45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6304 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6304  hypothetical protein  100 
 
 
95 aa  191  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618316  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4646  integral membrane protein-like  57.14 
 
 
114 aa  108  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2191  hypothetical protein  79.37 
 
 
92 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.969012  normal  0.810634 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1030  hypothetical protein  70.51 
 
 
95 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.89878 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3065  hypothetical protein  79.37 
 
 
95 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.516609  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0993  hypothetical protein  77.78 
 
 
95 aa  103  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880219  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0758  hypothetical protein  66.22 
 
 
96 aa  98.6  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.306085  normal  0.363458 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3131  hypothetical protein  56.18 
 
 
98 aa  97.8  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2033  hypothetical protein  71.19 
 
 
97 aa  97.8  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.230623  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4685  hypothetical protein  60.76 
 
 
94 aa  97.1  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.238421  normal  0.819427 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5129  hypothetical protein  52.81 
 
 
103 aa  93.6  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2029  hypothetical protein  54.74 
 
 
103 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5147  hypothetical protein  68.85 
 
 
103 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.136182  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1429  hypothetical protein  53.19 
 
 
110 aa  90.1  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.411241  normal  0.655732 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1243  hypothetical protein  50.52 
 
 
101 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0304  hypothetical protein  68.33 
 
 
98 aa  89  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.237278 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0774  hypothetical protein  70.69 
 
 
95 aa  89  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.754477  normal  0.205049 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1722  hypothetical protein  62.69 
 
 
101 aa  87  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.685505  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0588  hypothetical protein  57.33 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147251  normal  0.641101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3391  hypothetical protein  73.47 
 
 
98 aa  85.5  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1608  integral membrane protein-like  63.49 
 
 
129 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5939  hypothetical protein  50.67 
 
 
101 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.822986  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1558  hypothetical protein  61.54 
 
 
101 aa  79.3  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0381215  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3132  hypothetical protein  47.13 
 
 
83 aa  63.2  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02371  signal peptide protein  59.26 
 
 
89 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.352612  normal  0.0437387 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1005  putative signal peptide protein  44.44 
 
 
95 aa  61.2  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0945  putative signal peptide protein  43.16 
 
 
87 aa  61.2  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.461777 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00352  hypothetical protein  47.44 
 
 
86 aa  60.5  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4402  signal peptide protein  56.14 
 
 
88 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4292  putative signal peptide protein  56.14 
 
 
88 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002085  putative signal peptide protein  44.44 
 
 
87 aa  58.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2687  signal peptide protein  42.68 
 
 
87 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.13267  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0812  hypothetical protein  55.77 
 
 
94 aa  55.5  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.114629  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2358  putative signal peptide protein  42.31 
 
 
94 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4776  hypothetical protein  38.3 
 
 
94 aa  51.6  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000854569 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4385  hypothetical protein  40.43 
 
 
94 aa  51.6  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0150663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0845  hypothetical protein  41.86 
 
 
95 aa  51.2  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0119  hypothetical protein  42.27 
 
 
94 aa  50.4  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0705  hypothetical protein  42.5 
 
 
84 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0725  hypothetical protein  43.94 
 
 
84 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2534  putative signal peptide protein  47.92 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000352088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4791  hypothetical protein  43.1 
 
 
103 aa  44.3  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1619  hypothetical protein  36 
 
 
85 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1614  hypothetical protein  34.78 
 
 
85 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2960  putative signal peptide protein  47.17 
 
 
92 aa  42.7  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123103  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>