97 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Cpin_0031  CDS  NC_013132  35061  38162  3102  Protoporphyrinogen oxidase-like protein  YP_003119741  unclonable  5.38665e-06  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0334  CDS  NC_013132  393437  396022  2586  Fibronectin type III domain protein  YP_003120034  unclonable  9.1275e-07  normal  0.913538  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0646  CDS  NC_013132  785344  786057  714  HNH nuclease  YP_003120345  unclonable  5.17763e-09  normal  0.390419  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0734  CDS  NC_013132  884849  889921  5073  protein of unknown function DUF490  YP_003120433  unclonable  0.00643017  unclonable  4.33323e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0735  CDS  NC_013132  889923  892226  2304  surface antigen (D15)  YP_003120434  unclonable  8.01153e-07  hitchhiker  1.64396e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0821  CDS  NC_013132  985126  987018  1893  DNA mismatch repair protein MutL  YP_003120520  unclonable  1.17941e-07  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0959  CDS  NC_013132  1147700  1150042  2343  protein of unknown function DUF214  YP_003120658  unclonable  5.92859e-07  normal  0.743211  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0960  CDS  NC_013132  1150074  1152485  2412  protein of unknown function DUF214  YP_003120659  unclonable  8.34077e-07  normal  0.437277  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0961  CDS  NC_013132  1152489  1153151  663  ABC transporter related  YP_003120660  unclonable  5.89963e-09  normal  0.143962  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_0962  CDS  NC_013132  1153285  1154679  1395  outer membrane efflux protein  YP_003120661  unclonable  6.6626e-08  normal  0.118679  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1052  CDS  NC_013132  1259652  1262396  2745  surface antigen variable number repeat protein  YP_003120751  unclonable  3.29593e-06  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1145  CDS  NC_013132  1366424  1369999  3576  acriflavin resistance protein  YP_003120844  unclonable  2.58261e-05  normal  0.148502  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1146  CDS  NC_013132  1370170  1370955  786  protein of unknown function DUF124  YP_003120845  unclonable  4.59152e-09  normal  0.0631256  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1214  CDS  NC_013132  1446490  1452666  6177  alpha-2-macroglobulin domain protein  YP_003120913  normal  0.408  unclonable  1.05563e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1252  CDS  NC_013132  1497267  1498571  1305  peptidase M28  YP_003120951  unclonable  5.18672e-08  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1483  CDS  NC_013132  1817990  1819438  1449  Alpha-L-fucosidase  YP_003121181  unclonable  5.03275e-08  normal  0.454676  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1504  CDS  NC_013132  1847411  1850428  3018  amidohydrolase  YP_003121202  unclonable  7.36153e-06  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1803  CDS  NC_013132  2193958  2197050  3093  hypothetical protein  YP_003121500  unclonable  7.14199e-06  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1965  CDS  NC_013132  2397792  2398604  813  hypothetical protein  YP_003121662  unclonable  6.26614e-09  normal  0.448154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1966  CDS  NC_013132  2398646  2399560  915  lipoyl synthase  YP_003121663  unclonable  9.53811e-09  normal  0.439511  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1967  CDS  NC_013132  2399891  2401222  1332  outer membrane efflux protein  YP_003121664  unclonable  3.99706e-08  normal  0.35271  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1968  CDS  NC_013132  2401279  2402418  1140  efflux transporter, RND family, MFP subunit  YP_003121665  unclonable  2.23491e-08  normal  0.235934  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_1979  CDS  NC_013132  2417483  2418559  1077  oxidoreductase domain protein  YP_003121676  unclonable  1.13132e-08  normal  0.212354  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_2148  CDS  NC_013132  2629996  2631378  1383  hypothetical protein  YP_003121841  unclonable  4.28746e-08  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_2149  CDS  NC_013132  2631614  2632090  477  Ferritin Dps family protein  YP_003121842  unclonable  2.5192e-09  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_2188  CDS  NC_013132  2689910  2691988  2079  peptidase domain protein  YP_003121881  unclonable  2.55141e-07  hitchhiker  0.000237212  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_2197  CDS  NC_013132  2714958  2715965  1008  hypothetical protein  YP_003121890  unclonable  1.04392e-08  hitchhiker  9.95287e-11  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_2198  CDS  NC_013132  2716004  2717788  1785  OmpA/MotB domain protein  YP_003121891  unclonable  1.3848e-07  decreased coverage  2.0207e-11  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_2596  CDS  NC_013132  3182266  3183609  1344  Alpha-L-fucosidase  YP_003122280  unclonable  3.1745e-08  normal  0.128111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_2618    NC_013132  3206873  3211427  4555      unclonable  0.000568245  normal  0.768348  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_2671  CDS  NC_013132  3264412  3268020  3609  TonB-dependent receptor plug  YP_003122354  unclonable  3.67152e-05  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_2772  CDS  NC_013132  3399157  3403539  4383  hypothetical protein  YP_003122452  unclonable  0.00073265  decreased coverage  3.04367e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_2962  CDS  NC_013132  3649238  3653101  3864  hypothetical protein  YP_003122641  unclonable  0.000101411  unclonable  