48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0550 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0550  lipoprotein  100 
 
 		 190 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916886 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0505  putative lipoprotein  78.47 
 
 		 212 aa  318  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0127462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0558  lipoprotein  89.82 
 
 		 171 aa  309  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.950452  normal  0.717571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0540  hypothetical protein  87.64 
 
 		 177 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5028  putative lipoprotein  68.59 
 
 		 172 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4472  putative lipoprotein  69.64 
 
 		 174 aa  232  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0680  lipoprotein, putative  71.43 
 
 		 174 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3866  hypothetical protein  67.79 
 
 		 173 aa  202  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06620  hypothetical protein  61.69 
 
 		 171 aa  176  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.600146  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1036  hypothetical protein  61.07 
 
 		 172 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11280  hypothetical protein  61.07 
 
 		 172 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00217  lipoprotein, putative  41.62 
 
 		 158 aa  134  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0142  hypothetical protein  41.21 
 
 		 153 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.143516  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1814  hypothetical protein  34.05 
 
 		 189 aa  125  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.660387  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01230  hypothetical protein  38.42 
 
 		 195 aa  117  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0115  hypothetical protein  41.06 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0141  hypothetical protein  36.84 
 
 		 177 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0305  hypothetical protein  32.2 
 
 		 193 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6211  hypothetical protein  48.51 
 
 		 182 aa  108  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5045  hypothetical protein  47.37 
 
 		 180 aa  108  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.110017 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001702  hypothetical protein  38.51 
 
 		 164 aa  107  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3430  hypothetical protein  36.67 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71580  hypothetical protein  47.52 
 
 		 182 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1973  hypothetical protein  47.37 
 
 		 232 aa  106  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5491  hypothetical protein  46.32 
 
 		 182 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3492  hypothetical protein  38.82 
 
 		 214 aa  105  6e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2156  hypothetical protein  35.48 
 
 		 183 aa  104  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.811392 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00771  hypothetical protein  36.59 
 
 		 164 aa  103  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5619  hypothetical protein  45.26 
 
 		 197 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.774523  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1562  hypothetical protein  35.1 
 
 		 213 aa  103  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0703  hypothetical protein  35.85 
 
 		 204 aa  102  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00895458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2133  hypothetical protein  34.88 
 
 		 173 aa  101  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1829  hypothetical protein  38.46 
 
 		 203 aa  99.4  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3393  hypothetical protein  34.62 
 
 		 184 aa  98.2  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.191739  normal  0.131227 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0425  hypothetical protein  34.36 
 
 		 161 aa  97.8  8e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5241  hypothetical protein  36.6 
 
 		 177 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.98466  normal  0.106495 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3556  hypothetical protein  35.29 
 
 		 190 aa  94.7  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.171808 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5333  hypothetical protein  36.6 
 
 		 189 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2155  hypothetical protein  42.27 
 
 		 206 aa  91.7  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4181  hypothetical protein  37.04 
 
 		 155 aa  90.5  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.526119 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5382  hypothetical protein  46.91 
 
 		 177 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246443 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1843  hypothetical protein  34.21 
 
 		 192 aa  85.1  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2285  hypothetical protein  33.72 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3621  hypothetical protein  36.84 
 
 		 151 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05705  hypothetical protein  37.21 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0303  hypothetical protein  33.98 
 
 		 219 aa  70.9  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.965134  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3013  hypothetical protein  36.27 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.195597  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4728  hypothetical protein  25.84 
 
 		 185 aa  52  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>