83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3016 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_2927  LPS-assembly lipoprotein RlpB  100 
 
 		 207 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1843  LPS-assembly lipoprotein RlpB  100 
 
 		 207 aa  419  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3016  LPS-assembly lipoprotein RlpB  100 
 
 		 207 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.446987  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3145  LPS-assembly lipoprotein RlpB  69.89 
 
 		 184 aa  266  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1186  LPS-assembly lipoprotein RlpB  71.26 
 
 		 184 aa  266  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250685  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1206  LPS-assembly lipoprotein RlpB  74.85 
 
 		 186 aa  249  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2959  LPS-assembly lipoprotein RlpB  66.47 
 
 		 184 aa  226  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0750  LPS-assembly lipoprotein RlpB  51.53 
 
 		 196 aa  207  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0807  LPS-assembly lipoprotein RlpB  51.53 
 
 		 196 aa  207  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.914545 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0763  LPS-assembly lipoprotein RlpB  51.53 
 
 		 196 aa  207  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.447901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0704  LPS-assembly lipoprotein RlpB  51.53 
 
 		 196 aa  207  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.712434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0690  LPS-assembly lipoprotein RlpB  51.02 
 
 		 196 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0364606  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1097  LPS-assembly lipoprotein RlpB  59.73 
 
 		 182 aa  201  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.590366  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0730  LPS-assembly lipoprotein RlpB  53.18 
 
 		 193 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3004  LPS-assembly lipoprotein RlpB  53.18 
 
 		 193 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00131027  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2985  Rare lipoprotein B  50.87 
 
 		 193 aa  192  4e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000576155  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00599  hypothetical protein  50.87 
 
 		 193 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.025084  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0693  LPS-assembly lipoprotein RlpB  50.87 
 
 		 193 aa  192  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00387404  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0667  LPS-assembly lipoprotein RlpB  50.87 
 
 		 193 aa  192  4e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000932859  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0661  LPS-assembly lipoprotein RlpB  50.87 
 
 		 193 aa  192  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0110358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0610  LPS-assembly lipoprotein RlpB  50.87 
 
 		 193 aa  192  4e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00711824  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00610  minor lipoprotein  50.87 
 
 		 193 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0274387  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1175  LPS-assembly lipoprotein RlpB  48.84 
 
 		 189 aa  177  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.126781 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1556  rare lipoprotein B  39.88 
 
 		 167 aa  134  7.000000000000001e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.22375  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0996  rare lipoprotein B  40.76 
 
 		 164 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  normal  0.100935 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1061  rare lipoprotein B  40.76 
 
 		 164 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.702288  hitchhiker  0.00672321 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1000  rare lipoprotein B  40.76 
 
 		 164 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00115178  normal  0.163142 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1173  rare lipoprotein B  40.76 
 
 		 164 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3144  rare lipoprotein B  43.29 
 
 		 164 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000366189  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0989  rare lipoprotein B precursor  42.04 
 
 		 210 aa  129  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.193759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2864  rare lipoprotein B  39.75 
 
 		 164 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.012268  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1097  Rare lipoprotein B  40.38 
 
 		 164 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0312036  hitchhiker  0.000000000546863 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3448  rare lipoprotein B  40.38 
 
 		 164 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.124406  hitchhiker  0.000604669 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3270  rare lipoprotein B  40.38 
 
 		 164 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.527962  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3703  rare lipoprotein B  39.39 
 
 		 164 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00988017  hitchhiker  0.0000022488 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3312  rare lipoprotein B  39.74 
 
 		 164 aa  124  7e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000159395  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2583  rare lipoprotein B  39.38 
 
 		 164 aa  123  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.259622  normal  0.446935 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3480  rare lipoprotein B  38.36 
 
 		 164 aa  122  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0408224  hitchhiker  0.000000129712 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01221  hypothetical protein  42.42 
 
 		 185 aa  122  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2930  rare lipoprotein B  38.99 
 
 		 164 aa  122  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.692064  decreased coverage  0.00636409 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004218  LPS-assembly lipoprotein RlpB precursor  40.61 
 
 		 179 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00101724  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0704  rare lipoprotein B  39.13 
 
 		 169 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00180129  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0477  rare lipoprotein B  37.36 
 
 		 213 aa  116  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.421577  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0796  rare lipoprotein B  35.9 
 
 		 165 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.256578  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1721  rare lipoprotein B  36.6 
 
 		 167 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1565  rare lipoprotein B  28.57 
 
 		 173 aa  87  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1190  rare lipoprotein B  30.32 
 
 		 171 aa  85.1  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1120  hypothetical protein  28.41 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.904149  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1452  rare lipoprotein B  29.56 
 
 		 172 aa  55.8  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.334843  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12210  hypothetical protein  27.17 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4813  lipoprotein, putative  28.72 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4353  rare lipoprotein B  28.26 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1301  hypothetical protein  30.63 
 
 		 163 aa  53.1  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1300  hypothetical protein  30.63 
 
 		 163 aa  53.1  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1310  rare lipoprotein B  27.12 
 
 		 202 aa  52.8  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3787  rare lipoprotein B  30 
 
 		 203 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0786655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2911  Rare lipoprotein B  24.52 
 
 		 194 aa  51.2  0.000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2156  rare lipoprotein B  27.17 
 
 		 179 aa  51.2  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1377  rare lipoprotein B precursor  27.12 
 
 		 220 aa  49.7  0.00003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0925703  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0512  rare lipoprotein B  29.03 
 
 		 170 aa  49.3  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2278  rare lipoprotein B  23.7 
 
 		 177 aa  49.3  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6002  rare lipoprotein B  32.45 
 
 		 168 aa  48.5  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4670  rare lipoprotein B  22.75 
 
 		 201 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4958  rare lipoprotein B  26.42 
 
 		 201 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.665092 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0626  rare lipoprotein B  24.84 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.544566  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4795  rare lipoprotein B  22.75 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.167693 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2833  rare lipoprotein B  26.67 
 
 		 168 aa  45.8  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0423  Rare lipoprotein B  33.11 
 
 		 173 aa  45.4  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2745  rare lipoprotein B  30.14 
 
 		 191 aa  45.1  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2664  rare lipoprotein B  23.33 
 
 		 161 aa  44.7  0.0009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167141  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0622  rare lipoprotein B  30.99 
 
 		 183 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.696129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3309  hypothetical protein  26.74 
 
 		 170 aa  44.7  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0269686 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4848  rare lipoprotein B  22.16 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0550  rare lipoprotein B  30.99 
 
 		 183 aa  42.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.951717  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3741  rare lipoprotein B  31.71 
 
 		 177 aa  42.7  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0664658 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0576  rare lipoprotein B  30.99 
 
 		 183 aa  42.7  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2444  putative lipoprotein B precursor transmembrane  28.08 
 
 		 163 aa  42.4  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.553692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1201  Rare lipoprotein B  25.69 
 
 		 175 aa  41.6  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.877221  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0172  rare lipoprotein B  30.49 
 
 		 176 aa  41.6  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0655  rare lipoprotein B  30.49 
 
 		 176 aa  41.6  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2572  Rare lipoprotein B  28.86 
 
 		 174 aa  41.2  0.01  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136179  normal  0.613264 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0458  rare lipoprotein B, putative  30.82 
 
 		 172 aa  41.2  0.01  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0472132  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0618  Rare lipoprotein B-like protein  30.82 
 
 		 172 aa  41.2  0.01  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>