1.92663e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_2967  CDS  NC_013132  3658495  3661011  2517  protein of unknown function DUF1680  YP_003122646  unclonable  1.86086e-06  hitchhiker  0.000639223  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_3159  CDS  NC_013132  3894230  3894916  687  Rhomboid family protein  YP_003122827  unclonable  5.55456e-09  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_3597  CDS  NC_013132  4487661  4488284  624  Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase  YP_003123261  unclonable  2.39602e-09  hitchhiker  1.98106e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_3598  CDS  NC_013132  4488310  4488447  138  hypothetical protein  YP_003123262  unclonable  5.84734e-10  hitchhiker  4.60581e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_3599  CDS  NC_013132  4488559  4489779  1221  peptidase S41  YP_003123263  unclonable  1.73984e-08  hitchhiker  2.714e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_3600  CDS  NC_013132  4489836  4490807  972  anti-FecI sigma factor, FecR  YP_003123264  unclonable  1.04392e-08  hitchhiker  2.4232e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_3601  CDS  NC_013132  4490895  4494167  3273  TonB-dependent receptor  YP_003123265  unclonable  1.69408e-05  hitchhiker  0.00028286  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_3623  CDS  NC_013132  4532026  4549263  17238  outer membrane adhesin like protein  YP_003123286  normal  unclonable  3.22965e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_3781  CDS  NC_013132  4757083  4760247  3165  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  YP_003123444  unclonable  6.33001e-06  normal  0.0119892  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4063  CDS  NC_013132  5053320  5054522  1203  protein of unknown function DUF763  YP_003123724  unclonable  1.57406e-08  normal  0.0638485  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4197  CDS  NC_013132  5246614  5249805  3192  peptidase domain protein  YP_003123855  unclonable  7.51128e-06  normal  0.547659  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4417  CDS  NC_013132  5508497  5510233  1737  RagB/SusD domain protein  YP_003124064  unclonable  8.99968e-08  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4657  CDS  NC_013132  5811764  5811970  207  hypothetical protein  YP_003124296  hitchhiker  1.06375e-05  unclonable  9.19607e-15  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4658  CDS  NC_013132  5811979  5812281  303  hypothetical protein  YP_003124297  hitchhiker  1.45123e-05  unclonable  1.12336e-14  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4659  CDS  NC_013132  5812434  5813726  1293  anti-FecI sigma factor, FecR  YP_003124298  decreased coverage  3.47403e-05  unclonable  2.82037e-14  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4660  CDS  NC_013132  5813872  5816556  2685  TonB-dependent receptor plug  YP_003124299  normal  0.0120659  unclonable  9.56087e-14  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4786  CDS  NC_013132  5957635  5960334  2700  zinc finger CHC2-family protein  YP_003124421  unclonable  1.50755e-06  normal  0.630286  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4787  CDS  NC_013132  5960312  5960530  219  domain of unknown function DUF1813 HSP20  YP_003124422  unclonable  5.50607e-10  normal  0.903319  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4811  CDS  NC_013132  5999523  6002438  2916  coagulation factor 5/8 type domain protein  YP_003124446  unclonable  4.06891e-06  unclonable  1.01535e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4812  CDS  NC_013132  6002468  6005524  3057  TonB-dependent receptor  YP_003124447  hitchhiker  0.000883537  unclonable  1.17998e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4813  CDS  NC_013132  6005559  6007265  1707  RagB/SusD domain protein  YP_003124448  hitchhiker  0.00404134  unclonable  2.82037e-14  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4814  CDS  NC_013132  6007288  6010365  3078  TonB-dependent receptor  YP_003124449  normal  0.0976743  unclonable  1.01535e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4815  CDS  NC_013132  6010390  6011322  933  hypothetical protein  YP_003124450  hitchhiker  0.00607428  unclonable  2.24057e-14  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4816  CDS  NC_013132  6011374  6011802  429  hypothetical protein  YP_003124451  normal  0.0225911  unclonable  1.34509e-14  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4817  CDS  NC_013132  6011813  6013507  1695  RagB/SusD domain protein  YP_003124452  normal  0.0936776  unclonable  4.65252e-14  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4818  CDS  NC_013132  6013660  6015120  1461  RagB/SusD domain protein  YP_003124453  normal  0.0677815  unclonable  3.48036e-14  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4819  CDS  NC_013132  6015230  6018331  3102  TonB-dependent receptor  YP_003124454  normal  0.0660191  unclonable  1.44143e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4820  CDS  NC_013132  6018515  6020788  2274  alpha-1,2-mannosidase  YP_003124455  unclonable  5.25675e-07  unclonable  7.74884e-14  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4821  CDS  NC_013132  6020832  6022202  1371  lipolytic protein G-D-S-L family  YP_003124456  unclonable  3.50884e-08  unclonable  3.48036e-14  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4822  CDS  NC_013132  6022213  6024705  2493  glycosyl hydrolase 38 domain protein  YP_003124457  unclonable  1.18458e-06  hitchhiker  2.99684e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4823  CDS  NC_013132  6024714  6026201  1488  RagB/SusD domain protein  YP_003124458  unclonable  6.39961e-08  hitchhiker  2.07149e-09  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4925  CDS  NC_013132  6159836  6161959  2124  