4466 genes were found for organism Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 45    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
RSPH17025_0  tRNA  NC_009428  2290847  2290930  +  84  tRNA-Tyr    normal  0.110365  normal  0.194602  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0001  CDS  NC_009428  51  329  +  279  30S ribosomal protein S20  YP_001166218  hitchhiker  0.000133909  decreased coverage  0.0000000319383  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0002  CDS  NC_009428  842  2227  +  1386  chromosomal replication initiation protein  YP_001166219  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0003  CDS  NC_009428  2344  3462  +  1119  DNA polymerase III subunit beta  YP_001166220  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0004  CDS  NC_009428  3530  4621  +  1092  recombination protein F  YP_001166221  normal  1  hitchhiker  0.00000368793  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0005  CDS  NC_009428  4618  5040  +  423  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_001166222  normal  1  hitchhiker  0.00000237771  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0006  CDS  NC_009428  5131  7566  +  2436  DNA gyrase subunit B  YP_001166223  normal  1  hitchhiker  0.0000311968  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0007  CDS  NC_009428  7669  8745  +  1077  AFG1 family ATPase  YP_001166224  normal  1  hitchhiker  0.000720762  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0008  CDS  NC_009428  8786  9661  -  876  phosphoserine phosphatase SerB  YP_001166225  normal  1  hitchhiker  0.00197314  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0009  CDS  NC_009428  9801  10958  +  1158  phosphoserine aminotransferase  YP_001166226  normal  1  hitchhiker  0.00470966  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0010  CDS  NC_009428  11037  12632  +  1596  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  YP_001166227  normal  0.570425  hitchhiker  0.00544887  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0011  CDS  NC_009428  12675  13460  +  786  metallophosphoesterase  YP_001166228  normal  0.637468  hitchhiker  0.00983747  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0012  CDS  NC_009428  13543  14712  +  1170  beta-ketothiolase  YP_001166229  normal  1  normal  0.0216237  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0013  CDS  NC_009428  14722  16746  -  2025  penicillin-binding protein 1C  YP_001166230  normal  1  normal  0.0471043  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0014  CDS  NC_009428  16743  22169  -  5427  alpha-2-macroglobulin domain-containing protein  YP_001166231  normal  0.617049  normal  0.166379  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0015  CDS  NC_009428  22282  24888  +  2607  histidine kinase  YP_001166232  normal  1  normal  0.461208  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0016  CDS  NC_009428  24904  25677  -  774  hypothetical protein  YP_001166233  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0017  CDS  NC_009428  25677  27722  -  2046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  YP_001166234  normal  0.571196  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0018  CDS  NC_009428  27780  28067  -  288  protein of unknown function YGGT  YP_001166235  normal  0.292831  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0019  CDS  NC_009428  28197  28724  +  528  hypothetical protein  YP_001166236  normal  0.273731  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0020  CDS  NC_009428  28792  30162  +  1371  major facilitator transporter  YP_001166237  normal  0.482167  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0021  CDS  NC_009428  30162  31043  +  882  penicillin-insensitive murein endopeptidase  YP_001166238  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0022  CDS  NC_009428  31016  31909  +  894  hypothetical protein  YP_001166239  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0023  CDS  NC_009428  31991  32617  +  627  hypothetical protein  YP_001166240  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0024  CDS  NC_009428  32896  33321  +  426  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  YP_001166241  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0025  CDS  NC_009428  33334  34626  -  1293  nicotinate phosphoribosyltransferase  YP_001166242  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0026  CDS  NC_009428  34628  35233  -  606  nicotinamidase  YP_001166243  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0027  CDS  NC_009428  35345  36211  +  867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001166244  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0028  CDS  NC_009428  36208  37131  +  924  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  YP_001166245  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0029  CDS  NC_009428  37089  38699  -  1611  alpha amylase, catalytic region  YP_001166246  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0030  CDS  NC_009428  38934  40235  +  1302  major facilitator transporter  YP_001166247  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0031  CDS  NC_009428  40365  41537  +  1173  major facilitator transporter  YP_001166248  