137 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Dole_0018  CDS  NC_009943  19366  20346  981  hypothetical protein  YP_001527905  unclonable  0.000000000671428  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0034  CDS  NC_009943  38838  41114  2277  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  YP_001527921  unclonable  0.00000015313  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0035  CDS  NC_009943  41182  42708  1527  SpoIID/LytB domain-containing protein  YP_001527922  unclonable  0.00000000486765  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0036  CDS  NC_009943  42966  43844  879  hypothetical protein  YP_001527923  unclonable  0.000000000461635  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0085  CDS  NC_009943  95607  95825  219  NifU domain-containing protein  YP_001527972  unclonable  0.0000000000210342  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0094  CDS  NC_009943  103072  104205  1134  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001527981  unclonable  0.000000000475987  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0155  CDS  NC_009943  169729  172134  2406  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  YP_001528042  unclonable  0.000000365232  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0183  CDS  NC_009943  201532  202692  1161  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001528070  unclonable  0.000000000773523  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0184  CDS  NC_009943  202839  203846  1008  TetR family transcriptional regulator  YP_001528071  unclonable  0.000000000505732  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0190  CDS  NC_009943  208138  208707  570  formylmethanofuran dehydrogenase subunit E region  YP_001528077  unclonable  0.000000000060037  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0191  CDS  NC_009943  208961  209368  408  hypothetical protein  YP_001528078  unclonable  0.0000000000239834  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0267  CDS  NC_009943  305854  306462  609  hypothetical protein  YP_001528154  unclonable  0.0000000000377506  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0321  CDS  NC_009943  366345  366842  498  signal peptidase I  YP_001528208  unclonable  0.0000000000588302  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0322  CDS  NC_009943  367112  368317  1206  TPR repeat-containing protein  YP_001528209  unclonable  0.0000000024467  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0378  CDS  NC_009943  437232  438944  1713  hypothetical protein  YP_001528265  unclonable  0.0000000222085  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0396  CDS  NC_009943  457317  458156  840  hypothetical protein  YP_001528283  unclonable  0.000000000270968  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0419  CDS  NC_009943  482627  483076  450  hypothetical protein  YP_001528306  unclonable  0.0000000000206114  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0467  CDS  NC_009943  532231  533535  1305  FolC bifunctional protein  YP_001528354  unclonable  0.00000000374021  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0468  CDS  NC_009943  533608  533814  207  ribosomal protein S21  YP_001528355  unclonable  0.0000000000123547  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0469  CDS  NC_009943  534043  534717  675  adenylate kinase  YP_001528356  unclonable  0.000000000109629  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0473  CDS  NC_009943  537952  538845  894  HemK family modification methylase  YP_001528360  unclonable  0.000000000302756  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0517  CDS  NC_009943  583148  583603  456  tfp pilus assembly protein, major pilin  YP_001528404  unclonable  0.0000000000683927  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0538  CDS  NC_009943  605473  606258  786  glutamate racemase  YP_001528425  unclonable  0.000000000109629  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0545  CDS  NC_009943  611105  612205  1101  HflK protein  YP_001528432  unclonable  0.000000000873771  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0546  CDS  NC_009943  612202  613191  990  HflC protein  YP_001528433  unclonable  0.000000000495565  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0595  CDS  NC_009943  665691  667595  1905  peptidoglycan glycosyltransferase  YP_001528482  unclonable  0.0000000785776  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0596  CDS  NC_009943  667592  668698  1107  rod shape-determining protein RodA  YP_001528483  unclonable  0.00000000143295  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0597  CDS  NC_009943  668796  669161  366  hypothetical protein  YP_001528484  unclonable  0.0000000000358877  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0598  CDS  NC_009943  669338  669856  519  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  YP_001528485  unclonable  0.0000000000887819  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0646  CDS  NC_009943  770132  770458  327  hypothetical protein  YP_001528533  unclonable  0.0000000000149489  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0647  CDS  NC_009943  770465  772162  1698  hypothetical protein  YP_001528534  unclonable  0.0000000186884  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0670  CDS  NC_009943  793060  794853  1794  aspartyl-tRNA synthetase  YP_001528557  unclonable  0.0000000445499  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0689  CDS  NC_009943  814816  817458  2643  hypothetical protein  YP_001528576  unclonable  0.00000426728  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0794  CDS  NC_009943  922791  924263  1473  sodium/sulphate symporter  YP_001528681  unclonable  0.00000000496756  