69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1635 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1635  type IV pilus assembly PilZ  100 
 
 		 118 aa  242  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25770  type 4 fimbrial biogenesis protein PilZ  96.61 
 
 		 118 aa  237  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.961132  normal  0.553234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2201  type 4 fimbrial biogenesis protein PilZ  96.61 
 
 		 118 aa  237  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1654  Type IV pilus assembly PilZ  90.68 
 
 		 118 aa  225  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0394922  normal  0.307598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3825  type IV pilus biogenesis protein PilZ  89.83 
 
 		 118 aa  222  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0373515  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4150  Type IV pilus assembly PilZ  91.53 
 
 		 118 aa  221  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1573  type IV pilus assembly PilZ  80.7 
 
 		 116 aa  201  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14990  type IV pilus assembly protein  78.81 
 
 		 118 aa  197  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1653  type 4 fimbrial biogenesis protein PilZ  81.98 
 
 		 117 aa  196  7e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1414  type IV pilus assembly PilZ  78.18 
 
 		 120 aa  185  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.152869  normal  0.660499 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1658  Type IV pilus assembly PilZ  69.11 
 
 		 123 aa  176  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0211682  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1994  type 4 fimbrial biogenesis protein PilZ  71.43 
 
 		 118 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1827  type IV pilus assembly PilZ  74.31 
 
 		 113 aa  168  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1541  type IV pilus assembly protein PilZ  68.47 
 
 		 123 aa  162  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0811165  normal  0.123076 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0879  type IV pilus assembly PilZ  65.77 
 
 		 117 aa  157  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.766013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02715  type IV fimbriae assembly protein  66.67 
 
 		 114 aa  155  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.450475  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1582  type IV fimbriae assembly protein  62.16 
 
 		 117 aa  147  6e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0574097  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1639  type IV fimbriae assembly protein  62.16 
 
 		 117 aa  147  6e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2501  type IV pilus assembly PilZ  62.16 
 
 		 121 aa  145  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.313407  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2195  Type IV pilus assembly PilZ  59.46 
 
 		 120 aa  143  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.609234 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1498  type IV pilus assembly PilZ  63.89 
 
 		 123 aa  141  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.133421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1985  type IV pilus assembly PilZ  50 
 
 		 119 aa  133  7.000000000000001e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1719  type IV pilus assembly PilZ  50 
 
 		 119 aa  133  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.137522 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3410  type IV pilus assembly PilZ  47.5 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.595597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3390  type IV pilus assembly PilZ  49.17 
 
 		 119 aa  127  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0381125 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2856  type IV pilus assembly PilZ  49.55 
 
 		 126 aa  125  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1007  type IV pilus assembly PilZ  50.44 
 
 		 122 aa  124  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1144  type IV pilus assembly PilZ  55.96 
 
 		 113 aa  124  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.136177  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1251  type IV pilus assembly PilZ  60.55 
 
 		 112 aa  123  7e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2257  type IV pilus assembly PilZ  49.11 
 
 		 120 aa  120  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2517  type IV pilus assembly PilZ  50.45 
 
 		 126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.179103  hitchhiker  0.00950119 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1880  type IV pilus assembly PilZ  45.54 
 
 		 126 aa  116  7.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0639562 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1786  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  49.55 
 
 		 129 aa  116  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0774026  normal  0.113647 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1423  type IV pilus assembly PilZ  48.65 
 
 		 139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1464  type IV pilus assembly PilZ  48.65 
 
 		 139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0634618  normal  0.0114903 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1950  type IV pilus assembly PilZ  47.75 
 
 		 126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.700098 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1436  Type IV pilus assembly PilZ  49.55 
 
 		 135 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1858  type IV pilus assembly protein  43.24 
 
 		 129 aa  110  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.595679 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1826  type IV pilus assembly PilZ  45.05 
 
 		 136 aa  107  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0973096  normal  0.0117521 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1356  hypothetical protein  50.93 
 
 		 118 aa  107  5e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1352  hypothetical protein  50.93 
 
 		 118 aa  107  5e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1608  type IV pilus assembly PilZ  43.81 
 
 		 109 aa  106  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0391991  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1066  type IV pilus assembly PilZ  43.24 
 
 		 115 aa  94.4  5e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0651699  normal  0.921742 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1312  type IV fimbriae assembly protein  38.74 
 
 		 115 aa  87.8  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.826043  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2304  putative type IV pilus biogenesis protein pilZ  43.16 
 
 		 108 aa  82  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1984  type IV pilus assembly PilZ  43.16 
 
 		 108 aa  77  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.748677  normal  0.0111146 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2646  type IV pilus assembly PilZ  44.21 
 
 		 108 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.109453 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2049  type IV pilus assembly PilZ  43.16 
 
 		 108 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2238  type IV pilus biogenesis protein pilZ  42.11 
 
 		 108 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1925  type IV pilus biogenesis protein PilZ  39.05 
 
 		 108 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1581  type IV pilus assembly PilZ  42.11 
 
 		 108 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.875524  normal  0.520302 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2041  type IV pilus biogenesis protein pilZ  42.11 
 
 		 108 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.307465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1590  type IV pilus assembly PilZ  34.34 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0382259 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1915  type IV pilus assembly protein PilZ, putative  34.34 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2212  type IV pilus biogenesis protein PilZ  40 
 
 		 108 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1738  type IV pilus biogenesis protein pilZ  38.95 
 
 		 108 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.254841  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2611  type IV pilus biogenesis protein pilZ  37.89 
 
 		 108 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1663  type IV pilus biogenesis protein pilZ  37.89 
 
 		 108 aa  67  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1768  type IV pilus biogenesis protein pilZ  37.89 
 
 		 108 aa  67  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.598238  normal  0.61176 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2570  type IV pilus biogenesis protein PilZ  38.95 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.207839  normal  0.0806474 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1894  type IV pilus biogenesis protein PilZ  38.95 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0727827 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2450  type IV pilus biogenesis protein PilZ  38.95 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0971788  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2457  type IV pilus biogenesis protein PilZ  38.95 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0645818  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6446  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  34.62 
 
 		 265 aa  48.9  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1508  type IV pilus assembly PilZ  33.78 
 
 		 131 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1598  type IV pilus assembly PilZ  29.33 
 
 		 118 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5122  type IV pilus assembly PilZ  30 
 
 		 843 aa  40.4  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0427193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1503  type IV pilus assembly PilZ  29.33 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2361  hypothetical protein  29.33 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>