98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1186 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1186  LPS-assembly lipoprotein RlpB  100 
 
 		 184 aa  372  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250685  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3145  LPS-assembly lipoprotein RlpB  96.2 
 
 		 184 aa  359  1e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1206  LPS-assembly lipoprotein RlpB  78.44 
 
 		 186 aa  263  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2959  LPS-assembly lipoprotein RlpB  69.94 
 
 		 184 aa  251  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1097  LPS-assembly lipoprotein RlpB  69.82 
 
 		 182 aa  250  6e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.590366  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2927  LPS-assembly lipoprotein RlpB  71.26 
 
 		 207 aa  242  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3016  LPS-assembly lipoprotein RlpB  71.26 
 
 		 207 aa  242  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.446987  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1843  LPS-assembly lipoprotein RlpB  71.26 
 
 		 207 aa  242  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0704  LPS-assembly lipoprotein RlpB  58.47 
 
 		 196 aa  221  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.712434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0763  LPS-assembly lipoprotein RlpB  58.47 
 
 		 196 aa  221  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.447901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0807  LPS-assembly lipoprotein RlpB  58.47 
 
 		 196 aa  221  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.914545 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0750  LPS-assembly lipoprotein RlpB  58.47 
 
 		 196 aa  221  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0690  LPS-assembly lipoprotein RlpB  58.52 
 
 		 196 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0364606  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0667  LPS-assembly lipoprotein RlpB  56.9 
 
 		 193 aa  209  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000932859  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0693  LPS-assembly lipoprotein RlpB  56.9 
 
 		 193 aa  209  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00387404  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0661  LPS-assembly lipoprotein RlpB  56.9 
 
 		 193 aa  209  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0110358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0610  LPS-assembly lipoprotein RlpB  56.9 
 
 		 193 aa  209  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00711824  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00610  minor lipoprotein  56.9 
 
 		 193 aa  209  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0274387  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2985  Rare lipoprotein B  56.9 
 
 		 193 aa  209  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000576155  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00599  hypothetical protein  56.9 
 
 		 193 aa  209  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.025084  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3004  LPS-assembly lipoprotein RlpB  56.9 
 
 		 193 aa  208  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00131027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0730  LPS-assembly lipoprotein RlpB  56.9 
 
 		 193 aa  208  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1175  LPS-assembly lipoprotein RlpB  57.32 
 
 		 189 aa  204  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.126781 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1556  rare lipoprotein B  38.89 
 
 		 167 aa  133  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.22375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1000  rare lipoprotein B  40.76 
 
 		 164 aa  131  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00115178  normal  0.163142 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0996  rare lipoprotein B  40.76 
 
 		 164 aa  131  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  normal  0.100935 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1061  rare lipoprotein B  40.76 
 
 		 164 aa  131  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.702288  hitchhiker  0.00672321 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1173  rare lipoprotein B  40.76 
 
 		 164 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2583  rare lipoprotein B  42.5 
 
 		 164 aa  130  9e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.259622  normal  0.446935 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3144  rare lipoprotein B  41.4 
 
 		 164 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000366189  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2864  rare lipoprotein B  39.38 
 
 		 164 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.012268  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01221  hypothetical protein  37.1 
 
 		 185 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1097  Rare lipoprotein B  37.58 
 
 		 164 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0312036  hitchhiker  0.000000000546863 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3448  rare lipoprotein B  37.58 
 
 		 164 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.124406  hitchhiker  0.000604669 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004218  LPS-assembly lipoprotein RlpB precursor  38.1 
 
 		 179 aa  122  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00101724  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0989  rare lipoprotein B precursor  39.51 
 
 		 210 aa  122  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.193759  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3270  rare lipoprotein B  37.58 
 
 		 164 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.527962  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3312  rare lipoprotein B  37.18 
 
 		 164 aa  121  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000159395  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3703  rare lipoprotein B  37.5 
 
 		 164 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00988017  hitchhiker  0.0000022488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3480  rare lipoprotein B  37.5 
 
 		 164 aa  119  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0408224  hitchhiker  0.000000129712 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2930  rare lipoprotein B  39.38 
 
 		 164 aa  118  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.692064  decreased coverage  0.00636409 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0477  rare lipoprotein B  39.26 
 
 		 213 aa  117  9e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.421577  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0704  rare lipoprotein B  36.54 
 
