86 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
EcSMS35_0099  CDS  NC_010498  110615  111877  1263  cell division protein FtsA  YP_001742216  unclonable  2.43315e-09  normal  0.662552  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0100  CDS  NC_010498  111939  113090  1152  cell division protein FtsZ  YP_001742217  unclonable  2.45858e-09  normal  0.622573  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0375  CDS  NC_010498  387449  390523  3075  beta-D-galactosidase  YP_001742478  unclonable  1.67859e-06  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0479  CDS  NC_010498  483435  484733  1299  trigger factor  YP_001742580  unclonable  7.13029e-09  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0482  CDS  NC_010498  487190  489544  2355  DNA-binding ATP-dependent protease La  YP_001742583  unclonable  1.67472e-07  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0652  CDS  NC_010498  663355  664566  1212  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction A  YP_001742748  unclonable  3.71199e-09  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0656  CDS  NC_010498  668852  669319  468  rRNA large subunit methyltransferase  YP_001742752  unclonable  1.08281e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0657  CDS  NC_010498  669323  669640  318  hypothetical protein  YP_001742753  unclonable  7.77395e-11  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0658  CDS  NC_010498  669900  670511  612  alpha-ribazole phosphatase  YP_001742754  unclonable  3.7528e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0692  tRNA  NC_010498  696575  696653  79  tRNA-Met    unclonable  5.20696e-11  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0693  CDS  NC_010498  697033  698697  1665  asparagine synthetase B  YP_001742782  unclonable  8.80701e-09  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0706  CDS  NC_010498  710180  710710  531  flavodoxin FldA  YP_001742795  unclonable  7.89352e-10  normal  0.640878  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0707  CDS  NC_010498  710850  711143  294  LexA regulated protein  YP_001742796  unclonable  3.00993e-10  normal  0.498469  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0708  CDS  NC_010498  711283  712047  765  hypothetical protein  YP_001742797  unclonable  1.35641e-09  normal  0.38067  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0765  CDS  NC_010498  772196  772987  792  tol-pal system protein YbgF  YP_001742853  unclonable  1.35641e-09  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0766  tRNA  NC_010498  773151  773228  78  tRNA-Lys    unclonable  1.07183e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0767  tRNA  NC_010498  773263  773338  76  tRNA-Val    unclonable  9.89037e-11  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0768  tRNA  NC_010498  773341  773416  76  tRNA-Lys    unclonable  9.59618e-11  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0769  tRNA  NC_010498  773468  773543  76  tRNA-Val    unclonable  7.6951e-11  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_0770  tRNA  NC_010498  773547  773622  76  tRNA-Lys    unclonable  7.39048e-11  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1139  CDS  NC_010498  1157310  1158764  1455  hypothetical protein  YP_001743207  unclonable  2.3845e-09  hitchhiker  3.34983e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1147  tRNA  NC_010498  1172341  1172418  78  tRNA-Asn    unclonable  4.75787e-11  hitchhiker  1.60242e-14  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1152  CDS  NC_010498  1174838  1177279  2442  exonuclease family protein  YP_001743217  unclonable  1.92952e-07  hitchhiker  2.23987e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1153  CDS  NC_010498  1177373  1177564  192  hypothetical protein  YP_001743218  unclonable  1.65058e-10  hitchhiker  1.09594e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1154  CDS  NC_010498  1177561  1177749  189  division inhibition protein DicB  YP_001743219  unclonable  1.53869e-10  hitchhiker  1.03441e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1155  CDS  NC_010498  1177766  1177888  123  hypothetical protein  YP_001743220  unclonable  1.31016e-10  hitchhiker  1.01455e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1156  CDS  NC_010498  1178317  1178535  219  hypothetical protein  YP_001743221  unclonable  1.97649e-10  hitchhiker  5.06613e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1231  CDS  NC_010498  1234156  1234383  228  hypothetical protein  YP_001743292  unclonable  1.37788e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1271  CDS  NC_010498  1266699  1267247  549  phosphatidylglycerophosphate synthetase  YP_001743332  unclonable  1.01936e-10  hitchhiker  0.00068056  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1272  tRNA  NC_010498  1267399  1267474  76  tRNA-Gly    unclonable  3.31558e-11  hitchhiker  0.00050925  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1273  tRNA  