48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3866 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3866  hypothetical protein  100 
 
 		 173 aa  343  7e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5028  putative lipoprotein  68.35 
 
 		 172 aa  226  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4472  putative lipoprotein  63.79 
 
 		 174 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0680  lipoprotein, putative  67.95 
 
 		 174 aa  210  7.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0558  lipoprotein  63.74 
 
 		 171 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.950452  normal  0.717571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0550  lipoprotein  66.03 
 
 		 190 aa  205  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0540  hypothetical protein  66.01 
 
 		 177 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0505  putative lipoprotein  66.01 
 
 		 212 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0127462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1036  hypothetical protein  63.69 
 
 		 172 aa  185  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11280  hypothetical protein  63.69 
 
 		 172 aa  185  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06620  hypothetical protein  62.75 
 
 		 171 aa  171  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.600146  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1814  hypothetical protein  34.05 
 
 		 189 aa  124  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.660387  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6211  hypothetical protein  41.46 
 
 		 182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71580  hypothetical protein  41.98 
 
 		 182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00217  lipoprotein, putative  40.69 
 
 		 158 aa  114  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1829  hypothetical protein  41.1 
 
 		 203 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0142  hypothetical protein  40.24 
 
 		 153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.143516  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3492  hypothetical protein  38.99 
 
 		 214 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0305  hypothetical protein  32.57 
 
 		 193 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01230  hypothetical protein  40.68 
 
 		 195 aa  110  7.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3430  hypothetical protein  38.51 
 
 		 171 aa  110  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0141  hypothetical protein  38.82 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001702  hypothetical protein  40.11 
 
 		 164 aa  109  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1973  hypothetical protein  35.26 
 
 		 232 aa  109  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5045  hypothetical protein  39.74 
 
 		 180 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.110017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1562  hypothetical protein  40.27 
 
 		 213 aa  107  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5619  hypothetical protein  37.65 
 
 		 197 aa  107  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.774523  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5491  hypothetical protein  38.71 
 
 		 182 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0115  hypothetical protein  39.1 
 
 		 178 aa  105  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3393  hypothetical protein  39.87 
 
 		 184 aa  106  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.191739  normal  0.131227 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0425  hypothetical protein  36.42 
 
 		 161 aa  106  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2133  hypothetical protein  38.2 
 
 		 173 aa  104  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00771  hypothetical protein  37.29 
 
 		 164 aa  103  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3556  hypothetical protein  40.4 
 
 		 190 aa  103  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.171808 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2156  hypothetical protein  35.26 
 
 		 183 aa  99.8  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.811392 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0703  hypothetical protein  33.15 
 
 		 204 aa  97.8  7e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00895458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1843  hypothetical protein  40.13 
 
 		 192 aa  95.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5241  hypothetical protein  39.6 
 
 		 177 aa  94.4  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.98466  normal  0.106495 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5333  hypothetical protein  39.6 
 
 		 189 aa  94.4  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2155  hypothetical protein  43.43 
 
 		 206 aa  90.9  8e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5382  hypothetical protein  38.22 
 
 		 177 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246443 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4181  hypothetical protein  38.3 
 
 		 155 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.526119 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2285  hypothetical protein  32.78 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3621  hypothetical protein  38.71 
 
 		 151 aa  77.4  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05705  hypothetical protein  36.54 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0303  hypothetical protein  29.19 
 
 		 219 aa  72  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.965134  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3013  hypothetical protein  31.03 
 
 		 239 aa  62  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.195597  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4728  hypothetical protein  29.58 
 
 		 185 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>