45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4685 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4685  hypothetical protein  100 
 
 		 94 aa  192  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.238421  normal  0.819427 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1030  hypothetical protein  66.23 
 
 		 95 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.89878 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0993  hypothetical protein  67.16 
 
 		 95 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3065  hypothetical protein  73.33 
 
 		 95 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.516609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0758  hypothetical protein  63.16 
 
 		 96 aa  95.9  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.306085  normal  0.363458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2191  hypothetical protein  70 
 
 		 92 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.969012  normal  0.810634 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6304  hypothetical protein  61.97 
 
 		 95 aa  94.4  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618316  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3131  hypothetical protein  51.72 
 
 		 98 aa  87.4  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4646  integral membrane protein-like  67.24 
 
 		 114 aa  87  7e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1429  hypothetical protein  65.52 
 
 		 110 aa  86.7  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.411241  normal  0.655732 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0304  hypothetical protein  50.68 
 
 		 98 aa  84.3  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.237278 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0588  hypothetical protein  63.79 
 
 		 110 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147251  normal  0.641101 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1243  hypothetical protein  47.37 
 
 		 101 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2033  hypothetical protein  55.17 
 
 		 97 aa  78.2  0.00000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.230623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5939  hypothetical protein  44.21 
 
 		 101 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.822986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3391  hypothetical protein  65.31 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5129  hypothetical protein  54.24 
 
 		 103 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5147  hypothetical protein  54.24 
 
 		 103 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.136182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0774  hypothetical protein  50.82 
 
 		 95 aa  69.3  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.754477  normal  0.205049 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1608  integral membrane protein-like  54.1 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2029  hypothetical protein  52.54 
 
 		 103 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1722  hypothetical protein  48.48 
 
 		 101 aa  64.7  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.685505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3132  hypothetical protein  54.39 
 
 		 83 aa  64.7  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1005  putative signal peptide protein  42.11 
 
 		 95 aa  62  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1558  hypothetical protein  59.57 
 
 		 101 aa  61.2  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0381215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0945  putative signal peptide protein  44.68 
 
 		 87 aa  60.5  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.461777 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2358  putative signal peptide protein  42.25 
 
 		 94 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2687  signal peptide protein  40.62 
 
 		 87 aa  53.9  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.13267  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4292  putative signal peptide protein  50.85 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4402  signal peptide protein  50.85 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002085  putative signal peptide protein  58.14 
 
 		 87 aa  52.8  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0812  hypothetical protein  44.58 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.114629  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00352  hypothetical protein  55.81 
 
 		 86 aa  52  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02371  signal peptide protein  56.82 
 
 		 89 aa  50.8  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.352612  normal  0.0437387 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4385  hypothetical protein  38.82 
 
 		 94 aa  50.1  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0150663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0845  hypothetical protein  38.55 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2534  putative signal peptide protein  52.08 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000352088 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0725  hypothetical protein  41.98 
 
 		 84 aa  45.4  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0705  hypothetical protein  41.98 
 
 		 84 aa  45.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4776  hypothetical protein  38.82 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000854569 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1619  hypothetical protein  32.91 
 
 		 85 aa  44.7  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1614  hypothetical protein  37.5 
 
 		 85 aa  44.7  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0119  hypothetical protein  39.29 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4791  hypothetical protein  38.46 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2960  putative signal peptide protein  54.55 
 
 		 92 aa  41.2  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123103  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>