73 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Ddes_0017  CDS  NC_011883  23050  23838  789  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  YP_002478615  unclonable  3.61786e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0043  CDS  NC_011883  54382  55287  906  hypothetical protein  YP_002478641  unclonable  9.0325e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0234  CDS  NC_011883  284293  284514  222  hypothetical protein  YP_002478827  unclonable  9.22113e-08  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0235  CDS  NC_011883  284511  284972  462  hypothetical protein  YP_002478828  unclonable  1.88326e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0291  CDS  NC_011883  348360  349439  1080  recombinase A  YP_002478884  unclonable  8.93894e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0304  CDS  NC_011883  370412  372658  2247  DNA topoisomerase I  YP_002478897  unclonable  3.72801e-05  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0318  CDS  NC_011883  390349  391884  1536  Chloride channel core  YP_002478911  unclonable  4.50379e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0319  CDS  NC_011883  392001  393266  1266  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  YP_002478912  unclonable  2.19032e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0364  CDS  NC_011883  442355  443296  942  riboflavin biosynthesis protein RibF  YP_002478956  unclonable  2.21325e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0365  CDS  NC_011883  443538  444029  492  hypothetical protein  YP_002478957  unclonable  3.92402e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0563  CDS  NC_011883  680929  682461  1533  hypothetical protein  YP_002479151  unclonable  2.87642e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0582  CDS  NC_011883  705738  707255  1518  hypothetical protein  YP_002479170  unclonable  6.09741e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0583  CDS  NC_011883  707768  708979  1212  tryptophan synthase subunit beta  YP_002479171  unclonable  3.1212e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0584  CDS  NC_011883  709285  710088  804  thymidylate synthase complementing protein ThyX  YP_002479172  unclonable  7.16478e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0585    NC_011883  710428  710775  348      unclonable  1.8261e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0586  CDS  NC_011883  710781  712160  1380  O-antigen polymerase  YP_002479173  unclonable  3.35873e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0594  CDS  NC_011883  719151  720371  1221  sodium/calcium exchanger membrane region  YP_002479181  unclonable  2.57465e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0595  CDS  NC_011883  720681  721967  1287  hypothetical protein  YP_002479182  unclonable  2.14517e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0613  CDS  NC_011883  741710  742945  1236  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  YP_002479200  unclonable  2.87642e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0656  CDS  NC_011883  797089  798732  1644  signal recognition particle-docking protein FtsY  YP_002479243  unclonable  4.19402e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0657  CDS  NC_011883  798928  800289  1362  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  YP_002479244  unclonable  2.65417e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0658  CDS  NC_011883  800532  800876  345  hypothetical protein  YP_002479245  unclonable  1.20843e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0659  CDS  NC_011883  801034  801351  318  30S ribosomal protein S10  YP_002479246  unclonable  1.22107e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0660    NC_011883  801364  801994  631      unclonable  3.30511e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0739  CDS  NC_011883  872058  872657  600  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type  YP_002479325  unclonable  5.09547e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0842  CDS  NC_011883  988727  989143  417  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  YP_002479427  unclonable  2.10484e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0843  CDS  NC_011883  989490  990035  546  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  YP_002479428  unclonable  3.61786e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0844  CDS  NC_011883  990079  990312  234  response regulator receiver protein  YP_002479429  unclonable  1.36417e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0845  CDS  NC_011883  990514  991902  1389  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  YP_002479430  unclonable  3.35873e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0858  CDS  NC_011883  1005237  1006556  1320  WD40 domain protein beta Propeller  YP_002479443  unclonable  3.15652e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0896  CDS  NC_011883  1044455  1045786  1332  carboxyl-terminal protease  YP_002479481  unclonable  2.0194e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0897  CDS  NC_011883  1046325  1046828  504  Rubrerythrin  YP_002479482  unclonable  1.70126e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0898  CDS  NC_011883  1047228  1047812  585  protein of unknown function DUF985  YP_002479483  unclonable  1.78921e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0899  CDS  NC_011883  1047809  1048444  636  protein of unknown function UPF0029  YP_002479484  unclonable  1.86376e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_0900  CDS  NC_011883  1048647  1049801  1155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  YP_002479485  unclonable  1.08273e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1032  CDS  NC_011883  1207870  1209504  1635  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  YP_002479617  unclonable  5.91223e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1033  CDS  NC_011883  1210401  1211843  1443  hypothetical protein  YP_002479618  