337 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 4    << first  < prev  1  2  3  4    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Shewmr7_0001  CDS  NC_008322  81  1463  1383  chromosomal replication initiation protein  YP_736064  unclonable  7.24276e-06  unclonable  1.76e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0002  CDS  NC_008322  1484  2584  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_736065  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0061  CDS  NC_008322  72663  73691  1029  LacI family transcription regulator  YP_736124  normal  unclonable  3.29359e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0062  CDS  NC_008322  73751  75235  1485  sucrose phosphorylase  YP_736125  normal  0.0945971  unclonable  3.50237e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0063  CDS  NC_008322  75492  76712  1221  major facilitator transporter  YP_736126  normal  0.0580428  unclonable  3.12687e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0064  CDS  NC_008322  76972  79368  2397  TonB-dependent receptor  YP_736127  decreased coverage  0.00224959  unclonable  4.16662e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0118  CDS  NC_008322  133476  134069  594  multiple antibiotic resistance (MarC)-related proteins  YP_736181  unclonable  5.68388e-07  normal  0.0497188  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0119  CDS  NC_008322  134368  137178  2811  peptidase M6, immune inhibitor A  YP_736182  unclonable  0.00164276  unclonable  3.43135e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0175  CDS  NC_008322  196360  196824  465  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_736238  unclonable  4.6912e-07  hitchhiker  0.00946838  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0180  CDS  NC_008322  206737  207921  1185  elongation factor Tu  YP_736243  unclonable  4.49049e-06  hitchhiker  0.00322221  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0181  CDS  NC_008322  208199  208570  372  preprotein translocase subunit SecE  YP_736244  unclonable  1.71e-07  normal  0.0106381  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0182  CDS  NC_008322  208580  209131  552  transcription antitermination protein nusG  YP_736245  unclonable  3.71558e-07  normal  0.0116836  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0183  CDS  NC_008322  209260  209688  429  50S ribosomal protein L11  YP_736246  unclonable  2.80206e-07  normal  0.0105542  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0184  CDS  NC_008322  209693  210394  702  50S ribosomal protein L1  YP_736247  unclonable  6.7503e-07  normal  0.0112469  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0204  CDS  NC_008322  230168  230536  369  50S ribosomal protein L14  YP_736267  unclonable  2.38487e-07  hitchhiker  0.00169881  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0205  CDS  NC_008322  230548  230862  315  50S ribosomal protein L24  YP_736268  unclonable  1.93081e-07  hitchhiker  0.00711343  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0206  CDS  NC_008322  230875  231414  540  50S ribosomal protein L5  YP_736269  unclonable  4.74066e-07  hitchhiker  0.00760067  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0207  CDS  NC_008322  231425  231730  306  30S ribosomal protein S14  YP_736270  unclonable  1.56094e-07  hitchhiker  0.00711343  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0208  CDS  NC_008322  231755  232147  393  30S ribosomal protein S8  YP_736271  unclonable  1.67533e-07  hitchhiker  0.00729445  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0214  CDS  NC_008322  234203  235543  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_736277  unclonable  9.2283e-06  hitchhiker  0.00772115  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0215  CDS  NC_008322  235565  235678  114  50S ribosomal protein L36  YP_736278  unclonable  1.34125e-07  hitchhiker  0.00577803  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0216  CDS  NC_008322  235794  236150  357  30S ribosomal protein S13  YP_736279  unclonable  3.13091e-07  hitchhiker  0.00577803  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0247  CDS  NC_008322  272961  273476  516  shikimate kinase I  YP_736309  unclonable  2.94714e-07  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0338  CDS  NC_008322  373531  375486  1956  hypothetical protein  YP_736399  unclonable  4.73528e-05  normal  0.110861  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0390  CDS  NC_008322  434266  435453  1188  cell division protein FtsZ  YP_736450  hitchhiker  0.00071655  unclonable  3.574e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0391  CDS  NC_008322  435634  436554  921  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_736451  hitchhiker  1.59372e-06  unclonable  2.79233e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0392  CDS  NC_008322  436568  437014  447  hypothetical protein  YP_736452  hitchhiker  4.00952e-06  unclonable  2.27076e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0393  CDS  NC_008322  437042  437941  900  peptidase M23B  YP_736453  hitchhiker  1.11959e-05  unclonable  2.62337e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0394  CDS  NC_008322  438002  440728  2727  preprotein translocase subunit SecA  YP_736454  unclonable  0.000626619  hitchhiker  0.000563606  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0479  CDS  NC_008322  545323  546372  1050  rod shape-determining protein MreB  YP_736539  unclonable  2.32389e-06  normal  0.336975  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0532  CDS  NC_008322  611141  612508  1368  major facilitator transporter  YP_736592  unclonable  8.51019e-06  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0618  CDS  NC_008322  720143  720445  303  cell division protein ZapA  YP_736678  unclonable  1.85465e-07  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0678  CDS  NC_008322  798955  799383  429  50S ribosomal protein L13  YP_736737  unclonable  4.45483e-07  hitchhiker  0.000251831  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0684  CDS  NC_008322  804685  805425  741  