220 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Shewmr4_0001  CDS  NC_008321  79  1461  1383  chromosomal replication initiation protein  YP_732140  unclonable  1.79736e-07  unclonable  3.13535e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0002  CDS  NC_008321  1482  2582  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_732141  unclonable  5.77304e-08  unclonable  2.3362e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0003  CDS  NC_008321  2744  3826  1083  recombination protein F  YP_732142  normal  0.029356  unclonable  2.00533e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0004  CDS  NC_008321  3843  6260  2418  DNA gyrase subunit B  YP_732143  normal  0.850847  unclonable  4.98396e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0005  CDS  NC_008321  6341  6997  657  glutathione S-transferase domain-containing protein  YP_732144  normal  unclonable  1.52518e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0023  CDS  NC_008321  27840  28148  309  ArsR family transcriptional regulator  YP_732162  unclonable  1.24872e-09  hitchhiker  0.000733869  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0124  CDS  NC_008321  136100  138955  2856  TonB-dependent receptor  YP_732262  unclonable  3.77031e-05  unclonable  9.37896e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0179  CDS  NC_008321  200018  200836  819  glutamate racemase  YP_732317  unclonable  3.77093e-09  normal  0.781333  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0180  CDS  NC_008321  200848  201312  465  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_732318  unclonable  7.25181e-10  normal  0.749946  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0184  CDS  NC_008321  210493  210624  132  hypothetical protein  YP_732322  unclonable  2.9954e-10  normal  0.0251326  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0185  CDS  NC_008321  211092  212276  1185  elongation factor Tu  YP_732323  unclonable  2.01579e-08  hitchhiker  0.00891044  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0186  CDS  NC_008321  212554  212925  372  preprotein translocase subunit SecE  YP_732324  unclonable  8.26672e-10  hitchhiker  0.00751304  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0187  CDS  NC_008321  212935  213486  552  transcription antitermination protein nusG  YP_732325  unclonable  1.77465e-09  hitchhiker  0.00840518  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0188  CDS  NC_008321  213615  214043  429  50S ribosomal protein L11  YP_732326  unclonable  1.10697e-09  hitchhiker  0.00720013  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0189  CDS  NC_008321  214048  214749  702  50S ribosomal protein L1  YP_732327  unclonable  3.05059e-09  hitchhiker  0.00355335  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0197  CDS  NC_008321  227874  229058  1185  elongation factor Tu  YP_732335  hitchhiker  5.53237e-06  unclonable  2.41033e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0198  CDS  NC_008321  229397  229708  312  30S ribosomal protein S10  YP_732336  hitchhiker  2.00655e-07  unclonable  1.57318e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0199  CDS  NC_008321  229736  230374  639  50S ribosomal protein L3  YP_732337  hitchhiker  6.36858e-07  unclonable  1.96513e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0200  CDS  NC_008321  230392  230997  606  50S ribosomal protein L4  YP_732338  hitchhiker  4.25276e-06  unclonable  2.11023e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0201  CDS  NC_008321  230994  231299  306  50S ribosomal protein L23  YP_732339  hitchhiker  6.98801e-06  unclonable  1.84888e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0202  CDS  NC_008321  231316  232140  825  50S ribosomal protein L2  YP_732340  hitchhiker  0.000118322  unclonable  2.86265e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0203  CDS  NC_008321  232155  232433  279  30S ribosomal protein S19  YP_732341  hitchhiker  2.19443e-05  unclonable  1.54128e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0204  CDS  NC_008321  232449  232781  333  50S ribosomal protein L22  YP_732342  hitchhiker  2.74538e-05  unclonable  1.70547e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0205  CDS  NC_008321  232791  233483  693  30S ribosomal protein S3  YP_732343  hitchhiker  4.15064e-07  unclonable  2.17557e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0206  CDS  NC_008321  233495  233905  411  50S ribosomal protein L16  YP_732344  hitchhiker  2.0814e-07  unclonable  1.72303e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0207  CDS  NC_008321  233905  234096  192  50S ribosomal protein L29  YP_732345  hitchhiker  1.32572e-07  unclonable  1.50964e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0208  CDS  NC_008321  234096  234344  249  30S ribosomal protein S17  YP_732346  hitchhiker  1.4726e-08  unclonable  1.49425e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0209  CDS  NC_008321  234523  234891  369  50S ribosomal protein L14  YP_732347  hitchhiker  2.78183e-08  unclonable  1.39083e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0210  CDS  NC_008321  234903  235217  315  50S ribosomal protein L24  YP_732348  hitchhiker  2.16375e-08  unclonable  1.29617e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0211  CDS  NC_008321  235230  235769  540  50S ribosomal protein L5  YP_732349  hitchhiker  2.26613e-05  unclonable  1.44866e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0212  CDS  NC_008321  235780  236085  306  30S ribosomal protein S14  YP_732350  hitchhiker  5.59885e-05  unclonable  1.28265e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0213  CDS  NC_008321  236110  236502  393  30S ribosomal protein S8  YP_732351  hitchhiker  0.000264343  unclonable  1.47865e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0214  CDS  NC_008321  236513  237046  534  50S ribosomal protein L6  YP_732352  hitchhiker  0.000958159  unclonable  1.52518e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0215  