1278 genes were found for organism Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 13    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Smed_5052  CDS  NC_009621  21  967  +  947  transposase  YP_001313764  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5053  CDS  NC_009621  1039  1794  -  756  arsenate resistance ArsH  YP_001313765  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5054  CDS  NC_009621  1807  2886  -  1080  arsenical-resistance protein  YP_001313766  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5055  CDS  NC_009621  3071  3502  -  432  arsenate reductase  YP_001313767  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5056  CDS  NC_009621  3499  4026  -  528  protein tyrosine phosphatase  YP_001313768  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5057  CDS  NC_009621  4026  4376  -  351  regulatory protein ArsR  YP_001313769  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5058  CDS  NC_009621  4554  5201  -  648  deaminase-reductase domain-containing protein  YP_001313770  normal  0.664827  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5059  CDS  NC_009621  5250  6104  -  855  alpha/beta hydrolase fold  YP_001313771  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5060  CDS  NC_009621  6553  7743  +  1191  hemolysin-type calcium-binding region  YP_001313772  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5061  CDS  NC_009621  7962  8720  -  759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001313773  normal  0.887124  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5062  CDS  NC_009621  8728  9453  -  726  hypothetical protein  YP_001313774  normal  0.254511  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5063  CDS  NC_009621  9453  10436  -  984  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  YP_001313775  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5064  CDS  NC_009621  10433  11419  -  987  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  YP_001313776  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5065  CDS  NC_009621  11416  12384  -  969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001313777  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5066  CDS  NC_009621  12384  13304  -  921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001313778  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5067  CDS  NC_009621  13381  14868  -  1488  extracellular solute-binding protein  YP_001313779  normal  0.68424  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5068  CDS  NC_009621  14889  16310  -  1422  amidase  YP_001313780  normal  0.408041  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5069  CDS  NC_009621  16297  16485  -  189  hypothetical protein  YP_001313781  normal  0.430976  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5070  CDS  NC_009621  16478  17965  -  1488  extracellular solute-binding protein  YP_001313782  normal  0.27843  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5071  CDS  NC_009621  18021  19382  -  1362  BFD/(2Fe-2S)-binding domain-containing protein  YP_001313783  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5072  CDS  NC_009621  19375  19632  -  258  ferredoxin  YP_001313784  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5073  CDS  NC_009621  19629  20912  -  1284  FAD dependent oxidoreductase  YP_001313785  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5074  CDS  NC_009621  20991  21875  +  885  LysR family transcriptional regulator  YP_001313786  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5075  CDS  NC_009621  21887  22372  -  486  AsnC family transcriptional regulator  YP_001313787  normal  0.370147  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5076  CDS  NC_009621  22476  23675  +  1200  diaminopropionate ammonia-lyase  YP_001313788  normal  0.0463571  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5077  CDS  NC_009621  23806  25455  -  1650  ABC transporter related  YP_001313789  normal  0.704503  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5078  CDS  NC_009621  25452  26369  -  918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001313790  normal  0.339365  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5079  CDS  NC_009621  26382  27299  -  918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001313791  normal  0.310783  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5080  CDS  NC_009621  27372  28880  -  1509  extracellular solute-binding protein  YP_001313792  normal  0.0526207  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5081  CDS  NC_009621  28956  29861  -  906  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  YP_001313793  normal  0.302501  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5082  CDS  NC_009621  29925  30677  -  753  GntR domain-containing protein  YP_001313794  normal  0.992616  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5083  CDS  NC_009621  30856  32169  -  1314  major facilitator transporter  YP_001313795  normal  0.418338  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5084    NC_009621  32292  33925  -  1634      normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5085  CDS  NC_009621  33928  34677  -  750  enoyl-CoA hydratase/isomerase  YP_001313796  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5086  CDS  NC_009621  34690  36327  -  1638  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  YP_001313797  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5087  CDS  NC_009621  36377  37378  -  1002  LAO/AO transport system ATPase  YP_001313798  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5088  