58 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Phep_0112  CDS  NC_013061  134398  135222  +  825  ribosomal protein S2  YP_003090400  unclonable  0.00000610418  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0354  CDS  NC_013061  417856  419280  +  1425  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  YP_003090640  unclonable  0.0000278055  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0479  CDS  NC_013061  572115  573926  -  1812  beta-lactamase  YP_003090765  unclonable  0.0000533746  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0480  CDS  NC_013061  573913  575547  -  1635  Amidohydrolase 3  YP_003090766  unclonable  0.0000298357  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0501  CDS  NC_013061  599429  602689  +  3261  TonB-dependent receptor plug  YP_003090787  unclonable  0.00157557  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0502  CDS  NC_013061  602676  604709  +  2034  RagB/SusD domain protein  YP_003090788  unclonable  0.00011099  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0525  CDS  NC_013061  635288  636856  +  1569  SSS sodium solute transporter superfamily  YP_003090811  normal  0.692758  unclonable  0.0000000000137784  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0566  CDS  NC_013061  675804  678935  -  3132  TonB-dependent receptor plug  YP_003090850  unclonable  0.00250412  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0758  CDS  NC_013061  882788  883582  +  795  hypothetical protein  YP_003091042  unclonable  0.00000461024  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0926  CDS  NC_013061  1078683  1079177  +  495  hypothetical protein  YP_003091210  unclonable  0.00000156201  unclonable  0.00000000000301001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0927  CDS  NC_013061  1079413  1080423  +  1011  hypothetical protein  YP_003091211  unclonable  0.00000816157  unclonable  0.00000000000440352  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0928  CDS  NC_013061  1080433  1080765  +  333  MazG nucleotide pyrophosphohydrolase  YP_003091212  hitchhiker  0.0000193078  unclonable  0.00000000000231926  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0929  CDS  NC_013061  1080898  1082805  +  1908  ATP/GTP-binding protein, putative  YP_003091213  hitchhiker  0.0000692715  unclonable  0.00000000000771269  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0950  CDS  NC_013061  1105083  1108682  +  3600  TonB-dependent receptor plug  YP_003091234  unclonable  0.00543932  normal  0.368502  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1097  CDS  NC_013061  1279800  1283489  +  3690  YD repeat protein  YP_003091377  normal  0.791752  unclonable  0.0000000000274764  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1098  CDS  NC_013061  1283489  1287007  +  3519  hypothetical protein  YP_003091378  unclonable  0.00467719  unclonable  0.0000000000319304  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1099  CDS  NC_013061  1287010  1287498  +  489  hypothetical protein  YP_003091379  hitchhiker  0.0000272794  unclonable  0.00000000000258954  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1100  CDS  NC_013061  1287765  1288172  +  408  hypothetical protein  YP_003091380  hitchhiker  0.00019411  unclonable  0.00000000000227282  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1101  CDS  NC_013061  1288172  1288699  +  528  hypothetical protein  YP_003091381  hitchhiker  0.00118353  unclonable  0.00000000000277795  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1102  CDS  NC_013061  1288686  1290119  +  1434  type II secretion system protein E  YP_003091382  hitchhiker  0.00726953  unclonable  0.00000000000588635  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1107  CDS  NC_013061  1294692  1295201  +  510  hypothetical protein  YP_003091387  unclonable  0.00000169249  hitchhiker  0.00000000010113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1248  CDS  NC_013061  1470269  1473403  +  3135  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  YP_003091526  unclonable  0.00194744  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1500  CDS  NC_013061  1778570  1782061  -  3492  TonB-dependent receptor plug  YP_003091776  unclonable  0.00486924  normal  0.0635458  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1608  CDS  NC_013061  1904923  1907025  +  2103  beta-Ig-H3/fasciclin  YP_003091883  unclonable  0.000135785  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1722  CDS  NC_013061  2041117  2042184  +  1068  glycosidase PH1107-related  YP_003091995  unclonable  0.00000791852  decreased coverage  0.0000765137  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1814  CDS  NC_013061  2112953  2113252  +  300  plasmid stabilization system  YP_003092085  unclonable  0.00000102584  decreased coverage  0.0000000000874198  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1824  CDS  NC_013061  2119522  2120157  +  636  hypothetical protein  YP_003092094  unclonable  0.00000348274  decreased coverage  0.000000000080896  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1848  CDS  NC_013061  2138778  2139548  -  771  hypothetical protein  YP_003092118  unclonable  0.00000417055  normal  0.0397267  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1873  CDS  NC_013061  2165129  2166370  -  1242  Homoserine dehydrogenase  YP_003092143  unclonable  0.0000161623  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2542  