1683 genes were found for organism Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 17    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Pden_2833  CDS  NC_008687  405  1751  +  1347  chromosomal replication initiation protein  YP_916613  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2834  CDS  NC_008687  1843  2961  +  1119  DNA polymerase III subunit beta  YP_916614  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2835  CDS  NC_008687  2958  4034  +  1077  recombination protein F  YP_916615  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2836  CDS  NC_008687  4068  5861  -  1794  adenine deaminase  YP_916616  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2837  CDS  NC_008687  5907  6635  +  729  DNA repair protein RecO  YP_916617  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2838  CDS  NC_008687  6604  6987  -  384  protein of unknown function DUF306, Meta and HslJ  YP_916618  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2839  CDS  NC_008687  7020  7439  -  420  protein of unknown function DUF306, Meta and HslJ  YP_916619  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2840  CDS  NC_008687  7517  9172  -  1656  Acyl-CoA dehydrogenase  YP_916620  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2841  CDS  NC_008687  9330  10103  +  774  hypothetical protein  YP_916621  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2842  CDS  NC_008687  10132  11280  +  1149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  YP_916622  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2843  CDS  NC_008687  11277  11696  +  420  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_916623  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2844  CDS  NC_008687  11693  12208  +  516  hypothetical protein  YP_916624  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2845  CDS  NC_008687  12258  13637  +  1380  glutamate--cysteine ligase  YP_916625  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2846  CDS  NC_008687  13690  14103  -  414  hypothetical protein  YP_916626  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2847  CDS  NC_008687  14216  14827  -  612  TetR family transcriptional regulator  YP_916627  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2848  CDS  NC_008687  14837  15127  -  291  phosphotransferase system, phosphocarrier protein HPr  YP_916628  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2849  CDS  NC_008687  15124  15549  -  426  PTS system fructose subfamily IIA component  YP_916629  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2850  CDS  NC_008687  15574  16533  -  960  hypothetical protein  YP_916630  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2851  CDS  NC_008687  16542  16970  -  429  HPr kinase  YP_916631  normal  0.869678  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2852  CDS  NC_008687  17197  18795  +  1599  phosphoenolpyruvate carboxykinase  YP_916632  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2853  CDS  NC_008687  18955  21219  -  2265  ribonuclease R  YP_916633  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2854  CDS  NC_008687  21264  21485  -  222  putative NAD-dependent formate dehydrogenase delta subunit protein  YP_916634  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2855  CDS  NC_008687  21492  22313  -  822  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  YP_916635  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2856  CDS  NC_008687  22318  25197  -  2880  formate dehydrogenase, alpha subunit  YP_916636  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2857  CDS  NC_008687  25194  26735  -  1542  NADH dehydrogenase (quinone)  YP_916637  normal  0.501493  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2858  CDS  NC_008687  26732  27211  -  480  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  YP_916638  normal  0.0907196  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2859  CDS  NC_008687  27287  28159  -  873  LysR family transcriptional regulator  YP_916639  normal  0.0203947  normal  0.691654  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2860  CDS  NC_008687  28248  28487  -  240  phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS  YP_916640  normal  0.0418182  normal  0.595154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2861  CDS  NC_008687  28499  29263  -  765  phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase  YP_916641  normal  0.0938387  normal  0.374801  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2862  CDS  NC_008687  29411  29725  +  315  hypothetical protein  YP_916642  normal  0.0900552  normal  0.207674  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2863  CDS  NC_008687  29772  31109  -  1338  MATE efflux family protein  YP_916643  normal  0.277434  normal  0.247685  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2864  CDS  NC_008687  31102  31605  -  504  thioesterase superfamily protein  YP_916644  normal  1  normal  0.382014  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2865  CDS  NC_008687  31607  32110  -  504  hypothetical protein  YP_916645  normal  1  normal  0.218944  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2866  CDS  NC_008687  32188  32604  +  417  MerR family transcriptional regulator  YP_916646  normal  0.972531  normal  0.3601  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2867  CDS  NC_008687  32576  33085  +  510  MerR family transcriptional regulator  YP_916647  normal  1  normal  0.374801  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2868  CDS  NC_008687  33110  34888  +  1779  