92 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Apar_0016  CDS  NC_013203  20848  22686  1839  GTP-binding protein TypA  YP_003179046  unclonable  1.19023e-07  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0017  CDS  NC_013203  22832  23575  744  protein of unknown function UPF0126  YP_003179047  unclonable  4.29816e-09  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0018  CDS  NC_013203  24040  25455  1416  hypothetical protein  YP_003179048  unclonable  4.21814e-08  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0119  CDS  NC_013203  134044  134757  714  HAD-superfamily subfamily IB hydrolase, TIGR01490  YP_003179146  unclonable  4.00181e-09  normal  0.0929396  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0120  CDS  NC_013203  134833  135429  597  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  YP_003179147  unclonable  2.13431e-09  normal  0.090725  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0121  CDS  NC_013203  135534  136535  1002  HhH-GPD family protein  YP_003179148  unclonable  7.56832e-09  normal  0.180452  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0122  CDS  NC_013203  136691  137236  546  Rubrerythrin  YP_003179149  unclonable  1.48271e-09  normal  0.250808  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0123  CDS  NC_013203  137433  138104  672  endonuclease III  YP_003179150  unclonable  2.15731e-09  normal  0.253004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0240  CDS  NC_013203  282264  283646  1383  peptidase  YP_003179263  unclonable  7.87577e-08  normal  0.24947  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0312  CDS  NC_013203  358149  358769  621  transcriptional regulator, TetR family  YP_003179334  unclonable  3.80117e-09  normal  0.28635  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0313  CDS  NC_013203  358856  359464  609  hypothetical protein  YP_003179335  unclonable  3.95913e-09  normal  0.272748  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0433  CDS  NC_013203  500625  502040  1416  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  YP_003179455  unclonable  4.34978e-08  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0465  CDS  NC_013203  534848  535663  816  phosphotransferase system PTS sorbose-specific IIC subunit  YP_003179487  unclonable  6.77014e-09  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0523  CDS  NC_013203  605500  605700  201  ribosomal protein L35  YP_003179545  decreased coverage  2.50837e-08  unclonable  2.65454e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0524  CDS  NC_013203  605742  606101  360  ribosomal protein L20  YP_003179546  decreased coverage  4.08752e-08  unclonable  2.74126e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0525  CDS  NC_013203  606675  607895  1221  Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase  YP_003179547  hitchhiker  3.46321e-05  unclonable  4.70096e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0526  CDS  NC_013203  608466  609500  1035  Radical SAM domain protein  YP_003179548  hitchhiker  0.0095894  unclonable  4.00012e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0527  CDS  NC_013203  609503  609922  420  hypothetical protein  YP_003179549  normal  0.0910914  unclonable  2.4348e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0528  CDS  NC_013203  609983  611479  1497  nicotinate phosphoribosyltransferase  YP_003179550  normal  0.633345  unclonable  4.75164e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0529  CDS  NC_013203  611551  613395  1845  arginyl-tRNA synthetase  YP_003179551  normal  unclonable  6.61895e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0530  CDS  NC_013203  613726  614406  681  transcriptional regulator, MarR family  YP_003179552  normal  unclonable  3.01669e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0531  CDS  NC_013203  614647  616752  2106  transcription termination factor Rho  YP_003179553  normal  unclonable  4.60455e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0532  CDS  NC_013203  617114  618496  1383  hypothetical protein  YP_003179554  normal  unclonable  2.54138e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0533  CDS  NC_013203  618688  619869  1182  Extracellular ligand-binding receptor  YP_003179555  normal  unclonable  2.00352e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0534  CDS  NC_013203  619885  620757  873  inner-membrane translocator  YP_003179556  normal  unclonable  1.79103e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0535  CDS  NC_013203  620768  621973  1206  inner-membrane translocator  YP_003179557  normal  unclonable  2.17655e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0536  CDS  NC_013203  621979  622824  846  ABC transporter related  YP_003179558  normal  0.508685  unclonable  2.00352e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0537  CDS  NC_013203  622824  623573  750  ABC transporter related  YP_003179559  normal  0.135709  unclonable  1.63343e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0538  CDS  NC_013203  623685  624614  930  homoserine kinase  YP_003179560  normal  0.283285  unclonable  1.81031e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0539  CDS  NC_013203  624637  626145  1509  threonine synthase  YP_003179561  normal  0.0259397  unclonable  2.59641e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0540  CDS  NC_013203  626380  627519  1140  Homoserine dehydrogenase  YP_003179562  normal  0.0240139  unclonable  