61 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
PputGB1_0177    NC_010322  183248  183561  314      unclonable  1.05037e-15  normal  0.246443  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0385  CDS  NC_010322  450234  450752  519  amino acid-binding ACT domain-containing protein  YP_001666632  unclonable  2.50758e-15  normal  0.230246  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0386  CDS  NC_010322  451085  451972  888  transporter DMT superfamily protein  YP_001666633  unclonable  2.35759e-14  normal  0.198446  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0525  CDS  NC_010322  599225  600571  1347  hypothetical protein  YP_001666772  unclonable  5.39959e-13  normal  0.748785  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1863  CDS  NC_010322  2091360  2092247  888  hypothetical protein  YP_001668102  unclonable  2.17515e-14  normal  0.404567  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1922  CDS  NC_010322  2161805  2162782  978  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001668161  hitchhiker  3.95353e-10  unclonable  2.80385e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1923  CDS  NC_010322  2162915  2163166  252  outer membrane lipoprotein OprI  YP_001668162  unclonable  3.71122e-16  unclonable  1.34849e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2132  CDS  NC_010322  2380940  2381254  315  hypothetical protein  YP_001668369  unclonable  4.71874e-16  hitchhiker  1.46213e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3398  CDS  NC_010322  3836111  3836569  459  hypothetical protein  YP_001669625  hitchhiker  0.000140118  unclonable  1.23131e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3399  CDS  NC_010322  3836562  3837137  576  hypothetical protein  YP_001669626  hitchhiker  0.000120581  unclonable  1.32131e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3400  CDS  NC_010322  3837134  3837988  855  prophage antirepressor  YP_001669627  decreased coverage  1.83753e-06  unclonable  1.97476e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3401  CDS  NC_010322  3838063  3838221  159  Arc domain-containing protein  YP_001669628  hitchhiker  0.000104471  unclonable  9.66468e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3402  CDS  NC_010322  3838336  3838743  408  Arc domain-containing protein  YP_001669629  hitchhiker  0.000582417  unclonable  1.23131e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3403  CDS  NC_010322  3838925  3839500  576  hypothetical protein  YP_001669630  hitchhiker  0.00811897  unclonable  1.34849e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3404  CDS  NC_010322  3839642  3840247  606  hypothetical protein  YP_001669631  normal  0.0356557  unclonable  1.40429e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3405  CDS  NC_010322  3840443  3840736  294  hypothetical protein  YP_001669632  normal  0.236321  unclonable  1.17041e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3406  CDS  NC_010322  3840938  3841234  297  hypothetical protein  YP_001669633  normal  0.407617  unclonable  1.24414e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3407  CDS  NC_010322  3841252  3841635  384  hypothetical protein  YP_001669634  normal  0.680746  unclonable  1.17041e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3408  CDS  NC_010322  3841645  3842304  660  tail protein 3  YP_001669635  normal  unclonable  1.50639e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3409  CDS  NC_010322  3842371  3842961  591  hypothetical protein  YP_001669636  normal  0.605809  unclonable  1.33483e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3410  CDS  NC_010322  3843022  3843444  423  hypothetical protein  YP_001669637  normal  unclonable  8.47727e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3411  CDS  NC_010322  3843441  3844115  675  hypothetical protein  YP_001669638  normal  unclonable  1.18281e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3412  CDS  NC_010322  3844117  3844509  393  hypothetical protein  YP_001669639  normal  unclonable  1.02716e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3413  CDS  NC_010322  3844512  3844904  393  hypothetical protein  YP_001669640  normal  unclonable  9.46987e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3414  CDS  NC_010322  3844945  3845529  585  hypothetical protein  YP_001669641  normal  unclonable  1.1241e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3415  CDS  NC_010322  3845578  3846522  945  hypothetical protein  YP_001669642  normal  0.994428  unclonable  1.36254e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3416  CDS  NC_010322  3846533  3847252  720  hypothetical protein  YP_001669643  normal  0.877857  unclonable  1.14702e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3417  CDS  NC_010322  3847681  3848724  1044  SPP1 family phage head morphogenesis protein  YP_001669644  normal  unclonable  1.53739e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3418  CDS  NC_010322  3848714  3850138  1425  hypothetical protein  YP_001669645  normal  unclonable  2.36464e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3419  CDS  NC_010322  3850147  3851448  1302  hypothetical protein  YP_001669646  normal  unclonable  1.80446e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3420  CDS  NC_010322  3851435  3851896  462  