NC_010498  1267529  1267602  74  tRNA-Cys    unclonable  3.24929e-11  hitchhiker  0.000536522  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1274  tRNA  NC_010498  1267615  1267701  87  tRNA-Leu    unclonable  3.52128e-11  hitchhiker  0.000541618  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1275  CDS  NC_010498  1267897  1268562  666  hypothetical protein  YP_001743333  unclonable  3.1022e-10  hitchhiker  0.000229612  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1519  CDS  NC_010498  1505207  1505443  237  major outer membrane lipoprotein  YP_001743577  unclonable  1.33689e-10  decreased coverage  9.78616e-10  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1625  CDS  NC_010498  1614322  1615008  687  GntR family transcriptional regulator  YP_001743679  unclonable  8.99292e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1741  CDS  NC_010498  1746052  1747380  1329  IS4 transposase  YP_001743796  hitchhiker  1.50228e-07  unclonable  2.9888e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1743  CDS  NC_010498  1747487  1747765  279  benzoate membrane transport protein  YP_001743797  unclonable  3.16549e-10  unclonable  7.90007e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1744  CDS  NC_010498  1747800  1748468  669  putative lipoprotein  YP_001743798  unclonable  1.16724e-09  unclonable  1.13256e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1849  CDS  NC_010498  1871236  1872405  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_001743903  unclonable  2.45858e-09  unclonable  5.61509e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1850  CDS  NC_010498  1872412  1872720  309  hypothetical protein  YP_001743904  hitchhiker  4.37894e-07  unclonable  2.67694e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1851  CDS  NC_010498  1872869  1873633  765  phosphatidylglycerophosphatase B  YP_001743905  hitchhiker  1.8502e-06  unclonable  4.59635e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1852  CDS  NC_010498  1873803  1874393  591  GTP cyclohydrolase II  YP_001743906  hitchhiker  0.000364314  unclonable  3.76243e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1853  CDS  NC_010498  1874457  1877132  2676  aconitate hydratase  YP_001743907  normal  0.0328579  unclonable  4.58717e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1932  CDS  NC_010498  1952125  1953381  1257  glutamyl-tRNA reductase  YP_001743984  unclonable  4.31786e-09  normal  0.0964629  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1933  CDS  NC_010498  1953595  1954218  624  outer membrane lipoprotein LolB  YP_001743985  unclonable  6.07555e-10  normal  0.239463  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_1934  CDS  NC_010498  1954218  1955069  852  4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase  YP_001743986  unclonable  1.09905e-09  normal  0.323322  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2026  CDS  NC_010498  2047225  2048658  1434  PTS system glucose-specific transporter subunits IIBC  YP_001744078  unclonable  8.29082e-09  hitchhiker  1.05555e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2033  CDS  NC_010498  2054676  2054912  237  acyl carrier protein  YP_001744085  unclonable  1.23338e-10  hitchhiker  2.56014e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2034  CDS  NC_010498  2055123  2055857  735  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001744086  unclonable  7.73418e-10  decreased coverage  5.61813e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2035  CDS  NC_010498  2055870  2056799  930  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001744087  unclonable  1.42679e-09  decreased coverage  6.51036e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2036  CDS  NC_010498  2056815  2057768  954  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001744088  unclonable  9.55089e-10  decreased coverage  6.34537e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2037  CDS  NC_010498  2057836  2058906  1071  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001744089  unclonable  1.0879e-09  decreased coverage  2.25509e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2038  CDS  NC_010498  2058987  2059160  174  50S ribosomal protein L32  YP_001744090  unclonable  3.93303e-11  hitchhiker  2.54001e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2039  CDS  NC_010498  2059212  2059733  522  hypothetical protein  YP_001744091  unclonable  1.23338e-10  hitchhiker  3.03245e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2040  CDS  NC_010498  2059893  2060516  624  Maf-like protein  YP_001744092  unclonable  2.22937e-10  hitchhiker  0.000140944  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2041  CDS  NC_010498  2060627  2061586  960  23S rRNA pseudouridylate synthase C  YP_001744093  unclonable  7.73418e-10  hitchhiker  0.000351853  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2166  CDS  NC_010498  2171124  2171642  519  3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase  