102 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Dd1591_0180  CDS  NC_012912  219070  221628  2559  adenylate cyclase  YP_003002552  unclonable  0.000188579  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0316  CDS  NC_012912  370243  370617  375  30S ribosomal protein S12  YP_003002685  unclonable  1.03775e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0317  CDS  NC_012912  370714  371184  471  30S ribosomal protein S7  YP_003002686  unclonable  1.14768e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0318  CDS  NC_012912  371276  373390  2115  elongation factor G  YP_003002687  unclonable  0.000130884  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0319  CDS  NC_012912  373480  374664  1185  elongation factor Tu  YP_003002688  unclonable  4.44857e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0320  CDS  NC_012912  374794  374988  195  BFD domain protein (2Fe-2S)-binding domain protein  YP_003002689  unclonable  1.14768e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0321  CDS  NC_012912  375064  375537  474  bacterioferritin  YP_003002690  unclonable  1.94791e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0322  CDS  NC_012912  375831  376142  312  30S ribosomal protein S10  YP_003002691  unclonable  1.2719e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0323  CDS  NC_012912  376175  376804  630  ribosomal protein L3  YP_003002692  unclonable  2.22247e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0324  CDS  NC_012912  376815  377420  606  50S ribosomal protein L4  YP_003002693  unclonable  1.87067e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0325  CDS  NC_012912  377417  377719  303  50S ribosomal protein L23  YP_003002694  unclonable  1.18373e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0326  CDS  NC_012912  377737  378558  822  50S ribosomal protein L2  YP_003002695  unclonable  2.91678e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0327  CDS  NC_012912  378575  378853  279  30S ribosomal protein S19  YP_003002696  unclonable  9.96601e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0328  CDS  NC_012912  378868  379200  333  50S ribosomal protein L22  YP_003002697  unclonable  9.86458e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0486  CDS  NC_012912  550826  551965  1140  iron-sulfur cluster binding protein  YP_003002847  unclonable  3.60257e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0487  CDS  NC_012912  552176  553717  1542  hypothetical protein  YP_003002848  unclonable  6.20084e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0488  CDS  NC_012912  553714  554196  483  protein of unknown function UPF0079  YP_003002849  unclonable  1.00685e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0504  CDS  NC_012912  570275  570976  702  Deoxyribonuclease I  YP_003002865  unclonable  1.36601e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0616  CDS  NC_012912  701492  702409  918  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_003002977  unclonable  2.6645e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0697  CDS  NC_012912  802336  805617  3282  CRISPR-associated helicase Cas3 family  YP_003003057  unclonable  0.000756095  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0775  CDS  NC_012912  892898  893218  321  primosomal replication protein N  YP_003003133  unclonable  1.17168e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0776  CDS  NC_012912  893223  893450  228  30S ribosomal protein S18  YP_003003134  unclonable  8.92175e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0777  CDS  NC_012912  893492  893941  450  50S ribosomal protein L9  YP_003003135  unclonable  1.31124e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0778  CDS  NC_012912  894060  894434  375  protein of unknown function DUF488  YP_003003136  unclonable  1.29789e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0779  CDS  NC_012912  894418  895122  705  Opacity-associated protein A  YP_003003137  unclonable  1.49639e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0780  CDS  NC_012912  895348  895968  621  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_003003138  unclonable  1.31124e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0815  CDS  NC_012912  942536  944773  2238  GDP/GTP pyrophosphokinase  YP_003003173  unclonable  0.000200525  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0845  CDS  NC_012912  978824  979639  816  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  YP_003003203  unclonable  1.74258e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0846  CDS  NC_012912  979702  980355  654  DL-methionine transporter permease subunit  YP_003003204  unclonable  1.45183e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0847  CDS  NC_012912  980348  981379  1032  D-methionine ABC transporter, ATPase subunit  YP_003003205  unclonable  2.11162e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0926  CDS  NC_012912  1074712  1075884  1173  anticodon nuclease  YP_003003283  unclonable  2.88709e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1030    NC_012912  1184695  1186113  1419      unclonable  2.50875e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1062  CDS  NC_012912  1226365  1226940  576  RNA polymerase sigma factor RpoE  YP_003003413  unclonable  1.60674e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1063  CDS  NC_012912  1226990  1227655  666  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  YP_003003414  