43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1855 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1092  GH3 auxin-responsive promoter family protein  67.32 
 
 		 562 aa  696    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0359437  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1478  GH3 auxin-responsive promoter  64.83 
 
 		 527 aa  700    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.173313 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1855  GH3 auxin-responsive protein  100 
 
 		 530 aa  1073    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2573  GH3 auxin-responsive promoter  69.88 
 
 		 539 aa  718    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0617  GH3 auxin-responsive promoter  57.84 
 
 		 528 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0805  auxin-responsive GH3-related protein  36.45 
 
 		 514 aa  258  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0949  GH3 auxin-responsive promoter  36.45 
 
 		 514 aa  258  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.424251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1338  hypothetical protein  31.78 
 
 		 508 aa  236  8e-61  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0190  GH3 auxin-responsive promoter  32.73 
 
 		 495 aa  232  1e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.210438  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5651  GH3 auxin-responsive promoter  32.37 
 
 		 507 aa  231  4e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0473  GH3 auxin-responsive promoter  31.13 
 
 		 521 aa  228  3e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0869  GH3 auxin-responsive promoter  30.99 
 
 		 510 aa  226  6e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1664  GH3 auxin-responsive promoter  32.28 
 
 		 514 aa  224  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.714218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1713  GH3 auxin-responsive promoter  31.25 
 
 		 507 aa  224  2e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3178  GH3 auxin-responsive promoter  30.48 
 
 		 510 aa  225  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3685  GH3 auxin-responsive promoter  29.4 
 
 		 502 aa  225  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.46637  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00655  putative plant auxin-regulated protein  30.93 
 
 		 484 aa  224  3e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0118  GH3 auxin-responsive promoter  29.88 
 
 		 508 aa  219  7e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.086469 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1025  GH3 auxin-responsive promoter  29.02 
 
 		 494 aa  219  1e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5924  GH3 auxin-responsive promoter  31.95 
 
 		 500 aa  219  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0752  GH3 auxin-responsive promoter  31.49 
 
 		 502 aa  218  2e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02895  putative auxin-regulated protein  28.82 
 
 		 497 aa  218  2.9999999999999998e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.380392  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0468  hypothetical protein  29.9 
 
 		 502 aa  214  2.9999999999999995e-54  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3670  auxin-regulated protein  27.85 
 
 		 504 aa  214  3.9999999999999995e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1720  hypothetical protein  32.35 
 
 		 509 aa  210  6e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3419  GH3 auxin-responsive promoter  31.27 
 
 		 504 aa  209  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3833  GH3 auxin-responsive promoter  29.48 
 
 		 500 aa  207  4e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.723154  normal  0.130127 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2997  auxin-regulated protein  29.9 
 
 		 496 aa  206  8e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.42028 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2048  GH3 auxin-responsive promoter  28.91 
 
 		 497 aa  204  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0144  GH3 auxin-responsive promoter  31.05 
 
 		 522 aa  202  8e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.705042  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12318  hypothetical protein  29.39 
 
 		 507 aa  201  3e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2660  auxin-regulated like  30.69 
 
 		 512 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1029  GH3 auxin-responsive promoter  27.68 
 
 		 510 aa  190  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00063016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0495  GH3 auxin-responsive promoter  31.75 
 
 		 528 aa  167  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal  0.527563 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0953  GH3 auxin-responsive promoter  26.02 
 
 		 586 aa  111  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0561894  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1675  GH3 auxin-responsive promoter  23.99 
 
 		 559 aa  99  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2981  GH3 auxin-responsive promoter  21.44 
 
 		 557 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2176  hypothetical protein  23.3 
 
 		 509 aa  58.5  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2150  hypothetical protein  22.82 
 
 		 509 aa  54.7  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4770  GH3 auxin-responsive promoter  35.42 
 
 		 581 aa  53.5  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0973169  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1542  hypothetical protein  31.3 
 
 		 128 aa  50.1  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2698  GH3 auxin-responsive promoter  28.9 
 
 		 417 aa  49.3  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4515  GH3 auxin-responsive promoter  26.25 
 
 		 526 aa  47.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>