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  YP_916648  normal  1  normal  0.259312  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2869  CDS  NC_008687  35165  35806  +  642  glutathione S-transferase domain-containing protein  YP_916649  normal  0.491062  normal  0.211367  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2870  CDS  NC_008687  35803  37014  +  1212  acetyl-CoA acetyltransferase  YP_916650  normal  1  normal  0.246253  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2871  CDS  NC_008687  37026  39209  +  2184  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  YP_916651  normal  0.685075  normal  0.780394  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2872  CDS  NC_008687  39349  40356  -  1008  ribokinase-like domain-containing protein  YP_916652  normal  1  normal  0.417432  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2873  CDS  NC_008687  40353  41021  -  669  endonuclease III  YP_916653  normal  1  normal  0.407783  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2874  CDS  NC_008687  41122  41718  +  597  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  YP_916654  normal  1  normal  0.396011  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2875  CDS  NC_008687  41880  42527  +  648  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_916655  normal  1  normal  0.616396  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2876  CDS  NC_008687  42697  43251  -  555  F0F1 ATP synthase subunit B  YP_916656  normal  1  normal  0.627654  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2877  CDS  NC_008687  43248  43895  -  648  F0F1 ATP synthase subunit B'  YP_916657  normal  1  normal  0.390438  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2878  CDS  NC_008687  43975  44208  -  234  F0F1 ATP synthase subunit C  YP_916658  normal  1  normal  0.36602  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2879  CDS  NC_008687  44268  45014  -  747  F0F1 ATP synthase subunit A  YP_916659  normal  0.775771  normal  0.224886  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2880  CDS  NC_008687  45017  45358  -  342  hypothetical protein  YP_916660  normal  0.737806  normal  0.211367  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2881  CDS  NC_008687  45545  45901  +  357  regulatory protein, ArsR  YP_916661  normal  0.915144  normal  0.213963  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2882  CDS  NC_008687  45967  47568  -  1602  5'-nucleotidase domain-containing protein  YP_916662  normal  1  normal  0.255702  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2883  CDS  NC_008687  47660  48034  +  375  hypothetical protein  YP_916663  normal  0.646253  normal  0.212709  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2884  CDS  NC_008687  48031  49089  +  1059  dihydroorotate dehydrogenase 2  YP_916664  normal  0.604119  normal  0.126993  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2885  CDS  NC_008687  49086  49925  -  840  serine O-acetyltransferase  YP_916665  normal  0.236188  normal  0.13112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2886  CDS  NC_008687  49990  50712  -  723  hypothetical protein  YP_916666  normal  0.0470567  normal  0.128421  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2887  CDS  NC_008687  50705  54595  -  3891  putative phage host specificity protein  YP_916667  normal  0.0568102  normal  0.211291  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2888  CDS  NC_008687  54614  55039  -  426  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  YP_916668  normal  0.0230434  normal  0.227689  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2889  CDS  NC_008687  55036  55854  -  819  phage protein  YP_916669  normal  0.0194233  normal  0.242623  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2890  CDS  NC_008687  55851  56492  -  642  hypothetical protein  YP_916670  normal  0.0594932  normal  0.240376  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2891  CDS  NC_008687  56485  57156  -  672  phage-related minor tail protein-like  YP_916671  normal  0.402699  normal  0.245  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2892  CDS  NC_008687  57181  57393  -  213  hypothetical protein  YP_916672  normal  0.35936  normal  0.223625  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2893  CDS  NC_008687  57390  57707  -  318  hypothetical protein  YP_916673  normal  0.597202  normal  0.233467  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2894  CDS  NC_008687  57709  58122  -  414  TP901-1 family phage major tail protein  YP_916674  normal  1  normal  0.232162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2895  CDS  NC_008687  58135  58554  -  420  hypothetical protein  YP_916675  normal  1  normal  0.239148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2896  CDS  NC_008687  58551  58901  -  351  head-tail adaptor, putative  YP_916676  normal  1  normal  0.229996  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2897  CDS  NC_008687  58898  59515  -  618  hypothetical protein  YP_916677  normal  1  normal  0.239148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2898  CDS  NC_008687  59644  60810  -  1167  HK97 family phage major capsid protein  YP_916678  normal  0.593833  normal  0.443807  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2899  CDS  NC_008687  60834  61391  -  558  HK97 family phage prohead protease  YP_916679  normal  0.575479  normal  0.417432  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2900  CDS  NC_008687  61372  61605  -  234  hypothetical protein  