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0032  CDS  NC_009428  41586  42620  +  1035  glycosyl transferase, group 1  YP_001166249  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0033  CDS  NC_009428  42617  43243  +  627  hypothetical protein  YP_001166250  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0034  CDS  NC_009428  43357  44379  +  1023  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  YP_001166251  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0035  CDS  NC_009428  44384  44974  +  591  hypothetical protein  YP_001166252  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0036  CDS  NC_009428  44991  45635  -  645  carbonate dehydratase  YP_001166253  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0037  CDS  NC_009428  45785  46159  +  375  hypothetical protein  YP_001166254  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0038  CDS  NC_009428  46231  47616  +  1386  leucyl aminopeptidase  YP_001166255  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0039  CDS  NC_009428  47616  48428  +  813  NLP/P60 protein  YP_001166256  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0040  CDS  NC_009428  48444  49658  -  1215  hypothetical protein  YP_001166257  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0041  CDS  NC_009428  49673  50851  -  1179  radical SAM protein  YP_001166258  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0042  CDS  NC_009428  50977  51507  -  531  hypothetical protein  YP_001166259  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0043  CDS  NC_009428  51674  52663  +  990  L-asparaginase II  YP_001166260  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0044  CDS  NC_009428  52938  53297  +  360  hypothetical protein  YP_001166261  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0045  CDS  NC_009428  53314  54120  -  807  hypothetical protein  YP_001166262  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0046  CDS  NC_009428  54204  55028  +  825  2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-carboxylate N-succinyltransferase  YP_001166263  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0047  CDS  NC_009428  55115  55447  +  333  hypothetical protein  YP_001166264  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0048  CDS  NC_009428  55504  56646  +  1143  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  YP_001166265  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0049  CDS  NC_009428  56643  57059  +  417  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001166266  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0050  CDS  NC_009428  57105  59357  +  2253  ribonuclease R  YP_001166267  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0051  CDS  NC_009428  59542  60807  +  1266  lytic murein transglycosylase  YP_001166268  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0052  CDS  NC_009428  60935  62380  +  1446  hypothetical protein  YP_001166269  normal  0.173393  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0053  CDS  NC_009428  62387  63346  -  960  integrase catalytic subunit  YP_001166270  normal  0.142705  normal  0.776199  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0054  CDS  NC_009428  63450  63587  +  138  hypothetical protein  YP_001166271  normal  0.316175  normal  0.912715  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0055  CDS  NC_009428  63639  65249  -  1611  hypothetical protein  YP_001166272  normal  1  normal  0.845742  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0056  CDS  NC_009428  65319  65591  -  273  hypothetical protein  YP_001166273  normal  1  normal  0.514076  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0057  CDS  NC_009428  65804  66544  +  741  hypothetical protein  YP_001166274  normal  1  normal  0.184388  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0058  CDS  NC_009428  66633  66878  +  246  hypothetical protein  YP_001166275  normal  1  normal  0.162717  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0059  CDS  NC_009428  66891  68078  +  1188  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase domain-containing protein  YP_001166276  normal  1  normal  0.197624  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0060  CDS  NC_009428  68078  69076  +  999  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  YP_001166277  normal  1  normal  0.27983  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0061  CDS  NC_009428  69087  70232  -  1146  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  YP_001166278  normal  1  normal  0.405764  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0062  CDS  NC_009428  70229  70900  -  672  DSBA oxidoreductase  YP_001166279  normal  1  normal  0.381736  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0063  CDS  NC_009428  70912  71442  -  531  hypothetical protein  YP_001166280  normal  0.448388  normal  0.368675  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0064  CDS  NC_009428  71524  72633  +  1110  A/G-specific adenine glycosylase  YP_001166281  normal  0.211405  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0065  CDS  NC_009428  72670  73947  +  1278  alkane 1-monooxygenase  YP_001166282  normal  0.0446257  normal  0.590347  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0066  