CDS  NC_008321  237057  237407  351  50S ribosomal protein L18  YP_732353  hitchhiker  0.00167241  unclonable  1.26926e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0216  CDS  NC_008321  237420  237923  504  30S ribosomal protein S5  YP_732354  hitchhiker  0.000901319  unclonable  1.54128e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0217  CDS  NC_008321  237930  238112  183  50S ribosomal protein L30  YP_732355  hitchhiker  0.000105847  unclonable  1.26926e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0218  CDS  NC_008321  238116  238550  435  50S ribosomal protein L15  YP_732356  hitchhiker  4.50664e-07  unclonable  1.46358e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0219  CDS  NC_008321  238558  239898  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_732357  unclonable  7.44124e-08  unclonable  3.04117e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0220  CDS  NC_008321  239920  240033  114  50S ribosomal protein L36  YP_732358  unclonable  3.62841e-10  unclonable  1.43355e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0221  CDS  NC_008321  240149  240505  357  30S ribosomal protein S13  YP_732359  hitchhiker  2.24904e-08  unclonable  1.65465e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0222  CDS  NC_008321  240520  240912  393  30S ribosomal protein S11  YP_732360  hitchhiker  2.36746e-07  unclonable  1.90612e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0223  CDS  NC_008321  240944  241564  621  30S ribosomal protein S4  YP_732361  hitchhiker  7.109e-07  unclonable  2.36085e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0224  CDS  NC_008321  241589  242578  990  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  YP_732362  hitchhiker  0.00010279  unclonable  3.13535e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0225  CDS  NC_008321  242619  243014  396  50S ribosomal protein L17  YP_732363  hitchhiker  0.000697417  unclonable  2.43576e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0226  CDS  NC_008321  243079  244083  1005  hypothetical protein  YP_732364  hitchhiker  0.00330504  unclonable  3.68394e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0227  CDS  NC_008321  244196  244681  486  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  YP_732365  normal  0.0228693  unclonable  2.64125e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0228  CDS  NC_008321  244678  244878  201  Heme exporter protein D (CcmD)  YP_732366  normal  0.0464589  unclonable  2.28881e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0229  CDS  NC_008321  244878  245624  747  heme exporter protein CcmC  YP_732367  normal  0.0706055  unclonable  3.57328e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0230  CDS  NC_008321  245626  246312  687  heme exporter protein CcmB  YP_732368  normal  0.101455  unclonable  2.89214e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0231  CDS  NC_008321  246324  246974  651  cytochrome c biogenesis protein CcmA  YP_732369  normal  0.0147409  unclonable  3.10337e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0232  CDS  NC_008321  247300  247599  300  cytochrome c, class I  YP_732370  hitchhiker  0.00113447  unclonable  2.38576e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0233  CDS  NC_008321  247689  248936  1248  TPR repeat-containing protein  YP_732371  hitchhiker  0.00046465  unclonable  4.55272e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0234  CDS  NC_008321  249336  251315  1980  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  YP_732372  hitchhiker  0.00466209  unclonable  6.73434e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0284  CDS  NC_008321  303727  304902  1176  diguanylate cyclase  YP_732421  normal  0.879349  unclonable  7.22624e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0285  CDS  NC_008321  305092  305259  168  hypothetical protein  YP_732422  normal  0.102648  unclonable  3.68394e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0286  CDS  NC_008321  305325  307496  2172  TonB-dependent receptor  YP_732423  hitchhiker  3.35146e-05  unclonable  1.54672e-10  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0323  CDS  NC_008321  347543  347866  324  rhodanese domain-containing protein  YP_732460  unclonable  8.26672e-10  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0389  CDS  NC_008321  435904  438318  2415  adenylate cyclase  YP_732526  unclonable  3.34339e-06  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0433  CDS  NC_008321  489219  491261  2043  endothelin-converting protein 1  YP_732570  unclonable  7.49022e-07  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0436  CDS  NC_008321  492634  493290  657  2-deoxyglucose-6-phosphatase  YP_732573  unclonable  2.4214e-09  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0618  CDS  NC_008321  712777  713412  636  cAMP-regulatory protein  YP_732755  unclonable  4.75791e-09  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0656  CDS  NC_008321  764701  765075  375  hypothetical protein  YP_732793  unclonable  1.01119e-09  normal  0.209543  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0666  CDS  NC_008321  776180  776872  693  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_732803  unclonable  5.15803e-09  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0691  CDS  NC_008321  798654  799427  774  deoxyribonuclease I  YP_732828  unclonable  4.38774e-09  normal  0.686603  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0698  CDS  NC_008321  810634  812727  2094  elongation factor G  YP_732835  unclonable  9.26499e-07  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0728  CDS  NC_008321  848481  849788  1308  poly(A) polymerase  YP_732865  unclonable  5.77304e-08  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0920  CDS  NC_008321  1074098  1075006  909  hypothetical protein  YP_733057  unclonable  5.10544e-09  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0950  CDS  