unclonable  1.55817e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1126  CDS  NC_012912  1296792  1298177  1386  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_003003477  unclonable  6.45996e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1160  CDS  NC_012912  1322501  1326772  4272  YD repeat protein  YP_003003506  unclonable  0.00301652  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1209  CDS  NC_012912  1377443  1378510  1068  outer membrane protein A  YP_003003555  unclonable  3.42607e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1210  CDS  NC_012912  1378875  1379369  495  SOS cell division inhibitor  YP_003003556  unclonable  1.04842e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1211  CDS  NC_012912  1379589  1380218  630  regulator of competence-specific genes  YP_003003557  unclonable  1.36601e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1212  CDS  NC_012912  1380215  1382410  2196  hypothetical protein  YP_003003558  unclonable  0.000149337  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1245  CDS  NC_012912  1411778  1412500  723  UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase  YP_003003588  unclonable  1.79649e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1246  CDS  NC_012912  1412511  1413005  495  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B (rotamase B)  YP_003003589  unclonable  1.32503e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1247  CDS  NC_012912  1413344  1413775  432  DoxX family protein  YP_003003590  unclonable  1.14768e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1319  CDS  NC_012912  1493346  1495568  2223  TonB-dependent siderophore receptor  YP_003003661  unclonable  0.000200525  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1383  CDS  NC_012912  1570794  1571405  612  NUDIX hydrolase  YP_003003724  unclonable  1.23288e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1465    NC_012912  1678188  1679000  813      unclonable  1.59039e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1596  CDS  NC_012912  1817362  1818000  639  hypothetical protein  YP_003003929  unclonable  1.60674e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1597  CDS  NC_012912  1818379  1818897  519  3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase  YP_003003930  unclonable  1.49639e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1598  CDS  NC_012912  1818988  1820718  1731  hypothetical protein  YP_003003931  unclonable  9.47515e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1615  CDS  NC_012912  1839286  1842462  3177  ribonuclease, Rne/Rng family  YP_003003947  unclonable  0.000319313  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1616  CDS  NC_012912  1843042  1844004  963  pseudouridine synthase, RluA family  YP_003003948  unclonable  1.33866e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1617  CDS  NC_012912  1844101  1844703  603  maf protein  YP_003003949  unclonable  8.74307e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1618  CDS  NC_012912  1844846  1845367  522  hypothetical protein  YP_003003950  unclonable  8.31476e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1619  CDS  NC_012912  1845384  1845554  171  50S ribosomal protein L32  YP_003003951  unclonable  5.29201e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1620  CDS  NC_012912  1845581  1846627  1047  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_003003952  unclonable  2.91678e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1621  CDS  NC_012912  1846634  1847584  951  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_003003953  unclonable  2.45792e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1622  CDS  NC_012912  1847604  1848533  930  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_003003954  unclonable  2.13384e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1623  CDS  NC_012912  1848547  1849281  735  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_003003955  unclonable  1.63996e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1624  CDS  NC_012912  1849436  1849672  237  acyl carrier protein  YP_003003956  unclonable  7.29948e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1625  CDS  NC_012912  1849755  1850993  1239  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  YP_003003957  unclonable  3.00702e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1626  CDS  NC_012912  1851115  1851918  804  4-amino-4-deoxychorismate lyase  YP_003003958  unclonable  1.72444e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1627  CDS  NC_012912  1851925  1852956  1032  aminodeoxychorismate lyase  YP_003003959  unclonable  2.11162e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1628  CDS  NC_012912  1852949  1853596  648  thymidylate kinase  YP_003003960  unclonable  1.25837e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1629  CDS  NC_012912  1853604  1854614  1011  DNA polymerase III, delta prime subunit  YP_003003961  unclonable  2.09012e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1630  CDS  NC_012912  1854633  1855427  795  putative metallodependent hydrolase  YP_003003962  unclonable  1.5742e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1631  CDS  NC_012912  1855745  1857178  1434  PTS system glucose-specific transporter subunits IIBC  YP_003003963  unclonable  4.58512e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1666  CDS  NC_012912  1899392  1900531  1140  porin Gram-negative type  