YP_916680  normal  0.240418  normal  0.409634  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2901  CDS  NC_008687  61607  62809  -  1203  HK97 family phage portal protein  YP_916681  normal  0.149993  normal  0.456883  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2902  CDS  NC_008687  62958  64349  -  1392  hypothetical protein  YP_916682  normal  0.176162  normal  0.456883  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2903  CDS  NC_008687  64871  66049  -  1179  aminodeoxychorismate lyase  YP_916683  normal  0.167786  normal  0.431828  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2904  CDS  NC_008687  66046  67308  -  1263  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  YP_916684  normal  0.264185  normal  0.421653  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2905  CDS  NC_008687  67429  68199  -  771  enoyl-CoA hydratase/isomerase  YP_916685  normal  0.433912  normal  0.369863  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2906  CDS  NC_008687  68209  69336  -  1128  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  YP_916686  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2907  CDS  NC_008687  69333  70514  -  1182  acetyl-CoA acetyltransferases  YP_916687  normal  1  normal  0.664042  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2908  CDS  NC_008687  70527  71294  -  768  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_916688  normal  1  normal  0.415659  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2909  CDS  NC_008687  71302  72993  -  1692  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_916689  normal  0.522952  normal  0.436285  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2910  CDS  NC_008687  73096  74118  +  1023  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_916690  normal  0.659583  normal  0.411492  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2911  CDS  NC_008687  74075  75058  -  984  hypothetical protein  YP_916691  normal  0.55532  normal  0.436285  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2912  CDS  NC_008687  75215  76324  -  1110  replication protein, putative  YP_916692  normal  0.595815  normal  0.431828  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2913  CDS  NC_008687  76321  77625  -  1305  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_916693  normal  0.018827  normal  0.268848  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2914  CDS  NC_008687  78109  78783  +  675  hypothetical protein  YP_916694  normal  0.0369811  normal  0.434108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2915  CDS  NC_008687  78876  79133  +  258  hypothetical protein  YP_916695  normal  0.0234113  normal  0.384152  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2916  CDS  NC_008687  79269  80231  +  963  biotin synthase  YP_916696  normal  0.113509  normal  0.431828  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2917  CDS  NC_008687  80228  81343  +  1116  8-amino-7-oxononanoate synthase  YP_916697  normal  0.177659  normal  0.441598  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2918  CDS  NC_008687  81340  81948  +  609  dithiobiotin synthetase  YP_916698  normal  0.295464  normal  0.67832  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2919  CDS  NC_008687  81948  83231  +  1284  adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase  YP_916699  normal  0.100496  normal  0.447547  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2920  CDS  NC_008687  83228  83836  +  609  hypothetical protein  YP_916700  normal  0.0786757  normal  0.632979  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2921  CDS  NC_008687  83833  84576  +  744  methyltransferase type 11  YP_916701  normal  0.0384761  normal  0.654271  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2922  CDS  NC_008687  84573  85238  -  666  GntR family transcriptional regulator  YP_916702  normal  0.0278565  normal  0.64241  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2923  CDS  NC_008687  85282  85866  -  585  2',5' RNA ligase  YP_916703  normal  0.0916331  normal  0.627654  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2924  CDS  NC_008687  85916  86572  -  657  hypothetical protein  YP_916704  normal  0.0363657  normal  0.622001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2925  CDS  NC_008687  86569  87984  -  1416  iron-sulfur cluster binding protein  YP_916705  normal  0.117393  normal  0.697669  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2926  CDS  NC_008687  87981  88751  -  771  hypothetical protein  YP_916706  normal  0.0345775  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2927  CDS  NC_008687  88761  90527  -  1767  L-lactate transport  YP_916707  normal  0.166776  normal  0.708084  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2928  CDS  NC_008687  90605  92314  -  1710  D-lactate dehydrogenase  YP_916708  normal  0.366803  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2929  CDS  NC_008687  92529  93302  +  774  GntR domain-containing protein  YP_916709  normal  0.532881  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2930  CDS  NC_008687  93367  93633  +  267  hypothetical protein  YP_916710  normal  0.828629  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2931  CDS  NC_008687  93763  95139  +  1377  gluconate transporter  YP_916711  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_2932  CDS  NC_008687  95148  95651  +  504  carbohydrate kinase  YP_916712  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 17    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>