137 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Lreu_0008  CDS  NC_009513  9652  10215  564  single-strand binding protein  YP_001270621  unclonable  1.09058e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0031  CDS  NC_009513  33514  34377  864  sugar transport family protein  YP_001270644  unclonable  1.4774e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0053  CDS  NC_009513  66525  67874  1350  major facilitator transporter  YP_001270666  unclonable  9.0495e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0057    NC_009513  71540  72164  625      unclonable  1.04622e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0072  CDS  NC_009513  87721  88107  387  hypothetical protein  YP_001270684  unclonable  2.59116e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0088  CDS  NC_009513  108608  109618  1011  LacI family transcription regulator  YP_001270700  unclonable  1.27052e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0136  CDS  NC_009513  162311  163606  1296  adenylosuccinate lyase  YP_001270745  unclonable  6.87142e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0137  CDS  NC_009513  163830  164549  720  phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase  YP_001270746  unclonable  3.60429e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0148  CDS  NC_009513  175934  177184  1251  tyrosyl-tRNA synthetase  YP_001270757  unclonable  1.62194e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0149  CDS  NC_009513  182964  183152  189  hypothetical protein  YP_001270758  unclonable  7.42029e-15  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0150  CDS  NC_009513  183142  183498  357  IS66 Orf2 family protein  YP_001270759  unclonable  1.76668e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0195  CDS  NC_009513  228242  229438  1197  major facilitator transporter  YP_001270802  unclonable  2.82756e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0196  CDS  NC_009513  229520  229813  294  FMN-binding domain-containing protein  YP_001270803  unclonable  1.26758e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0197  CDS  NC_009513  229825  230466  642  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  YP_001270804  unclonable  1.14708e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0198  CDS  NC_009513  230764  232236  1473  amino acid permease-associated region  YP_001270805  unclonable  1.43228e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0257  CDS  NC_009513  292785  294161  1377  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  YP_001270864  unclonable  1.19311e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0277  CDS  NC_009513  321847  323346  1500  amino acid/peptide transporter  YP_001270884  unclonable  2.59644e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0278  CDS  NC_009513  323403  324233  831  metallophosphoesterase  YP_001270885  unclonable  2.90952e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0279  CDS  NC_009513  324592  325236  645  hypothetical protein  YP_001270886  unclonable  7.64619e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0287  CDS  NC_009513  334708  335160  453  hypothetical protein  YP_001270894  unclonable  3.34051e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0288  CDS  NC_009513  335463  337349  1887  glycoside hydrolase family protein  YP_001270895  unclonable  1.48878e-10  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0306  CDS  NC_009513  354455  354643  189  preprotein translocase subunit SecE  YP_001270913  unclonable  9.07216e-15  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0307  CDS  NC_009513  354762  355304  543  transcription antitermination protein nusG  YP_001270914  unclonable  7.33893e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0308  CDS  NC_009513  355444  355869  426  50S ribosomal protein L11  YP_001270915  unclonable  3.73457e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0309  CDS  NC_009513  355892  356653  762  50S ribosomal protein L1  YP_001270916  unclonable  3.38213e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0310  CDS  NC_009513  356831  358024  1194  GntR family transcriptional regulator  YP_001270917  unclonable  4.0274e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0356  CDS  NC_009513  404099  405709  1611  amino acid permease-associated region  YP_001270962  unclonable  3.70463e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0357  CDS  NC_009513  405794  407632  1839  amino acid permease-associated region  YP_001270963  unclonable  7.70343e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0385  CDS  NC_009513  437157  438518  1362  amino acid permease-associated region  YP_001270991  unclonable  8.59435e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0389  CDS  NC_009513  442357  442950  594  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  YP_001270995  unclonable  7.73088e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0390  CDS  NC_009513  443355  444737  1383  amino acid permease-associated region  YP_001270996  unclonable  9.72649e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0391  CDS  NC_009513  444855  446405  1551  chloride channel, core  YP_001270997  unclonable  2.01773e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0418  CDS  NC_009513  472117  472977  861  sugar transport family protein  YP_001271024  unclonable  5.67912e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0433  CDS  NC_009513  485523  