48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4848 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4848  rare lipoprotein B  100 
 
 		 201 aa  403  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4670  rare lipoprotein B  96.02 
 
 		 201 aa  353  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4795  rare lipoprotein B  94.53 
 
 		 201 aa  349  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.167693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0626  rare lipoprotein B  85.57 
 
 		 201 aa  321  4e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.544566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4958  rare lipoprotein B  63.32 
 
 		 201 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.665092 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4353  rare lipoprotein B  63 
 
 		 201 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4813  lipoprotein, putative  61 
 
 		 201 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3787  rare lipoprotein B  57.21 
 
 		 203 aa  223  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0786655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1120  hypothetical protein  53.88 
 
 		 208 aa  206  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.904149  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12210  hypothetical protein  54.59 
 
 		 207 aa  205  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08990  hypothetical protein  50.25 
 
 		 208 aa  165  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.518811  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3145  LPS-assembly lipoprotein RlpB  26.71 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2583  rare lipoprotein B  27.33 
 
 		 164 aa  55.5  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.259622  normal  0.446935 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3144  rare lipoprotein B  29.73 
 
 		 164 aa  54.3  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000366189  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1186  LPS-assembly lipoprotein RlpB  26.09 
 
 		 184 aa  54.3  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250685  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2664  rare lipoprotein B  25.64 
 
 		 161 aa  53.1  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167141  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0989  rare lipoprotein B precursor  32.67 
 
 		 210 aa  52.4  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.193759  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2930  rare lipoprotein B  27.7 
 
 		 164 aa  52.4  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.692064  decreased coverage  0.00636409 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3309  hypothetical protein  27.16 
 
 		 170 aa  51.6  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0269686 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3703  rare lipoprotein B  24.36 
 
 		 164 aa  50.8  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00988017  hitchhiker  0.0000022488 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1000  rare lipoprotein B  27.7 
 
 		 164 aa  50.1  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00115178  normal  0.163142 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1061  rare lipoprotein B  27.7 
 
 		 164 aa  50.1  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.702288  hitchhiker  0.00672321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0996  rare lipoprotein B  27.7 
 
 		 164 aa  50.1  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  normal  0.100935 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3312  rare lipoprotein B  27.7 
 
 		 164 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000159395  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2345  hypothetical protein  30.82 
 
 		 164 aa  49.3  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.26493  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1173  rare lipoprotein B  27.7 
 
 		 164 aa  49.3  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3448  rare lipoprotein B  27.7 
 
 		 164 aa  48.9  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.124406  hitchhiker  0.000604669 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1721  rare lipoprotein B  31.07 
 
 		 167 aa  48.9  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1097  Rare lipoprotein B  27.7 
 
 		 164 aa  48.9  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0312036  hitchhiker  0.000000000546863 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2864  rare lipoprotein B  27.7 
 
 		 164 aa  48.9  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.012268  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3480  rare lipoprotein B  24.32 
 
 		 164 aa  48.9  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0408224  hitchhiker  0.000000129712 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3270  rare lipoprotein B  27.03 
 
 		 164 aa  48.5  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.527962  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1201  Rare lipoprotein B  28.28 
 
 		 175 aa  48.1  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.877221  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0622  rare lipoprotein B  28.09 
 
 		 183 aa  46.6  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.696129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01221  hypothetical protein  32.32 
 
 		 185 aa  45.4  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1206  LPS-assembly lipoprotein RlpB  25.52 
 
 		 186 aa  44.7  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2131  Rare lipoprotein B  25 
 
 		 185 aa  43.9  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.1085 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0543  rare lipoprotein B  25.32 
 
 		 172 aa  43.9  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.263488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0576  rare lipoprotein B  26.97 
 
 		 183 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0550  rare lipoprotein B  26.97 
 
 		 183 aa  42.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.951717  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0796  rare lipoprotein B  24.48 
 
 		 165 aa  42.7  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1565  rare lipoprotein B  25 
 
 		 173 aa  42.4  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004218  LPS-assembly lipoprotein RlpB precursor  33.33 
 
 		 179 aa  42.4  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00101724  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2587  rare lipoprotein B  24.69 
 
 		 183 aa  41.6  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.890824  hitchhiker  0.0000000000573442 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1300  hypothetical protein  22.29 
 
 		 163 aa  41.2  0.009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1301  hypothetical protein  22.29 
 
 		 163 aa  41.2  0.009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0172  rare lipoprotein B  26.32 
 
 		 176 aa  41.2  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0655  rare lipoprotein B  26.32 
 
 		 176 aa  41.2  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>