CDS  NC_009428  74102  75220  -  1119  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  YP_001166283  normal  0.711822  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0067  CDS  NC_009428  75309  75947  -  639  ribonuclease HII  YP_001166284  normal  1  normal  0.970815  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0068  CDS  NC_009428  76173  76427  -  255  hypothetical protein  YP_001166285  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0069  CDS  NC_009428  76424  76837  -  414  ribonuclease P protein component  YP_001166286  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0070  CDS  NC_009428  76859  76993  -  135  50S ribosomal protein L34  YP_001166287  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0071  CDS  NC_009428  77243  77902  +  660  ribosomal protein S16  YP_001166288  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0072  CDS  NC_009428  77902  79314  +  1413  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  YP_001166289  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0073  CDS  NC_009428  79371  80768  +  1398  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001166290  normal  1  normal  0.801183  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0074  CDS  NC_009428  80830  82218  -  1389  dihydrolipoamide dehydrogenase  YP_001166291  normal  0.490103  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0075    NC_009428  82371  82727  -  357      normal  0.186564  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0076  CDS  NC_009428  82782  84302  -  1521  dihydrolipoamide acetyltransferase  YP_001166292  normal  0.072733  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0077  CDS  NC_009428  84305  87268  -  2964  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  YP_001166293  normal  0.0119842  normal  0.790423  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0078  CDS  NC_009428  87324  88208  -  885  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  YP_001166294  normal  0.815822  normal  0.735177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0079  CDS  NC_009428  88213  89406  -  1194  succinyl-CoA synthetase subunit beta  YP_001166295  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0080  CDS  NC_009428  89636  90598  -  963  malate dehydrogenase  YP_001166296  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0081  CDS  NC_009428  90800  91537  +  738  hypothetical protein  YP_001166297  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0082  CDS  NC_009428  91624  92481  +  858  citrate (pro-3S)-lyase  YP_001166298  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0083  CDS  NC_009428  92490  93044  +  555  NnrU family protein  YP_001166299  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0084  CDS  NC_009428  93041  93244  +  204  hypothetical protein  YP_001166300  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0085  CDS  NC_009428  93245  94276  +  1032  dehydratase  YP_001166301  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0086  CDS  NC_009428  94492  94875  +  384  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  YP_001166302  normal  0.745035  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0087  CDS  NC_009428  94887  95258  +  372  hypothetical protein  YP_001166303  normal  0.5065  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0088  CDS  NC_009428  95269  97071  +  1803  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  YP_001166304  normal  0.61888  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0089  CDS  NC_009428  97071  97391  +  321  hypothetical protein  YP_001166305  normal  0.147899  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0090  CDS  NC_009428  97395  97667  +  273  hypothetical protein  YP_001166306  normal  0.0830148  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0091  CDS  NC_009428  97686  98462  +  777  succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit  YP_001166307  normal  0.0555148  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0092  CDS  NC_009428  98514  98876  -  363  hypothetical protein  YP_001166308  normal  0.794251  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0093  CDS  NC_009428  98970  99620  -  651  GntR family transcriptional regulator  YP_001166309  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0094  CDS  NC_009428  99653  100339  -  687  hypothetical protein  YP_001166310  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0095  CDS  NC_009428  100453  100833  +  381  hypothetical protein  YP_001166311  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0096  CDS  NC_009428  101961  102260  -  300  hypothetical protein  YP_001166312  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0097  CDS  NC_009428  102650  103228  -  579  hypothetical protein  YP_001166313  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0098  CDS  NC_009428  103498  104148  +  651  hypothetical protein  YP_001166314  normal  0.611393  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Rsph17025_0099  CDS  NC_009428  104316  104771  -  456  hypothetical protein  YP_001166315  normal  1  normal  1  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 45    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>