35 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Ccur_00310  CDS  NC_013170  44311  44553  243  SSU ribosomal protein S16P  YP_003150446  unclonable  4.91979e-09  decreased coverage  3.78635e-12  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_01690  CDS  NC_013170  204214  205185  972  hypothetical protein  YP_003150582  unclonable  2.77676e-08  decreased coverage  1.77257e-14  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_01700  CDS  NC_013170  205731  207692  1962  Glucan-binding protein C  YP_003150583  unclonable  6.61624e-07  hitchhiker  8.81459e-13  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_01710  CDS  NC_013170  208158  208604  447  LSU ribosomal protein L13P  YP_003150584  unclonable  9.65518e-09  hitchhiker  9.92925e-11  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_01720  CDS  NC_013170  208608  209000  393  SSU ribosomal protein S9P  YP_003150585  unclonable  1.10111e-08  hitchhiker  4.73134e-10  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_02900  CDS  NC_013170  336729  337094  366  hypothetical protein  YP_003150699  unclonable  3.07097e-08  hitchhiker  5.10512e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_02910  CDS  NC_013170  337091  337447  357  hypothetical protein  YP_003150700  unclonable  2.63758e-08  hitchhiker  2.35026e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_02920  CDS  NC_013170  337444  338010  567  hypothetical protein  YP_003150701  unclonable  4.06909e-08  hitchhiker  2.4308e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_02930  CDS  NC_013170  337985  338665  681  hypothetical protein  YP_003150702  unclonable  6.99255e-08  hitchhiker  4.4397e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_02940  CDS  NC_013170  338658  338885  228  hypothetical protein  YP_003150703  unclonable  1.64383e-08  hitchhiker  9.32115e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_02950  CDS  NC_013170  338895  339392  498  single stranded DNA-binding protein  YP_003150704  unclonable  2.48223e-08  hitchhiker  6.12072e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_02960  CDS  NC_013170  339395  340069  675  phage recombination protein Bet  YP_003150705  unclonable  3.71623e-08  hitchhiker  1.14884e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_02970  CDS  NC_013170  340054  340323  270  hypothetical protein  YP_003150706  unclonable  9.95625e-09  hitchhiker  3.85375e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_02980  CDS  NC_013170  340324  341277  954  Protein of unknown function (DUF1351)  YP_003150707  unclonable  5.44192e-08  unclonable  5.10007e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_02990  CDS  NC_013170  341289  341576  288  hypothetical protein  YP_003150708  unclonable  9.36321e-09  hitchhiker  3.19503e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_03000  CDS  NC_013170  341853  342059  207  hypothetical protein  YP_003150709  unclonable  5.33329e-09  hitchhiker  9.98617e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_03010  CDS  NC_013170  342068  342436  369  hypothetical protein  YP_003150710  unclonable  8.29272e-09  hitchhiker  1.43308e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_03020  CDS  NC_013170  342448  342669  222  hypothetical protein  YP_003150711  unclonable  5.89836e-09  hitchhiker  6.67276e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_03030  CDS  NC_013170  342882  343568  687  SOS response transcriptional repressor, RecA-mediated autopeptidase  YP_003150712  unclonable  2.74718e-08  hitchhiker  1.62281e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_03040  CDS  NC_013170  343586  344125  540  hypothetical protein  YP_003150713  unclonable  1.782e-08  hitchhiker  1.54923e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_03640  CDS  NC_013170  422233  423798  1566  Ykud domain-containing protein  YP_003150771  unclonable  3.50594e-07  normal  0.0100407  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_03650  CDS  NC_013170  423929  425719  1791  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  YP_003150772  unclonable  6.96051e-07  decreased coverage  0.00250447  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_03810  CDS  NC_013170  439845  443381  3537  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  YP_003150787  unclonable  0.000134486  normal  0.250195  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_05960  CDS  NC_013170  701609  701914  306  LSU ribosomal protein L21P  YP_003150995  unclonable  8.29272e-09  hitchhiker  2.52573e-13  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_06230  CDS  NC_013170  729520  730719  1200  ribonuclease D  YP_003151021  unclonable  1.84069e-07  hitchhiker  0.0058155  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_06680  CDS  NC_013170  778490  780067  1578  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  YP_003151060  unclonable  3.72543e-07  normal  0.255135  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_06770  CDS  NC_013170  789103  791109  2007  ATPase component of ABC transporters with duplicated ATPase domain protein  YP_003151069  unclonable  1.02079e-06  normal  0.871828  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_07410  CDS  NC_013170  853471  854109  639  SOS-response transcriptional repressor, LexA  YP_003151129  unclonable  2.24442e-08  normal  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_07420  CDS  NC_013170  854355  855329  975  tRNA isopentenyltransferase MiaA  YP_003151130  unclonable  7.82237e-08  normal  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_09460  CDS  NC_013170  1086106  1087224  1119  cell division protein FtsZ  YP_003151324  unclonable  1.59563e-07  normal  0.0377238  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_12240  CDS  NC_013170  1389653  1390843  1191  transcriptional regulator  YP_003151591  unclonable  1.72976e-07  normal  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_12250  CDS  NC_013170  1391135  1392412  1278  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  YP_003151592  unclonable  2.20687e-07  normal  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_12260  CDS  NC_013170  1392665  1393531  867  translation elongation factor Ts  YP_003151593  unclonable  7.28312e-08  normal  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_12270  CDS  NC_013170  1393610  1394494  885  SSU ribosomal protein S2P  YP_003151594  unclonable  7.36157e-08  normal  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Ccur_13770  CDS  NC_013170  1565293  1569501  4209  putative collagen-binding protein  YP_003151734  unclonable  0.000835075  normal  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>