2879 genes were found for organism Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 29    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Tbd_0001  CDS  NC_007404  137  1510  +  1374  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_313759  normal  1  normal  1  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0002  CDS  NC_007404  1689  2792  +  1104  DNA polymerase III, beta subunit  YP_313760  normal  0.870835  normal  1  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0003  CDS  NC_007404  2860  5331  +  2472  DNA gyrase subunit B  YP_313761  normal  1  normal  1  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0004  CDS  NC_007404  5337  5705  +  369  hypothetical protein  YP_313762  normal  1  normal  1  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0005  CDS  NC_007404  5684  5941  +  258  hypothetical protein  YP_313763  normal  1  normal  1  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0006  CDS  NC_007404  6165  6620  -  456  hypothetical protein  YP_313764  normal  1  normal  1  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0007  CDS  NC_007404  6865  7161  -  297  histone-like DNA-binding protein  YP_313765  normal  1  normal  1  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0008  CDS  NC_007404  7358  8500  -  1143  rhodanese-like protein  YP_313766  normal  1  normal  0.612514  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0009  CDS  NC_007404  8567  8959  -  393  hypothetical protein  YP_313767  normal  1  normal  0.514048  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0010  CDS  NC_007404  8962  11535  -  2574  DNA topoisomerase I  YP_313768  normal  1  normal  0.301606  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0011  CDS  NC_007404  11542  11988  -  447  Smg protein  YP_313769  normal  1  normal  0.222032  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0012  CDS  NC_007404  11993  12955  -  963  SMF protein  YP_313770  normal  1  normal  0.143146  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0013  CDS  NC_007404  13054  14265  -  1212  peptidoglycan-binding LysM-like protein  YP_313771  normal  1  normal  0.154454  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0014  CDS  NC_007404  14400  14933  +  534  peptide deformylase  YP_313772  normal  1  normal  0.220664  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0015  CDS  NC_007404  14943  15872  +  930  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_313773  normal  1  normal  0.229268  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0016  CDS  NC_007404  15974  17230  +  1257  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  YP_313774  normal  0.398476  normal  0.248834  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0017  CDS  NC_007404  17235  17837  +  603  proline rich signal peptide protein  YP_313775  normal  1  normal  0.127267  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0018  CDS  NC_007404  17837  19969  +  2133  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  YP_313776  normal  1  normal  0.2698  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0019  CDS  NC_007404  19966  21240  +  1275  two component Fis family transcriptional regulator  YP_313777  normal  1  normal  0.217538  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0020  CDS  NC_007404  21257  22630  +  1374  potassium transporter peripheral membrane component  YP_313778  normal  1  normal  0.220664  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0021  CDS  NC_007404  22630  24096  +  1467  trk system potassium uptake membrane protein TrkH  YP_313779  normal  0.432233  normal  0.139805  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0022  CDS  NC_007404  24148  25605  +  1458  trk system potassium uptake membrane protein  YP_313780  normal  0.78231  normal  0.131374  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0023  CDS  NC_007404  25606  25941  +  336  TPR repeat-containing protein  YP_313781  normal  0.727906  normal  0.110544  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0024  CDS  NC_007404  25961  26236  +  276  hypothetical protein  YP_313782  normal  0.828588  normal  0.104747  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0025  CDS  NC_007404  26294  26995  -  702  phosphate uptake regulator, PhoU  YP_313783  normal  1  normal  0.115861  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0026  CDS  NC_007404  27068  27481  -  414  hypothetical protein  YP_313784  normal  1  normal  0.110544  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0027  CDS  NC_007404  27478  28416  -  939  hypothetical protein  YP_313785  normal  1  normal  0.132128  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0028  CDS  NC_007404  28413  29255  -  843  ATPase  YP_313786  normal  1  normal  0.0705575  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0029  CDS  NC_007404  29347  30570  -  1224  bifunctional ornithine acetyltransferase/N-acetylglutamate synthase protein  YP_313787  normal  1  normal  0.0199345  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0030  CDS  NC_007404  30626  30946  -  321  hypothetical protein  YP_313788  normal  0.802325  normal  0.0145294  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0031  CDS  NC_007404  31004  31342  -  339  hypothetical protein  YP_313789  normal  0.648247  normal  0.0148032  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0032  CDS  NC_007404  31407  32003  -  597  hypothetical protein  YP_313790  normal  0.0939152  normal  0.0653958  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0033  CDS  NC_007404  32000  35269  -  3270  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  YP_313791  normal  1  normal  0.115384  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0034  CDS  NC_007404  35262  