58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3787 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3787  rare lipoprotein B  100 
 
 		 203 aa  402  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0786655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4958  rare lipoprotein B  62.69 
 
 		 201 aa  249  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.665092 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4353  rare lipoprotein B  59.11 
 
 		 201 aa  248  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4813  lipoprotein, putative  59.11 
 
 		 201 aa  246  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1120  hypothetical protein  60.87 
 
 		 208 aa  226  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.904149  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4670  rare lipoprotein B  58.71 
 
 		 201 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4848  rare lipoprotein B  59.2 
 
 		 201 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12210  hypothetical protein  60.68 
 
 		 207 aa  223  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4795  rare lipoprotein B  58.71 
 
 		 201 aa  222  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.167693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0626  rare lipoprotein B  58.21 
 
 		 201 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.544566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08990  hypothetical protein  56.16 
 
 		 208 aa  175  5e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.518811  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1721  rare lipoprotein B  35.37 
 
 		 167 aa  62  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1301  hypothetical protein  27.03 
 
 		 163 aa  61.2  0.000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1300  hypothetical protein  27.03 
 
 		 163 aa  61.2  0.000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3145  LPS-assembly lipoprotein RlpB  30.06 
 
 		 184 aa  58.9  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2664  rare lipoprotein B  24.52 
 
 		 161 aa  57  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167141  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2587  rare lipoprotein B  31.48 
 
 		 183 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.890824  hitchhiker  0.0000000000573442 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3309  hypothetical protein  25.97 
 
 		 170 aa  57.4  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0269686 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1186  LPS-assembly lipoprotein RlpB  28.65 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250685  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2745  rare lipoprotein B  31.45 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1206  LPS-assembly lipoprotein RlpB  29.45 
 
 		 186 aa  54.7  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004218  LPS-assembly lipoprotein RlpB precursor  30.9 
 
 		 179 aa  53.5  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00101724  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1201  Rare lipoprotein B  28.87 
 
 		 175 aa  52.8  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.877221  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2278  rare lipoprotein B  28.37 
 
 		 177 aa  52.8  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01221  hypothetical protein  30.63 
 
 		 185 aa  52.4  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2930  rare lipoprotein B  30.13 
 
 		 164 aa  51.6  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.692064  decreased coverage  0.00636409 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0989  rare lipoprotein B precursor  28.95 
 
 		 210 aa  51.6  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.193759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2583  rare lipoprotein B  29.7 
 
 		 164 aa  51.2  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.259622  normal  0.446935 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1565  rare lipoprotein B  29.17 
 
 		 173 aa  50.4  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2131  Rare lipoprotein B  27.89 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.1085 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0576  rare lipoprotein B  29.61 
 
 		 183 aa  47.4  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3144  rare lipoprotein B  29.63 
 
 		 164 aa  47  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000366189  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0622  rare lipoprotein B  29.44 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.696129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0550  rare lipoprotein B  29.61 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.951717  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1452  rare lipoprotein B  27.85 
 
 		 172 aa  46.6  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.334843  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2959  LPS-assembly lipoprotein RlpB  25.32 
 
 		 184 aa  45.8  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0477  rare lipoprotein B  31.37 
 
 		 213 aa  45.1  0.0007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.421577  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2927  LPS-assembly lipoprotein RlpB  27.61 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1843  LPS-assembly lipoprotein RlpB  27.61 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3741  rare lipoprotein B  29.31 
 
 		 177 aa  44.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0664658 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3016  LPS-assembly lipoprotein RlpB  27.61 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.446987  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2444  putative lipoprotein B precursor transmembrane  27.4 
 
 		 163 aa  43.5  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.553692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0172  rare lipoprotein B  28.32 
 
 		 176 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0655  rare lipoprotein B  28.32 
 
 		 176 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0704  rare lipoprotein B  29.56 
 
 		 169 aa  43.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00180129  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2156  rare lipoprotein B  25.16 
 
 		 179 aa  43.1  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2864  rare lipoprotein B  27.78 
 
 		 164 aa  42.7  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.012268  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2452  putative lipoprotein  28.31 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0575  hypothetical protein  29.35 
 
 		 219 aa  41.6  0.007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000903438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0369  putative lipoprotein  28.31 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2144  rare lipoprotein B  29.29 
 
 		 173 aa  41.6  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1228  putative lipoprotein  28.31 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3414  putative lipoprotein  28.31 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3449  putative lipoprotein  28.31 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2639  putative lipoprotein  28.31 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3379  rare lipoprotein B  28.99 
 
 		 183 aa  41.2  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000235513 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2345  hypothetical protein  30.52 
 
 		 164 aa  41.2  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.26493  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3480  rare lipoprotein B  25.83 
 
 		 164 aa  41.2  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0408224  hitchhiker  0.000000129712 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>