65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1786 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1786  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  100 
 
 		 129 aa  257  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0774026  normal  0.113647 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1423  type IV pilus assembly PilZ  85.16 
 
 		 139 aa  219  8e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1464  type IV pilus assembly PilZ  88.18 
 
 		 139 aa  201  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0634618  normal  0.0114903 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1826  type IV pilus assembly PilZ  72.31 
 
 		 136 aa  181  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0973096  normal  0.0117521 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1436  Type IV pilus assembly PilZ  74.77 
 
 		 135 aa  178  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1498  type IV pilus assembly PilZ  53.98 
 
 		 123 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.133421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1719  type IV pilus assembly PilZ  50.42 
 
 		 119 aa  130  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.137522 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1985  type IV pilus assembly PilZ  50.42 
 
 		 119 aa  130  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2195  Type IV pilus assembly PilZ  54.7 
 
 		 120 aa  130  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.609234 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3410  type IV pilus assembly PilZ  51.72 
 
 		 119 aa  130  7.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.595597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2501  type IV pilus assembly PilZ  53.91 
 
 		 121 aa  128  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.313407  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1541  type IV pilus assembly protein PilZ  49.12 
 
 		 123 aa  126  8.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0811165  normal  0.123076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3390  type IV pilus assembly PilZ  50.43 
 
 		 119 aa  126  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0381125 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1414  type IV pilus assembly PilZ  52.68 
 
 		 120 aa  124  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.152869  normal  0.660499 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1654  Type IV pilus assembly PilZ  53.39 
 
 		 118 aa  122  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0394922  normal  0.307598 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1880  type IV pilus assembly PilZ  50 
 
 		 126 aa  120  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0639562 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0879  type IV pilus assembly PilZ  51.75 
 
 		 117 aa  120  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.766013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2257  type IV pilus assembly PilZ  47.83 
 
 		 120 aa  120  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3825  type IV pilus biogenesis protein PilZ  51.24 
 
 		 118 aa  120  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0373515  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2517  type IV pilus assembly PilZ  48.65 
 
 		 126 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.179103  hitchhiker  0.00950119 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1858  type IV pilus assembly protein  45.83 
 
 		 129 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.595679 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1007  type IV pilus assembly PilZ  46.96 
 
 		 122 aa  119  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1573  type IV pilus assembly PilZ  50.42 
 
 		 116 aa  119  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2856  type IV pilus assembly PilZ  48.65 
 
 		 126 aa  117  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1635  type IV pilus assembly PilZ  50.89 
 
 		 118 aa  117  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1950  type IV pilus assembly PilZ  45.08 
 
 		 126 aa  116  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.700098 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1994  type 4 fimbrial biogenesis protein PilZ  49.55 
 
 		 118 aa  115  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1827  type IV pilus assembly PilZ  50.46 
 
 		 113 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1653  type 4 fimbrial biogenesis protein PilZ  52.68 
 
 		 117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4150  Type IV pilus assembly PilZ  49.55 
 
 		 118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2201  type 4 fimbrial biogenesis protein PilZ  50 
 
 		 118 aa  114  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25770  type 4 fimbrial biogenesis protein PilZ  50 
 
 		 118 aa  114  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.961132  normal  0.553234 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14990  type IV pilus assembly protein  49.54 
 
 		 118 aa  111  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1639  type IV fimbriae assembly protein  48.67 
 
 		 117 aa  107  6e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1582  type IV fimbriae assembly protein  48.67 
 
 		 117 aa  107  6e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0574097  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1658  Type IV pilus assembly PilZ  47.75 
 
 		 123 aa  105  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0211682  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02715  type IV fimbriae assembly protein  48.65 
 
 		 114 aa  104  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.450475  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1251  type IV pilus assembly PilZ  45.87 
 
 		 112 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1608  type IV pilus assembly PilZ  41.12 
 
 		 109 aa  83.2  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0391991  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1356  hypothetical protein  36.28 
 
 		 118 aa  82  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1352  hypothetical protein  36.28 
 
 		 118 aa  82  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1066  type IV pilus assembly PilZ  35.9 
 
 		 115 aa  81.3  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0651699  normal  0.921742 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1312  type IV fimbriae assembly protein  35.04 
 
 		 115 aa  78.2  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.826043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1144  type IV pilus assembly PilZ  35.78 
 
 		 113 aa  77.8  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.136177  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2304  putative type IV pilus biogenesis protein pilZ  38.32 
 
 		 108 aa  76.6  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2238  type IV pilus biogenesis protein pilZ  36.08 
 
 		 108 aa  62  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2049  type IV pilus assembly PilZ  35.71 
 
 		 108 aa  61.2  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2041  type IV pilus biogenesis protein pilZ  35.05 
 
 		 108 aa  60.8  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.307465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2646  type IV pilus assembly PilZ  36.08 
 
 		 108 aa  60.5  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.109453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1925  type IV pilus biogenesis protein PilZ  34.26 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1581  type IV pilus assembly PilZ  32.99 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.875524  normal  0.520302 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1984  type IV pilus assembly PilZ  35.05 
 
 		 108 aa  55.1  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.748677  normal  0.0111146 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1590  type IV pilus assembly PilZ  36.78 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0382259 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1915  type IV pilus assembly protein PilZ, putative  36.78 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1738  type IV pilus biogenesis protein pilZ  34.02 
 
 		 108 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.254841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1768  type IV pilus biogenesis protein pilZ  32.99 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.598238  normal  0.61176 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1663  type IV pilus biogenesis protein pilZ  32.99 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2611  type IV pilus biogenesis protein pilZ  34.02 
 
 		 108 aa  51.6  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2212  type IV pilus biogenesis protein PilZ  32.99 
 
 		 108 aa  50.4  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2450  type IV pilus biogenesis protein PilZ  31.96 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0971788  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1894  type IV pilus biogenesis protein PilZ  31.96 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0727827 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2457  type IV pilus biogenesis protein PilZ  31.96 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0645818  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2570  type IV pilus biogenesis protein PilZ  31.96 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.207839  normal  0.0806474 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1598  type IV pilus assembly PilZ  28.28 
 
 		 118 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1503  type IV pilus assembly PilZ  28.28 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>