485852  330  hypothetical protein  YP_001271039  unclonable  1.16721e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0491  CDS  NC_009513  544407  544814  408  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_001271096  unclonable  3.92803e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0492  CDS  NC_009513  544839  545582  744  hypothetical protein  YP_001271097  unclonable  3.56658e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0499  CDS  NC_009513  552661  553995  1335  xanthine/uracil/vitamin C permease  YP_001271104  unclonable  7.67859e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0500  CDS  NC_009513  554127  554732  606  30S ribosomal protein S4  YP_001271105  unclonable  9.17743e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0533  CDS  NC_009513  597088  599742  2655  alanyl-tRNA synthetase  YP_001271138  unclonable  1.06893e-08  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0637  CDS  NC_009513  705441  707285  1845  GTP-binding protein TypA  YP_001271239  unclonable  1.55128e-10  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0652  CDS  NC_009513  720978  722288  1311  trigger factor  YP_001271254  unclonable  9.3301e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0679  CDS  NC_009513  745049  745261  213  hypothetical protein  YP_001271281  unclonable  9.35309e-15  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0680  CDS  NC_009513  745305  745943  639  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_001271282  unclonable  1.04622e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0681  CDS  NC_009513  746038  746793  756  O-methyltransferase-like protein  YP_001271283  unclonable  2.17038e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0682  CDS  NC_009513  746783  747073  291  excinuclease ABC subunit C  YP_001271284  unclonable  2.27073e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0683  CDS  NC_009513  747075  748067  993  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  YP_001271285  unclonable  1.18401e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0684  CDS  NC_009513  748230  749018  789  30S ribosomal protein S2  YP_001271286  unclonable  5.50841e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0688  CDS  NC_009513  751860  753032  1173  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  YP_001271290  unclonable  1.68901e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0689  CDS  NC_009513  753491  753949  459  transposase IS200-family protein  YP_001271291  unclonable  3.14281e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0690  CDS  NC_009513  754218  755030  813  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  YP_001271292  unclonable  3.41789e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0716  CDS  NC_009513  785096  786055  960  malate dehydrogenase (NAD)  YP_001271317  unclonable  1.01749e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0743  CDS  NC_009513  813548  814690  1143  RNA polymerase sigma factor RpoD  YP_001271344  unclonable  1.29687e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0763  CDS  NC_009513  835233  836483  1251  30S ribosomal protein S1  YP_001271364  unclonable  3.78884e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0779  CDS  NC_009513  850868  852988  2121  DNA topoisomerase I  YP_001271380  unclonable  3.94767e-10  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0780  CDS  NC_009513  853123  854001  879  aldose 1-epimerase  YP_001271381  unclonable  1.54006e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0781  CDS  NC_009513  854043  854672  630  membrane protein  YP_001271382  unclonable  2.34105e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0782  CDS  NC_009513  854883  856907  2025  DNA topoisomerase IV subunit B  YP_001271383  unclonable  1.86449e-10  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0859  CDS  NC_009513  911057  912256  1200  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  YP_001271459  unclonable  3.03579e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0860  CDS  NC_009513  912328  912495  168  hypothetical protein  YP_001271460  unclonable  5.65608e-15  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0861  CDS  NC_009513  912508  914037  1530  carbohydrate kinase, FGGY  YP_001271461  unclonable  1.08808e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0862  CDS  NC_009513  914265  914798  534  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001271462  unclonable  2.72811e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0882  CDS  NC_009513  935436  936161  726  Ion transport 2 domain-containing protein  YP_001271482  unclonable  3.75333e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0910  CDS  NC_009513  964993  967182  2190  glycoside hydrolase, clan GH-D  YP_001271509  unclonable  6.47683e-10  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0960  CDS  NC_009513  1019181  1020572  1392  amino acid permease-associated region  YP_001271559  unclonable  1.21787e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_0961  CDS  NC_009513  1020682  1021536  855  DNA/RNA non-specific endonuclease  YP_001271560  unclonable  2.33134e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1021  CDS  NC_009513  1072546  1074075  1530  transposase IS66  YP_001271618  unclonable  2.96334e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1024  CDS  NC_009513  1081481  1081768  288  hypothetical protein  YP_001271621  unclonable  