32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3133 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3133  type IV pilus assembly PilZ  100 
 
 		 204 aa  417  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3278  type IV pilus assembly PilZ  89 
 
 		 203 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.378202  normal  0.012285 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2147  type IV pilus assembly PilZ  87.5 
 
 		 203 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.395631 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3901  type IV pilus assembly PilZ  87.25 
 
 		 203 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5217  hypothetical protein  86.6 
 
 		 202 aa  354  3.9999999999999996e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.679888  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2571  hypothetical protein  80.88 
 
 		 202 aa  342  2.9999999999999997e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.520681  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2168  hypothetical protein  78.92 
 
 		 214 aa  331  4e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0136953  normal  0.765117 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1725  type IV pilus assembly PilZ  57.38 
 
 		 202 aa  226  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703115  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5127  type IV pilus assembly PilZ  52.87 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2055  type IV pilus assembly PilZ  50.25 
 
 		 203 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1855  type IV pilus assembly PilZ  49.25 
 
 		 203 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0262273  normal  0.0162783 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1043  type IV pilus assembly PilZ  47.94 
 
 		 202 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2200  hypothetical protein  50.54 
 
 		 203 aa  194  9e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.458716  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3234  type IV pilus assembly PilZ  50.86 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.171628  normal  0.496454 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4632  type IV pilus assembly PilZ  50.86 
 
 		 213 aa  191  7e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.574258  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1935  type IV pilus assembly PilZ  47.28 
 
 		 201 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2215  type IV pilus assembly PilZ  47.34 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.190978 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2258  type IV pilus assembly PilZ  46.81 
 
 		 207 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0439418 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2533  type IV pilus assembly PilZ  46.81 
 
 		 207 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2643  type IV pilus assembly PilZ  38.67 
 
 		 205 aa  138  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.615004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1802  type IV pilus assembly PilZ  39.29 
 
 		 235 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.180431 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1695  type IV pilus assembly PilZ  37.84 
 
 		 243 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0558499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5681  hypothetical protein  36.93 
 
 		 229 aa  122  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.637324  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4015  hypothetical protein  36.36 
 
 		 243 aa  117  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.969553  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1075  type IV pilus assembly PilZ  36.16 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0474711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4427  type IV pilus assembly PilZ  38.67 
 
 		 201 aa  102  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.787619 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0235  type IV pilus assembly PilZ  34.71 
 
 		 185 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4163  type IV pilus assembly PilZ  38.29 
 
 		 200 aa  68.2  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5084  type IV pilus assembly PilZ  27.92 
 
 		 179 aa  62  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0293715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3224  type IV pilus assembly PilZ  26.32 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3257  type IV pilus assembly PilZ  26.97 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3033  type IV pilus assembly PilZ  26.97 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0616001 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>