124 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Shew185_0001  CDS  NC_009665  382  1770  1389  chromosomal replication initiation protein  YP_001364237  unclonable  5.62887e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0182  CDS  NC_009665  227719  228903  1185  elongation factor Tu  YP_001364416  unclonable  5.14209e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0194  CDS  NC_009665  244482  245666  1185  elongation factor Tu  YP_001364428  unclonable  8.23717e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0195  CDS  NC_009665  246002  246313  312  30S ribosomal protein S10  YP_001364429  unclonable  6.45818e-13  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0205  CDS  NC_009665  250704  250952  249  30S ribosomal protein S17  YP_001364439  unclonable  1.79685e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0206  CDS  NC_009665  251133  251501  369  50S ribosomal protein L14  YP_001364440  unclonable  2.5278e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0218  CDS  NC_009665  256760  257116  357  30S ribosomal protein S13  YP_001364452  unclonable  8.81294e-13  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0404  CDS  NC_009665  453205  454440  1236  cell division protein FtsA  YP_001364636  unclonable  3.80167e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0406  CDS  NC_009665  455842  456762  921  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_001364638  unclonable  1.04832e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0409  CDS  NC_009665  458209  460935  2727  preprotein translocase subunit SecA  YP_001364641  unclonable  7.66764e-07  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0465  CDS  NC_009665  527951  529126  1176  diaminopimelate decarboxylase  YP_001364696  unclonable  1.04832e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0497  CDS  NC_009665  564286  565335  1050  rod shape-determining protein MreB  YP_001364728  unclonable  3.91443e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0780  CDS  NC_009665  912541  913278  738  hypothetical protein  YP_001365000  unclonable  7.62567e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0781  CDS  NC_009665  913368  914675  1308  outer membrane channel protein  YP_001365001  unclonable  1.84345e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0810  CDS  NC_009665  949221  949997  777  deoxyribonuclease I  YP_001365030  unclonable  1.71872e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0815  CDS  NC_009665  954693  959246  4554  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  YP_001365035  unclonable  0.000195166  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0820  CDS  NC_009665  970294  972387  2094  elongation factor G  YP_001365037  unclonable  3.94199e-08  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_0847  CDS  NC_009665  1004689  1006230  1542  poly(A) polymerase  YP_001365064  unclonable  1.96187e-09  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1021  CDS  NC_009665  1212932  1215022  2091  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  YP_001365236  unclonable  3.7848e-08  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1226  CDS  NC_009665  1467310  1468377  1068  putative adenylate/guanylate cyclase  YP_001365440  unclonable  9.6707e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1227  CDS  NC_009665  1468500  1469171  672  DNA mismatch repair protein  YP_001365441  unclonable  9.90302e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1243  CDS  NC_009665  1483264  1485054  1791  GTP-binding protein LepA  YP_001365457  unclonable  5.10522e-09  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1256  CDS  NC_009665  1495473  1496219  747  tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  YP_001365470  unclonable  4.83662e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1257  CDS  NC_009665  1496254  1496607  354  50S ribosomal protein L19  YP_001365471  unclonable  5.04967e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1258  CDS  NC_009665  1496868  1497959  1092  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  YP_001365472  unclonable  1.66728e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1267  CDS  NC_009665  1509581  1510030  450  cytochrome c class II  YP_001365481  unclonable  3.08815e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1276  CDS  NC_009665  1519463  1522747  3285  peptidase S41  YP_001365490  unclonable  3.96794e-06  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1342  CDS  NC_009665  1613942  1614562  621  heat shock protein GrpE  YP_001365555  unclonable  1.63417e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1365  CDS  NC_009665  1641998  1643296  1299  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  YP_001365578  unclonable  3.04613e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1455  CDS  NC_009665  1755797  1756822  1026  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase  YP_001365668  unclonable  6.80576e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1475  CDS  NC_009665  1784746  1785195  450  hypothetical protein  YP_001365688  unclonable  1.35685e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1589  CDS  NC_009665  1924820  1925314  495  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type  YP_001365799  unclonable  6.17175e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1590  CDS  NC_009665  1925455  1926834  1380  cysteinyl-tRNA synthetase  YP_001365800  unclonable  7.84367e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1591  CDS  NC_009665  1927012  1927866  855  bifunctional 