YP_003003998  unclonable  1.7605e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1667  CDS  NC_012912  1900830  1902230  1401  asparaginyl-tRNA synthetase  YP_003003999  unclonable  2.24533e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1700  CDS  NC_012912  1945825  1946826  1002  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_003004032  unclonable  2.19984e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1701  CDS  NC_012912  1946998  1947234  237  LPP repeat-containing protein  YP_003004033  unclonable  6.09145e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1702  CDS  NC_012912  1947542  1948954  1413  pyruvate kinase  YP_003004034  unclonable  4.72586e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1735  CDS  NC_012912  1985535  1986704  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_003004066  unclonable  2.33751e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1808  CDS  NC_012912  2073029  2073220  192  transcriptional activator Ogr/delta  YP_003004138  unclonable  9.10407e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1809  CDS  NC_012912  2073316  2074491  1176  late control D family protein  YP_003004139  unclonable  3.32404e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1977  CDS  NC_012912  2260879  2261088  210  cold shock-like protein CspC  YP_003004305  unclonable  1.25837e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2002    NC_012912  2285134  2285503  370      unclonable  6.27839e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2003  CDS  NC_012912  2285778  2286497  720  fatty acid metabolism regulator  YP_003004330  unclonable  1.20819e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2004  CDS  NC_012912  2286573  2288108  1536  SpoVR family protein  YP_003004331  unclonable  6.07664e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2536  CDS  NC_012912  2892242  2892922  681  dethiobiotin synthase  YP_003004855  unclonable  2.13384e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2679  CDS  NC_012912  3042976  3044358  1383  diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  YP_003004986  unclonable  3.98425e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2722  CDS  NC_012912  3087326  3088534  1209  putative transcriptional regulator  YP_003005028  unclonable  3.90444e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2733  CDS  NC_012912  3099483  3102593  3111  beta-D-galactosidase  YP_003005037  unclonable  0.000508239  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2899  CDS  NC_012912  3302756  3303475  720  protein of unknown function DUF554  YP_003005200  unclonable  1.09146e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2900  CDS  NC_012912  3304270  3305088  819  tol-pal system protein YbgF  YP_003005201  unclonable  1.43705e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2901  CDS  NC_012912  3305098  3305604  507  peptidoglycan-associated outer membrane lipoprotein  YP_003005202  unclonable  1.25837e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3257  CDS  NC_012912  3704463  3705329  867  transcriptional regulator, LysR family  YP_003005556  unclonable  2.4832e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3266  CDS  NC_012912  3715776  3716702  927  cell division protein ZipA  YP_003005565  unclonable  1.94791e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3267  CDS  NC_012912  3716926  3717696  771  protein of unknown function DUF540  YP_003005566  unclonable  1.36601e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3379  CDS  NC_012912  3846721  3848088  1368  Xanthine/uracil/vitamin C permease  YP_003005674  unclonable  4.91987e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3477  CDS  NC_012912  3951377  3952321  945  protein of unknown function DUF6 transmembrane  YP_003005768  unclonable  1.92809e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3478  CDS  NC_012912  3952423  3952680  258  ribosomal protein L27  YP_003005769  unclonable  6.53762e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3479  CDS  NC_012912  3952700  3953011  312  50S ribosomal protein L21  YP_003005770  unclonable  6.47108e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3480    NC_012912  3953015  3953195  181      unclonable  5.34642e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3481  CDS  NC_012912  3953271  3954242  972  octaprenyl diphosphate synthase  YP_003005771  unclonable  1.72444e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3482  CDS  NC_012912  3954244  3954654  411  MuA-transposase/repressor protein CI DNA-binding  YP_003005772  unclonable  5.91006e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3483  CDS  NC_012912  3954859  3955245  387  MuA-transposase/repressor protein CI DNA-binding  YP_003005773  unclonable  5.03276e-06  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3484  CDS  NC_012912  3955784  3956725  942  malate dehydrogenase  YP_003005774  unclonable  1.24556e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3798  CDS  NC_012912  4299873  4301003  1131  AFG1-family ATPase  YP_003006077  unclonable  3.75047e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_4170  CDS  NC_012912  4711460  4712485  1026  transcriptional repressor RbsR  YP_003006445  unclonable  1.81496e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_4188  CDS  NC_012912  4731067  4731858  792  F0F1 ATP synthase subunit A  YP_003006463  unclonable  1.18373e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>