37772  -  2511  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  YP_313792  normal  1  normal  0.0563603  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0035  CDS  NC_007404  37874  38197  -  324  7Fe ferredoxin  YP_313793  normal  1  normal  0.0695181  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0036  CDS  NC_007404  38365  38691  +  327  thioredoxin  YP_313794  normal  1  normal  0.0705575  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0037  CDS  NC_007404  38806  40065  +  1260  transcription termination factor Rho  YP_313795  normal  1  normal  0.245355  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0038  CDS  NC_007404  40112  40225  +  114  hypothetical protein  YP_313796  normal  1  normal  0.201612  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0039  CDS  NC_007404  40346  40552  +  207  50S ribosomal protein L31  YP_313797  normal  1  normal  0.196539  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0040  CDS  NC_007404  40581  42122  +  1542  hypothetical protein  YP_313798  normal  1  normal  0.257159  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0041  CDS  NC_007404  42112  43671  +  1560  hypothetical protein  YP_313799  normal  1  normal  0.400178  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0042  CDS  NC_007404  43678  44238  +  561  molybdenum cofactor guanylyltransferase  YP_313800  normal  1  normal  0.722264  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0043  CDS  NC_007404  44243  44992  -  750  hypothetical protein  YP_313801  normal  0.53286  normal  0.734232  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0044  CDS  NC_007404  45016  46248  -  1233  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  YP_313802  normal  1  normal  0.756512  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0045  CDS  NC_007404  46250  46630  -  381  ring-cleaving dioxygenase  YP_313803  normal  0.985794  normal  1  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0046  CDS  NC_007404  46631  47677  -  1047  glycolate oxidase FAD binding subunit  YP_313804  normal  1  normal  1  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0047  CDS  NC_007404  47677  49128  -  1452  glycolate oxidase, subunit GlcD  YP_313805  normal  0.424124  normal  1  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0048  CDS  NC_007404  49133  50467  -  1335  hypothetical protein  YP_313806  normal  1  normal  1  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0049  CDS  NC_007404  50491  52728  -  2238  hypothetical protein  YP_313807  normal  0.0320211  normal  0.595006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0050  CDS  NC_007404  52821  53594  +  774  IclR family transcriptional regulator  YP_313808  normal  1  normal  0.676674  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0051  CDS  NC_007404  53780  54847  +  1068  hypothetical protein  YP_313809  normal  0.614818  normal  0.686067  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0052  CDS  NC_007404  55109  55648  +  540  glycine cleavage system transcriptional repressor  YP_313810  normal  0.824677  normal  0.630988  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0053  CDS  NC_007404  55791  56756  -  966  hypothetical protein  YP_313811  normal  1  normal  0.468878  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0054  CDS  NC_007404  56780  57442  -  663  hypothetical protein  YP_313812  normal  1  normal  0.473477  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0055  CDS  NC_007404  57493  58074  +  582  cytochrome c family protein  YP_313813  normal  1  normal  0.457819  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0056  CDS  NC_007404  58176  59510  +  1335  signal transduction protein  YP_313814  normal  0.680301  normal  0.542378  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0057  CDS  NC_007404  59951  60883  -  933  hypothetical protein  YP_313815  normal  1  normal  0.771152  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0058  CDS  NC_007404  60870  62672  -  1803  ribonucleoside-diphosphate reductase alpha chain  YP_313816  normal  1  normal  0.614722  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0059  CDS  NC_007404  62766  63749  +  984  serine/threonine protein kinase  YP_313817  normal  0.39318  normal  0.522775  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0060  CDS  NC_007404  63763  65529  +  1767  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  YP_313818  normal  0.157876  normal  0.58042  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0061  CDS  NC_007404  65522  66826  +  1305  lytic murein transglycosylase  YP_313819  normal  0.266485  normal  0.550387  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0062  CDS  NC_007404  66883  67284  +  402  hypothetical protein  YP_313820  normal  0.521251  normal  0.69757  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0063  CDS  NC_007404  67281  67598  +  318  hypothetical protein  YP_313821  normal  0.332294  normal  0.69757  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0064  CDS  NC_007404  67635  68303  -  669  putative cytochrome C precursor  YP_313822  normal  0.215607  normal  0.502569  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0065  CDS  NC_007404  68396  69286  -  891  hypothetical protein  YP_313823  normal  0.207446  normal  0.363936  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0066  CDS  NC_007404  69293  69709  -  417  GreA/GreB family elongation factor  YP_313824  normal  0.0787591  normal  0.343194  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0067  CDS  NC_007404  69883  70539  -  657  hypothetical protein  YP_313825  normal  0.607373  normal  0.354369  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0068  CDS  NC_007404  70570  71208  +  639  