57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3170 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3170  hypothetical protein  100 
 
 		 110 aa  229  7.000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0226  protein of unknown function DUF1244  72.73 
 
 		 110 aa  172  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0445  hypothetical protein  61.22 
 
 		 98 aa  124  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0505  protein of unknown function DUF1244  58.42 
 
 		 107 aa  124  6e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0807  hypothetical protein  61.7 
 
 		 98 aa  123  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4494  hypothetical protein  60.64 
 
 		 97 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4633  hypothetical protein  60.64 
 
 		 98 aa  121  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.115791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2749  hypothetical protein  55.88 
 
 		 116 aa  121  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.398462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0889  hypothetical protein  59.18 
 
 		 120 aa  121  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1180  hypothetical protein  62.64 
 
 		 98 aa  121  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.887968  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1688  hypothetical protein  58 
 
 		 103 aa  121  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19610  hypothetical protein  58 
 
 		 103 aa  120  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0940  hypothetical protein  61.96 
 
 		 101 aa  120  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4618  hypothetical protein  59.57 
 
 		 98 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3291  hypothetical protein  60 
 
 		 97 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0510  hypothetical protein  58.95 
 
 		 99 aa  118  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0179  hypothetical protein  60 
 
 		 104 aa  118  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1018  hypothetical protein  61.54 
 
 		 99 aa  118  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2871  protein of unknown function DUF1244  55.67 
 
 		 102 aa  117  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4671  protein of unknown function DUF1244  54.55 
 
 		 99 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.459457  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2976  protein of unknown function DUF1244  55.79 
 
 		 102 aa  116  9e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1425  hypothetical protein  55.79 
 
 		 97 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0124  hypothetical protein  54.17 
 
 		 102 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.363416 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2033  hypothetical protein  60 
 
 		 108 aa  114  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503136 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2679  hypothetical protein  54.74 
 
 		 101 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.701698  normal  0.205569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5967  protein of unknown function DUF1244  56.99 
 
 		 101 aa  114  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.363881  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1404  hypothetical protein  55.32 
 
 		 97 aa  114  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0327  protein of unknown function DUF1244  56.99 
 
 		 100 aa  113  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0421586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0988  hypothetical protein  56.38 
 
 		 100 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.435498 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5201  hypothetical protein  55.66 
 
 		 101 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3292  protein of unknown function DUF1244  54.84 
 
 		 101 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3593  protein of unknown function DUF1244  53.76 
 
 		 101 aa  110  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22377  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10250  hypothetical protein  56.67 
 
 		 118 aa  110  9e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1220  hypothetical protein  55.79 
 
 		 100 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.699569  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0621  hypothetical protein  54.26 
 
 		 99 aa  107  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00903  hypothetical protein  58.62 
 
 		 93 aa  106  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00704885  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6867  hypothetical protein  56.84 
 
 		 100 aa  106  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0188291  normal  0.0230228 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3693  hypothetical protein  52.13 
 
 		 108 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3253  hypothetical protein  57.83 
 
 		 94 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2333  hypothetical protein  53.19 
 
 		 92 aa  105  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149038  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6558  protein of unknown function DUF1244  59.26 
 
 		 81 aa  104  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.45897  normal  0.171293 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2828  hypothetical protein  55.17 
 
 		 97 aa  104  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.668279  normal  0.0608327 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1761  hypothetical protein  54.55 
 
 		 109 aa  102  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.530728 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0910  hypothetical protein  51.69 
 
 		 103 aa  100  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.481473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2363  deoxycytidine triphosphate deaminase  52.22 
 
 		 95 aa  100  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0212261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1293  hypothetical protein  53.41 
 
 		 98 aa  99.8  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.398704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1918  hypothetical protein  52.69 
 
 		 106 aa  97.8  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01819  Deoxycytidine triphosphate deaminase  52.38 
 
 		 97 aa  95.5  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004018  protein of unknown function DUF1244  48.94 
 
 		 119 aa  94.7  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01447  hypothetical protein  48.94 
 
 		 105 aa  94.4  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1549  hypothetical protein  50 
 
 		 165 aa  93.2  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00160106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1647  hypothetical protein  44.68 
 
 		 103 aa  89  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.205774  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0609  hypothetical protein  47.42 
 
 		 126 aa  89.4  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0431  hypothetical protein  46.32 
 
 		 102 aa  89.4  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.125534  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2137  hypothetical protein  47.13 
 
 		 95 aa  87.8  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.643162  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3910  hypothetical protein  50.56 
 
 		 98 aa  79.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0340  hypothetical protein  39.73 
 
 		 109 aa  62.8  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0442242  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>