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  YP_736743  unclonable  1.07401e-06  hitchhiker  0.000276778  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0685  CDS  NC_008322  805487  806917  1431  major facilitator transporter  YP_736744  unclonable  1.74953e-05  hitchhiker  0.000330115  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0686  CDS  NC_008322  807099  807854  756  hypothetical protein  YP_736745  unclonable  1.57748e-06  hitchhiker  0.000330115  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0691  CDS  NC_008322  809749  811947  2199  dipeptidyl-peptidase 7  YP_736750  unclonable  0.000153124  hitchhiker  0.000504584  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0692  CDS  NC_008322  812073  813479  1407  primary replicative DNA helicase  YP_736751  unclonable  1.2144e-05  hitchhiker  0.000391995  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0694    NC_008322  814681  816021  1341      hitchhiker  0.00319575  unclonable  3.19314e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0697  CDS  NC_008322  817262  819457  2196  TonB-dependent siderophore receptor  YP_736754  unclonable  0.000103778  hitchhiker  0.00047729  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0753  CDS  NC_008322  858647  859954  1308  outer membrane channel protein  YP_736810  unclonable  5.55232e-06  normal  0.0190145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0761  CDS  NC_008322  868312  869373  1062  porin  YP_736818  unclonable  3.31419e-06  unclonable  2.51685e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0762  CDS  NC_008322  869804  870868  1065  outer membrane porin, putative  YP_736819  decreased coverage  4.57647e-05  unclonable  2.46582e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0763  CDS  NC_008322  871286  872104  819  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  YP_736820  normal  0.568059  unclonable  2.13544e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0773  CDS  NC_008322  882860  884800  1941  diguanylate cyclase  YP_736830  unclonable  9.65334e-05  normal  0.0329561  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0796  CDS  NC_008322  908341  909591  1251  glutamyl-tRNA reductase  YP_736853  unclonable  4.67609e-06  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0827  CDS  NC_008322  939037  939714  678  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  YP_736883  unclonable  1.00067e-06  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0852  CDS  NC_008322  971530  972819  1290  phosphate transporter  YP_736908  unclonable  6.95e-06  normal  0.426363  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0853  CDS  NC_008322  972845  973525  681  hypothetical protein  YP_736909  unclonable  4.59273e-07  normal  0.62908  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0926  CDS  NC_008322  1058083  1059897  1815  glucan biosynthesis protein D  YP_736982  unclonable  3.74583e-05  normal  0.530607  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0935  CDS  NC_008322  1072194  1072799  606  hypothetical protein  YP_736991  unclonable  4.06943e-07  normal  0.0868767  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0936  CDS  NC_008322  1072855  1074255  1401  TPR repeat-containing protein  YP_736992  unclonable  9.2283e-06  normal  0.106042  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0937  CDS  NC_008322  1074252  1074797  546  peptide deformylase  YP_736993  unclonable  2.69089e-07  normal  0.0932727  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0938  CDS  NC_008322  1074860  1075072  213  SlyX family protein  YP_736994  unclonable  8.35677e-08  normal  0.089544  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0939  CDS  NC_008322  1075082  1076032  951  WD-40 repeat-containing protein  YP_736995  unclonable  1.21304e-06  normal  0.0978141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0940  CDS  NC_008322  1076187  1076960  774  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_736996  unclonable  6.48245e-07  normal  0.0966289  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0955  CDS  NC_008322  1097927  1098835  909  hypothetical protein  YP_737011  unclonable  1.4544e-06  normal  0.349997  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_0988  CDS  NC_008322  1138526  1140721  2196  TonB-dependent siderophore receptor  YP_737044  unclonable  0.00021194  normal  0.772446  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1052  CDS  NC_008322  1215786  1216961  1176  penicillin-binding protein 6  YP_737108  unclonable  2.11862e-06  hitchhiker  0.00154362  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1053  CDS  NC_008322  1217106  1217948  843  rare lipoprotein A  YP_737109  unclonable  5.68388e-07  hitchhiker  0.00641376  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1054  CDS  NC_008322  1217932  1218996  1065  lytic murein transglycosylase B  YP_737110  unclonable  2.18585e-06  hitchhiker  0.0074183  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1058  CDS  NC_008322  1222501  1222845  345  iojap-like protein  YP_737114  unclonable  2.29081e-07  hitchhiker  0.00601071  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1073  CDS  NC_008322  1237646  1238737  1092  GTP-dependent nucleic acid-binding protein EngD  YP_737129  unclonable  5.96539e-06  normal  0.137935  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1084  CDS  NC_008322  1248841  1250814  1974  membrane protease FtsH catalytic subunit  YP_737140  unclonable  4.45375e-05  normal  0.0888545  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1098  CDS  NC_008322  1267102  1268682  1581  peptide chain release factor 3  YP_737154  hitchhiker  0.00192369  unclonable  3.19314e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1099  CDS  NC_008322  1268943  1269710  768  TatD-related deoxyribonuclease  YP_737155  hitchhiker  0.00265668  unclonable  2.2958e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1100  CDS  NC_008322  1269887  1271146  1260  nucleoside transporter  YP_737156  unclonable  1.01153e-05  unclonable  2.54337e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1101  