CDS  NC_009621  37375  37836  -  462  cobalamin B12-binding domain-containing protein  YP_001313799  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5089  CDS  NC_009621  37849  39204  -  1356  aminotransferase class-III  YP_001313800  normal  0.447769  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5090  CDS  NC_009621  39301  40158  +  858  LysR family transcriptional regulator  YP_001313801  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5091  CDS  NC_009621  40311  41120  -  810  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  YP_001313802  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5092  CDS  NC_009621  41190  41897  +  708  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  YP_001313803  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5093  CDS  NC_009621  41894  42577  +  684  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  YP_001313804  normal  0.137227  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5094  CDS  NC_009621  42589  43791  +  1203  beta-ketoadipyl CoA thiolase  YP_001313805  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5095    NC_009621  43858  44004  -  147      normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5096  CDS  NC_009621  44227  45414  -  1188  acetyl-CoA acetyltransferase  YP_001313806  normal  0.392469  normal  0.97471  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5097  CDS  NC_009621  45441  46208  -  768  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001313807  normal  0.515865  normal  0.508699  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5098  CDS  NC_009621  46329  47372  +  1044  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_001313808  normal  0.109281  normal  0.521536  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5099  CDS  NC_009621  47354  47890  -  537  RES domain-containing protein  YP_001313809  normal  0.033489  normal  0.48502  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5100  CDS  NC_009621  47887  48276  -  390  hypothetical protein  YP_001313810  normal  0.152426  normal  0.477551  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5101  CDS  NC_009621  48383  49378  -  996  malate/L-lactate dehydrogenase  YP_001313811  normal  0.186755  normal  0.540647  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5102  CDS  NC_009621  49375  50499  -  1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  YP_001313812  normal  1  normal  0.401813  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5103  CDS  NC_009621  50652  51542  -  891  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  YP_001313813  normal  1  normal  0.257354  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5104  CDS  NC_009621  51565  52320  -  756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001313814  normal  1  normal  0.245299  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5105  CDS  NC_009621  52317  53432  -  1116  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  YP_001313815  normal  1  normal  0.116998  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5106  CDS  NC_009621  53429  54091  -  663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001313816  normal  0.485727  normal  0.10095  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5107  CDS  NC_009621  54115  54795  -  681  isochorismatase hydrolase  YP_001313817  normal  0.321359  normal  0.0633461  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5108  CDS  NC_009621  54795  56099  -  1305  peptidase M24  YP_001313818  normal  0.239431  normal  0.0245052  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5109  CDS  NC_009621  56192  57184  -  993  AraC family transcriptional regulator  YP_001313819  normal  0.0905505  normal  0.0237076  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5110  CDS  NC_009621  57192  58727  -  1536  trimethylamine methyltransferase  YP_001313820  normal  0.148591  normal  0.0268  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5111  CDS  NC_009621  58959  59846  +  888  LysR family transcriptional regulator  YP_001313821  normal  0.176573  normal  0.0206941  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5112  CDS  NC_009621  60085  62505  +  2421  FAD dependent oxidoreductase  YP_001313822  normal  1  normal  0.0323529  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5113  CDS  NC_009621  62783  65998  +  3216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  YP_001313823  normal  1  decreased coverage  0.00592248  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5114  CDS  NC_009621  66185  66877  +  693  two component LuxR family transcriptional regulator  YP_001313824  normal  1  decreased coverage  0.00554548  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5115  CDS  NC_009621  67040  68398  +  1359  protein-glutamate O-methyltransferase  YP_001313825  normal  0.466931  normal  0.0136698  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5116  CDS  NC_009621  68395  69063  +  669  putative CheW protein  YP_001313826  normal  0.119327  normal  0.0201164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5117  CDS  NC_009621  69044  70681  +  1638  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001313827  normal  1  normal  0.0275586  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5118  CDS  NC_009621  70668  72791  +  2124  CheA signal transduction histidine kinase  YP_001313828  normal  0.179318  normal  0.034812  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5119  CDS  NC_009621  72801  73832  +  1032  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  YP_001313829  normal  0.481615  