metallo-beta-lactamase superfamily protein  YP_313826  normal  0.0554126  normal  0.354369  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0069  CDS  NC_007404  71231  72136  -  906  arginase  YP_313827  normal  0.844337  normal  0.38837  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0070  CDS  NC_007404  72194  73747  -  1554  nitrite reductase (NO-forming)  YP_313828  normal  0.532245  normal  0.428629  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0071  CDS  NC_007404  73747  74946  -  1200  Elongator protein 3/MiaB/NifB  YP_313829  normal  0.180935  normal  0.590405  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0072  CDS  NC_007404  74957  75457  -  501  AsnC family transcriptional regulator  YP_313830  normal  0.598742  normal  0.790433  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0073  CDS  NC_007404  75454  75897  -  444  AsnC family transcriptional regulator  YP_313831  normal  0.302073  normal  0.744258  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0074  CDS  NC_007404  75897  76901  -  1005  AsnC family transcriptional regulator  YP_313832  normal  1  normal  0.578011  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0075  CDS  NC_007404  76898  78073  -  1176  heme d1 biosynthesis protein NirF  YP_313833  normal  1  normal  0.61983  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0076  CDS  NC_007404  78063  78359  -  297  hypothetical protein  YP_313834  normal  1  normal  0.518394  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0077  CDS  NC_007404  78456  80183  -  1728  nitrite reductase (NO-forming)  YP_313835  normal  0.157876  normal  0.459085  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0078  CDS  NC_007404  80265  82142  -  1878  regulator of nitric oxide reductase transcription  YP_313836  normal  1  normal  0.196865  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0079  CDS  NC_007404  82263  82940  +  678  Crp/FNR family transcriptional regulator  YP_313837  normal  0.849443  normal  0.162256  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0080  CDS  NC_007404  83013  83366  -  354  hypothetical protein  YP_313838  normal  0.671029  normal  0.262042  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0081  CDS  NC_007404  83363  84241  -  879  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  YP_313839  normal  1  normal  0.280871  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0082  CDS  NC_007404  84238  85194  -  957  hypothetical protein  YP_313840  normal  1  normal  0.311309  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0083  CDS  NC_007404  85295  86260  -  966  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase-like protein  YP_313841  normal  1  normal  0.306187  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0084  CDS  NC_007404  86420  88381  +  1962  histidine kinase  YP_313842  normal  1  normal  0.218046  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0085  CDS  NC_007404  88385  90601  +  2217  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  YP_313843  normal  1  normal  0.127866  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0086  CDS  NC_007404  91054  91395  +  342  hypothetical protein  YP_313844  normal  1  normal  0.165397  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0087  CDS  NC_007404  91560  91826  +  267  hypothetical protein  YP_313845  normal  1  normal  0.161414  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0088  CDS  NC_007404  91851  93665  +  1815  sodium:solute symporter family protein  YP_313846  normal  1  normal  0.208798  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0089  CDS  NC_007404  93724  94425  -  702  exonuclease  YP_313847  normal  1  normal  0.289343  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0090  CDS  NC_007404  94422  96311  -  1890  CBS signal-transduction protein  YP_313848  normal  1  normal  0.382061  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0091  CDS  NC_007404  96510  98153  -  1644  chaperonin GroEL (Hsp60, Cpn10)  YP_313849  decreased coverage  0.0000116999  normal  0.52877  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0092  CDS  NC_007404  98205  98495  -  291  co-chaperonin GroES  YP_313850  hitchhiker  0.00000241636  normal  0.390298  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0093  CDS  NC_007404  98567  99961  +  1395  aminotransferase  YP_313851  hitchhiker  0.00197606  normal  0.455316  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0094  CDS  NC_007404  100137  100613  +  477  hypothetical protein  YP_313852  normal  0.0475359  normal  0.385646  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0095  CDS  NC_007404  100853  102277  +  1425  metallo-beta-lactamase superfamily protein  YP_313853  normal  0.04699  normal  0.438592  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0096  CDS  NC_007404  102280  103338  +  1059  phospholipase  YP_313854  normal  0.0828092  normal  0.259648  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0097  CDS  NC_007404  103358  104245  -  888  serine protease  YP_313855  normal  0.222213  normal  0.251032  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0098  CDS  NC_007404  104260  105540  +  1281  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  YP_313856  normal  0.15381  normal  0.264106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0099  CDS  NC_007404  105540  106568  +  1029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_313857  normal  1  normal  0.251032  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Tbd_0100  CDS  NC_007404  106695  108335  +  1641  signal transduction protein  YP_313858  normal  0.114046  normal  0.288231  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 29    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>