42 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Dret_0318  CDS  NC_013223  394797  394982  186  hypothetical protein  YP_003197198  unclonable  1.08772e-12  normal  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0319  CDS  NC_013223  395036  395272  237  FeoA family protein  YP_003197199  unclonable  1.34242e-12  normal  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0320  CDS  NC_013223  395568  398804  3237  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  YP_003197200  unclonable  3.36143e-07  normal  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0372  CDS  NC_013223  457124  458524  1401  hypothetical protein  YP_003197251  unclonable  1.91651e-10  normal  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0398  CDS  NC_013223  486104  487504  1401  hypothetical protein  YP_003197274  unclonable  7.7648e-11  normal  0.524896  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0624    NC_013223  749427  753905  4479      unclonable  7.24302e-05  unclonable  7.02649e-10  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0625  CDS  NC_013223  750009  751346  1338  transposase IS4 family protein  YP_003197498  unclonable  3.5382e-10  unclonable  6.54827e-11  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0696  CDS  NC_013223  829408  830730  1323  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  YP_003197566  unclonable  4.15374e-10  normal  0.0401463  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0843  CDS  NC_013223  999635  1000882  1248  transcription termination factor Rho  YP_003197712  unclonable  8.58809e-11  normal  0.0802102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0858  CDS  NC_013223  1015966  1017018  1053  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  YP_003197727  unclonable  3.47952e-11  normal  0.310936  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0908  CDS  NC_013223  1078622  1079035  414  transcriptional regulator, MucR family  YP_003197777  unclonable  3.58508e-12  normal  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0954  CDS  NC_013223  1128018  1129418  1401  hypothetical protein  YP_003197820  unclonable  2.01555e-10  hitchhiker  5.72086e-08  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0960  CDS  NC_013223  1133181  1133510  330  hypothetical protein  YP_003197826  unclonable  2.28243e-12  decreased coverage  2.95621e-10  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0961  CDS  NC_013223  1133965  1134963  999  hypothetical protein  YP_003197827  unclonable  3.80867e-11  decreased coverage  4.1454e-10  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0962  CDS  NC_013223  1135314  1136429  1116  integrase family protein  YP_003197828  unclonable  5.86623e-11  decreased coverage  3.58592e-10  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_0963  CDS  NC_013223  1136414  1137814  1401  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  YP_003197829  unclonable  2.44111e-10  hitchhiker  4.5445e-08  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1169  CDS  NC_013223  1374030  1375367  1338  transposase IS4 family protein  YP_003198035  unclonable  9.12267e-11  normal  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1220  CDS  NC_013223  1428505  1430286  1782  Uncharacterized protein family UPF0324  YP_003198086  unclonable  1.21334e-09  normal  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1361  CDS  NC_013223  1588922  1590472  1551  extracellular solute-binding protein family 5  YP_003198227  unclonable  1.66548e-10  normal  0.279813  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1362  CDS  NC_013223  1590793  1591038  246  hypothetical protein  YP_003198228  unclonable  4.45825e-13  normal  0.418476  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1488  CDS  NC_013223  1719981  1720844  864  Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N- acyltransferase  YP_003198352  hitchhiker  1.88425e-06  unclonable  3.21819e-11  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1489  CDS  NC_013223  1721209  1721469  261  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_003198353  hitchhiker  3.19103e-10  unclonable  2.03081e-11  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1490  CDS  NC_013223  1722136  1723743  1608  peptide chain release factor 3  YP_003198354  unclonable  2.51643e-10  hitchhiker  1.20572e-09  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1496  CDS  NC_013223  1733291  1734628  1338  transposase IS4 family protein  YP_003198360  unclonable  5.17789e-10  hitchhiker  8.23353e-08  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1841  CDS  NC_013223  2112581  2113000  420  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_003198703  unclonable  3.40892e-12  normal  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1852  CDS  NC_013223  2123525  2124451  927  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  YP_003198714  unclonable  1.94668e-11  normal  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1853  CDS  NC_013223  2124645  2126711  2067  sodium/hydrogen exchanger  YP_003198715  unclonable  2.04486e-09  normal  0.40293  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1854  CDS  NC_013223  2126954  2127307  354  hypothetical protein  YP_003198716  unclonable  8.89871e-13  normal  0.194758  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1855  CDS  NC_013223  2127322  2127708  387  hypothetical protein  YP_003198717  unclonable  8.12968e-13  normal  0.0861373  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1856  CDS  NC_013223  2128183  2129169  987  chaperone DnaJ domain protein  YP_003198718  unclonable  1.27856e-11  normal  0.0651455  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1857  CDS  NC_013223  2129316  2129633  318  hypothetical protein  YP_003198719  unclonable  7.0649e-13  normal  0.0310663  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1858  CDS  NC_013223  2129829  2132429  2601  ATP-dependent chaperone ClpB  YP_003198720  unclonable  2.17935e-08  normal  0.0630918  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_1879  CDS  NC_013223  2154685  2154999  315  hypothetical protein  YP_003198741  unclonable  2.57443e-12  hitchhiker  0.00124508  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2026  CDS  NC_013223  2323292  2324773  1482  signal recognition particle protein  YP_003198888  unclonable  2.41588e-10  hitchhiker  0.00894206  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2033  CDS  NC_013223  2332848  2333129  282  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  YP_003198895  unclonable  2.81796e-12  hitchhiker  1.6405e-05  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2034  CDS  NC_013223  2333408  2335123  1716  bifunctional sulfate adenylyltransferase subunit 1/adenylylsulfate kinase protein  YP_003198896  unclonable  8.71956e-10  decreased coverage  2.99137e-05  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2063  CDS  NC_013223  2351329  2351619  291  50S ribosomal protein L23  YP_003198925  unclonable  9.93724e-13  normal  0.203735  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2064  CDS  NC_013223  2351622  2352242  621  50S ribosomal protein L4  YP_003198926  unclonable  3.84651e-12  normal  0.231159  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2065  CDS  NC_013223  2352254  2352883  630  50S ribosomal protein L3  YP_003198927  unclonable  5.62685e-12  normal  0.223373  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2066  CDS  NC_013223  2352895  2353212  318  30S ribosomal protein S10  YP_003198928  unclonable  1.45478e-12  normal  0.204549  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2067  CDS  NC_013223  2353218  2354414  1197  translation elongation factor Tu  YP_003198929  unclonable  4.42847e-11  normal  0.246821  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Dret_2389  CDS  NC_013223  2732368  2733714  1347  glutamine synthetase, type I  YP_003199249  unclonable  2.01555e-10  normal  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>