33 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Dfer_0028  CDS  NC_013037  27720  29351  1632  hypothetical protein  YP_003084465  unclonable  2.06462e-11  normal  0.317386  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0218  CDS  NC_013037  245021  246316  1296  hypothetical protein  YP_003084654  unclonable  2.16938e-12  normal  0.0174815  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_0226  CDS  NC_013037  252536  253810  1275  hypothetical protein  YP_003084662  unclonable  8.46841e-13  normal  0.0470571  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_1429  CDS  NC_013037  1686393  1687247  855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  YP_003085840  unclonable  5.02947e-13  normal  0.0400752  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_1723  CDS  NC_013037  2099699  2102914  3216  TonB-dependent receptor plug  YP_003086129  unclonable  8.45953e-09  normal  0.63993  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_1764  CDS  NC_013037  2165603  2166514  912  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  YP_003086170  unclonable  4.20026e-13  normal  0.345622  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_2154  CDS  NC_013037  2635713  2638772  3060  metallophosphoesterase  YP_003086542  unclonable  1.06564e-08  normal  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_2509  CDS  NC_013037  3085579  3087819  2241  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  YP_003086892  unclonable  1.84796e-10  normal  0.83989  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3015  CDS  NC_013037  3687734  3689125  1392  bifunctional UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase/(3R)-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase  YP_003087395  unclonable  2.87185e-12  normal  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3099  CDS  NC_013037  3787093  3787461  369  hypothetical protein  YP_003087479  unclonable  1.47187e-14  normal  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3100  CDS  NC_013037  3787613  3788116  504  hypothetical protein  YP_003087480  unclonable  2.84874e-14  normal  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3101  CDS  NC_013037  3788190  3790682  2493  conserved hypothetical protein, membrane  YP_003087481  unclonable  4.15978e-10  normal  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3102  CDS  NC_013037  3791004  3791978  975  6-phosphofructokinase  YP_003087482  unclonable  2.37495e-13  normal  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3103  CDS  NC_013037  3791994  3792764  771  protein of unknown function DUF218  YP_003087483  unclonable  5.91337e-14  normal  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3351  CDS  NC_013037  4102961  4103989  1029  hypothetical protein  YP_003087727  unclonable  5.56224e-13  normal  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_3985  CDS  NC_013037  4834305  4835888  1584  SSS sodium solute transporter superfamily  YP_003088354  unclonable  5.67258e-12  normal  0.756619  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4061  CDS  NC_013037  4908356  4910116  1761  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  YP_003088429  unclonable  1.8866e-11  hitchhiker  4.9947e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4062  CDS  NC_013037  4910209  4910415  207  hypothetical protein  YP_003088430  unclonable  1.13469e-14  unclonable  9.83405e-10  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4063  CDS  NC_013037  4910519  4911916  1398  hypothetical protein  YP_003088431  unclonable  3.76267e-12  unclonable  2.3713e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4064  CDS  NC_013037  4911922  4913001  1080  chorismate synthase  YP_003088432  unclonable  6.59407e-13  hitchhiker  4.05427e-07  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4065  CDS  NC_013037  4913003  4913152  150  hypothetical protein  YP_003088433  unclonable  9.57137e-15  hitchhiker  2.50602e-07  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4066  CDS  NC_013037  4913330  4914673  1344  oxidoreductase domain protein  YP_003088434  unclonable  2.7865e-12  hitchhiker  4.64548e-07  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4067  CDS  NC_013037  4914698  4915708  1011  protein of unknown function DUF323  YP_003088435  unclonable  5.0809e-13  hitchhiker  1.28924e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4322  CDS  NC_013037  5238119  5243512  5394  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_003088689  unclonable  0.000460936  normal  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4455  CDS  NC_013037  5373043  5374563  1521  RagB/SusD domain protein  YP_003088821  unclonable  8.46539e-12  normal  0.670617  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4525  CDS  NC_013037  5459344  5460810  1467  Parallel beta-helix repeat protein  YP_003088891  unclonable  4.3731e-12  normal  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4899  CDS  NC_013037  5921969  5924377  2409  protein of unknown function DUF214  YP_003089265  unclonable  2.16897e-10  normal  0.089059  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_4977  CDS  NC_013037  6017535  6020630  3096  TonB-dependent receptor plug  YP_003089342  unclonable  4.97416e-09  normal  0.504247  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_5089  CDS  NC_013037  6146322  6147803  1482  carbohydrate kinase, YjeF related protein  YP_003089454  unclonable  4.20091e-12  normal  0.19658  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_5090  CDS  NC_013037  6147945  6148307  363  50S ribosomal protein L19  YP_003089455  unclonable  2.90678e-14  normal  0.249753  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_5091  CDS  NC_013037  6148501  6149280  780  diaminopimelate epimerase  YP_003089456  unclonable  2.17016e-13  normal  0.274183  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_5092  CDS  NC_013037  6149322  6149627  306  rhodanese-like domain-containing protein  YP_003089457  unclonable  2.45151e-14  normal  0.239892  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Dfer_5093  CDS  NC_013037  6149627  6150778  1152  DEAD/DEAH box helicase domain protein  YP_003089458  unclonable  1.82992e-12  normal  0.30004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>