58 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Phep_0112  CDS  NC_013061  134398  135222  825  ribosomal protein S2  YP_003090400  unclonable  6.10418e-06  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0354  CDS  NC_013061  417856  419280  1425  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  YP_003090640  unclonable  2.78055e-05  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0479  CDS  NC_013061  572115  573926  1812  beta-lactamase  YP_003090765  unclonable  5.33746e-05  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0480  CDS  NC_013061  573913  575547  1635  Amidohydrolase 3  YP_003090766  unclonable  2.98357e-05  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0501  CDS  NC_013061  599429  602689  3261  TonB-dependent receptor plug  YP_003090787  unclonable  0.00157557  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0502  CDS  NC_013061  602676  604709  2034  RagB/SusD domain protein  YP_003090788  unclonable  0.00011099  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0525  CDS  NC_013061  635288  636856  1569  SSS sodium solute transporter superfamily  YP_003090811  normal  0.692758  unclonable  1.37784e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0566  CDS  NC_013061  675804  678935  3132  TonB-dependent receptor plug  YP_003090850  unclonable  0.00250412  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0758  CDS  NC_013061  882788  883582  795  hypothetical protein  YP_003091042  unclonable  4.61024e-06  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0926  CDS  NC_013061  1078683  1079177  495  hypothetical protein  YP_003091210  unclonable  1.56201e-06  unclonable  3.01001e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0927  CDS  NC_013061  1079413  1080423  1011  hypothetical protein  YP_003091211  unclonable  8.16157e-06  unclonable  4.40352e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0928  CDS  NC_013061  1080433  1080765  333  MazG nucleotide pyrophosphohydrolase  YP_003091212  hitchhiker  1.93078e-05  unclonable  2.31926e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0929  CDS  NC_013061  1080898  1082805  1908  ATP/GTP-binding protein, putative  YP_003091213  hitchhiker  6.92715e-05  unclonable  7.71269e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_0950  CDS  NC_013061  1105083  1108682  3600  TonB-dependent receptor plug  YP_003091234  unclonable  0.00543932  normal  0.368502  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1097  CDS  NC_013061  1279800  1283489  3690  YD repeat protein  YP_003091377  normal  0.791752  unclonable  2.74764e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1098  CDS  NC_013061  1283489  1287007  3519  hypothetical protein  YP_003091378  unclonable  0.00467719  unclonable  3.19304e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1099  CDS  NC_013061  1287010  1287498  489  hypothetical protein  YP_003091379  hitchhiker  2.72794e-05  unclonable  2.58954e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1100  CDS  NC_013061  1287765  1288172  408  hypothetical protein  YP_003091380  hitchhiker  0.00019411  unclonable  2.27282e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1101  CDS  NC_013061  1288172  1288699  528  hypothetical protein  YP_003091381  hitchhiker  0.00118353  unclonable  2.77795e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1102  CDS  NC_013061  1288686  1290119  1434  type II secretion system protein E  YP_003091382  hitchhiker  0.00726953  unclonable  5.88635e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1107  CDS  NC_013061  1294692  1295201  510  hypothetical protein  YP_003091387  unclonable  1.69249e-06  hitchhiker  1.0113e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1248  CDS  NC_013061  1470269  1473403  3135  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  YP_003091526  unclonable  0.00194744  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1500  CDS  NC_013061  1778570  1782061  3492  TonB-dependent receptor plug  YP_003091776  unclonable  0.00486924  normal  0.0635458  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1608  CDS  NC_013061  1904923  1907025  2103  beta-Ig-H3/fasciclin  YP_003091883  unclonable  0.000135785  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1722  CDS  NC_013061  2041117  2042184  1068  glycosidase PH1107-related  YP_003091995  unclonable  7.91852e-06  decreased coverage  7.65137e-05  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1814  CDS  NC_013061  2112953  2113252  300  plasmid stabilization system  YP_003092085  unclonable  1.02584e-06  decreased coverage  8.74198e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1824  CDS  NC_013061  2119522  2120157  636  hypothetical protein  YP_003092094  unclonable  3.48274e-06  decreased coverage  8.0896e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1848  CDS  NC_013061  2138778  2139548  771  hypothetical protein  YP_003092118  unclonable  4.17055e-06  normal  0.0397267  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_1873  CDS  NC_013061  2165129  2166370  1242  Homoserine dehydrogenase  YP_003092143  unclonable  1.61623e-05  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2542  CDS  NC_013061  2955725  2958745  3021  acriflavin