NC_008321  1110440  1112611  2172  TonB-dependent siderophore receptor  YP_733087  unclonable  1.52119e-06  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0987  CDS  NC_008321  1153424  1154599  1176  penicillin-binding protein 6  YP_733124  unclonable  2.0777e-08  normal  0.0123429  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0988  CDS  NC_008321  1154744  1155586  843  rare lipoprotein A  YP_733125  unclonable  3.65675e-09  normal  0.010381  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0993  CDS  NC_008321  1160139  1160483  345  iojap-like protein  YP_733130  unclonable  9.71305e-10  normal  0.0937197  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1035  CDS  NC_008321  1207526  1208785  1260  nucleoside transporter  YP_733172  unclonable  5.65727e-08  hitchhiker  5.17288e-10  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1036  CDS  NC_008321  1209134  1209973  840  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  YP_733173  unclonable  1.03481e-08  unclonable  1.47865e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1114  CDS  NC_008321  1308664  1310304  1641  CTP synthetase  YP_733251  unclonable  1.31384e-07  normal  0.869869  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1207  CDS  NC_008321  1407109  1408122  1014  L-threonine aldolase  YP_733344  unclonable  8.62399e-09  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1313  CDS  NC_008321  1520089  1521558  1470  amino acid/peptide transporter  YP_733449  unclonable  6.07679e-08  normal  0.565693  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1365  CDS  NC_008321  1588908  1590317  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_733500  unclonable  1.24879e-07  normal  0.0325353  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1390  CDS  NC_008321  1616676  1619093  2418  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_733525  unclonable  2.78441e-06  hitchhiker  1.34181e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1393  CDS  NC_008321  1620354  1623602  3249  acriflavin resistance protein  YP_733528  hitchhiker  0.000988639  unclonable  7.15255e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1394  CDS  NC_008321  1623638  1624651  1014  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_733529  unclonable  1.75067e-08  unclonable  1.92575e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1395  CDS  NC_008321  1624832  1625548  717  hypothetical protein  YP_733530  hitchhiker  8.11634e-08  unclonable  1.43355e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1396  CDS  NC_008321  1625707  1626093  387  hypothetical protein  YP_733531  hitchhiker  1.25062e-05  unclonable  1.28265e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1397  CDS  NC_008321  1626194  1627489  1296  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_733532  hitchhiker  0.00928382  unclonable  2.43576e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1398  CDS  NC_008321  1627830  1629281  1452  sodium/proline symporter  YP_733533  normal  0.0934266  unclonable  2.41033e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1425  CDS  NC_008321  1664031  1667420  3390  hypothetical protein  YP_733560  unclonable  0.000113276  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1470  CDS  NC_008321  1720149  1721165  1017  putative periplasmic protease  YP_733605  unclonable  1.01356e-08  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1490  CDS  NC_008321  1744416  1746569  2154  phosphate acetyltransferase  YP_733625  unclonable  1.30652e-06  normal  0.921429  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1505  CDS  NC_008321  1768154  1768933  780  putative sulfate transport protein CysZ  YP_733640  unclonable  5.42518e-09  hitchhiker  5.67341e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1506  CDS  NC_008321  1769175  1772603  3429  chromosome segregation protein SMC  YP_733641  unclonable  0.00012681  hitchhiker  3.87349e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1507  CDS  NC_008321  1772630  1773670  1041  cell division protein ZipA  YP_733642  unclonable  1.82258e-08  decreased coverage  6.92006e-10  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1572  CDS  NC_008321  1856459  1857043  585  superoxide dismutase  YP_733706  unclonable  3.80978e-09  normal  0.113962  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1651  CDS  NC_008321  1951866  1952576  711  leucyl/phenylalanyl-tRNA--protein transferase  YP_733784  unclonable  3.65675e-09  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1652  CDS  NC_008321  1952631  1953101  471  17 kDa surface antigen  YP_733785  unclonable  1.72178e-09  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1737  CDS  NC_008321  2064949  2065770  822  serine O-acetyltransferase  YP_733868  unclonable  1.34681e-08  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1745  CDS  NC_008321  2071603  2072502  900  SSU ribosomal protein S6P modification protein  YP_733876  unclonable  2.25359e-08  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1903  CDS  NC_008321  2267956  2270523  2568  TonB-dependent receptor  YP_734034  unclonable  1.10647e-05  hitchhiker  9.76809e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1909  CDS  NC_008321  2274508  2276352  1845  signal peptide peptidase SppA, 67K type  YP_734040  unclonable  3.6932e-07  hitchhiker  1.82105e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1922  CDS  NC_008321  2292604  2293884  1281  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  YP_734053  hitchhiker  8.9326e-06  unclonable  5.4004e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1923  CDS  NC_008321  2294067  2294759  693  cytidylate kinase  YP_734054  hitchhiker  7.22421e-08  unclonable  4.03388e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_1924  CDS  NC_008321  2294862  2296529  1668  30S ribosomal protein S1  YP_734055  unclonable  1.91049e-07  unclonable  7.52303e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>