CDS  NC_013061  2955725  2958745  -  3021  acriflavin resistance protein  YP_003092808  unclonable  0.00165713  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2695  CDS  NC_013061  3160428  3162311  -  1884  Alpha-L-fucosidase  YP_003092958  unclonable  0.0000601937  normal  0.037659  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2699  CDS  NC_013061  3168301  3170778  -  2478  Alpha-L-fucosidase  YP_003092962  unclonable  0.000179914  normal  0.370363  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2700  CDS  NC_013061  3170775  3173321  -  2547  Beta-galactosidase  YP_003092963  unclonable  0.000378241  normal  0.397467  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2757  CDS  NC_013061  3258935  3261352  -  2418  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  YP_003093020  unclonable  0.000135785  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2783  CDS  NC_013061  3289203  3290636  -  1434  Sialate O-acetylesterase  YP_003093044  unclonable  0.0000307514  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2911  CDS  NC_013061  3472938  3473819  +  882  hypothetical protein  YP_003093171  unclonable  0.00000574737  hitchhiker  0.0000000002484  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2912  CDS  NC_013061  3473838  3475352  +  1515  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_003093172  unclonable  0.0000266904  decreased coverage  0.000000000278928  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2980  CDS  NC_013061  3558732  3559592  -  861  hypothetical protein  YP_003093240  unclonable  0.00000308677  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3053  CDS  NC_013061  3649435  3651372  -  1938  heavy metal efflux pump, CzcA family  YP_003093313  unclonable  0.000102384  decreased coverage  0.000425378  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3091  CDS  NC_013061  3691152  3691943  -  792  uroporphyrin-III C-methyltransferase  YP_003093350  unclonable  0.00000546581  normal  0.020085  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3092  CDS  NC_013061  3691940  3694033  -  2094  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  YP_003093351  unclonable  0.000117991  hitchhiker  0.00929399  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3113  CDS  NC_013061  3721279  3722853  -  1575  glycoside hydrolase family 28  YP_003093372  unclonable  0.00001805  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3114  CDS  NC_013061  3722846  3724138  -  1293  glucose/galactose transporter  YP_003093373  unclonable  0.00000902202  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3115    NC_013061  3724141  3724957  -  817      unclonable  0.00000237951  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3116  CDS  NC_013061  3724995  3726287  -  1293  major facilitator superfamily MFS_1  YP_003093374  unclonable  0.0000115925  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3117  CDS  NC_013061  3726284  3727045  -  762  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  YP_003093375  unclonable  0.00000341298  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3264  CDS  NC_013061  3875491  3877407  -  1917  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  YP_003093521  unclonable  0.0000706874  normal  0.0228464  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3495  CDS  NC_013061  4160882  4161340  -  459  hypothetical protein  YP_003093748  unclonable  0.00000217421  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3496  CDS  NC_013061  4161377  4162936  -  1560  RagB/SusD domain protein  YP_003093749  unclonable  0.0000423782  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3819  CDS  NC_013061  4582529  4583869  +  1341  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  YP_003094072  unclonable  0.000013347  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4070  CDS  NC_013061  4912547  4914013  -  1467  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  YP_003094323  unclonable  0.0000278055  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4166  CDS  NC_013061  5039549  5039932  -  384  ribosome-binding factor A  YP_003094419  unclonable  0.00000106795  hitchhiker  0.00000000804111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4167  CDS  NC_013061  5039964  5041154  -  1191  GTP-binding proten HflX  YP_003094420  unclonable  0.0000123151  unclonable  0.00000000000307153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4168  CDS  NC_013061  5041177  5041968  -  792  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  YP_003094421  unclonable  0.00000324578  decreased coverage  0.0000000000679641  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4169  CDS  NC_013061  5041971  5042558  -  588  glutamine amidotransferase of anthranilate synthase  YP_003094422  unclonable  0.00000202675  hitchhiker  0.000000000882477  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4170  CDS  NC_013061  5042563  5043975  -  1413  Anthranilate synthase  YP_003094423  unclonable  0.0000134842  hitchhiker  0.0000000986926  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4174  CDS  NC_013061  5045575  5048301  +  2727  amidohydrolase  YP_003094427  unclonable  0.000537254  hitchhiker  0.0000013548  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4230  CDS  NC_013061  5107215  5108405  -  1191  hypothetical protein  YP_003094483  unclonable  0.0000155249  normal  1  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>