resistance protein  YP_003092808  unclonable  0.00165713  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2695  CDS  NC_013061  3160428  3162311  1884  Alpha-L-fucosidase  YP_003092958  unclonable  6.01937e-05  normal  0.037659  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2699  CDS  NC_013061  3168301  3170778  2478  Alpha-L-fucosidase  YP_003092962  unclonable  0.000179914  normal  0.370363  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2700  CDS  NC_013061  3170775  3173321  2547  Beta-galactosidase  YP_003092963  unclonable  0.000378241  normal  0.397467  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2757  CDS  NC_013061  3258935  3261352  2418  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  YP_003093020  unclonable  0.000135785  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2783  CDS  NC_013061  3289203  3290636  1434  Sialate O-acetylesterase  YP_003093044  unclonable  3.07514e-05  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2911  CDS  NC_013061  3472938  3473819  882  hypothetical protein  YP_003093171  unclonable  5.74737e-06  hitchhiker  2.484e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2912  CDS  NC_013061  3473838  3475352  1515  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_003093172  unclonable  2.66904e-05  decreased coverage  2.78928e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_2980  CDS  NC_013061  3558732  3559592  861  hypothetical protein  YP_003093240  unclonable  3.08677e-06  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3053  CDS  NC_013061  3649435  3651372  1938  heavy metal efflux pump, CzcA family  YP_003093313  unclonable  0.000102384  decreased coverage  0.000425378  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3091  CDS  NC_013061  3691152  3691943  792  uroporphyrin-III C-methyltransferase  YP_003093350  unclonable  5.46581e-06  normal  0.020085  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3092  CDS  NC_013061  3691940  3694033  2094  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  YP_003093351  unclonable  0.000117991  hitchhiker  0.00929399  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3113  CDS  NC_013061  3721279  3722853  1575  glycoside hydrolase family 28  YP_003093372  unclonable  1.805e-05  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3114  CDS  NC_013061  3722846  3724138  1293  glucose/galactose transporter  YP_003093373  unclonable  9.02202e-06  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3115    NC_013061  3724141  3724957  817      unclonable  2.37951e-06  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3116  CDS  NC_013061  3724995  3726287  1293  major facilitator superfamily MFS_1  YP_003093374  unclonable  1.15925e-05  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3117  CDS  NC_013061  3726284  3727045  762  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  YP_003093375  unclonable  3.41298e-06  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3264  CDS  NC_013061  3875491  3877407  1917  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  YP_003093521  unclonable  7.06874e-05  normal  0.0228464  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3495  CDS  NC_013061  4160882  4161340  459  hypothetical protein  YP_003093748  unclonable  2.17421e-06  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3496  CDS  NC_013061  4161377  4162936  1560  RagB/SusD domain protein  YP_003093749  unclonable  4.23782e-05  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_3819  CDS  NC_013061  4582529  4583869  1341  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  YP_003094072  unclonable  1.3347e-05  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4070  CDS  NC_013061  4912547  4914013  1467  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  YP_003094323  unclonable  2.78055e-05  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4166  CDS  NC_013061  5039549  5039932  384  ribosome-binding factor A  YP_003094419  unclonable  1.06795e-06  hitchhiker  8.04111e-09  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4167  CDS  NC_013061  5039964  5041154  1191  GTP-binding proten HflX  YP_003094420  unclonable  1.23151e-05  unclonable  3.07153e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4168  CDS  NC_013061  5041177  5041968  792  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  YP_003094421  unclonable  3.24578e-06  decreased coverage  6.79641e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4169  CDS  NC_013061  5041971  5042558  588  glutamine amidotransferase of anthranilate synthase  YP_003094422  unclonable  2.02675e-06  hitchhiker  8.82477e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4170  CDS  NC_013061  5042563  5043975  1413  Anthranilate synthase  YP_003094423  unclonable  1.34842e-05  hitchhiker  9.86926e-08  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4174  CDS  NC_013061  5045575  5048301  2727  amidohydrolase  YP_003094427  unclonable  0.000537254  hitchhiker  1.3548e-06  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Phep_4230  CDS  NC_013061  5107215  5108405  1191  hypothetical protein  YP_003094483  unclonable  1.55249e-05  normal  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>