hypothetical protein  YP_001669647  normal  unclonable  8.3914e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3421  CDS  NC_010322  3851928  3852536  609  hypothetical protein  YP_001669648  normal  unclonable  9.28067e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3422  CDS  NC_010322  3852611  3852940  330  hypothetical protein  YP_001669649  normal  0.551507  unclonable  9.56678e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3423  CDS  NC_010322  3852958  3853389  432  20S proteasome A and B subunits  YP_001669650  normal  0.685692  unclonable  9.8653e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3424  CDS  NC_010322  3853386  3853550  165  hypothetical protein  YP_001669651  normal  unclonable  8.14192e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3425  CDS  NC_010322  3853601  3853864  264  hypothetical protein  YP_001669652  normal  unclonable  7.82125e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3426  CDS  NC_010322  3853866  3854189  324  peptidase M48, Ste24p  YP_001669653  normal  unclonable  7.2173e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3427  CDS  NC_010322  3854709  3855254  546  hypothetical protein  YP_001669654  normal  0.379041  unclonable  7.74202e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3428  CDS  NC_010322  3855251  3855397  147  hypothetical protein  YP_001669655  normal  0.185414  unclonable  5.3351e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3429  CDS  NC_010322  3855394  3855999  606  lambda NinG family protein  YP_001669656  normal  0.0894801  unclonable  8.56403e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3430  CDS  NC_010322  3855996  3856199  204  hypothetical protein  YP_001669657  normal  0.0712769  unclonable  5.72401e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3431  CDS  NC_010322  3856196  3856357  162  hypothetical protein  YP_001669658  normal  0.0656905  unclonable  5.07307e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3432  CDS  NC_010322  3856354  3856824  471  hypothetical protein  YP_001669659  normal  0.0188064  unclonable  6.52812e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3433  CDS  NC_010322  3856817  3857071  255  hypothetical protein  YP_001669660  hitchhiker  0.00933721  unclonable  5.07307e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3434  CDS  NC_010322  3857068  3857337  270  hypothetical protein  YP_001669661  normal  0.01021  unclonable  5.84282e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3435  CDS  NC_010322  3857337  3857627  291  hypothetical protein  YP_001669662  normal  0.0102976  unclonable  5.72401e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3436  CDS  NC_010322  3857627  3857818  192  hypothetical protein  YP_001669663  hitchhiker  0.00783206  unclonable  5.72401e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3437  CDS  NC_010322  3857815  3858186  372  hypothetical protein  YP_001669664  hitchhiker  0.000604853  unclonable  6.86407e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3438  CDS  NC_010322  3858186  3858992  807  IstB ATP binding domain-containing protein  YP_001669665  hitchhiker  0.000228593  unclonable  9.96626e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3439  CDS  NC_010322  3858982  3859731  750  putative transcriptional regulator  YP_001669666  hitchhiker  1.19584e-08  unclonable  9.09525e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3440  CDS  NC_010322  3859901  3860758  858  prophage antirepressor  YP_001669667  decreased coverage  1.05678e-11  unclonable  9.66468e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3441  CDS  NC_010322  3861092  3861283  192  hypothetical protein  YP_001669668  hitchhiker  0.000141396  unclonable  6.462e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3442  CDS  NC_010322  3861311  3861535  225  hypothetical protein  YP_001669669  hitchhiker  0.00035099  unclonable  6.08237e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3443  CDS  NC_010322  3861635  3862321  687  XRE family transcriptional regulator  YP_001669670  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3444  CDS  NC_010322  3862331  3862561  231  hypothetical protein  YP_001669671  hitchhiker  0.00227469  unclonable  6.08237e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3445  CDS  NC_010322  3863030  3863827  798  hypothetical protein  YP_001669672  hitchhiker  0.00550577  unclonable  1.17041e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3446  CDS  NC_010322  3864293  3864649  357  hypothetical protein  YP_001669673  normal  0.063988  unclonable  6.14573e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3568  CDS  NC_010322  3968735  3969640  906  LysR family transcriptional regulator  YP_001669795  unclonable  2.17515e-14  normal  0.28284  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4683  CDS  NC_010322  5233729  5234007  279  TfoX domain-containing protein  YP_001670905  hitchhiker  2.41401e-13  unclonable  1.50639e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4684  CDS  NC_010322  5234189  5235073  885  hypothetical protein  YP_001670906  hitchhiker  1.39338e-10  unclonable  2.48633e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_R0068  tRNA  NC_010322  3854270  3854346  77  tRNA-Gly    normal  unclonable  5.60965e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>