CDS  NC_008322  1271481  1272320  840  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  YP_737157  unclonable  1.52935e-06  unclonable  2.13544e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1102  CDS  NC_008322  1272733  1273503  771  deoxyribose-phosphate aldolase  YP_737158  normal  0.0215015  unclonable  2.04974e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1177  CDS  NC_008322  1369676  1371883  2208  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_737233  unclonable  0.000122235  normal  0.0382614  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1200  CDS  NC_008322  1403454  1403651  198  carbon storage regulator  YP_737256  unclonable  1.97076e-07  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1205  CDS  NC_008322  1411184  1411633  450  cytochrome c, class II  YP_737261  unclonable  3.42907e-07  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1252  CDS  NC_008322  1461104  1461820  717  tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase  YP_737308  unclonable  1.91416e-06  normal  0.509514  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1278  CDS  NC_008322  1483584  1484597  1014  L-threonine aldolase  YP_737334  unclonable  2.70333e-06  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1286  CDS  NC_008322  1492805  1493269  465  acetyltransferase  YP_737342  unclonable  4.93773e-07  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1430  CDS  NC_008322  1660468  1661877  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_737486  unclonable  6.1517e-06  normal  0.749503  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1447  CDS  NC_008322  1680953  1682077  1125  queuine tRNA-ribosyltransferase  YP_737503  unclonable  3.28041e-06  normal  0.0357414  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1455  CDS  NC_008322  1688104  1690521  2418  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_737511  unclonable  0.00029067  hitchhiker  0.000623133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1458  CDS  NC_008322  1691782  1695030  3249  acriflavin resistance protein  YP_737514  unclonable  0.00370682  unclonable  5.76194e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1459  CDS  NC_008322  1695066  1696079  1014  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_737515  unclonable  1.43957e-06  unclonable  3.12687e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1460  CDS  NC_008322  1696260  1696976  717  hypothetical protein  YP_737516  hitchhiker  6.34241e-05  unclonable  2.76255e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1461  CDS  NC_008322  1697131  1697517  387  hypothetical protein  YP_737517  hitchhiker  0.000145947  unclonable  2.59601e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1462  CDS  NC_008322  1697618  1698913  1296  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_737518  hitchhiker  0.00212901  unclonable  3.39472e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1463  CDS  NC_008322  1699254  1700705  1452  sodium/proline symporter  YP_737519  normal  0.169082  unclonable  3.43135e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1488  CDS  NC_008322  1732814  1733944  1131  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic region  YP_737544  unclonable  2.64913e-06  normal  0.898146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1489  CDS  NC_008322  1733947  1734963  1017  aspartate semialdehyde dehydrogenase  YP_737545  unclonable  1.83684e-06  normal  0.923378  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1490  CDS  NC_008322  1735143  1738517  3375  hypothetical protein  YP_737546  unclonable  0.00398816  normal  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1535  CDS  NC_008322  1788172  1790658  2487  hypothetical protein  YP_737590  unclonable  0.000356269  hitchhiker  0.00903713  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1536  CDS  NC_008322  1790771  1791787  1017  putative periplasmic protease  YP_737591  unclonable  2.29962e-06  unclonable  2.62337e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1537  CDS  NC_008322  1791981  1793000  1020  AraC family transcriptional regulator  YP_737592  unclonable  2.18585e-06  unclonable  2.88017e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1554  CDS  NC_008322  1813368  1813802  435  hypothetical protein  YP_737609  unclonable  4.59273e-07  normal  0.148457  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1572  CDS  NC_008322  1839335  1840114  780  putative sulfate transport protein CysZ  YP_737627  unclonable  8.51255e-07  hitchhiker  0.00212574  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1573  CDS  NC_008322  1840330  1843758  3429  chromosome segregation protein SMC  YP_737628  unclonable  0.00374514  hitchhiker  0.000804403  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1574  CDS  NC_008322  1843785  1844825  1041  cell division protein ZipA  YP_737629  unclonable  2.16303e-06  unclonable  3.39472e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1575  CDS  NC_008322  1844918  1846990  2073  DNA ligase, NAD-dependent  YP_737630  normal  0.0209027  unclonable  4.29666e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1613  CDS  NC_008322  1895376  1897124  1749  ATP-dependent protease  YP_737668  unclonable  2.99604e-05  normal  0.391845  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1614  CDS  NC_008322  1898765  1899409  645  response regulator  YP_737669  unclonable  7.46753e-07  normal  0.505035  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1643  CDS  NC_008322  1931648  1932373  726  fatty acid metabolism regulator  YP_737695  unclonable  8.3399e-07  hitchhiker  0.00573009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1647  CDS  NC_008322  1937505  1938089  585  superoxide dismutase  YP_737699  unclonable  6.41638e-07  hitchhiker  0.000247019  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr7_1659  CDS  NC_008322  1952607  1953941  1335  succinylarginine dihydrolase  YP_737711  normal  0.149262  unclonable  2.27076e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 4    << first  < prev  1  2  3  4    next >  last >>