2.48752e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0650  CDS  NC_013203  727648  727833  186  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  YP_003179671  unclonable  5.24122e-10  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0651    NC_013203  727959  728220  262      unclonable  7.68037e-10  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0686  CDS  NC_013203  764964  765440  477  iojap-like protein  YP_003179706  unclonable  2.89548e-09  normal  0.0203597  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0687  CDS  NC_013203  765451  766785  1335  DNA-directed DNA polymerase  YP_003179707  unclonable  3.44848e-08  hitchhiker  0.00527115  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0688  CDS  NC_013203  766958  767344  387  ribosomal protein S16  YP_003179708  unclonable  2.24694e-09  hitchhiker  0.000468142  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0697  CDS  NC_013203  776129  777187  1059  deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase  YP_003179717  unclonable  1.3673e-08  hitchhiker  5.10491e-06  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0698  CDS  NC_013203  777301  777642  342  ribosomal protein L19  YP_003179718  unclonable  1.27437e-09  hitchhiker  3.55367e-06  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0699  CDS  NC_013203  777717  778490  774  Ribonuclease H  YP_003179719  unclonable  4.99736e-09  hitchhiker  4.00312e-06  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0700  CDS  NC_013203  778703  779221  519  protein of unknown function UPF0102  YP_003179720  unclonable  2.02877e-09  hitchhiker  3.54886e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0701  CDS  NC_013203  779218  780714  1497  Mg chelatase, subunit ChlI  YP_003179721  hitchhiker  9.13151e-07  unclonable  2.77278e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0702  CDS  NC_013203  780717  781592  876  SMF family protein  YP_003179722  hitchhiker  2.12454e-07  unclonable  2.68506e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0703  CDS  NC_013203  781610  782944  1335  gid protein  YP_003179723  hitchhiker  5.69551e-07  unclonable  3.8791e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0704  CDS  NC_013203  782946  783863  918  integrase family protein  YP_003179724  hitchhiker  1.43659e-07  unclonable  2.74126e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0705  CDS  NC_013203  784125  784877  753  ribosomal protein S2  YP_003179725  unclonable  4.21001e-09  unclonable  2.54138e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0706  CDS  NC_013203  784931  785803  873  translation elongation factor Ts  YP_003179726  hitchhiker  1.34038e-06  unclonable  2.59641e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0707  CDS  NC_013203  785833  786657  825  uridylate kinase  YP_003179727  hitchhiker  6.95592e-06  unclonable  2.28976e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0708  CDS  NC_013203  786657  787202  546  ribosome recycling factor  YP_003179728  hitchhiker  7.56586e-05  unclonable  2.10923e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0709  CDS  NC_013203  787203  787982  780  undecaprenyl diphosphate synthase  YP_003179729  normal  0.0105503  unclonable  2.4348e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0750  CDS  NC_013203  832821  834044  1224  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_003179770  unclonable  1.67123e-08  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0777  CDS  NC_013203  856576  858129  1554  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  YP_003179797  unclonable  7.96077e-08  normal  0.068248  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0778  CDS  NC_013203  858413  859087  675  regulatory protein RecX  YP_003179798  unclonable  7.05154e-09  normal  0.0273831  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0787  CDS  NC_013203  867546  869210  1665  beta-lactamase domain protein  YP_003179807  unclonable  1.29126e-07  normal  0.323008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0788  CDS  NC_013203  869462  871660  2199  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  YP_003179808  unclonable  6.77019e-07  normal  0.144869  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0789  CDS  NC_013203  871745  872023  279  ribosomal protein S15  YP_003179809  unclonable  1.01038e-09  normal  0.090725  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0790  CDS  NC_013203  872159  872908  750  DNA repair protein RecO  YP_003179810  unclonable  5.58246e-09  normal  0.055878  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0830  CDS  NC_013203  916111  918750  2640  translation initiation factor IF-2  YP_003179850  normal  0.122611  unclonable  5.98475e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0832  CDS  NC_013203  920052  920546  495  protein of unknown function DUF150  YP_003179852  unclonable  1.30104e-09  hitchhiker  3.75903e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0833  CDS  NC_013203  920671  923244  2574  leucyl-tRNA synthetase  YP_003179853  unclonable  1.49617e-06  hitchhiker  1.03499e-06  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0863  CDS  NC_013203  958494  958682  189  ribosomal protein L28  YP_003179883  unclonable  6.49528e-09  normal  0.761868  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0864  CDS  NC_013203  958827  960191  1365  thiamine pyrophosphokinase  YP_003179884  unclonable  1.34495e-07  normal  0.492449  