2.67141e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1025  CDS  NC_009513  1081877  1082713  837  phosphoglycerate mutase  YP_001271622  unclonable  3.45581e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1026  CDS  NC_009513  1082877  1083581  705  glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerase  YP_001271623  unclonable  1.50801e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1065  CDS  NC_009513  1126723  1128225  1503  glycerol kinase  YP_001271659  unclonable  1.50653e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1067  CDS  NC_009513  1128628  1130457  1830  sodium/hydrogen exchanger  YP_001271661  unclonable  3.97977e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1072  CDS  NC_009513  1135931  1136494  564  peroxiredoxin  YP_001271666  unclonable  6.24433e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1073  CDS  NC_009513  1136595  1137476  882  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  YP_001271667  unclonable  2.30696e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1074  CDS  NC_009513  1137488  1138150  663  L-serine ammonia-lyase  YP_001271668  unclonable  1.07918e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1075  CDS  NC_009513  1138222  1138449  228  hypothetical protein  YP_001271669  unclonable  8.28721e-15  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1076  CDS  NC_009513  1138449  1138913  465  hypothetical protein  YP_001271670  unclonable  3.3056e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1092  CDS  NC_009513  1156088  1156321  234  hypothetical protein  YP_001271686  unclonable  3.51532e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1093  CDS  NC_009513  1156784  1157242  459  transposase IS200-family protein  YP_001271687  unclonable  8.37902e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1094  CDS  NC_009513  1158479  1159678  1200  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  YP_001271688  unclonable  2.19862e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1160  CDS  NC_009513  1213281  1213535  255  acyl carrier protein  YP_001271754  unclonable  1.95346e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1161  CDS  NC_009513  1213572  1214603  1032  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001271755  unclonable  2.04675e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1163  CDS  NC_009513  1216760  1218469  1710  Dak phosphatase  YP_001271757  unclonable  5.03094e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1164  CDS  NC_009513  1218495  1218857  363  hypothetical protein  YP_001271758  unclonable  2.69961e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1165  CDS  NC_009513  1219052  1219237  186  50S ribosomal protein L28  YP_001271759  unclonable  1.03471e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1166  CDS  NC_009513  1219387  1220037  651  thiamine pyrophosphokinase  YP_001271760  unclonable  1.50801e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1167  CDS  NC_009513  1220123  1220776  654  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  YP_001271761  unclonable  2.57786e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1176  CDS  NC_009513  1230617  1231237  621  guanylate kinase  YP_001271770  unclonable  7.49098e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1212  CDS  NC_009513  1261242  1263857  2616  membrane protein-like protein  YP_001271806  unclonable  1.18346e-08  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1213  CDS  NC_009513  1263943  1264332  390  HesB/YadR/YfhF-family protein  YP_001271807  unclonable  3.47858e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1214  CDS  NC_009513  1264482  1264958  477  transcription elongation factor GreA  YP_001271808  unclonable  5.31032e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1215  CDS  NC_009513  1265022  1265678  657  uridine kinase  YP_001271809  unclonable  1.75656e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1216  CDS  NC_009513  1265791  1266429  639  NLP/P60 protein  YP_001271810  unclonable  1.77513e-13  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1219  CDS  NC_009513  1270378  1270716  339  HxlR family transcriptional regulator  YP_001271813  unclonable  2.43781e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1230  CDS  NC_009513  1279836  1280393  558  hypothetical protein  YP_001271824  unclonable  5.25482e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1240  CDS  NC_009513  1286574  1286771  198  50S ribosomal protein L35  YP_001271834  unclonable  4.91229e-15  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1241  CDS  NC_009513  1286794  1287306  513  translation initiation factor 3  YP_001271835  unclonable  2.56408e-14  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1250  CDS  NC_009513  1296152  1297456  1305  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  YP_001271844  unclonable  7.08446e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1270  CDS  NC_009513  1319830  1321518  1689  arginyl-tRNA synthetase  YP_001271864  unclonable  4.63651e-11  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1286  CDS  NC_009513  1332295  1333311  1017  LacI family transcription regulator  YP_001271880  unclonable  1.3505e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Lreu_1354  CDS  NC_009513  1410843  1411970  1128  hypothetical protein  YP_001271941  unclonable  3.60215e-12  n/a    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>