unclonable  3.1212e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1044  CDS  NC_011883  1224388  1224876  489  transcription elongation factor GreA  YP_002479629  unclonable  3.69398e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1045  CDS  NC_011883  1225333  1226886  1554  hypothetical protein  YP_002479630  unclonable  6.34893e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1059  CDS  NC_011883  1239824  1242589  2766  DNA polymerase I  YP_002479644  unclonable  0.000233773  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1060  CDS  NC_011883  1242745  1243587  843  hypothetical protein  YP_002479645  unclonable  9.88722e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1061  CDS  NC_011883  1243770  1245011  1242  hypothetical protein  YP_002479646  unclonable  2.3277e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1157  CDS  NC_011883  1365895  1367040  1146  glutamate synthase alpha subunit domain protein  YP_002479739  unclonable  1.12739e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1158  CDS  NC_011883  1367223  1367732  510  nitroreductase  YP_002479740  unclonable  2.44648e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1159  CDS  NC_011883  1367999  1368706  708  HhH-GPD family protein  YP_002479741  unclonable  4.51555e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1160  CDS  NC_011883  1368684  1369184  501  methylated-DNA/protein-cysteine methyltransferase  YP_002479742  unclonable  3.27088e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1206  CDS  NC_011883  1418623  1419300  678  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  YP_002479788  unclonable  8.67117e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1207  CDS  NC_011883  1419577  1421046  1470  30S ribosomal protein S1  YP_002479789  unclonable  4.50379e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1219  CDS  NC_011883  1433575  1435896  2322  hypothetical protein  YP_002479801  unclonable  6.29207e-05  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1310  CDS  NC_011883  1553631  1554422  792  17 kDa surface antigen  YP_002479890  unclonable  6.67764e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1348  CDS  NC_011883  1619606  1620526  921  hypothetical protein  YP_002479928  unclonable  7.76472e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1349  CDS  NC_011883  1620760  1622589  1830  Citrate transporter  YP_002479929  unclonable  7.76771e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1443  CDS  NC_011883  1729654  1730955  1302  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  YP_002480023  unclonable  2.39959e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1539  CDS  NC_011883  1838622  1841897  3276  Non-specific serine/threonine protein kinase  YP_002480119  unclonable  0.00041445  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1560  CDS  NC_011883  1875627  1876535  909  extracellular solute-binding protein family 3  YP_002480139  unclonable  1.28549e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1595  CDS  NC_011883  1918085  1919362  1278  diaminopimelate decarboxylase  YP_002480173  unclonable  3.35873e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1596  CDS  NC_011883  1919650  1920966  1317  MATE efflux family protein  YP_002480174  unclonable  3.02768e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1730  CDS  NC_011883  2093445  2096369  2925  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  YP_002480306  unclonable  0.000283057  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1737  CDS  NC_011883  2102655  2103050  396  thioesterase superfamily protein  YP_002480313  unclonable  1.90297e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1751  CDS  NC_011883  2117971  2118225  255  hypothetical protein  YP_002480327  unclonable  1.94221e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_1890  CDS  NC_011883  2279144  2280214  1071  N-acetylneuraminate synthase  YP_002480464  unclonable  1.20962e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2010  CDS  NC_011883  2424611  2424991  381  desulfoferrodoxin  YP_002480584  unclonable  1.33661e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2011  CDS  NC_011883  2425060  2425197  138  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  YP_002480585  unclonable  5.93389e-08  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2012  CDS  NC_011883  2425297  2426505  1209  beta-lactamase domain protein  YP_002480586  unclonable  1.25952e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2020  CDS  NC_011883  2432885  2433151  267  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_002480594  unclonable  8.34021e-08  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2059  CDS  NC_011883  2475913  2477235  1323  Glycine C-acetyltransferase  YP_002480633  unclonable  3.32392e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2060  CDS  NC_011883  2477344  2477493  150  hypothetical protein  YP_002480634  unclonable  1.56982e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2242  CDS  NC_011883  2702041  2702646  606  BamHI-like type II restriction endonuclease  YP_002480815  unclonable  4.89366e-07  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2286  CDS  NC_011883  2753037  2753885  849  pantoate--beta-alanine ligase  YP_002480859  unclonable  1.0295e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2287  CDS  NC_011883  2753925  2755097  1173  S-adenosylmethionine synthetase  YP_002480860  unclonable  1.91933e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2288  CDS  NC_011883  2755495  2756589  1095  chorismate synthase  YP_002480861  unclonable  1.46456e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2325  CDS  NC_011883  2795499  2796887  1389  Fmu (Sun) domain protein  YP_002480897  unclonable  4.41275e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Ddes_2333  CDS  NC_011883  2807099  2808811  1713  30S ribosomal protein S1  YP_002480905  unclonable  9.22659e-06  n/a    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>