YP_001744216  unclonable  1.42011e-10  normal  0.309332  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2172  CDS  NC_010498  2180954  2181496  543  hypothetical protein  YP_001744223  unclonable  7.20846e-10  normal  0.548871  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2230  CDS  NC_010498  2250012  2254121  4110  DNA translocase FtsK  YP_001744280  unclonable  1.23505e-05  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2281  CDS  NC_010498  2306613  2308559  1947  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  YP_001744328  unclonable  2.97537e-08  normal  0.0300629  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2282  CDS  NC_010498  2308556  2309671  1116  macrolide transporter subunit MacA  YP_001744329  unclonable  3.39116e-09  normal  0.0134871  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2455  CDS  NC_010498  2505509  2506051  543  NUDIX family hydrolase  YP_001744499  unclonable  6.26304e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2489  CDS  NC_010498  2536010  2537368  1359  SMC domain-containing protein  YP_001744533  unclonable  8.89729e-09  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2490  CDS  NC_010498  2537352  2538011  660  hypothetical protein  YP_001744534  unclonable  6.26304e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2555  tRNA  NC_010498  2612181  2612258  78  tRNA-Val    unclonable  3.93303e-11  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2556  tRNA  NC_010498  2612303  2612380  78  tRNA-Val    unclonable  3.89314e-11  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2557  tRNA  NC_010498  2612384  2612459  76  tRNA-Lys    unclonable  3.73976e-11  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2558  CDS  NC_010498  2612570  2613454  885  DNA-binding transcriptional activator XapR  YP_001744594  unclonable  6.32847e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2658  CDS  NC_010498  2718529  2719896  1368  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_001744694  unclonable  4.23152e-09  normal  0.673985  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2766  CDS  NC_010498  2845682  2846272  591  heat shock protein GrpE  YP_001744797  unclonable  5.06874e-10  normal  0.0900785  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2910  CDS  NC_010498  2984001  2984672  672  hypothetical protein  YP_001744934  unclonable  8.63859e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2922  CDS  NC_010498  2994669  2996903  2235  GDP/GTP pyrophosphokinase  YP_001744946  unclonable  1.6084e-07  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2948  CDS  NC_010498  3024535  3024930  396  hypothetical protein  YP_001744972  unclonable  8.25789e-11  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_2949  CDS  NC_010498  3024949  3025866  918  DNA-binding transcriptional activator GcvA  YP_001744973  unclonable  5.49414e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3359  CDS  NC_010498  3436625  3438370  1746  DNA primase  YP_001745338  unclonable  4.92318e-09  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3474  CDS  NC_010498  3551757  3553700  1944  ATP-dependent metalloprotease  YP_001745450  unclonable  8.79508e-08  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3482  CDS  NC_010498  3559752  3560063  312  50S ribosomal protein L21  YP_001745458  unclonable  2.16305e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3546  CDS  NC_010498  3626689  3627732  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_001745522  unclonable  6.01391e-10  normal  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3574  rRNA  NC_010498  3654457  3655998  1542  16S ribosomal RNA    unclonable  2.22235e-08  normal  0.32573  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3666  CDS  NC_010498  3725332  3726009  678  shikimate kinase I  YP_001745633  unclonable  5.38429e-10  normal  0.0827574  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_3667  CDS  NC_010498  3726254  3727492  1239  outer membrane porin HofQ  YP_001745634  unclonable  4.5876e-09  normal  0.0733814  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_4426  tRNA  NC_010498  4521245  4521319  75  tRNA-Gly    unclonable  7.39048e-11  hitchhiker  4.76038e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_4427  tRNA  NC_010498  4521325  4521402  78  tRNA-Thr    unclonable  7.93255e-11  hitchhiker  4.58064e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_4428  CDS  NC_010498  4521516  4522700  1185  elongation factor Tu  YP_001746364  unclonable  3.75004e-09  hitchhiker  9.74336e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_4637  CDS  NC_010498  4737710  4738849  1140  iron-sulfur cluster binding protein  YP_001746561  unclonable  1.71021e-09  normal  0.0426509  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
EcSMS35_4742  CDS  NC_010498  4841167  4842267  1101  putative permease  YP_001746665  unclonable  2.134e-09  normal  0.891327  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>