4745 genes were found for organism Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 48    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
SO_0001  CDS  NC_004347  334  774  -  441  flavodoxin  NP_715643  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0002  CDS  NC_004347  954  2504  +  1551  proton/peptide symporter family protein  NP_715644  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0003  CDS  NC_004347  2589  3962  -  1374  tRNA modification GTPase TrmE  NP_715645  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0004  CDS  NC_004347  4058  5683  -  1626  inner membrane protein, 60 kDa  NP_715646  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0005  CDS  NC_004347  5687  5941  -  255  hypothetical protein  NP_715647  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0006  CDS  NC_004347  5908  6264  -  357  ribonuclease P  NP_715648  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0007  CDS  NC_004347  6281  6418  -  138  50S ribosomal protein L34  NP_715649  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0008  CDS  NC_004347  6873  8255  +  1383  chromosomal replication initiation protein  NP_715650  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0009  CDS  NC_004347  8276  9376  +  1101  DNA polymerase III, beta subunit  NP_715651  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0010  CDS  NC_004347  9539  10621  +  1083  recombination protein F  NP_715652  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0011  CDS  NC_004347  10638  13055  +  2418  DNA gyrase, B subunit  NP_715653  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0012  CDS  NC_004347  13129  13791  -  663  glutathione S-transferase family protein  NP_715654  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0013  CDS  NC_004347  14311  15111  +  801  hypothetical protein  NP_715655  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0014  CDS  NC_004347  15180  17246  -  2067  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  NP_715656  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0015  CDS  NC_004347  17256  18161  -  906  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  NP_715657  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0016  CDS  NC_004347  18279  18854  +  576  DNA-3-methyladenine glycosidase I  NP_715658  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0017  CDS  NC_004347  18941  22090  -  3150  amidohydrolase  NP_715659  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0018  CDS  NC_004347  22330  22767  -  438  hypothetical protein  NP_715660  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0019  CDS  NC_004347  22815  23060  -  246  sulfur transfer protein SirA  NP_715661  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0020  CDS  NC_004347  23307  24470  -  1164  3-ketoacyl-CoA thiolase  NP_715662  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0021  CDS  NC_004347  24493  26643  -  2151  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  NP_715663  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0022  CDS  NC_004347  27069  28388  +  1320  proline dipeptidase  NP_715664  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0023  CDS  NC_004347  28404  29018  +  615  hypothetical protein  NP_715665  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0024  CDS  NC_004347  29096  30556  +  1461  potassium uptake protein TrkH  NP_715666  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0025  CDS  NC_004347  30558  31082  +  525  flavodoxin  NP_715667  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0026  CDS  NC_004347  31147  31455  -  309  ArsR family transcriptional regulator  NP_715668  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0027  CDS  NC_004347  31656  32210  +  555  protoporphyrinogen oxidase, putative  NP_715669  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0028  CDS  NC_004347  32252  33694  -  1443  potassium uptake protein TrkH  NP_715670  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0029  CDS  NC_004347  33706  35115  -  1410  potassium transporter peripheral membrane component  NP_715671  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0030  CDS  NC_004347  35131  36417  -  1287  sun protein  NP_715672  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0031  CDS  NC_004347  36420  37376  -  957  methionyl-tRNA formyltransferase  NP_715673  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0032  CDS  NC_004347  37392  37898  -  507  peptide deformylase  NP_715674  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0033  CDS  NC_004347  38024  39160  +  1137  LysM domain-containing protein  NP_715675  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0034  CDS  NC_004347  39244  40260  +  1017  DNA processing protein DprA, putative  NP_715676  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0035  CDS  NC_004347  40263  40739  +  477  smg protein  NP_715677  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0036  CDS  NC_004347  40852  41418  +  567  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  NP_715678  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0037  CDS  NC_004347  41557  42123  +  567  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  NP_715679  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0038  CDS  NC_004347  42152  43060  +  909  coproporphyrinogen III oxidase  NP_715680  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0039  CDS  NC_004347  43090  43527  -  438  globin  NP_715681  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0040  CDS  NC_004347  43717  44580  +  864  shikimate 5-dehydrogenase  NP_715682  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0041  CDS  NC_004347  44606  44881  +  276  hypothetical protein  NP_715683  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0042  CDS  NC_004347  44973  45521  -  549  carbonic anhydrase  NP_715684  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0043  CDS  NC_004347  45835  45951  +  117  hypothetical protein  NP_715685  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0044  CDS  NC_004347  51728  51979  +  252  hypothetical protein  NP_715686  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0045  CDS  NC_004347  52004  52459  +  456  Rrf2 family protein  NP_715687  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0046  CDS  NC_004347  52434  53189  -  756  hypothetical protein  NP_715688  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0047  CDS  NC_004347  53199  54407  -  1209  carboxyl-terminal protease, putative  NP_715689  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0048  CDS  NC_004347  54456  55490  -  1035  M24/M37 family peptidase  NP_715690  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0049  CDS  NC_004347  55600  57144  -  1545  phosphoglyceromutase  NP_715691  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0050  CDS  NC_004347  57409  57843  +  435  rhodanese domain-containing protein  NP_715692  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0051  CDS  NC_004347  57826  57918  -  93  hypothetical protein  