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase/ 5,10-methylene-tetrahydrofolate cyclohydrolase  YP_001365801  unclonable  5.13684e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1595  CDS  NC_009665  1932346  1934703  2358  ATP-dependent protease La  YP_001365805  unclonable  1.03769e-07  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1596  CDS  NC_009665  1934963  1935235  273  histone family protein DNA-binding protein  YP_001365806  unclonable  1.69185e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1620  CDS  NC_009665  1960992  1962203  1212  porin  YP_001365830  unclonable  2.07941e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1623  CDS  NC_009665  1967810  1970617  2808  TonB-dependent receptor  YP_001365832  unclonable  6.85263e-07  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1710  CDS  NC_009665  2058830  2059414  585  maf protein  YP_001365916  unclonable  1.15082e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1711  CDS  NC_009665  2059677  2060201  525  hypothetical protein  YP_001365917  unclonable  7.54481e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1716  CDS  NC_009665  2063400  2064146  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001365922  unclonable  4.69264e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1724  CDS  NC_009665  2071842  2074088  2247  TonB-dependent siderophore receptor  YP_001365930  unclonable  7.00289e-08  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1734  CDS  NC_009665  2086948  2087553  606  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001365940  unclonable  4.85061e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1735  CDS  NC_009665  2087654  2088325  672  ribonuclease T  YP_001365941  unclonable  7.54481e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1736  CDS  NC_009665  2088467  2089336  870  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_001365942  unclonable  2.67219e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1737  CDS  NC_009665  2090138  2092321  2184  prolyl oligopeptidase  YP_001365943  unclonable  3.6721e-08  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1743  CDS  NC_009665  2096416  2096952  537  peptidoglycan-associated lipoprotein  YP_001365949  unclonable  6.04821e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1744  CDS  NC_009665  2096977  2097726  750  Tol-Pal system YbgF  YP_001365950  unclonable  2.01827e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1771  CDS  NC_009665  2131694  2132410  717  fatty acid metabolism regulator  YP_001365977  unclonable  3.43571e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1775  CDS  NC_009665  2137585  2138169  585  superoxide dismutase  YP_001365981  unclonable  4.80024e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1776  CDS  NC_009665  2138394  2138726  333  glutaredoxin-like protein  YP_001365982  unclonable  9.36402e-13  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1777  CDS  NC_009665  2138873  2140123  1251  uracil-xanthine permease  YP_001365983  unclonable  1.63317e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1892  CDS  NC_009665  2257638  2258747  1110  ribonuclease D  YP_001366098  unclonable  2.12189e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1893  CDS  NC_009665  2258874  2259131  258  cell division topological specificity factor MinE  YP_001366099  unclonable  1.38456e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1894  CDS  NC_009665  2259134  2259943  810  septum site-determining protein MinD  YP_001366100  unclonable  3.04586e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1895  CDS  NC_009665  2259971  2260636  666  septum formation inhibitor  YP_001366101  unclonable  1.24722e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_1896  CDS  NC_009665  2260760  2261038  279  hypothetical protein  YP_001366102  unclonable  1.45586e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2019  CDS  NC_009665  2408581  2411028  2448  acyl-CoA dehydrogenase  YP_001366225  unclonable  1.9403e-07  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2066  CDS  NC_009665  2477344  2479248  1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  YP_001366271  unclonable  8.03773e-09  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2138  CDS  NC_009665  2552701  2554035  1335  glutamate--putrescine ligase  YP_001366343  unclonable  3.30057e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2139  CDS  NC_009665  2554193  2554753  561  elongation factor P  YP_001366344  unclonable  4.80024e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2140  CDS  NC_009665  2554799  2555977  1179  hypothetical protein  YP_001366345  unclonable  1.6162e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2141  CDS  NC_009665  2556064  2556591  528  flavodoxin FldA  YP_001366346  unclonable  5.2046e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2216  CDS  NC_009665  2641575  2642081  507  leucine-responsive transcriptional regulator  YP_001366418  unclonable  2.5021e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2276  CDS  NC_009665  2712626  2713786  1161  tetratricopeptide repeat protein  YP_001366477  unclonable  1.64995e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2277  CDS  NC_009665  2713788  2714063  276  hypothetical protein  YP_001366478  unclonable  9.08529e-13  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2278  CDS  NC_009665  2714186  2714473  288  integration host factor subunit beta  YP_001366479  unclonable  8.37765e-13  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2279  CDS  NC_009665  2714547  