short chain dehydrogenase  YP_003124559  unclonable  2.52534e-07  normal  0.445415  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_4926  CDS  NC_013132  6162001  6163053  1053  rhamnose-proton symporter  YP_003124560  unclonable  5.55456e-09  normal  0.792801  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5143  CDS  NC_013132  6418434  6419288  855  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_003124776  unclonable  9.73211e-09  hitchhiker  0.00708488  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5144  CDS  NC_013132  6419376  6420842  1467  hypothetical protein  YP_003124777  unclonable  8.47443e-08  hitchhiker  0.00450013  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5190  CDS  NC_013132  6506840  6528346  21507  amino acid adenylation domain protein  YP_003124822  normal  unclonable  1.12945e-06  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5202  CDS  NC_013132  6575270  6577033  1764  RagB/SusD domain protein  YP_003124834  unclonable  1.06689e-07  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5211  CDS  NC_013132  6584638  6585408  771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_003124843  unclonable  5.95972e-09  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5212  CDS  NC_013132  6585423  6587606  2184  hypothetical protein  YP_003124844  unclonable  3.27786e-07  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5241  CDS  NC_013132  6625884  6629843  3960  hypothetical protein  YP_003124873  unclonable  0.000238802  unclonable  2.3069e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5508  CDS  NC_013132  7027184  7030144  2961  TonB-dependent receptor plug  YP_003125138  unclonable  5.60804e-06  hitchhiker  0.00878967  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5521  CDS  NC_013132  7043539  7046931  3393  TonB-dependent receptor plug  YP_003125151  unclonable  1.29215e-05  normal  0.0524869  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5599  CDS  NC_013132  7148124  7150724  2601  TonB-dependent receptor  YP_003125226  unclonable  1.58529e-06  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5641  CDS  NC_013132  7191681  7193684  2004  hypothetical protein  YP_003125266  unclonable  3.96754e-07  normal  0.777644  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5745  CDS  NC_013132  7308074  7310149  2076  TonB-dependent receptor  YP_003125367  unclonable  2.6559e-07  normal  0.448154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_5953  CDS  NC_013132  7559643  7560659  1017  hypothetical protein  YP_003125572  unclonable  1.04392e-08  normal  0.0315517  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6034  CDS  NC_013132  7632053  7632937  885  hypothetical protein  YP_003125647  unclonable  5.28294e-09  normal  0.869909  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6035  CDS  NC_013132  7633010  7635172  2163  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  YP_003125648  unclonable  3.77302e-07  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6285  CDS  NC_013132  7919502  7920815  1314  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_003125891  unclonable  2.0628e-08  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6466  CDS  NC_013132  8123618  8127061  3444  TonB-dependent receptor plug  YP_003126071  unclonable  4.31216e-05  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6467  CDS  NC_013132  8127118  8128173  1056  anti-FecI sigma factor, FecR  YP_003126072  unclonable  2.5711e-08  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6510  CDS  NC_013132  8171482  8172732  1251  hypothetical protein  YP_003126115  unclonable  1.51213e-08  normal  0.146818  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6619  CDS  NC_013132  8301313  8303205  1893  RNA binding S1 domain protein  YP_003126224  unclonable  1.4562e-07  normal  0.0151044  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6797  CDS  NC_013132  8513524  8515440  1917  RagB/SusD domain protein  YP_003126399  unclonable  1.2034e-07  hitchhiker  4.61447e-10  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6798  CDS  NC_013132  8515489  8516736  1248  hypothetical protein  YP_003126400  unclonable  3.07984e-08  hitchhiker  2.81527e-10  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6799  CDS  NC_013132  8516755  8517975  1221  Fibronectin type III domain protein  YP_003126401  unclonable  3.11122e-08  hitchhiker  2.94335e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6800  CDS  NC_013132  8517989  8520325  2337  Alpha-L-fucosidase  YP_003126402  unclonable  9.2205e-07  unclonable  1.64312e-14  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_6982  CDS  NC_013132  8744758  8746455  1698  cell division protein FtsZ  YP_003126584  unclonable  7.29104e-08  decreased coverage  1.27961e-09  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_7095  CDS  NC_013132  8873734  8874384  651  hypothetical protein  YP_003126697  unclonable  3.1083e-09  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_7192  CDS  NC_013132  8984363  8986798  2436  Alpha-L-fucosidase  YP_003126793  unclonable  7.69318e-07  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_7233  CDS  NC_013132  9037371  9038987  1617  RagB/SusD domain protein  YP_003126834  unclonable  8.22173e-08  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_7272  CDS  NC_013132  9090709  9091341  633  peptide chain release factor-like protein  YP_003126872  unclonable  1.4386e-09  normal  0.97905  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_7273  CDS  NC_013132  9091346  9092782  1437  protein of unknown function UPF0027  YP_003126873  unclonable  2.6234e-08  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Cpin_7274  CDS  NC_013132  9093202  9093576  375  hypothetical protein  YP_003126874  unclonable  9.54599e-10  normal  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>