78 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
SeSA_A0048  CDS  NC_011094  52284  52547  264  30S ribosomal protein S20  YP_002113055  unclonable  3.98649e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0106  CDS  NC_011094  108567  109379  813  Dna-J like membrane chaperone protein  YP_002113112  unclonable  5.40131e-07  normal  0.839324  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0150  CDS  NC_011094  156828  157745  918  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_002113152  unclonable  1.01853e-06  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0179  CDS  NC_011094  188500  188862  363  hypothetical protein  YP_002113179  unclonable  6.58867e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0180  CDS  NC_011094  189036  190049  1014  2-keto-3-deoxygluconate permease  YP_002113180  unclonable  1.29613e-06  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0276    NC_011094  291300  291422  123      unclonable  4.27815e-08  normal  0.130788  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0277  rRNA  NC_011094  291607  293139  1533  16S ribosomal RNA    unclonable  1.47488e-05  normal  0.265457  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0506  CDS  NC_011094  509790  511088  1299  trigger factor  YP_002113478  unclonable  6.26608e-06  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0797  CDS  NC_011094  771727  772938  1212  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction A  YP_002113755  unclonable  3.79586e-06  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0850  CDS  NC_011094  822894  823523  630  flavodoxin FldA  YP_002113800  unclonable  1.67228e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0851  CDS  NC_011094  823867  823989  123  hypothetical protein  YP_002113802  unclonable  2.61453e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0852  CDS  NC_011094  823575  823868  294  LexA regulated protein  YP_002113801  unclonable  4.87307e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A0853  CDS  NC_011094  824002  824772  771  hypothetical protein  YP_002113803  unclonable  4.37553e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1121  CDS  NC_011094  1107025  1107567  543  hypothetical protein  YP_002114059  unclonable  2.0025e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1130  CDS  NC_011094  1116796  1117314  519  3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase  YP_002114067  unclonable  2.4968e-07  normal  0.962263  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1131  CDS  NC_011094  1117383  1119143  1761  protease La homolog  YP_002114068  unclonable  5.0712e-05  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1132  CDS  NC_011094  1119329  1119781  453  hypothetical protein  YP_002114069  unclonable  3.20725e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1427  CDS  NC_011094  1375056  1375910  855  DNA/RNA non-specific endonuclease  YP_002114349  unclonable  9.87613e-07  decreased coverage  0.000225479  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1473  CDS  NC_011094  1423025  1423264  240  hypothetical protein  YP_002114391  unclonable  9.26239e-08  normal  0.022042  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1474  CDS  NC_011094  1423347  1423583  237  major outer membrane lipoprotein  YP_002114392  unclonable  8.04906e-08  normal  0.0109348  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1560  CDS  NC_011094  1500289  1501329  1041  putative oxidoreductase  YP_002114475  unclonable  2.51187e-06  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1702  CDS  NC_011094  1641395  1642888  1494  L-asparagine permease  YP_002114609  unclonable  1.49033e-05  normal  0.155266  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1837  CDS  NC_011094  1778901  1780070  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_002114737  unclonable  2.2719e-06  hitchhiker  0.000343343  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A1959  CDS  NC_011094  1892030  1893157  1128  ribonuclease D  YP_002114851  unclonable  3.13579e-06  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2097  CDS  NC_011094  2013007  2013135  129  hypothetical protein  YP_002114977  unclonable  2.83286e-08  hitchhiker  0.00742467  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2098  tRNA  NC_011094  2013212  2013298  87  tRNA-Leu    unclonable  2.56224e-08  hitchhiker  0.00730061  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2099  tRNA  NC_011094  2013310  2013383  74  tRNA-Cys    unclonable  3.00865e-08  normal  0.0154301  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2100  tRNA  NC_011094  2013435  2013510  76  tRNA-Gly    unclonable  3.0713e-08  hitchhiker  0.00742467  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2101  CDS  NC_011094  2013662  2014210  549  phosphatidylglycerophosphate synthetase  YP_002114978  unclonable  2.04337e-07  hitchhiker  0.00888747  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2163  tRNA  NC_011094  2060422  2060499  78  tRNA-Asn    unclonable  3.49839e-08  normal  0.522468  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2164  CDS  NC_011094  2060806  2060937  132  hypothetical protein  YP_002115036  unclonable  4.87307e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2165  tRNA  NC_011094  2061098  2061175  78  tRNA-Asn    unclonable  4.02737e-08  normal  0.996727  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2166  CDS  NC_011094  2061435  2061563  129  hypothetical protein  YP_002115037  unclonable  4.02737e-08  normal  0.978327  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2167  CDS  NC_011094  2061677  2063131  1455  AMP nucleosidase  YP_002115038  unclonable  1.13485e-05  normal  0.699069  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2168  CDS  NC_011094  2063177  2063338  162  hypothetical protein  YP_002115039  unclonable  5.07401e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2169  CDS  NC_011094  2063327  2063653  327  putative cytoplasmic protein  YP_002115040  unclonable  8.13161e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2170  tRNA  NC_011094  2064533  2064610  78  tRNA-Asn    unclonable  3.82862e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2558  CDS  NC_011094  2443224  2444162  939  HTH-type transcriptional regulator PecT  YP_002115399  unclonable  1.75067e-06  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2649  CDS  NC_011094  2532845  2534260  1416  glutamyl-tRNA synthetase  YP_002115484  unclonable  6.33167e-06  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2650  