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0908  CDS  NC_013203  1017596  1018159  564  peroxiredoxin  YP_003179928  unclonable  1.79552e-09  normal  0.606862  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0967  CDS  NC_013203  1092350  1092652  303  hypothetical protein  YP_003179987  unclonable  1.12946e-09  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1161  CDS  NC_013203  1298338  1298958  621  ribosomal protein L3  YP_003180180  unclonable  2.66904e-09  hitchhiker  5.67921e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1162  CDS  NC_013203  1299266  1299766  501  protein tyrosine phosphatase  YP_003180181  unclonable  1.63981e-09  hitchhiker  5.30383e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1163  CDS  NC_013203  1299954  1300262  309  ribosomal protein S10  YP_003180182  unclonable  9.40072e-10  hitchhiker  5.09949e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1164  CDS  NC_013203  1300306  1302402  2097  translation elongation factor G  YP_003180183  unclonable  3.82661e-07  hitchhiker  1.23904e-06  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1165  CDS  NC_013203  1302427  1302897  471  ribosomal protein S7  YP_003180184  unclonable  2.69779e-09  hitchhiker  5.90673e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1166  CDS  NC_013203  1302936  1303364  429  ribosomal protein S12  YP_003180185  unclonable  1.85152e-09  unclonable  2.95483e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1167  CDS  NC_013203  1303681  1304556  876  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_003180186  hitchhiker  1.26694e-07  unclonable  3.57828e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1168  CDS  NC_013203  1304619  1304987  369  transcriptional regulator, ArsR family  YP_003180187  hitchhiker  3.15565e-08  unclonable  2.65454e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1169  CDS  NC_013203  1305186  1309613  4428  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  YP_003180188  hitchhiker  0.00437832  unclonable  2.55692e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1170  CDS  NC_013203  1309619  1313134  3516  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  YP_003180189  normal  0.0809825  unclonable  1.72992e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1171  CDS  NC_013203  1313500  1313880  381  ribosomal protein L7/L12  YP_003180190  hitchhiker  5.34348e-07  unclonable  2.77278e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1172  CDS  NC_013203  1314013  1314534  522  ribosomal protein L10  YP_003180191  unclonable  3.57466e-09  unclonable  2.89216e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1173  CDS  NC_013203  1314971  1315678  708  ribosomal protein L1  YP_003180192  unclonable  6.49528e-09  unclonable  2.62625e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1174  CDS  NC_013203  1315835  1316263  429  ribosomal protein L11  YP_003180193  unclonable  2.46208e-09  unclonable  1.92361e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1175  CDS  NC_013203  1316360  1316905  546  NusG antitermination factor  YP_003180194  unclonable  3.64949e-09  unclonable  2.28976e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1176  CDS  NC_013203  1316909  1317271  363  preprotein translocase, SecE subunit  YP_003180195  unclonable  1.87146e-09  unclonable  2.15336e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1177  CDS  NC_013203  1317436  1317585  150  ribosomal protein L33  YP_003180196  unclonable  9.79821e-10  unclonable  1.70129e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1178  CDS  NC_013203  1317770  1318975  1206  translation elongation factor Tu  YP_003180197  unclonable  2.42479e-08  unclonable  2.92333e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1331  CDS  NC_013203  1498041  1498670  630  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_003180346  unclonable  5.99156e-09  decreased coverage  0.000238136  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1354  CDS  NC_013203  1526362  1526763  402  ferric uptake regulator, Fur family  YP_003180369  unclonable  2.36384e-09  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0003  tRNA  NC_013203  23703  23793  91  tRNA-Ser    unclonable  6.41066e-10  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0004  tRNA  NC_013203  23832  23922  91  tRNA-Ser    unclonable  5.51383e-10  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0006  tRNA  NC_013203  133722  133798  77  tRNA-Asp    unclonable  4.33123e-10  normal  0.0757617  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0015  ncRNA  NC_013203  608014  608177  164  6S RNA    hitchhiker  0.00151935  unclonable  2.83285e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0016  tRNA  NC_013203  608309  608384  76  tRNA-Ala    hitchhiker  0.00130891  unclonable  2.48752e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0036  tRNA  NC_013203  1317342  1317417  76  tRNA-Trp    unclonable  7.84105e-10  unclonable  1.73687e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0037  tRNA  NC_013203  1319081  1319157  77  tRNA-Met    unclonable  9.50191e-10  hitchhiker  3.0744e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0038  tRNA  NC_013203  1319177  1319252  76  tRNA-Thr    unclonable  9.20806e-10  hitchhiker  3.0744e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0039  tRNA  NC_013203  1319254  1319337  84  tRNA-Tyr    unclonable  1.01038e-09  hitchhiker  3.04321e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>