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0833  CDS  NC_009943  966496  967647  1152  extracellular ligand-binding receptor  YP_001528720  unclonable  0.00000000252201  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0927  CDS  NC_009943  1081454  1081915  462  hypothetical protein  YP_001528814  unclonable  0.0000000000237376  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0929  CDS  NC_009943  1083873  1085498  1626  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  YP_001528816  unclonable  0.0000000115197  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0935  CDS  NC_009943  1092320  1093039  720  putative lipoprotein  YP_001528822  unclonable  0.00000000023055  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0936  CDS  NC_009943  1093415  1093669  255  XRE family transcriptional regulator  YP_001528823  unclonable  0.0000000000155637  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0946  CDS  NC_009943  1103629  1104066  438  50S ribosomal protein L13  YP_001528833  unclonable  0.0000000000305629  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0947  CDS  NC_009943  1104138  1104428  291  hypothetical protein  YP_001528834  unclonable  0.0000000000128628  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0996  CDS  NC_009943  1168841  1169089  249  hypothetical protein  YP_001528883  unclonable  0.00000000000532079  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0997  CDS  NC_009943  1169143  1169577  435  adenylylsulfate reductase, beta subunit  YP_001528884  unclonable  0.0000000000160425  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_0998  CDS  NC_009943  1169657  1171636  1980  adenylylsulfate reductase subunit alpha  YP_001528885  unclonable  0.00000010424  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1003  CDS  NC_009943  1178563  1181028  2466  bifunctional aconitate hydratase 2/2-methylisocitrate dehydratase  YP_001528890  unclonable  0.00000103924  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1221  CDS  NC_009943  1456597  1458936  2340  FG-GAP repeat-containing protein  YP_001529104  unclonable  0.000000316782  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1242  CDS  NC_009943  1482951  1483589  639  TetR family transcriptional regulator  YP_001529125  unclonable  0.000000000053734  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1319  CDS  NC_009943  1571618  1572052  435  hypothetical protein  YP_001529200  unclonable  0.0000000000377506  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1410  CDS  NC_009943  1677292  1677705  414  hypothetical protein  YP_001529291  unclonable  0.0000000000260045  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1461  CDS  NC_009943  1743547  1745517  1971  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  YP_001529342  unclonable  0.0000000668721  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1578  CDS  NC_009943  1878829  1880637  1809  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  YP_001529459  unclonable  0.0000000346283  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1591  CDS  NC_009943  1893428  1893889  462  putative lipoprotein  YP_001529472  unclonable  0.0000000000351664  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1592  CDS  NC_009943  1893912  1895114  1203  phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate--cysteine ligase  YP_001529473  unclonable  0.00000000184282  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1613  CDS  NC_009943  1917887  1918459  573  hypothetical protein  YP_001529494  unclonable  0.0000000000439134  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1614  CDS  NC_009943  1918597  1918857  261  hypothetical protein  YP_001529495  unclonable  0.00000000000960734  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1619  CDS  NC_009943  1923473  1925581  2109  hypothetical protein  YP_001529500  unclonable  0.000000130275  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1659  CDS  NC_009943  1972700  1973959  1260  hypothetical protein  YP_001529540  unclonable  0.0000000022104  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1717  CDS  NC_009943  2060636  2060908  273  histone family protein DNA-binding protein  YP_001529598  unclonable  0.0000000000293556  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1747  CDS  NC_009943  2098060  2098815  756  heat shock protein DnaJ domain-containing protein  YP_001529628  unclonable  0.000000000151297  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1751  CDS  NC_009943  2102649  2104868  2220  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001529632  unclonable  0.000000403913  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1752  CDS  NC_009943  2105028  2105933  906  diguanylate cyclase  YP_001529633  unclonable  0.000000000321576  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1753  CDS  NC_009943  2106130  2108436  2307  FG-GAP repeat-containing protein  YP_001529634  unclonable  0.000000543044  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1755  CDS  NC_009943  2111080  2113161  2082  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001529636  unclonable  0.000000187342  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1756  CDS  NC_009943  2113603  2115729  2127  FG-GAP repeat-containing protein  YP_001529637  unclonable  0.000000241186  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1757  CDS  NC_009943  2115767  2117959  2193  FG-GAP repeat-containing protein  YP_001529638  unclonable  0.000000292234  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1792  CDS  NC_009943  2170069  2172867  2799  hypothetical protein  YP_001529673  unclonable  0.0000052319  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1859  CDS  NC_009943  2249026  2251086  2061  TonB-dependent receptor plug  YP_001529740  unclonable  0.00000014407  