S ribosomal protein L20  YP_001989077  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0040  CDS  NC_011004  45379  45579  -  201  50S ribosomal protein L35  YP_001989078  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0041  CDS  NC_011004  45913  46491  -  579  translation initiation factor IF-3  YP_001989079  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0042  CDS  NC_011004  46773  47558  +  786  conserved hypothetical protein, putative alpha/beta hydrolase superfamily  YP_001989080  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0043  CDS  NC_011004  47716  48828  -  1113  domain of unknown function DUF1730  YP_001989081  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0044  CDS  NC_011004  48873  49565  -  693  Glutathione S-transferase domain  YP_001989082  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0045  CDS  NC_011004  49765  50571  +  807  undecaprenyl pyrophosphate phosphatase  YP_001989083  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0046  CDS  NC_011004  50621  51586  -  966  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  YP_001989084  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0047  CDS  NC_011004  52000  52614  +  615  3'-5' exonuclease  YP_001989085  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0048  CDS  NC_011004  52844  53584  +  741  protein of unknown function DUF1239  YP_001989086  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0049  CDS  NC_011004  53593  54258  +  666  OstA family protein  YP_001989087  normal  0.162045  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0050  CDS  NC_011004  54394  55344  +  951  ABC transporter related  YP_001989088  normal  0.161692  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0051  CDS  NC_011004  55375  55515  +  141  hypothetical protein  YP_001989089  normal  0.142245  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0052  CDS  NC_011004  55551  57197  +  1647  RNA polymerase factor sigma-54  YP_001989090  normal  0.15874  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0053  CDS  NC_011004  57255  57860  +  606  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  YP_001989091  normal  0.149044  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0054  CDS  NC_011004  58136  58597  +  462  PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  YP_001989092  normal  0.172883  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0055  CDS  NC_011004  59203  59469  -  267  protein of unknown function DUF1150  YP_001989093  normal  0.308116  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0056  CDS  NC_011004  59520  59945  -  426  heat shock protein Hsp20  YP_001989094  normal  0.368709  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0057  CDS  NC_011004  60099  61190  -  1092  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  YP_001989095  normal  0.923196  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0058  CDS  NC_011004  61193  62041  -  849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001989096  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0059  CDS  NC_011004  62041  62922  -  882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001989097  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0060  CDS  NC_011004  63087  64415  -  1329  extracellular solute-binding protein family 1  YP_001989098  normal  0.700837  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0061  CDS  NC_011004  64647  65852  -  1206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  YP_001989099  normal  0.603541  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0062  CDS  NC_011004  65898  66134  -  237  Excinuclease ABC C subunit domain protein  YP_001989100  normal  0.330089  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0063  CDS  NC_011004  66681  67082  -  402  hypothetical protein  YP_001989101  normal  0.274759  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0064  CDS  NC_011004  67223  68560  +  1338  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  YP_001989102  normal  0.219088  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0065  CDS  NC_011004  68564  69238  -  675  protein of unknown function DUF374  YP_001989103  normal  0.0779257  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0066  CDS  NC_011004  69403  70041  +  639  cytidylate kinase  YP_001989104  normal  0.0168644  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0067  CDS  NC_011004  70342  72039  +  1698  30S ribosomal protein S1  YP_001989105  hitchhiker  0.00605902  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0068  CDS  NC_011004  72268  73248  +  981  signal peptide peptidase SppA, 36K type  YP_001989106  normal  0.0824847  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0069  CDS  NC_011004  73414  73728  +  315  integration host factor subunit beta  YP_001989107  normal  0.0203936  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0070  CDS  NC_011004  73766  74152  +  387  hypothetical protein  YP_001989108  normal  0.0131159  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0071  CDS  NC_011004  74211  74852  +  642  N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase  YP_001989109  decreased coverage  0.00571088  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0072  CDS  NC_011004  74866  76080  +  1215  tryptophan synthase subunit beta  YP_001989110  decreased coverage  0.00296113  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0073  CDS  NC_011004  76080  76916  +  837  tryptophan synthase subunit alpha  YP_001989111  normal  0.0126825  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0074  CDS  NC_011004  77026  78009  +  984  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  YP_001989112  normal  0.0718587  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0075  CDS  NC_011004  78006  79334  +  1329  FolC bifunctional protein  YP_001989113  normal  0.0673465  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0076  CDS  NC_011004  79508  79828  -  321  thioredoxin  YP_001989114  normal  0.0551582  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0077  CDS  NC_011004  79925  83410  -  3486  double-strand break repair helicase AddA  YP_001989115  normal  0.458203  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0078  CDS  NC_011004  83407  86556  -  3150  double-strand break repair protein AddB  YP_001989116  normal  0.160312  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0079  CDS  NC_011004  86632  87354  -  723  Nucleotidyl transferase  YP_001989117  normal  0.195195  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0080  CDS  NC_011004  87512  87820  -  309  hypothetical protein  YP_001989118  normal  0.270368  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0081  CDS  NC_011004  87924  89444  -  1521  protein of unknown function UPF0079  YP_001989119  normal  0.428182  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0082  CDS  NC_011004  89441  91954  -  2514  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  YP_001989120  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0083  CDS  NC_011004  92174  92632  -  459  deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase  YP_001989121  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0084  CDS  NC_011004  92629  94074  -  1446  bifunctional SbtC-like/phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate synthase  YP_001989122  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0085  CDS  NC_011004  94128  95705  -  1578  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  YP_001989123  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0086  CDS  NC_011004  95702  96463  -  762  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  YP_001989124  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0087  CDS  NC_011004  96707  97582  +  876  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  YP_001989125  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0088  CDS  NC_011004  97634  98980  -  1347  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  YP_001989126  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0089  CDS  NC_011004  99189  99989  +  801  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  YP_001989127  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0090  CDS  NC_011004  100114  101802  +  1689  protein of unknown function DUF894 DitE  YP_001989128  normal  0.735299  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0091  CDS  NC_011004  101783  101881  -  99  hypothetical protein  YP_001989129  normal  0.67132  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0092  CDS  NC_011004  101934  102152  -  219  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  YP_001989130  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0093  CDS  NC_011004  102281  102622  -  342  hypothetical protein  YP_001989131  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0094  CDS  NC_011004  102861  103265  -  405  hypothetical protein  YP_001989132  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0095  CDS  NC_011004  103344  103685  -  342  hypothetical protein  YP_001989133  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0096  CDS  NC_011004  104226  104501  -  276  hypothetical protein  YP_001989134  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0097  CDS  NC_011004  104632  105279  +  648  transcriptional regulator, TetR family  YP_001989135  normal  0.56928  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0098  CDS  NC_011004  105276  106193  +  918  PepSY-associated TM helix domain protein  YP_001989136  normal  0.73279  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0099  CDS  NC_011004  106242  107468  +  1227  efflux transporter, RND family, MFP subunit  YP_001989137  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Rpal_0100  CDS  NC_011004  107472  110621  +  3150  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  YP_001989138  normal  1  n/a    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 54    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>