tRNA  NC_011094  2534519  2534594  76  tRNA-Val    unclonable  5.07401e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2651  tRNA  NC_011094  2534639  2534716  78  tRNA-Val    unclonable  5.23066e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2652  tRNA  NC_011094  2534756  2534833  78  tRNA-Val    unclonable  6.08087e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2663  CDS  NC_011094  2543924  2544910  987  cell division protein ZipA  YP_002115494  unclonable  1.46198e-06  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2746  CDS  NC_011094  2629164  2630513  1350  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_002115575  unclonable  6.99903e-06  normal  0.210011  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A2976  tRNA  NC_011094  2877748  2877842  95  tRNA-Ser    unclonable  2.27205e-08  decreased coverage  5.09713e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3097  CDS  NC_011094  2987146  2988681  1536  crispr-associated protein, Cse1 family  YP_002115893  unclonable  1.04629e-05  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3230  CDS  NC_011094  3123517  3124095  579  hypothetical protein  YP_002116008  unclonable  3.37238e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3486  CDS  NC_011094  3363822  3365765  1944  ATP-dependent metalloprotease  YP_002116244  unclonable  5.28036e-05  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3537  CDS  NC_011094  3411045  3411473  429  50S ribosomal protein L13  YP_002116293  unclonable  2.44686e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3566  CDS  NC_011094  3441721  3442764  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_002116322  unclonable  3.07307e-06  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3576  CDS  NC_011094  3453477  3454442  966  tRNA-dihydrouridine synthase B  YP_002116332  unclonable  9.97743e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3596    NC_011094  3470099  3470950  852      unclonable  8.08092e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3637  CDS  NC_011094  3494132  3494443  312  30S ribosomal protein S10  YP_002116383  unclonable  5.84006e-08  normal  0.459498  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3644  CDS  NC_011094  3500248  3500622  375  30S ribosomal protein S12  YP_002116390  unclonable  9.93601e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3645  CDS  NC_011094  3500748  3501035  288  sulfur transfer complex subunit TusB  YP_002116391  unclonable  5.89995e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3646  CDS  NC_011094  3501043  3501399  357  sulfur relay protein TusC  YP_002116392  unclonable  1.15464e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3647  CDS  NC_011094  3501399  3501785  387  sulfur transfer complex subunit TusD  YP_002116393  unclonable  1.27633e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3648  CDS  NC_011094  3501785  3502507  723  hypothetical protein  YP_002116394  unclonable  5.08468e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A3649  CDS  NC_011094  3502783  3503601  819  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_002116395  unclonable  6.80922e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4144  tRNA  NC_011094  4020452  4020538  87  tRNA-Leu    unclonable  3.90676e-08  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4210  CDS  NC_011094  4084468  4087254  2787  DNA polymerase I  YP_002116921  unclonable  0.0026674  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4342  CDS  NC_011094  4217180  4217962  783  glutamate racemase  YP_002117043  unclonable  5.13683e-07  normal  0.657896  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4354  tRNA  NC_011094  4227659  4227733  75  tRNA-Gly    unclonable  3.04012e-08  normal  0.98071  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4355  tRNA  NC_011094  4227739  4227816  78  tRNA-Thr    unclonable  3.00865e-08  normal  0.983555  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4356  CDS  NC_011094  4227931  4229115  1185  elongation factor Tu  YP_002117049  unclonable  2.2952e-06  normal  0.868504  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4444  CDS  NC_011094  4321769  4321969  201  hypothetical protein  YP_002117131  hitchhiker  0.000802347  unclonable  8.64049e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4445  CDS  NC_011094  4322007  4322558  552  hypothetical protein  YP_002117132  hitchhiker  0.00706423  unclonable  1.12107e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4446  CDS  NC_011094  4322903  4323844  942  phage O protein family  YP_002117133  normal  0.0401993  unclonable  1.41211e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4447  CDS  NC_011094  4323939  4324592  654  phage N-6-adenine-methyltransferase  YP_002117134  hitchhiker  0.00279672  unclonable  1.37011e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4448  CDS  NC_011094  4324589  4324915  327  lexA DNA binding domain protein  YP_002117135  hitchhiker  0.0015739  unclonable  1.08771e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4449  CDS  NC_011094  4324912  4325301  390  bacteriophage V crossover junction endodeoxyribonuclease  YP_002117136  hitchhiker  0.00181578  unclonable  1.15544e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4450  CDS  NC_011094  4325321  4326118  798  KilA-N domain family  YP_002117137  hitchhiker  9.55205e-05  unclonable  1.45542e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4451  CDS  NC_011094  4326126  4327115  990  hypothetical protein  YP_002117138  unclonable  1.82249e-06  unclonable  1.57695e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4452  CDS  NC_011094  4327129  4327881  753  antitermination protein  YP_002117139  unclonable  6.74008e-07  unclonable  1.21493e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4453  CDS  NC_011094  4328317  4328430  114  hypothetical protein  YP_002117140  normal  0.0184837  unclonable  6.72513e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4454  CDS  NC_011094  4328560  4328748  189  hypothetical protein  YP_002117141  normal  0.0425559  unclonable  7.35995e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4455  CDS  NC_011094  4328883  4329227  345  putative prophage membrane protein  YP_002117142  normal  0.057965  unclonable  8.55278e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
SeSA_A4664  CDS  NC_011094  4532023  4532658  636  opacity-associated protein A  YP_002117336  unclonable  8.08092e-07  normal  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>