39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6225 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6225  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  100 
 
 		 108 aa  223  7e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5694  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  87.96 
 
 		 108 aa  199  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3441  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  77.78 
 
 		 108 aa  183  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3094  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  77.78 
 
 		 108 aa  183  7e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5990  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  69.44 
 
 		 108 aa  160  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2087  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  69.44 
 
 		 108 aa  160  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266224  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2106  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  69.16 
 
 		 108 aa  157  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.844968  normal  0.217375 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1972  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  68.22 
 
 		 108 aa  158  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113756  normal  0.906613 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7247  ethyl tert-butyl ether degradation protein, EthD  68.22 
 
 		 108 aa  157  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.229987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4718  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  67.96 
 
 		 104 aa  154  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00821  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  65.05 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0976137  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1877  EthD  51.49 
 
 		 109 aa  124  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2068  hypothetical protein  50.5 
 
 		 109 aa  120  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283798  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0707  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  53.92 
 
 		 104 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0206  normal  0.431639 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5978  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  49.51 
 
 		 104 aa  115  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3870  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  42.99 
 
 		 107 aa  105  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5139  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  48.04 
 
 		 142 aa  104  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.249739  hitchhiker  0.00632638 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2223  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  43.14 
 
 		 131 aa  97.8  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.260366 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2708  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  41.58 
 
 		 103 aa  89.4  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0177  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  41.18 
 
 		 103 aa  82.8  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1013  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  41.18 
 
 		 101 aa  79  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0608  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  40.66 
 
 		 106 aa  77.4  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3594  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  43.27 
 
 		 103 aa  76.6  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0881  hypothetical protein  37.36 
 
 		 106 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.87022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3112  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  37.36 
 
 		 106 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2764  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  47.06 
 
 		 108 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.384279 
 
 
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NC_010172  Mext_2641  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  45.1 
 
 		 108 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.444029  normal  0.676741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2867  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  45.1 
 
 		 108 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.169776  normal  1 
 
 
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NC_013730  Slin_2334  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  34.95 
 
 		 100 aa  69.3  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00612684  normal  0.644511 
 
 
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NC_011894  Mnod_4472  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  43.14 
 
 		 105 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1640  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  37.25 
 
 		 111 aa  66.2  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0576877 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0686  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  33.98 
 
 		 103 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.761017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4538  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  42.16 
 
 		 105 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3503  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  28.43 
 
 		 104 aa  62.8  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.358268 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3681  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  38.61 
 
 		 103 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.401382 
 
 
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NC_012669  Bcav_3458  Ethyl tert-butyl ether degradation EthD  34.95 
 
 		 100 aa  58.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_0215  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  28.7 
 
 		 111 aa  52  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00587315 
 
 
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NC_009952  Dshi_2482  hypothetical protein  30.69 
 
 		 102 aa  50.4  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008009  Acid345_0769  ethyl tert-butyl ether degradation EthD  31.37 
 
 		 106 aa  43.5  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.500812 
 
 
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