44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3065 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3065  hypothetical protein  100 
 
 		 95 aa  183  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.516609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1030  hypothetical protein  87.37 
 
 		 95 aa  138  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.89878 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2191  hypothetical protein  90 
 
 		 92 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.969012  normal  0.810634 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0993  hypothetical protein  96.88 
 
 		 95 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880219  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6304  hypothetical protein  79.37 
 
 		 95 aa  107  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618316  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4685  hypothetical protein  58.51 
 
 		 94 aa  100  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.238421  normal  0.819427 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0758  hypothetical protein  68 
 
 		 96 aa  98.6  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.306085  normal  0.363458 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3131  hypothetical protein  51.61 
 
 		 98 aa  92.4  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2033  hypothetical protein  64.41 
 
 		 97 aa  86.7  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.230623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5129  hypothetical protein  49.51 
 
 		 103 aa  85.9  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4646  integral membrane protein-like  60.94 
 
 		 114 aa  84.7  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5147  hypothetical protein  51.06 
 
 		 103 aa  84.3  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.136182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1429  hypothetical protein  62.07 
 
 		 110 aa  81.6  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.411241  normal  0.655732 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0304  hypothetical protein  61.67 
 
 		 98 aa  81.3  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.237278 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1243  hypothetical protein  51.04 
 
 		 101 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2029  hypothetical protein  50.51 
 
 		 103 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0588  hypothetical protein  60.34 
 
 		 110 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147251  normal  0.641101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3391  hypothetical protein  54.05 
 
 		 98 aa  78.2  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0774  hypothetical protein  57.81 
 
 		 95 aa  76.6  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.754477  normal  0.205049 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1608  integral membrane protein-like  57.14 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5939  hypothetical protein  52 
 
 		 101 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.822986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1722  hypothetical protein  50.75 
 
 		 101 aa  69.7  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.685505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1558  hypothetical protein  50.75 
 
 		 101 aa  64.3  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0381215  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02371  signal peptide protein  57.14 
 
 		 89 aa  63.5  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.352612  normal  0.0437387 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3132  hypothetical protein  54.24 
 
 		 83 aa  62.4  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4402  signal peptide protein  55.17 
 
 		 88 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4292  putative signal peptide protein  55.17 
 
 		 88 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1005  putative signal peptide protein  44.58 
 
 		 95 aa  58.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0812  hypothetical protein  58 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.114629  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2687  signal peptide protein  41.98 
 
 		 87 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.13267  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002085  putative signal peptide protein  43.02 
 
 		 87 aa  52.4  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2358  putative signal peptide protein  38.46 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00352  hypothetical protein  42.31 
 
 		 86 aa  52  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0945  putative signal peptide protein  43.01 
 
 		 87 aa  50.8  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.461777 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2534  putative signal peptide protein  42.68 
 
 		 95 aa  50.4  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000352088 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0725  hypothetical protein  41.98 
 
 		 84 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0845  hypothetical protein  44 
 
 		 95 aa  50.1  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4776  hypothetical protein  42.11 
 
 		 94 aa  48.9  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000854569 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0705  hypothetical protein  41.98 
 
 		 84 aa  49.7  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0119  hypothetical protein  50.82 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4385  hypothetical protein  43.21 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0150663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4791  hypothetical protein  43.75 
 
 		 103 aa  45.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0709  hypothetical protein  43.48 
 
 		 90 aa  40.8  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2960  putative signal peptide protein  54.55 
 
 		 92 aa  40.8  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123103  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>