normal  0.0439292  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5120  CDS  NC_009621  74061  75026  -  966  type II secretion system protein  YP_001313830  normal  0.229641  normal  0.108359  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5121  CDS  NC_009621  75035  76033  -  999  type II secretion system protein  YP_001313831  normal  1  normal  0.0725578  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5122  CDS  NC_009621  76062  77495  -  1434  type II secretion system protein E  YP_001313832  normal  1  normal  0.0451051  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5123  CDS  NC_009621  77596  77763  -  168  Flp/Fap pilin component  YP_001313833  normal  1  normal  0.0326494  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5124  CDS  NC_009621  78055  78480  -  426  TadE family protein  YP_001313834  normal  1  normal  0.0349202  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5125  CDS  NC_009621  78477  80240  -  1764  response regulator receiver protein  YP_001313835  normal  0.380192  normal  0.0818791  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5126  CDS  NC_009621  80245  81036  -  792  SAF domain-containing protein  YP_001313836  normal  1  normal  0.0670857  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5127  CDS  NC_009621  81081  81593  -  513  peptidase A24A prepilin type IV  YP_001313837  normal  1  normal  0.0993185  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5128  CDS  NC_009621  81810  83120  +  1311  hypothetical protein  YP_001313838  normal  1  normal  0.193766  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5129  CDS  NC_009621  83205  83717  +  513  hypothetical protein  YP_001313839  normal  1  normal  0.230241  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5130  CDS  NC_009621  83762  84289  -  528  TPR repeat-containing protein  YP_001313840  normal  1  normal  0.22563  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5131  CDS  NC_009621  84311  84622  -  312  hypothetical protein  YP_001313841  normal  1  normal  0.211306  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5132  CDS  NC_009621  84619  86019  -  1401  type II and III secretion system protein  YP_001313842  normal  1  normal  0.179001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5133  CDS  NC_009621  86253  86927  -  675  GntR family transcriptional regulator  YP_001313843  normal  1  normal  0.319425  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5134  CDS  NC_009621  87054  88058  +  1005  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  YP_001313844  normal  1  normal  0.67454  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5135  CDS  NC_009621  88129  88698  +  570  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  YP_001313845  normal  1  normal  0.621733  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5136  CDS  NC_009621  88695  90011  +  1317  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  YP_001313846  normal  1  normal  0.711576  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5137  CDS  NC_009621  90008  91447  +  1440  malonyl-CoA decarboxylase  YP_001313847  normal  1  normal  0.964153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5138  CDS  NC_009621  91444  92976  +  1533  malonyl-CoA synthase  YP_001313848  normal  0.809655  normal  0.695279  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5139  CDS  NC_009621  92998  93480  -  483  transcription elongation factor regulatory protein  YP_001313849  normal  0.276669  normal  0.571454  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5140  CDS  NC_009621  93698  94414  +  717  hypothetical protein  YP_001313850  normal  0.449102  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5141  CDS  NC_009621  94700  94909  +  210  hypothetical protein  YP_001313851  normal  0.291408  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5142  CDS  NC_009621  94955  95737  -  783  putative transmembrane anti-sigma factor  YP_001313852  normal  0.562038  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5143  CDS  NC_009621  95734  96276  -  543  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_001313853  normal  0.387385  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5144  CDS  NC_009621  96469  97863  +  1395  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_001313854  normal  1  normal  0.659537  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5145  CDS  NC_009621  98009  98347  -  339  hypothetical protein  YP_001313855  normal  1  normal  0.729214  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5146  CDS  NC_009621  98344  99522  -  1179  chaperone DnaJ domain-containing protein  YP_001313856  normal  1  normal  0.624054  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5147  CDS  NC_009621  99570  100376  -  807  endonuclease/exonuclease/phosphatase  YP_001313857  normal  0.988889  normal  0.586648  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5148  CDS  NC_009621  100452  101996  -  1545  major facilitator transporter  YP_001313858  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5149  CDS  NC_009621  102200  102550  +  351  hypothetical protein  YP_001313859  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5150  CDS  NC_009621  102659  103102  -  444  activator of Hsp90 ATPase 1 family protein  YP_001313860  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Smed_5151  CDS  NC_009621  103146  104492  -  1347  transposase IS4 family protein  YP_001313861  normal  1  normal  1  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 13    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>