NP_715693  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0052  CDS  NC_004347  58105  58578  +  474  preprotein translocase subunit SecB  NP_715694  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0053  CDS  NC_004347  58583  59599  +  1017  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  NP_715695  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0054  CDS  NC_004347  59949  61139  +  1191  hypothetical protein  NP_715696  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0055  CDS  NC_004347  61362  63041  -  1680  hypothetical protein  NP_715697  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0056  CDS  NC_004347  63429  64187  +  759  transporter, putative  NP_715698  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0057  CDS  NC_004347  64299  65660  -  1362  Trk family potassium uptake protein  NP_715699  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0058  CDS  NC_004347  65662  66360  -  699  potassium uptake protein, putative  NP_715700  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0059  CDS  NC_004347  66406  67095  -  690  transcriptional regulatory protein KdpE  NP_715701  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0060  CDS  NC_004347  67096  68142  -  1047  sensor histidine kinase  NP_715702  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0061  CDS  NC_004347  68407  68871  +  465  NLP/P60 family lipoprotein  NP_715703  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0062  CDS  NC_004347  69205  69591  +  387  hypothetical protein  NP_715704  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0063  CDS  NC_004347  69588  70895  +  1308  hypothetical protein  NP_715705  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0065  CDS  NC_004347  71134  71667  +  534  molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA  NP_715707  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0066  CDS  NC_004347  72364  78060  +  5697  hypothetical protein  NP_715708  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0067  CDS  NC_004347  78057  80339  +  2283  penicillin-binding protein 1C, putative  NP_715709  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0068  CDS  NC_004347  80364  80609  -  246  hypothetical protein  NP_715710  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0069  CDS  NC_004347  80667  81806  -  1140  transport protein, putative  NP_715711  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0070  CDS  NC_004347  81904  82638  -  735  ATP-binding transport protein NatA  NP_715712  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0071  CDS  NC_004347  82641  84260  -  1620  alpha/beta fold family hydrolase  NP_715713  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0072  CDS  NC_004347  84353  84724  +  372  GntR family transcriptional regulator  NP_715714  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0073  CDS  NC_004347  84765  85628  +  864  ABC transporter, ATP-binding protein  NP_715715  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0074  CDS  NC_004347  85625  86932  +  1308  hypothetical protein  NP_715716  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0075  CDS  NC_004347  87148  88854  +  1707  AMP-binding family protein  NP_715717  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0076  CDS  NC_004347  88995  91481  +  2487  hypothetical protein  NP_715718  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0077  CDS  NC_004347  91601  92017  +  417  4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase  NP_715719  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0078  CDS  NC_004347  92009  92812  -  804  hypothetical protein  NP_715720  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0079  CDS  NC_004347  92857  93123  -  267  hypothetical protein  NP_715721  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0080  CDS  NC_004347  93185  93613  -  429  4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase  NP_715722  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0081  CDS  NC_004347  93827  94156  +  330  hypothetical protein  NP_715723  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0082  CDS  NC_004347  94160  94516  +  357  MerR family transcriptional regulator  NP_715724  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0083  CDS  NC_004347  94704  95090  +  387  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  NP_715725  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0084  CDS  NC_004347  95148  95828  -  681  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1 family protein  NP_715726  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0085  CDS  NC_004347  96204  96626  +  423  hypothetical protein  NP_715727  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0086  CDS  NC_004347  96994  97095  +  102  hypothetical protein  NP_715728  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0087  CDS  NC_004347  97161  97721  +  561  hypothetical protein  NP_715729  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0088  CDS  NC_004347  97916  98515  -  600  hypothetical protein  NP_715730  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0089  CDS  NC_004347  98370  98540  +  171  hypothetical protein  NP_715731  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0090  CDS  NC_004347  98787  99329  +  543  hypothetical protein  NP_715732  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0091  CDS  NC_004347  99494  100090  -  597  hypothetical protein  NP_715733  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0092  CDS  NC_004347  100249  100959  -  711  purine nucleoside phosphorylase  NP_715734  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0093  CDS  NC_004347  100974  102194  -  1221  NupC family protein  NP_715735  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0094  CDS  NC_004347  102352  102489  +  138  hypothetical protein  NP_715736  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0095  CDS  NC_004347  102534  103760  -  1227  imidazolonepropionase  NP_715737  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0096  CDS  NC_004347  103967  104674  +  708  histidine utilization repressor  NP_715738  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0097  CDS  NC_004347  104801  106471  +  1671  urocanate hydratase  NP_715739  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0098  CDS  NC_004347  106536  108077  +  1542  histidine ammonia-lyase  NP_715740  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0101  CDS  NC_004347  108703  111717  +  3015  selenium-containing formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit  NP_715743  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0102  CDS  NC_004347  111720  112634  +  915  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  NP_715744  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_0103  CDS  NC_004347  112631  113272  +  642  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  NP_715745  n/a    n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 48    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>