 		 169 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00180129  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1721  rare lipoprotein B  36.81 
 
 		 167 aa  102  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0796  rare lipoprotein B  32.48 
 
 		 165 aa  101  7e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1565  rare lipoprotein B  31.68 
 
 		 173 aa  94  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1190  rare lipoprotein B  26.62 
 
 		 171 aa  76.6  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4353  rare lipoprotein B  31.82 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1301  hypothetical protein  28.67 
 
 		 163 aa  61.2  0.000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4813  lipoprotein, putative  31.82 
 
 		 201 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1300  hypothetical protein  28.67 
 
 		 163 aa  61.2  0.000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1452  rare lipoprotein B  30.2 
 
 		 172 aa  60.8  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.334843  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1120  hypothetical protein  29.24 
 
 		 208 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.904149  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4670  rare lipoprotein B  26.71 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3787  rare lipoprotein B  28.83 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0786655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1310  rare lipoprotein B  27.27 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4958  rare lipoprotein B  28.25 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.665092 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4795  rare lipoprotein B  26.62 
 
 		 201 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.167693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0626  rare lipoprotein B  26.14 
 
 		 201 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.544566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2278  rare lipoprotein B  24.11 
 
 		 177 aa  54.3  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12210  hypothetical protein  26.88 
 
 		 207 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4848  rare lipoprotein B  26.09 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1377  rare lipoprotein B precursor  26.52 
 
 		 220 aa  53.1  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0925703  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2833  rare lipoprotein B  29.09 
 
 		 168 aa  52.4  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2444  putative lipoprotein B precursor transmembrane  29.49 
 
 		 163 aa  52  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.553692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2664  rare lipoprotein B  24 
 
 		 161 aa  52  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167141  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2916  rare lipoprotein B precursor  27.4 
 
 		 171 aa  51.6  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2745  rare lipoprotein B  30.82 
 
 		 191 aa  51.2  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0480  hypothetical protein  25.48 
 
 		 181 aa  49.7  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2911  Rare lipoprotein B  24.16 
 
 		 194 aa  50.1  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398156  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2743  putative lipoprotein B precursor transmembrane  29.8 
 
 		 169 aa  49.7  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0622  rare lipoprotein B  30.99 
 
 		 183 aa  49.3  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.696129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1201  Rare lipoprotein B  29.66 
 
 		 175 aa  48.9  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.877221  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2982  Rare lipoprotein B  30 
 
 		 174 aa  48.5  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2572  Rare lipoprotein B  30 
 
 		 174 aa  48.5  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136179  normal  0.613264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2972  rare lipoprotein B  28.08 
 
 		 171 aa  47.8  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08990  hypothetical protein  29.25 
 
 		 208 aa  47  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.518811  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1228  putative lipoprotein  30.36 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0369  putative lipoprotein  30.36 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2731  rare lipoprotein B  29.88 
 
 		 176 aa  46.2  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3414  putative lipoprotein  30.36 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0543  rare lipoprotein B  26.49 
 
 		 172 aa  46.6  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.263488  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2452  putative lipoprotein  30.36 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3449  putative lipoprotein  30.36 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2639  putative lipoprotein  30.36 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3785  rare lipoprotein B  27.33 
 
 		 171 aa  45.8  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.202696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0512  rare lipoprotein B  26.28 
 
 		 170 aa  44.7  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0672  hypothetical protein  24.22 
 
 		 206 aa  43.9  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00531564  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2131  Rare lipoprotein B  24.32 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.1085 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2156  rare lipoprotein B  24.34 
 
 		 179 aa  44.3  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0172  rare lipoprotein B  29.88 
 
 		 176 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0655  rare lipoprotein B  29.88 
 
 		 176 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0401  rare lipoprotein B-like protein  30.16 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.258768  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4604  rare lipoprotein B  28.19 
 
 		 168 aa  43.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1507  rare lipoprotein B precursor  28.28 
 
 		 183 aa  43.5  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0236353  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0458  rare lipoprotein B, putative  28.19 
 
 		 172 aa  41.6  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0472132  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0618  Rare lipoprotein B-like protein  28.19 
 
 		 172 aa  41.6  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3309  hypothetical protein  22.67 
 
 		 170 aa  41.2  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0269686 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>