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1908  CDS  NC_009943  2310787  2312028  1242  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  YP_001529789  unclonable  0.00000000199693  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1980  CDS  NC_009943  2395843  2396742  900  signal peptide peptidase SppA, 36K type  YP_001529861  unclonable  0.00000000026819  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1981  CDS  NC_009943  2396865  2398679  1815  ribosomal protein S1  YP_001529862  unclonable  0.0000000204813  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1982  CDS  NC_009943  2398785  2399453  669  cytidylate kinase  YP_001529863  unclonable  0.0000000000405125  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1983  CDS  NC_009943  2399450  2400538  1089  histidinol-phosphate aminotransferase  YP_001529864  unclonable  0.000000000438985  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1984  CDS  NC_009943  2400673  2401845  1173  hypothetical protein  YP_001529865  unclonable  0.000000000750429  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_1995  CDS  NC_009943  2416217  2417383  1167  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_001529876  unclonable  0.00000000205838  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2004  CDS  NC_009943  2426708  2428612  1905  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_001529885  unclonable  0.0000000423635  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2005  CDS  NC_009943  2428854  2430287  1434  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  YP_001529886  unclonable  0.00000000318218  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2023  CDS  NC_009943  2451296  2452069  774  hypothetical protein  YP_001529904  unclonable  0.00000000011532  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2051  CDS  NC_009943  2500589  2501335  747  hypothetical protein  YP_001529932  unclonable  0.000000000194447  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2052  CDS  NC_009943  2501690  2502928  1239  glycosyl transferase group 1  YP_001529933  unclonable  0.0000000028188  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2053  CDS  NC_009943  2503203  2503544  342  hypothetical protein  YP_001529934  unclonable  0.0000000000254819  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2054  CDS  NC_009943  2504046  2505314  1269  hypothetical protein  YP_001529935  unclonable  0.00000000265297  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2055  CDS  NC_009943  2505311  2506078  768  DNA uptake lipoprotein-like protein  YP_001529936  unclonable  0.000000000188643  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2056  CDS  NC_009943  2506165  2506356  192  50S ribosomal protein L28  YP_001529937  unclonable  0.00000000000851837  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2063  CDS  NC_009943  2514490  2515647  1158  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001529944  unclonable  0.0000000008917  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2087  CDS  NC_009943  2535879  2537207  1329  hypothetical protein  YP_001529968  unclonable  0.00000000422239  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2119  CDS  NC_009943  2574519  2574815  297  plasmid stabilization system protein  YP_001530000  unclonable  0.0000000000247213  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2120  CDS  NC_009943  2574812  2575093  282  prevent-host-death family protein  YP_001530001  unclonable  0.0000000000225731  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2159  CDS  NC_009943  2618915  2619508  594  SirA family protein  YP_001530040  unclonable  0.000000000102186  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2160  CDS  NC_009943  2619688  2620941  1254  acetyl-CoA acetyltransferase  YP_001530041  unclonable  0.00000000311819  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2183  CDS  NC_009943  2651774  2652277  504  rubrerythrin  YP_001530064  unclonable  0.0000000000223416  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2184  CDS  NC_009943  2652520  2653137  618  dephospho-CoA kinase  YP_001530065  unclonable  0.0000000000448141  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2185  CDS  NC_009943  2653191  2654474  1284  lytic transglycosylase catalytic  YP_001530066  unclonable  0.00000000212239  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2247  CDS  NC_009943  2722631  2723914  1284  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001530128  unclonable  0.0000000011371  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2304  CDS  NC_009943  2792298  2792651  354  ribosomal protein L19  YP_001530185  unclonable  0.00000000000980437  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2362  CDS  NC_009943  2846026  2846976  951  hypothetical protein  YP_001530243  unclonable  0.0000000007278  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2363  CDS  NC_009943  2847020  2847763  744  lipid-binding START domain-containing protein  YP_001530244  unclonable  0.00000000024252  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2364  CDS  NC_009943  2847979  2849040  1062  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  YP_001530245  unclonable  0.00000000100727  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2365  CDS  NC_009943  2849207  2849977  771  enoyl-CoA hydratase/isomerase  YP_001530246  unclonable  0.000000000247495  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2383  CDS  NC_009943  2872703  2873176  474  hypothetical protein  YP_001530264  unclonable  0.000000000028196  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Dole_2384  CDS  NC_009943  2873566  2876187  2622  hypothetical protein  YP_001530265  unclonable  0.00000229491  n/a    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>