2716214  1668  30S ribosomal protein S1  YP_001366480  unclonable  1.33831e-09  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2280  CDS  NC_009665  2716317  2717009  693  cytidylate kinase  YP_001366481  unclonable  7.93863e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2294  CDS  NC_009665  2736958  2738805  1848  signal peptide peptidase SppA, 67K type  YP_001366495  unclonable  9.44101e-09  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2380  CDS  NC_009665  2837311  2838216  906  alpha-L-glutamate ligase  YP_001366581  unclonable  1.91941e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2461  CDS  NC_009665  2937408  2937878  471  17 kDa surface antigen  YP_001366661  unclonable  8.26442e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2462  CDS  NC_009665  2937933  2938646  714  leucyl/phenylalanyl-tRNA--protein transferase  YP_001366662  unclonable  2.98489e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2463  CDS  NC_009665  2938633  2939343  711  arginyl-tRNA-protein transferase  YP_001366663  unclonable  2.49099e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2502  CDS  NC_009665  2988823  2989254  432  ferric uptake regulator  YP_001366702  unclonable  7.39379e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2595  CDS  NC_009665  3093565  3094428  864  heat shock protein HtpX  YP_001366793  unclonable  4.2859e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2613  CDS  NC_009665  3119620  3120219  600  recombination protein RecR  YP_001366811  unclonable  9.32221e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2614  CDS  NC_009665  3120232  3120597  366  hypothetical protein  YP_001366812  unclonable  2.45202e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2615  CDS  NC_009665  3120785  3124198  3414  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  YP_001366813  unclonable  4.43473e-06  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2616  CDS  NC_009665  3124236  3124790  555  adenine phosphoribosyltransferase  YP_001366814  unclonable  7.54481e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2617  CDS  NC_009665  3125055  3125423  369  hypothetical protein  YP_001366815  unclonable  2.33192e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2680  CDS  NC_009665  3204708  3205778  1071  cell division protein ZipA  YP_001366878  unclonable  7.67687e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2714  CDS  NC_009665  3251219  3253702  2484  hypothetical protein  YP_001366911  unclonable  1.60154e-07  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2760  CDS  NC_009665  3304849  3308280  3432  hypothetical protein  YP_001366957  unclonable  1.20005e-05  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2799  CDS  NC_009665  3355507  3357966  2460  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_001366996  unclonable  1.18341e-07  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_2822  CDS  NC_009665  3382366  3383775  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_001367019  unclonable  5.9188e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3026  CDS  NC_009665  3622669  3623682  1014  threonine aldolase  YP_001367220  unclonable  1.04832e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3118  CDS  NC_009665  3714298  3715410  1113  permease YjgP/YjgQ family protein  YP_001367312  unclonable  1.10304e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3119  CDS  NC_009665  3715654  3717162  1509  leucyl aminopeptidase  YP_001367313  unclonable  9.69621e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3120  CDS  NC_009665  3717484  3718008  525  DNA polymerase III chi subunit HolC  YP_001367314  unclonable  3.77435e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3137  CDS  NC_009665  3739897  3741534  1638  CTP synthetase  YP_001367331  unclonable  1.10473e-09  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3144  CDS  NC_009665  3750918  3753125  2208  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_001367338  unclonable  3.86215e-08  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3155  CDS  NC_009665  3764670  3765149  480  6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase  YP_001367349  unclonable  2.30822e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3231  CDS  NC_009665  3855398  3856255  858  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  YP_001367421  unclonable  2.039e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3288  CDS  NC_009665  3918830  3920803  1974  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_001367478  unclonable  7.87677e-09  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3299  CDS  NC_009665  3931481  3932572  1092  GTP-dependent nucleic acid-binding protein EngD  YP_001367489  unclonable  4.59769e-11  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3314  CDS  NC_009665  3947624  3948274  651  nicotinate (nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase  YP_001367504  unclonable  6.42503e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3315  CDS  NC_009665  3948367  3948711  345  iojap-like protein  YP_001367505  unclonable  1.32969e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3316  CDS  NC_009665  3948711  3949181  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_001367506  unclonable  3.08815e-12  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Shew185_3321  CDS  NC_009665  3954248  3955423  1176  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_001367511  unclonable  2.39349e-10  n/a    Shewanella baltica OS185  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>